البكتيريا المعوية
تحتاج هذه المقالة إلى مصادر إضافية للتحقق . ( مارس 2009 ) |
| البكتيريا المعوية | |
|---|---|
| سيتروباكتر فريوندي ، أحد أفراد العائلة | |
| التصنيف العلمي | |
| اِختِصاص: | البكتيريا |
| الشعبة: | الزائفة الزنجارية |
| فصل: | بكتيريا جاما بروتيوباكتريا |
| طلب: | البكتيريا المعوية |
| عائلة: | البكتيريا المعوية ران، 1937 |
| الأجناس [1] | |
|
انظر النص | |
Enterobacteriaceae هي عائلة كبيرة من البكتيريا سلبية الجرام . تضم أكثر من 30 جنسًا وأكثر من 100 نوع. لا يزال تصنيفها فوق مستوى العائلة موضوعًا للنقاش، لكن أحد التصنيفات يضعها في رتبة Enterobacterales من فئة Gammaproteobacteria في شعبة Pseudomonadota . [2] [3] [4] [5] في عام 2016، تم تصحيح وصف وأعضاء هذه العائلة بناءً على التحليلات الجينومية المقارنة بواسطة Adeolu et al. [6]
تشمل عائلة Enterobacteriaceae، إلى جانب العديد من الكائنات الحية الدقيقة غير الضارة ، العديد من مسببات الأمراض الأكثر شيوعًا ، مثل السالمونيلا والإشريكية القولونية والكلبسيلة والشيجيلا . تشمل البكتيريا المسببة للأمراض الأخرى في هذه العائلة Enterobacter و Citrobacter . يمكن الإشارة إلى أعضاء عائلة Enterobacteriaceae بشكل تافه باسم enterobacteria أو "البكتيريا المعوية"، [7] حيث يعيش العديد من الأعضاء في أمعاء الحيوانات. في الواقع، أصل الكلمة هو enterobacterium مع اللاحقة لتعيين عائلة (aceae) - وليس بعد جنس Enterobacter (الذي سيكون "Enterobacteraceae") - والجنس النوعي هو Escherichia .
علم التشكل
تتكون أعضاء عائلة Enterobacteriaceae من عصيات (على شكل قضيب)، ويبلغ طولها عادة من 1 إلى 5 ميكرومتر. وتظهر عادةً على شكل مستعمرات رمادية متوسطة إلى كبيرة الحجم على أجار الدم، على الرغم من أن بعضها يمكن أن يعبر عن الصبغات.
تمتلك أغلب البكتيريا العديد من الأسواط المستخدمة للتحرك، ولكن بعض الأجناس غير متحركة. تمتلك أغلب أعضاء Enterobacteriaceae زغبًا من النوع الأول تشارك في التصاق الخلايا البكتيرية بمضيفها. [8]
أنها لا تشكل الجراثيم .
الاسْتِقْلاب
مثل غيرها من الزائفة الزنجارية، تمتلك البكتيريا المعوية بقعًا سلبية الجرام ، [9] وهي لاهوائية اختيارية ، تخمر السكريات لإنتاج حمض اللاكتيك والعديد من المنتجات النهائية الأخرى. كما تقوم معظمها أيضًا باختزال النترات إلى نتريت ، على الرغم من وجود استثناءات. على عكس معظم البكتيريا المماثلة، تفتقر البكتيريا المعوية عمومًا إلى أوكسيديز السيتوكروم سي ، وهناك استثناءات.
تختلف تفاعلات الكاتالاز بين أنواع البكتيريا المعوية.
علم البيئة
العديد من أعضاء هذه العائلة هم أعضاء طبيعيون في ميكروبات الأمعاء لدى البشر والحيوانات الأخرى، [10] بينما يوجد البعض الآخر في الماء أو التربة، أو هم طفيليات على مجموعة متنوعة من الحيوانات والنباتات المختلفة. [11] [12]
الكائنات الحية النموذجية وأهميتها الطبية
تعتبر الإشريكية القولونية واحدة من أهم الكائنات الحية النموذجية ،وقد تمت دراسة جيناتها وكيمياءها الحيوية عن كثب.
بعض البكتيريا المعوية هي مسببات أمراض مهمة، مثل السالمونيلا أو الشيغيلا على سبيل المثال لأنها تنتج السموم الداخلية . توجد السموم الداخلية في جدار الخلية ويتم إطلاقها عندما تموت الخلية ويتفكك جدار الخلية. تنتج بعض أعضاء Enterobacteriaceae سمومًا داخلية، عندما يتم إطلاقها في مجرى الدم بعد تحلل الخلية، تسبب استجابة التهابية وتوسع الأوعية الدموية الجهازية. يُعرف الشكل الأكثر شدة من هذا باسم الصدمة السامة الداخلية، والتي يمكن أن تكون قاتلة بسرعة.
التصنيف والمنهج التاريخي
كانت Enterobacteriaceae في الأصل العائلة الوحيدة تحت رتبة Enterobacteriales. احتوت العائلة على مجموعة كبيرة من الأنواع المتميزة كيميائيًا مع منافذ بيئية مختلفة، مما جعل الأوصاف الكيميائية الحيوية صعبة. [13] [14] كان التصنيف الأصلي للأنواع لهذه العائلة والرتبة يعتمد إلى حد كبير على تحليلات تسلسل جينوم 16S rRNA، والتي من المعروف أنها تتمتع بقوة تمييزية منخفضة وتعتمد نتائج التغييرات على الخوارزمية ومعلومات الكائن الحي المستخدمة. على الرغم من ذلك، لا تزال التحليلات تُظهر تفرعًا متعدد النشوء، مما يشير إلى وجود مجموعات فرعية مميزة داخل العائلة. [15]
في عام 2016، تمت إعادة تسمية رتبة Enterobacteriales إلى Enterobacterales، وتقسيمها إلى 7 عائلات جديدة، بما في ذلك عائلة Enterobacteriaceae المعدلة. [6] قيد هذا التعديل العائلة لتشمل فقط تلك الأجناس المرتبطة مباشرة بجنس النوع، والتي تضمنت معظم الأنواع المعوية تحت الرتبة. تم اقتراح هذا التصنيف بناءً على بناء العديد من الأشجار التطورية القوية باستخدام تسلسلات الجينوم المحفوظة وتسلسلات 16S rRNA وتحليلات التسلسل متعدد المواقع. تم تحديد العلامات الجزيئية، وخاصة علامات الحذف المحفوظة، الخاصة بهذه العائلة كدليل يدعم الانقسام بشكل مستقل عن الأشجار التطورية.
في عام 2017، حددت دراسة لاحقة باستخدام التحليلات النشوئية المقارنة وجود 6 مجموعات فرعية على مستوى العائلة داخل عائلة Enterobacteriaceae، وهي "مجموعة Escherichia" و"مجموعة Klebsiella" و"مجموعة Enterobacter" و"مجموعة Kosakonia" و"مجموعة Cronobacter" و"مجموعة Cedecea" و"مجموعة Enterobacteriaceae incertae sedis" التي تحتوي على أنواع لا يتضح وضعها التصنيفي داخل العائلة. [16] ومع ذلك، لم يُقترح هذا التقسيم رسميًا لأن رتبة العائلة الفرعية لا تُستخدم عمومًا.
التوقيعات الجزيئية
حددت تحليلات تسلسلات الجينوم من أنواع Enterobacteriaceae 21 علامة مميزة محفوظة (CSIs) موجودة بشكل فريد في هذه العائلة في البروتينات NADH: ubiquinone oxidoreductase (الوحدة الفرعية M)، بروتين الحركة الارتعاشية PilT، 2،3-dihydroxybenzoate-AMP ligase، بروتين ربط ATP/GTP، معقد أكسدة الأحماض الدهنية متعدد الوظائف (الوحدة الفرعية ألفا)، S-formylglutathione hydrolase ، aspartate-semialdehyde dehydrogenase ، epimerase ، بروتين الغشاء ، formate dehydrogenylase (الوحدة الفرعية 7)، glutathione S-transferase ، ناقل العائلة الرئيسية الميسر، phosphoglucosamine mutase ، بروتين عائلة glycosyl hydrolase 1، 23S rrna [يوراسيل (1939) -C (5)] - ميثيل ترانسفيراز، مرافق مشارك HscB، أميداز N-أسيتيل مورامويل-L-ألانين ، ناقل كبريتات ABC بروتين رابط ATP CysA، وبروتين تجميع LPS LptD. [6] توفر هذه CSIs وسيلة جزيئية للتمييز بين Enterobacteriaceae والعائلات الأخرى ضمن رتبة Enterobacterales والبكتيريا الأخرى.
أجناس
أجناس منشورة بشكل صحيح
تم نشر الأجناس التالية بشكل صحيح، وبالتالي فهي "تحتل مكانة في التسمية". يتم إدراج سنة اقتراح الجنس بين قوسين بعد اسم الجنس.
- بيوستراتيكولا (2008)
- بوتياوكسيلا (1982)
- سيديكا (1981)
- سيتروباكتر (1932)
- كرونوباكتر (2008)
- إنتيروباسيلوس (2015)
- الإنتروباكتر (1960)
- الإشريكية (1919)
- فرانكونيباكتر (2014)
- جيبسيلا (2011)
- إيزاكيلا (2016)
- كليبسيلا (1885)
- كلويفيرا (1981)
- كوساكونيا (2013)
- ليكليرشيا (1987)
- ليليوتيا (2013)
- ليمونوباكولوم (2018)
- مانجروفيباكتر (2010)
- ميتاكوساكونيا (2017)
- فايتوباكتر (2017)
- تعدد البكتيريا (2013)
- بروتيوس ()
- سوسيريشيا (2017)
- بكتيريا الكاذبة (2014)
- راؤولتيلا (2001)
- روزنبرجيلا (2013)
- سكاروباكتر (1990)
- السالمونيلا (1900)
- اسكندنافيوم (2020)
- شيغيلا (1919)
- شيمويليا (2010)
- سيسيباكتر (2014)
- طرابلسيلا (1992)
- يوكينيلا (1985)
المرشحأجناس
- "كانديداتوس أنانديا"
- "كانديداتوس أروكاتيا"
- "كانديداتوس اشنيرا"
- "كانديداتوس بينيتسوتشيفيلوس"
- " مرشحة بلوخمانيا"
- "كانديداتوس كوركوليونيفيلوس"
- "كانديداتوس كوتيكوباكتيريوم"
- "كانديداتوس دوليتلي"
- "كانديداتوس جيليتيليا"
- "كانديداتوس جولانيلا"
- " كانديداتوس هاميلتونيلا"
- "كانديداتوس هارتيجيا"
- "كانديداتوس هوغلانديلا"
- "كانديداتوس إشنوديميا"
- "كانديداتوس إيشيكاوايلا"
- "كانديداتوس كلايدوسريا"
- "كانديداتوس كوتيجيلا"
- "كانديداتوس ماكروبليكولا"
- "كانديداتوس ميكيلا"
- "كانديداتوس مورانيلا"
- "كانديداتوس فلوموباكتر"
- "كانديداتوس بروفيتيا"
- "كانديداتوس بورسيليلا"
- " المرشحة ريجيلا"
- "كانديداتوس رييسيا"
- "كانديداتوس روهركولبيريا"
- "كانديداتوس روزينكرانزيا"
- "كانديداتوس شنايدريا"
- "كانديداتوس ستاميرا"
- "كانديداتوس ستاميرولا"
- "كانديداتوس تاتشيكاويا"
- "كانديداتوس ويستبرهارديا"
الأجناس المقترحة
لقد تم نشر الأجناس التالية بشكل فعال، ولكن ليس بشكل صحيح، وبالتالي ليس لها "مكانة في التسمية". يتم إدراج سنة اقتراح الجنس بين قوسين بعد اسم الجنس.
- أكواموناس (2009)
- أتلانتيباكتر (2016)
- البكتيريا السطحية (2018)
تعريف
لتحديد أجناس مختلفة من Enterobacteriaceae، قد يقوم عالم الأحياء الدقيقة بإجراء سلسلة من الاختبارات في المختبر. وتشمل هذه: [17]
- أحمر الفينول
- مرق التريبتون
- أجار فينيل ألانين للكشف عن إنتاج دياميناز ، الذي يحول فينيل ألانين إلى حمض فينيل بيروفيك
- تعتمد اختبارات الأحمر الميثيل أو Voges-Proskauer على هضم الجلوكوز . اختبارات الأحمر الميثيل للنتائج النهائية الحمضية. اختبارات Voges-Proskauer لإنتاج الأسيتيل ميثيل كاربينول .
- اختبار الكاتالاز على الأجار المغذي اختبارات لإنتاج إنزيم الكاتالاز، الذي يقسم بيروكسيد الهيدروجين ويطلق غاز الأكسجين.
- اختبار الأوكسيديز على الأجار المغذي اختبارات لإنتاج إنزيم الأوكسيديز ، الذي يتفاعل مع الأمين العطري لإنتاج اللون الأرجواني.
- اختبارات الجيلاتين المغذية للكشف عن نشاط أنزيم الجيلاتيناز .
في البيئة السريرية، تشكل ثلاثة أنواع ما بين 80 إلى 95% من جميع العزلات التي تم تحديدها. وهذه الأنواع هي Escherichia coli و Klebsiella pneumoniae و Proteus mirabilis . ومع ذلك، يعتبر Proteus mirabilis الآن جزءًا من Morganellaceae ، وهي فرع شقيق ضمن Enterobacterales .
مقاومة المضادات الحيوية
تم عزل العديد من سلالات Enterobacteriaceae المقاومة للمضادات الحيوية بما في ذلك الكاربابينيمات ، والتي غالبًا ما يُزعم أنها "خط الدفاع الأخير للمضادات الحيوية" ضد الكائنات الحية المقاومة. على سبيل المثال، بعض سلالات Klebsiella pneumoniae مقاومة للكاربابينيم. [18] تم التعرف على جينات كاربابينيماز مختلفة (blaOXA-48 وblaKPC وblaNDM-1 وblaVIM وblaIMP) في Enterobacteriaceae المقاومة للكاربابينيم بما في ذلك Escherichia coli و Klebsiella pneumoniae . [19]
مراجع
- ^ "قائمة الأجناس المدرجة في العائلات - Enterobacteriaceae". قائمة أسماء الكائنات بدائية النواة التي لها مكانة في التسمية . تم استرجاعها في 26 يونيو 2016 .
- ^ دون جيه برينر؛ نويل ر. كريج؛ جيمس ت. ستالي (26 يوليو 2005) [1984 (ويليامز وويلكينز)]. جورج م. جاريتي (محرر). بكتيريا جاما بروتيوباكتريا. دليل برجي لعلم البكتيريا المنهجي. المجلد 2ب (الطبعة الثانية). نيويورك: سبرينغر. ص 1108. رقم ISBN 978-0-387-24144-9. المكتبة البريطانية رقم GBA561951.
- ^ موقع Zipcodezoo Enterobacteriales محفوظ في 2014-04-27 على موقع Wayback Machine وتم الوصول إليه في 9 مارس 2013
- ^ تم الوصول إلى NCBI Enterobacteriales في 9 مارس 2013
- ^ Taxonomicon Enterobacteriales تم الوصول إليه في 9 مارس 2013
- ^ abc Adeolu, M; Alnajar, S; Naushad, S; S Gupta, R (ديسمبر 2016). "التطور والتصنيف القائم على الجينوم لـ 'Enterobacteriales': اقتراح لـ Enterobacterales ord. nov. مقسمة إلى عائلات Enterobacteriaceae، Erwiniaceae fam. nov.، Pectobacteriaceae fam. nov.، Yersiniaceae fam. nov.، Hafniaceae fam. nov.، Morganellaceae fam. nov.، و Budviciaceae fam. nov". المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 66 (12): 5575-5599. doi : 10.1099/ijsem.0.001485 . PMID 27620848.
- ^ كوركيري، ليز (12 فبراير 2020). "البكتيريا المعوية | خدمات السلامة". safetyservices.ucdavis.edu . تم الاسترجاع في 2023-11-07 .
- ^ إدواردز، ب.ر.؛ إيوينج، دبليو.إتش. (1972). تحديد البكتيريا المعوية. دار نشر بورجيس. رقم ISBN 978-0-8087-0516-1.
- ^ "قاموس دورلاند الطبي:Enterobacteriaceae". مؤرشف من الأصل في 2009-08-28.
- ^ فيريرا دا سيلفا، ميغيل؛ فاز-موريرا، إيفوني؛ جونزاليس باجويلو، ماريا؛ نونيس، أولغا C .؛ مانايا، سيليا م. (2007). "أنماط مقاومة مضادات الميكروبات في البكتيريا المعوية المعزولة من محطة معالجة مياه الصرف الصحي في المناطق الحضرية". علم البيئة الميكروبيولوجي FEMS . 60 (1). مطبعة جامعة أكسفورد (OUP): 166-176. بيب كود :2007FEMME..60..166F. دوى : 10.1111/j.1574-6941.2006.00268.x . ISSN 0168-6496. بميد 17250754.
- ^ كليبيرجر، أ. براتز، ر.؛ بوسي، م. (1980). "Zur Taxonomie und Okologie der Enterobakterien in Milk" [تصنيف وبيئة البكتيريا المعوية في الحليب.]. Milchwissenschaft (في المانيا). 35 (8): 457-460.
- ^ وانغ ، زيينج. هو، هويفنغ. تشو، تونغبو؛ تشنغ، جينشوي؛ غانزل، مايكل ج.؛ سيمبسون ، ديفيد ج. (31 أغسطس 2021). رودريغيز-فيردوغو، أليخاندرا (محرر). “البيئة ووظيفة الموضع القابل للانتقال لتحمل الإجهاد في الإشريكية القولونية والبكتيريا المعوية المرتبطة بالنباتات”. أنظمة م . 6 (4). الجمعية الأمريكية لعلم الأحياء الدقيقة: e0037821. دوى :10.1128/msystems.00378-21. ISSN 2379-5077. بمك 8407380 . بميد 34402641.
- ^ برينر، دون جيه؛ كريج، نويل ر؛ ستالي، جيمس ت؛ جاريتي، جورج م؛ بون، ديفيد ر؛ دي فوس، بول؛ جودفيلو، مايكل؛ ريني، فريد أ؛ شليفر، كارل هاينز، محررون (2005). دليل برجي® لعلم البكتيريا المنهجي. doi :10.1007/0-387-28022-7. ISBN 978-0-387-24144-9.
- ^ أوكتافيا، صوفي؛ لان، روتينج (2014)، "عائلة البكتيريا المعوية"، بدائيات النوى ، برلين، هايدلبرغ: سبرينغر برلين هايدلبرغ، ص. 225-286، doi :10.1007/978-3-642-38922-1_167، ISBN 978-3-642-38921-4تم الاسترجاع بتاريخ 2021-06-02
- ^ Francino, M. Pilar; Santos, Scott R.; Ochman, Howard (2006), "Phylogenetic Relationships of Bacteria with Special Reference to Endosymbionts and Enteric Species", The Prokaryotes , New York, NY: Springer New York, pp. 41–59, doi :10.1007/0-387-30746-x_2, ISBN 978-0-387-25496-8تم الاسترجاع بتاريخ 2021-06-02
- ^ النجار، سيما؛ جوبتا، رادي س. (أكتوبر 2017). "علم النشوء والتطور والدراسات الجينومية المقارنة تحدد ستة فروع رئيسية داخل عائلة Enterobacteriaceae وتدعم إعادة تصنيف العديد من الأعضاء متعددي السلالات في العائلة". العدوى والوراثة والتطور . 54 : 108-127. رمز Bibcode : 2017InfGE..54..108A. doi : 10.1016/j.meegid.2017.06.024. ISSN 1567-7257. PMID 28658607.
- ^ MacFaddin, Jean F. Biochemical Tests for Identification of Medical Bacteria. Williams & Wilkins, 1980, p 441.
- ^ "Klebsiella pneumoniae in Healthcare Settings - HAI". CDC . 17 مايو 2019. تم الاسترجاع في 6 أبريل 2022.
على نحو متزايد، طورت بكتيريا كليبسيلا
مقاومة للمضادات الحيوية
، مؤخرًا لفئة المضادات الحيوية المعروفة باسم الكاربابينيمات.
- ^ غيث، دعاء م.؛ محمد، زينات ك.؛ فرحات، محمد ج.؛ أبو القاسم شاهين، ولاء؛ محمد، هديل ع. (مارس 2019). "استعمار ميكروبات الأمعاء بالبكتيريا المعوية المنتجة للكاربابينيماز في وحدات العناية المركزة للأطفال في القاهرة، مصر". المجلة العربية لأمراض الجهاز الهضمي . 20 (1): 19-22. doi :10.1016/j.ajg.2019.01.002. PMID 30733176. S2CID 73444389.
روابط خارجية
الوسائط المتعلقة بـ Enterobacteriaceae في ويكيميديا كومنز- جينومات Enterobacteriaceae والمعلومات ذات الصلة في PATRIC، وهو مركز موارد المعلوماتية الحيوية ممول من قبل المعهد الوطني للحساسية والأمراض المعدية
- تقييم برنامج تعريف جديد معزز بالحاسوب للكائنات الحية الدقيقة: تكييف BioBASE لتحديد أعضاء عائلة Enterobacteriaceae [1]
- براون، إيه إي (2009). تطبيقات بنسون الميكروبيولوجية: دليل المختبر في علم الأحياء الدقيقة العام. نيويورك: ماكجرو هيل.
