إكسون

الإكسون هو أي جزء من الجين يُشكّل جزءًا من الحمض النووي الريبوزي الناضج النهائي الناتج عن ذلك الجين بعد إزالة الإنترونات بواسطة عملية التضفير . يشير مصطلح الإكسون إلى كلٍّ من تسلسل الحمض النووي داخل الجين والتسلسل المقابل له في نسخ الحمض النووي الريبوزي. في عملية التضفير، تُزال الإنترونات وتُربط الإكسونات معًا بروابط تساهمية لتكوين الحمض النووي الريبوزي الناضج . وكما تُشكّل مجموعة الجينات الكاملة لنوعٍ ما الجينوم ، تُشكّل مجموعة الإكسونات الكاملة الإكسوم .
تاريخ
مصطلح الإكسون هو اختصار لعبارة المنطقة المعبر عنها وقد صاغه عالم الكيمياء الحيوية الأمريكي والتر جيلبرت في عام 1978: [ 1 ]
يجب استبدال مفهوم السيسترون ... بمفهوم وحدة النسخ التي تحتوي على مناطق ستفقد من الرسول الناضج - والتي أقترح أن نسميها إنترونات (للمناطق داخل الجين) - بالتناوب مع المناطق التي سيتم التعبير عنها - إكسونات.
وُضع هذا التعريف في الأصل للنسخ المشفرة للبروتينات التي تخضع لعملية الربط قبل الترجمة. لاحقًا، شمل المصطلح التسلسلات المُزالة من الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي [ 2 ] والحمض النووي الريبوزي الناقل [ 3 ] ، وأنواع أخرى من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر [ 4 ]. كما استُخدم لاحقًا لوصف جزيئات الحمض النووي الريبوزي المُشتقة من أجزاء مختلفة من الجينوم والتي يتم ربطها لاحقًا عن طريق الربط العابر [ 5 ] .
المساهمة في الجينومات وتوزيع الحجم
على الرغم من أن حقيقيات النوى وحيدة الخلية، مثل الخميرة، إما لا تحتوي على إنترونات أو تحتوي على عدد قليل جدًا منها، فإن جينومات الحيوانات متعددة الخلايا، وخاصة الفقاريات، تحتوي على نسبة كبيرة من الحمض النووي غير المشفر . فعلى سبيل المثال، في الجينوم البشري، لا تتجاوز نسبة الإكسونات 1.1%، بينما تبلغ نسبة الإنترونات 24%، ويشكل الحمض النووي بين الجينات 75% من الجينوم . [ 6 ] وهذا يوفر ميزة عملية في الرعاية الصحية المدعومة بتقنيات علم الجينوم (مثل الطب الدقيق )، لأنه يجعل تسلسل الإكسوم الكامل التجاري أقل تكلفة وأسهل من تسلسل الجينوم الكامل التجاري . وقد شكل التباين الكبير في حجم الجينوم وقيمة C بين أشكال الحياة تحديًا مثيرًا للاهتمام يُعرف باسم لغز قيمة C.
في جميع جينات حقيقيات النوى في بنك الجينات (GenBank)، كان هناك (في عام 2002) ما معدله 5.48 إكسون لكل جين مُشفِّر للبروتين. ويُشفِّر الإكسون الواحد في المتوسط 30-36 حمضًا أمينيًا . [ 7 ] بينما يبلغ طول أطول إكسون في الجينوم البشري 11555 زوجًا قاعديًا ، فقد وُجد أن العديد من الإكسونات لا يتجاوز طولها زوجين قاعديين. [ 8 ] كما تم الإبلاغ عن إكسون أحادي النوكليوتيد في جينوم نبات الرشاد (Arabidopsis) . [ 9 ] وفي البشر، كما هو الحال في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) المُشفِّر للبروتين ، يحتوي معظم الحمض النووي الريبوزي غير المُشفِّر أيضًا على إكسونات متعددة. [ 10 ]
البنية والوظيفة

في الجينات المشفرة للبروتينات، تشمل الإكسونات كلاً من تسلسل ترميز البروتين والمناطق غير المترجمة 5′ و3′ . غالبًا ما يشمل الإكسون الأول كلاً من المنطقة غير المترجمة 5′ والجزء الأول من تسلسل الترميز، ولكن توجد إكسونات تحتوي فقط على مناطق من المنطقة غير المترجمة 5′ أو (نادرًا) المنطقة غير المترجمة 3′ في بعض الجينات، أي أن المناطق غير المترجمة قد تحتوي على إنترونات. [ 11 ] تحتوي بعض نسخ الحمض النووي الريبوزي غير المشفر أيضًا على إكسونات وإنترونات.
لا يشترط أن تحتوي جزيئات mRNA الناضجة التي تنشأ من نفس الجين على نفس الإكسونات، حيث يمكن إزالة الإنترونات المختلفة في جزيئات mRNA الأولية من خلال عملية التضفير البديل .
الإكسونية هي إنشاء إكسون جديد، نتيجة للطفرات في الإنترونات . [ 12 ]
الأساليب التجريبية باستخدام الإكسونات
تقنية اصطياد الإكسونات ، أو " اصطياد الجينات "، هي تقنية في البيولوجيا الجزيئية تستغل وجود وصل الإكسونات والإنترونات لاكتشاف جينات جديدة. [ 13 ] يندمج الإكسون الأول من الجين "المصطاد" مع الإكسون الموجود في الحمض النووي المُدخَل . يحتوي هذا الإكسون الجديد على إطار القراءة المفتوح لجين مُخبِر ، والذي يمكن الآن التعبير عنه باستخدام المُحسِّنات التي تتحكم في الجين المستهدف. يعرف العالم أنه قد تم اصطياد جين جديد عندما يتم التعبير عن الجين المُخبِر.
يمكن تعديل عملية التضفير تجريبيًا بحيث تُستبعد الإكسونات المستهدفة من نسخ mRNA الناضجة عن طريق منع وصول جزيئات البروتين النووي الريبوزي الصغيرة الموجهة للتضفير (snRNPs) إلى ما قبل mRNA باستخدام قليل النوكليوتيدات المضادة للجينات من نوع مورفولينو . [ 14 ] وقد أصبحت هذه تقنية قياسية في علم الأحياء النمائي . كما يمكن استهداف قليل النوكليوتيدات من نوع مورفولينو لمنع الجزيئات التي تنظم التضفير (مثل مُحسِّنات التضفير، ومثبطات التضفير) من الارتباط بما قبل mRNA، مما يُغير أنماط التضفير.
سوء استخدام شائع للمصطلح
من الاستخدامات الخاطئة الشائعة لمصطلح الإكسون : "الإكسونات تُشفّر البروتين"، أو "الإكسونات تُشفّر الأحماض الأمينية"، أو "الإكسونات تُترجم" [ 15 ] . مع ذلك، لا تشمل هذه التعريفات سوى الجينات المُشفّرة للبروتين ، وتُغفل الإكسونات التي تُصبح جزءًا من الحمض النووي الريبوزي غير المُشفّر [ 16 ] أو المنطقة غير المترجمة من الحمض النووي الريبوزي الرسول [ 17 ] [ 18 ] . ولا تزال هذه التعريفات الخاطئة موجودة في المصادر الثانوية الموثوقة عمومًا [ 19 ] [ 20 ] .
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ جيلبرت دبليو (فبراير 1978). "لماذا الجينات مجزأة؟" . مجلة نيتشر . 271 (5645): 501. Bibcode : 1978Natur.271..501G . doi : 10.1038/271501a0 . PMID 622185 .
- ↑ كيستر كيه بي، إيكرت دبليو إيه (مارس 1987). "توصيف وسيط أصيل في عملية التضفير الذاتي للحمض النووي الريبوزي الأولي في النوى الكبيرة لـ Tetrahymena thermophila" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 15 (5): 1905-20 . doi : 10.1093/nar/15.5.1905 . PMC 340607. PMID 3645543 .
- ↑ فالينزويلا، ب.، فينيغاس، أ.، واينبرغ، ف.، بيشوب، ر.، راتر، و. ج. (يناير 1978). "بنية جينات فينيل ألانين-tRNA في الخميرة: قطعة DNA وسيطة ضمن المنطقة المشفرة لـ tRNA" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 75 (1): 190-194 . Bibcode : 1978PNAS...75..190V . doi : 10.1073 / pnas.75.1.190 . PMC 411211. PMID 343104 .
- ↑ خان، إم آر؛ ويلينجر، آر جيه؛ لوران، بي (أغسطس 2021). "استكشاف التضفير البديل للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر". اتجاهات في علم الوراثة . 37 (8): 695-698 . doi : 10.1016/j.tig.2021.03.010 . PMID 33892960. S2CID 233382870 .
- ↑ ليو أي واي، فان دير بلوغ إل إتش، ريسويك إف إيه، بورست بي (يونيو 1983). "وحدة نقل جين البروتين السكري السطحي المتغير 118 في طفيل التريبانوسوما البروسية. وجود عناصر متكررة على حدودها وغياب التسلسلات المرتبطة بالمحفز". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 167 (1): 57-75 . doi : 10.1016/S0022-2836(83)80034-5 . PMID 6306255 .
- ↑ فينتر وآخرون (2000). "تسلسل الجينوم البشري" . مجلة ساينس . 291 (5507): 1304-1351 . رمز Bibcode : 2001Sci...291.1304V . doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995 .
- ↑ ساخاركار م، باسيتي ف، دي سوزا ج.إ، لونغ م، دي سوزا س.ج (2002). "ExInt: قاعدة بيانات الإكسونات والإنترونات" . أبحاث الأحماض النووية . 30 (1): 191-194 . doi : 10.1093/nar/30.1.191 . PMC 99089. PMID 11752290 .
- ↑ ساخاركار إم كيه؛ تشاو في تي؛ كانغوين بي. (2004). "توزيع الإكسونات والإنترونات في الجينوم البشري". في علم الأحياء الحاسوبي . 4 (4): 387-393 . doi : 10.3233/ISB-00142 . PMID 15217358 .
- ↑ غو لي، ليو تشون مينغ (2015). " اكتشاف إكسون أحادي النوكليوتيد في نبات الأرابيدوبسيس" . التقارير العلمية . 5 18087. Bibcode : 2015NatSR...518087G . doi : 10.1038/srep18087 . PMC 4674806. PMID 26657562 .
- ^ ديرين، تي. جونسون، ر. بوسوتي، جي؛ تنزر، أ؛ جبالي، س؛ تيلجنر، ح؛ غيرنيك، ج؛ مارتن، د؛ ميركل، أ؛ نولز، المدير العام؛ لاجارد ، ج. فيرافالي، إل؛ روان، إكس؛ روان ، ص. لاسمان ، تي ؛ كارنينسي، ف؛ براون، جي بي؛ ليبوفيتش ، إل. جونزاليس، JM. توماس، م. ديفيس، كاليفورنيا؛ شيخ خطار، ر؛ جينجيراس، TR؛ هوبارد، تي جيه؛ نوتردام، سي؛ هارو ، ج. غيغو، آر (سبتمبر 2012). "كتالوج GENCODE v7 للـ RNA البشرية الطويلة غير المشفرة: تحليل بنية الجينات وتطورها وتعبيرها" . أبحاث الجينوم . 22 (9): 1775– 89. doi : 10.1101/gr.132159.111 . PMC 3431493 . PMID 22955988 .
- ↑ بيكنيل، أ.أ. (ديسمبر 2012). "الإنترونات في المناطق غير المترجمة: لماذا يجب أن نتوقف عن تجاهلها" . مقالات بيولوجية . 34 (12): 1025-1034 . doi : 10.1002/bies.201200073 . PMID 23108796. S2CID 5808466 .
- ↑ سوريك ر (أكتوبر 2007). "نشأة الإكسونات الجديدة: الآليات والنتائج التطورية" . الحمض النووي الريبوزي . 13 (10): 1603-1608 . doi : 10.1261/rna.682507 . PMC 1986822. PMID 17709368 .
- ↑ دويك، جي. إم؛ كيم، إس. دبليو؛ مايرز، آر. إم؛ كوكس، دي. آر (1990). "اصطياد الإكسونات: فحص جيني لتحديد التسلسلات المنسوخة المرشحة في الحمض النووي الجينومي المستنسخ للثدييات" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 87 (22): 8995-8999 . Bibcode : 1990PNAS...87.8995D . doi : 10.1073/pnas.87.22.8995 . PMC 55087. PMID 2247475 .
- ↑ موركوس، ب. أ. (يونيو 2007). "تحقيق تغيير مُستهدف وقابل للقياس في عملية ربط الحمض النووي الريبوزي الرسول باستخدام قليل النوكليوتيدات المورفولينية". مجلة الاتصالات البحثية في الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية . 358 (2): 521-527 . رمز Bibcode : 2007BBRC..358..521M . doi : 10.1016/j.bbrc.2007.04.172 . PMID 17493584 .
- ↑ أسبدن، جولي ل.؛ والاس، إدوارد دبليو جيه؛ ويفين، نيكولا (12 أبريل 2023). "ليست كل الإكسونات مشفرة للبروتين: معالجة مفهوم خاطئ شائع" . علم جينوم الخلية . 3 (4). doi : 10.1016/j.xgen.2023.100296 . ISSN 2666-979X . PMC 10112331. PMID 37082142 .
- ↑ خان، إم آر؛ ويلينجر، آر جيه؛ لوران، بي (أغسطس 2021). "استكشاف التضفير البديل للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر". اتجاهات في علم الوراثة . 37 (8): 695-698 . doi : 10.1016/j.tig.2021.03.010 . PMID 33892960. S2CID 233382870 .
- ↑ لو، ج؛ ويليامز، ج.أ؛ لوك، ج؛ تشانغ، ف؛ تشو، ك؛ كاي، م.أ (يناير 2017). "إنترون مُهندس يحتوي على إكسون غير مُشفّر في الطرف 5' يُعزز التعبير الجيني من نواقل الفيروسات الغدية المرتبطة المُعاد تركيبها في الجسم الحي" . العلاج الجيني البشري . 28 (1): 125-134 . doi : 10.1089/hum.2016.140 . PMC 5278795. PMID 27903072 .
- ↑ تشونغ، بي واي؛ سيمونز، سي؛ فيرث، إيه إي؛ براون، سي إم؛ هيلينز، آر بي (19 مايو 2006). " تأثير إنترونات منطقة 5'UTR على التعبير الجيني في نبات رشاد أذن الفأر" . بي إم سي جينوميكس . 7 120. doi : 10.1186/1471-2164-7-120 . PMC 1482700. PMID 16712733 .
- ↑ "إكسون" . Genome.gov . مؤرشف من الأصل بتاريخ 16-03-2023 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 23-03-2023 .
- ↑ "إكسون" . www.nature.com . Scitable. مؤرشف من الأصل بتاريخ 23-03-2023 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 23-03-2023 .
فهرس
- تشانغ إم كيو (مايو 1998). "الخصائص الإحصائية للإكسونات البشرية والمناطق المحيطة بها" . علم الوراثة الجزيئية البشرية . 7 (5): 919-932 . doi : 10.1093/hmg/7.5.919 . PMID 9536098 .
- ثاناراج تي إيه، روبنسون إيه جيه (نوفمبر 2000). "التنبؤ بالحدود الدقيقة للإكسونات" . موجز المعلوماتية الحيوية 1 ( 4): 343-356 . doi : 10.1093/bib/1.4.343 . PMID 11465052 .
روابط خارجية
- الحمض النووي
- الجسيم الرابط
- عملية تضفير الحمض النووي الريبوزي
