تسلسل

في الرياضيات ، المتتالية الجزئية لمتتالية معينة هي متتالية يمكن اشتقاقها من المتتالية المعطاة بحذف بعض العناصر أو عدم حذف أي منها دون تغيير ترتيب العناصر المتبقية. على سبيل المثال، المتتاليةأ،ب،د{\displaystyle \langle A,B,D\rangle }هو تسلسل فرعي منأ،ب،ج،د،هـ،F{\displaystyle \langle A,B,C,D,E,F\rangle }تم الحصول عليها بعد إزالة العناصرج،{\displaystyle C,}هـ،{\displaystyle E,}وF.{\displaystyle F.}إن العلاقة بين تسلسل ما وتسلسل فرعي لتسلسل آخر هي ترتيب جزئي .

يمكن أن تحتوي المتتاليات الفرعية على عناصر متتالية لم تكن متتالية في المتتالية الأصلية. المتتالية الفرعية التي تتكون من سلسلة متتالية من العناصر من المتتالية الأصلية، مثلب،ج،د،{\displaystyle \langle B,C,D\rangle ,}منأ،ب،ج،د،هـ،F،{\displaystyle \langle A,B,C,D,E,F\rangle ,}هي سلسلة فرعية . السلسلة الفرعية هي تحسين للسلسلة الفرعية.

ستكون قائمة جميع التسلسلات الفرعية للكلمة " apple " هي " a " و " ap " و " al " و " ae " و " app " و " apl " و " ape " و " ale " و " appl " و " appe " و " aple " و " apple " و " p " و " pp " و " pl " و " pe " و " ppl " و " ppe " و " ple " و " pple " و " l " و " le " و " e " و "" ( سلسلة فارغة ).

تسلسل فرعي مشترك

بفرض وجود متتابعتينX{\displaystyle X}وY،{\displaystyle Y,}تسلسلZ{\displaystyle Z}ويُقال إنها سلسلة فرعية شائعة منX{\displaystyle X}وY،{\displaystyle Y,}لوZ{\displaystyle Z}هو تسلسل فرعي لكليهماX{\displaystyle X}وY.{\displaystyle Y.} على سبيل المثال، إذا X=أ،ج،ب،د،هـ،جي،ج،هـ،د،ب،جي و{\displaystyle X=\langle A,C,B,D,E,G,C,E,D,B,G\rangle \qquad {\text{ and}}}Y=ب،هـ،جي،ج،ج،F،هـ،ك،ب و{\displaystyle Y=\langle B,E,G,J,C,F,E,K,B\rangle \qquad {\text{ and}}}Z=ب،هـ،هـ.{\displaystyle Z=\langle B,E,E\rangle .} ثمZ{\displaystyle Z}ويُقال إنها سلسلة فرعية شائعة منX{\displaystyle X}وY.{\displaystyle Y.}

لن تكون هذه أطول سلسلة فرعية مشتركة ، لأنZ{\displaystyle Z}طولها 3 فقط، والتسلسل الفرعي المشتركب،هـ،هـ،ب{\displaystyle \langle B,E,E,B\rangle }يبلغ طولها  4. أطول سلسلة فرعية مشتركة منX{\displaystyle X}وY{\displaystyle Y}يكونب،هـ،جي،ج،هـ،ب.{\displaystyle \langle B,E,G,C,E,B\rangle .}

التطبيقات

تُستخدم التسلسلات الفرعية في علوم الحاسوب ، [ 1 ] وخاصة في مجال المعلوماتية الحيوية ، حيث تُستخدم أجهزة الكمبيوتر لمقارنة وتحليل وتخزين تسلسلات الحمض النووي DNA و RNA والبروتين .

لنأخذ سلسلتين من الحمض النووي تحتويان على 37 عنصرًا، على سبيل المثال:

التسلسل 1 = ACGGTGTCGTGCTATGCTGATGCTGACTTATATGCTA
التسلسل 2 = CGTTCGGCTATCGTACGTTCTATTCTATGATTTCTAA

أطول سلسلة فرعية مشتركة بين السلسلتين 1 و 2 هي:

LCS (SEQ 1 ,SEQ 2 ) = CGTTCGGCTATGCTTCTACTTATTCTA

ويمكن توضيح ذلك من خلال تسليط الضوء على العناصر الـ 27 لأطول تسلسل فرعي مشترك في التسلسلات الأولية:

التسلسل 1 = A CG G T G TCG T GCTATGCT GA T G CT G ACTTAT A T G CTA
SEQ 2 = CGTTCGGCTAT C G TA C G TTCTA TT CT A T G ATT T CTA A

هناك طريقة أخرى لإظهار ذلك وهي محاذاة التسلسلين، أي وضع عناصر التسلسل الفرعي المشترك الأطول في نفس العمود (المشار إليه بالشريط الرأسي) وإدخال حرف خاص (هنا، شرطة) لحشو التسلسلات الفرعية الفارغة الناتجة:

التسلسل 1 = ACGGTGTCGTGCTAT-G--C-TGATGCTGA--CT-T-ATATG-CTA-
        |  ||  |||  |||||  | | | | | || | || | |||​              
التسلسل 2 = -C-GT-TCG-GCTATCGTACGT--T-CT-ATTCTATGAT-T-TCTAA

تُستخدم التسلسلات الفرعية لتحديد مدى تشابه سلسلتي الحمض النووي، باستخدام قواعد الحمض النووي: الأدينين ، والجوانين ، والسيتوزين ، والثايمين .

النظريات

انظر أيضاً

ملحوظات

  1. في علوم الحاسوب، يُستخدم مصطلح " سلسلة نصية" غالبًا كمرادف لمصطلح "متتالية "، لكن "سلسلة فرعية" و "متتالية فرعية " ليسا مترادفين. السلاسل الفرعية هي أجزاء متتالية من سلسلة نصية، بينما المتتاليات الفرعية ليست بالضرورة كذلك. هذا يعني أن السلسلة الفرعية من سلسلة نصية هي دائمًا متتالية فرعية من تلك السلسلة، لكن المتتالية الفرعية من سلسلة نصية ليست دائمًا سلسلة فرعية من تلك السلسلة، انظر: غوسفيلد، دان (1999) [1997]. خوارزميات على السلاسل والأشجار والمتتاليات: علوم الحاسوب وعلم الأحياء الحاسوبي . الولايات المتحدة الأمريكية: مطبعة جامعة كامبريدج. ص 4. ISBN  0-521-58519-8.

تتضمن هذه المقالة مواد من subsequence على PlanetMath ، وهي مرخصة بموجب رخصة Creative Commons Attribution/Share-Alike .