ترميز الحمض النووي للطحالب

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 3 صور
الموسوعة الحرة

يُستخدم الترميز الجيني للحمض النووي للطحالب بشكل شائع لتحديد الأنواع ودراسات التطور السلالي .تشكل الطحالب مجموعة غير متجانسة من الناحية التطورية ، مما يعني أن تطبيق ترميز/ علامة عالمية واحدة لتحديد الأنواع غير عملي، وبالتالي يتم استخدام علامات/رموز مختلفة لهذا الغرض في مجموعات الطحالب المختلفة.

الدياتومات

يُعدّ ترميز الحمض النووي للدياتومات طريقةً لتحديد تصنيفها، حتى على مستوى النوع . وتُجرى هذه العملية باستخدام الحمض النووي (DNA) أو الحمض النووي الريبي (RNA) ، يليه تضخيم وتسلسل مناطق محددة ومحفوظة في جينوم الدياتوم، ثم تحديد تصنيفها.

يُعدّ جمع عينات الدياتومات من أنواع متعددة في كثير من الأحيان أحد التحديات الرئيسية في تحديدها. وتُعرف عملية تحديد الأنواع الفردية من عينة مختلطة من الحمض النووي البيئي (eDNA)، وهو الحمض النووي المستخلص مباشرة من البيئة، مثل عينات التربة أو المياه، باسم "الترميز الفائق للحمض النووي".

ترميز الحمض النووي للدياتومات

تُعدّ تقنية الترميز الجيني للحمض النووي للدياتومات إحدى الطرق المُطبقة حديثًا ، وتُستخدم لتقييم الجودة البيئية للأنهار والجداول نظرًا لاستجابة الدياتومات النوعية لظروف بيئية مُحددة. ولأن تحديد الأنواع من خلال المظهر الخارجي صعب نسبيًا ويتطلب الكثير من الوقت والخبرة، [ 1 ] [ 2 ] فإن تقنية الترميز الجيني للحمض النووي عالية الإنتاجية (HTS) تُتيح التصنيف التكسونومي، وبالتالي تحديد هوية العينة الكاملة، وذلك بالاعتماد على البادئات النوعية المُختارة لتضخيم الحمض النووي سابقًا .

حتى الآن، تم تطوير العديد من المؤشرات الجينية، والتي تستهدف بشكل رئيسي الحمض النووي الريبوزي 18S . [ 3 ] وباستخدام المنطقة شديدة التغير V4 من الحمض النووي للوحدة الفرعية الصغيرة للريبوسوم (SSU rDNA)، وُجد أن التحديد القائم على الحمض النووي أكثر كفاءة من النهج التقليدي القائم على المورفولوجيا. [ 4 ] ومن المناطق المحفوظة الأخرى في الجينومات، والتي تُستخدم بشكل متكرر كجينات مؤشرة، إنزيم ريبولوز-1،5-ثنائي فوسفات كربوكسيلاز (rbcL)، وسيتوكروم أوكسيداز I (cox1، COI)، [ 5 ] و ITS [ 6 ] و 28S. [ 7 ] وقد ثبت مرارًا وتكرارًا أن البيانات الجزيئية التي يتم الحصول عليها من خلال الترميز الجيني البيئي للدياتومات تعكس بدقة مؤشرات الدياتومات الحيوية القائمة على المورفولوجيا، وبالتالي توفر تقييمًا مشابهًا لحالة النظام البيئي. [ 8 ] [ 9 ] وفي الوقت نفسه، تُستخدم الدياتومات بشكل روتيني لتقييم الجودة البيئية في النظم البيئية الأخرى للمياه العذبة. [ 7 ] تُعتبر الدياتومات، إلى جانب اللافقاريات المائية، من أفضل المؤشرات على الاضطرابات المتعلقة بالظروف الفيزيائية أو الكيميائية أو البيولوجية للمجاري المائية. وتستخدم العديد من الدراسات الدياتومات القاعية في الرصد البيولوجي. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] ولعدم وجود تسلسل جيني مثالي للدياتومات، فقد اقتُرح استخدام علامات مختلفة لأغراض مختلفة. في الواقع، اعتُبرت جينات cox1 وITS و28S شديدة التباين أكثر ملاءمة للدراسات التصنيفية، بينما تبدو جينات 18S وrbcL الأكثر حفظًا أكثر ملاءمة للرصد البيولوجي.

المزايا

يعد تطبيق مفهوم الترميز الجيني للحمض النووي على الدياتومات واعداً للغاية لحل مشكلة تحديد الأنواع غير الدقيق، وبالتالي تسهيل تحليلات التنوع البيولوجي للعينات البيئية. [ 14 ]

تؤدي الطرق الجزيئية القائمة على تقنية التسلسل الجيني عالي الإنتاجية (NGS) في أغلب الأحيان إلى تحديد عدد أكبر من التصنيفات التي يمكن التحقق من وجودها لاحقًا باستخدام المجهر الضوئي. [ 4 ] تُقدم نتائج هذه الدراسة دليلًا على أن ترميز الحمض النووي البيئي (eDNA) للدياتومات مناسب لتقييم جودة المياه، ويمكن أن يُكمّل أو يُحسّن الطرق التقليدية. كما أظهر ستوك وآخرون [ 15 ] أن ترميز الحمض النووي البيئي (eDNA) يُوفر فهمًا أعمق لتنوع الدياتومات أو مجتمعات الطلائعيات الأخرى، وبالتالي يُمكن استخدامه في التنبؤ البيئي للتنوع العالمي. وقد أظهرت دراسات أخرى نتائج مختلفة. فعلى سبيل المثال، كانت قوائم الجرد المُستخلصة من الطريقة الجزيئية أقرب إلى تلك المُستخلصة من الطريقة المورفولوجية عند التركيز على الأنواع الوفيرة. [ 5 ]

يمكن لتقنية الترميز الجيني للحمض النووي أن تزيد من دقة التصنيف وقابلية المقارنة بين المناطق الجغرافية، وهو أمر يصعب تحقيقه غالبًا بالاعتماد على الصفات المورفولوجية فقط. علاوة على ذلك، يسمح التحديد القائم على الحمض النووي بتوسيع نطاق المؤشرات الحيوية المحتملة، بما في ذلك المجموعات التصنيفية غير الواضحة التي قد تكون شديدة الحساسية أو شديدة التحمل لعوامل ضغط معينة. وبشكل غير مباشر، يمكن للأساليب الجزيئية أن تساعد أيضًا في سد الثغرات المعرفية في علم بيئة الأنواع، من خلال زيادة عدد العينات المُعالجة مع تقليل وقت المعالجة (فعالية التكلفة)، بالإضافة إلى زيادة دقة ووضوح الارتباط بين وجود الأنواع/وحدات التصنيف الجزيئية والعوامل البيئية. [ 16 ]

التحديات

لا يوجد حاليًا إجماع بشأن طرق حفظ الحمض النووي وعزله، أو اختيار الباركودات الجينية وبادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، ولا اتفاق بشأن معايير تجميع وحدات التصنيف الجزيئي (MOTU) وتصنيفها. [ 16 ] يجب توحيد خطوات أخذ العينات والخطوات الجزيئية من خلال دراسات التطوير. [ 5 ] يُعدّ توفر الباركودات المرجعية لأنواع الدياتومات أحد أهم المعوقات. فقاعدة البيانات المرجعية للمؤشرات الحيوية لا تزال غير مكتملة، فعلى الرغم من الجهود المتواصلة للعديد من مبادرات الترميز الجيني الوطنية، لا تزال معلومات الباركود عن العديد من الأنواع غير متوفرة. علاوة على ذلك، فإن معظم بيانات الترميز الجيني الشاملة المتوفرة حاليًا متاحة محليًا ومتفرقة جغرافيًا، مما يعيق تطوير أدوات مفيدة عالميًا. [ 16 ] وقدّر فيسكو وآخرون [ 17 ] أن ما لا يزيد عن 30% من أنواع الدياتومات الأوروبية ممثلة حاليًا في قواعد البيانات المرجعية. فعلى سبيل المثال، هناك نقص كبير في عدد من الأنواع من مجتمعات فنلندا والدول الاسكندنافية (وخاصة الدياتومات المحبة للأحماض، مثل Eunotia incisa ). وقد تبين أيضاً أن التحديد التصنيفي باستخدام الترميز الشريطي للحمض النووي ليس دقيقاً فوق مستوى الأنواع، وذلك للتمييز بين الأصناف على سبيل المثال (المرجع مفقود).

من القيود المعروفة الأخرى لاستخدام الترميز الشريطي في تحديد التصنيف، طريقة التجميع المستخدمة قبل التعيين التصنيفي: إذ غالبًا ما تؤدي إلى فقدان كبير للمعلومات الجينية، والطريقة الوحيدة الموثوقة لتقييم آثار عمليات التجميع والتعيين التصنيفي المختلفة هي مقارنة قائمة الأنواع الناتجة عن مسارات معالجة مختلفة باستخدام قاعدة بيانات مرجعية واحدة. لم يُجرَ هذا بعد لمجموعة مسارات المعالجة المستخدمة في التقييم الجزيئي لمجتمعات الدياتومات في أوروبا. [ 16 ] كما تُعد قواعد البيانات المُدققة تصنيفيًا، والتي تتضمن عينات مرجعية متاحة، ضرورية لتحديد التصنيفات بدقة عبر تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS). [ 18 ]

بالإضافة إلى ذلك، غالباً ما يُعتبر انحياز البادئات مصدراً رئيسياً للاختلاف في الترميز الشريطي، ويمكن أن تختلف كفاءة بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل بين أنواع الدياتومات، أي أن بعض البادئات تؤدي إلى تضخيم تفضيلي لنوع معين على حساب نوع آخر. [ 16 ]

يُعدّ استنتاج الوفرة من بيانات الترميز الجيني الفائق أحد أصعب التحديات في التطبيقات البيئية. [ 19 ] [ 20 ] لا يرتبط عدد التسلسلات المُولّدة بواسطة تقنية التسلسل عالي الإنتاجية (HTS) ارتباطًا مباشرًا بعدد العينات أو الكتلة الحيوية، إذ قد تُنتج الأنواع المختلفة كميات متفاوتة من القراءات (على سبيل المثال، بسبب اختلاف حجم البلاستيدات الخضراء مع مؤشر rbcL). وقد ابتكر فاسيلون وآخرون [ 21 ] مؤخرًا عامل تصحيح للحجم الحيوي عند استخدام مؤشر rbcL. فعلى سبيل المثال، يتميز طحلب Achnanthidium minutissimum بحجم حيوي صغير، وبالتالي يُنتج عددًا أقل من نسخ جزء rbcL (الموجود في البلاستيدات الخضراء) مقارنةً بالأنواع الأكبر حجمًا. مع ذلك، يتطلب عامل التصحيح هذا معايرة دقيقة لكل نوع على حدة، ولم يُجرَّب حتى الآن إلا على عدد قليل من الأنواع. أما تقلبات عدد نسخ الجينات لمؤشرات أخرى، مثل مؤشر 18S، فلا يبدو أنها خاصة بنوع معين، ولكن لم تُجرَّب بعد.

المناطق المستهدفة للدياتومات

تجمع علامات الترميز الشريطي عادةً بين المناطق شديدة التغير في الجينوم (للسماح بالتمييز بين الأنواع) والمناطق شديدة الحفظ (لضمان خصوصية الكائن الحي المستهدف). وقد صُممت العديد من علامات الحمض النووي، التي تنتمي إلى الجينومات النووية والميتوكوندرية والبلاستيدية الخضراء ( rbcL ، COI ، ITS + 5.8S ، SSU ، 18S ، إلخ)، واستُخدمت بنجاح لتحديد الدياتومات باستخدام تقنية التسلسل عالي الإنتاجية (NGS). [ 22 ] [ 23 ] [ 6 ]

الوحدة الفرعية 18S والوحدة الفرعية V4

استُخدمت منطقة جين 18S على نطاق واسع كعلامة في مجموعات أخرى من الطلائعيات [ 24 ] [ 25 ] ، وكان جان وآخرون [ 26 ] أول من اختبر منطقة جين 18S لترميز الدياتومات. اقترح زيمرمان وآخرون [ 7 ] قطعة بطول 390-410 زوجًا قاعديًا من موقع جين 18S rRNA البالغ طوله 1800 زوجًا قاعديًا كعلامة ترميز لتحليل العينات البيئية باستخدام تقنية التسلسل عالي الإنتاجية (HTS)، وناقشوا استخدامها وقيودها في تحديد الدياتومات. تتضمن هذه القطعة الوحدة الفرعية V4، وهي الأكبر والأكثر تعقيدًا من بين المناطق شديدة التباين داخل موقع 18S [ 27 ] . وأكدوا أن هذه المنطقة شديدة التباين من جين 18S تتمتع بإمكانات كبيرة لدراسة تنوع الطلائعيات على نطاق واسع، ولكن كفاءتها محدودة في تحديد الأنواع دون مستوى النوع أو الأنواع الخفية.

rbcL

يُستخدم جين rbcL في دراسات التصنيف (Trobajo et al. 2009)، ومن مزاياه ندرة التباين داخل الجينوم وسهولة محاذاته ومقارنته. تتضمن مكتبة مرجعية مفتوحة الوصول، تُسمى R-Syst::diatom، بيانات لاثنين من الرموز الشريطية (18S وrbcL). وهي متاحة مجانًا عبر موقع إلكتروني. [ 28 ] كما استخدم Kermmarec et al. [ 5 ] جين rbcL بنجاح في التقييم البيئي للدياتومات. كما يسهل محاذاة ومقارنة علامة rbcL.

درس مونيز وكازمارسكا [ 23 ] نجاح تضخيم مؤشرات SSU وCOI وITS2، ووجدا أن قطعة ITS-2 + 5.8S التي يتراوح طولها بين 300 و400 زوج قاعدي تُحقق أعلى معدل نجاح في التضخيم ودقة جيدة في تحديد الأنواع. استُخدم هذا المؤشر لاحقًا لفصل الأنواع المحددة مورفولوجيًا بنسبة نجاح بلغت 99.5%. على الرغم من هذا النجاح في التضخيم، انتقد زيمرمان وآخرون [ 7 ] استخدام ITS-2 بسبب التباين داخل الأفراد. وقد اقتُرح أن مؤشرات SSU [ 7 ] أو rbcL (مان وآخرون، 2010) أقل تباينًا بين الأفراد، وبالتالي أكثر فائدة في التمييز بين الأنواع.

التطبيقات

أداة جينية للرصد البيولوجي والتقييم البيولوجي

تُستخدم الدياتومات بشكل روتيني كجزء من مجموعة أدوات الرصد البيولوجي التي يجب رصدها بموجب التوجيه الإطاري الأوروبي للمياه. [ 29 ] تُستخدم الدياتومات كمؤشر على صحة النظام البيئي في المياه العذبة نظرًا لانتشارها الواسع، وتأثرها المباشر بالتغيرات في المعايير الفيزيائية والكيميائية، وإظهارها علاقة أفضل بالمتغيرات البيئية مقارنةً بأنواع أخرى، مثل اللافقاريات، مما يُعطي صورة أشمل لجودة المياه. [ 30 ]

الترميز الفائق للحمض النووي البيئي في التقييم البيولوجي للنظم البيئية المائية

على مدى السنوات الأخيرة، قام الباحثون بتطوير وتوحيد أدوات الترميز الجيني الفائق وتسلسل الحمض النووي للدياتومات، وذلك لاستكمال التقييم التقليدي باستخدام المجهر، مما فتح آفاقًا جديدة للرصد البيولوجي للأنظمة المائية. [ 31 ]  وقد أظهر استخدام الدياتومات القاعية من خلال تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي في الرصد البيولوجي للأنهار إمكانات واعدة. [ 5 ] وأظهرت العديد من الدراسات إمكانية استخدام الترميز الجيني الفائق والتسلسل عالي الإنتاجية (HTS) لتقدير حالة الجودة والتنوع في المياه العذبة. وكجزء من وكالة البيئة، طور كيلي وآخرون [ 32 ] نهجًا للترميز الجيني الفائق قائمًا على الحمض النووي لتقييم مجتمعات الدياتومات في أنهار المملكة المتحدة. وقارن فاسيلون وآخرون [ 33 ] بين النهج المورفولوجي ونهج التسلسل عالي الإنتاجية للدياتومات، ووجدوا أن التسلسل عالي الإنتاجية يقدم مؤشرًا موثوقًا لحالة الجودة لمعظم الأنهار من حيث مؤشر الحساسية للتلوث المحدد (SPI). [ 34 ] كما طبقت تقنية الترميز الفائق للحمض النووي لمجتمعات الدياتومات على شبكة مراقبة الأنهار في جزيرة مايوت الاستوائية (DOM-TOM الفرنسية).

قام ريميت وآخرون [ 35 ] أيضًا باستكشاف إمكانية استخدام HTS لتقييم تنوع الدياتومات وأظهروا أن مؤشرات التنوع من كل من HTS والتحليل المجهري كانت مرتبطة بشكل جيد على الرغم من أنها ليست مثالية.

يمكن استخدام الترميز الشريطي للحمض النووي والترميز الشريطي الفائق لتحديد المقاييس والمؤشرات الجزيئية، والتي من المحتمل أن تقدم استنتاجات مشابهة إلى حد كبير لتلك التي توصلت إليها الأساليب التقليدية حول الحالة البيئية والإيكولوجية للنظم الإيكولوجية المائية. [ 36 ]

الطب الشرعي

تُستخدم الدياتومات كأداة تشخيصية للغرق في الطب الشرعي. يعتمد اختبار الدياتومات على مبدأ استنشاقها من الماء إلى الرئتين، ثم توزيعها وترسبها في أنحاء الجسم. يمكن استخدام تقنيات الحمض النووي (DNA) لتأكيد ما إذا كان سبب الوفاة هو الغرق بالفعل، وتحديد مصدر الغرق. [ 37 ] يوفر تحليل الحمض النووي للدياتومات (DNA metabarcoding) فرصة لتحليل مجتمع الدياتومات الموجود داخل الجثة بسرعة، وتحديد مصدر الغرق، والتحقق مما إذا كانت الجثة قد نُقلت من مكان إلى آخر.

الأنواع الخفية وقواعد البيانات

قد يساعد الترميز الفائق للدياتومات في تحديد الأنواع الخفية التي يصعب التعرف عليها باستخدام المجهر، ويساعد في إكمال قواعد البيانات المرجعية من خلال مقارنة التجمعات المورفولوجية ببيانات الترميز الفائق. [ 35 ] 

أنواع أخرى من الطحالب الدقيقة

تمتلك الطحالب الخضراء سلالة قديمة ومتنوعة تصنيفياً للغاية (Fang et al. 2014)، بما في ذلك النباتات الأرضية. وعلى الرغم من وصف أكثر من 14000 نوع بناءً على معايير بنيوية وفوق بنيوية (Hall et al. 2010)، إلا أن تحديدها المورفولوجي غالباً ما يكون محدوداً.

تم اقتراح العديد من الرموز الشريطية للطحالب الخضراء لتحديدها باستخدام الحمض النووي، وذلك لتجاوز مشاكل التحديد المورفولوجي. على الرغم من أن جين السيتوكروم أوكسيداز 1 (COI، COX) (رابط) يُعد رمزًا شريطيًا قياسيًا للحيوانات، إلا أنه أثبت عدم كفايته للطحالب الخضراء لاحتوائه على العديد من الإنترونات في هذه المجموعة من الطحالب (Turmel et al. 2002). وقد استُخدمت جينات نووية دالة للطحالب الخضراء، مثل الحمض النووي الريبوزي الصغير (SSU rDNA)، والحمض النووي الريبوزي الكبير (LSU rDNA)، ومنطقة ITS للحمض النووي الريبوزي (rDNA ITS) (Leliaert et al. 2014). [ 38 ]

الطحالب الكبيرة

تُعدّ الطحالب الكبيرة -وهي مجموعة مورفولوجية وليست تصنيفية- صعبة التحديد نظرًا لبساطة شكلها، ومرونتها الظاهرية ، وتعدد مراحل دورة حياتها. ولذلك، يعتمد تصنيف الطحالب وتحديدها بشكل كبير على الأدوات الجينية/الجزيئية، مثل الترميز الجيني للحمض النووي . [ 39 ] [ 40 ] يُعدّ جين الحمض النووي الريبوزي الصغير ( SSU rDNA) من أكثر أنواع الترميز الجيني شيوعًا في الدراسات التطورية للطحالب الكبيرة. [ 41 ] ومع ذلك، فإن منطقة الحمض النووي الريبوزي الصغير (SSU rDNA) منطقة محفوظة للغاية، وعادةً ما تفتقر إلى الدقة اللازمة لتحديد الأنواع.

على مدى العقدين الماضيين، طُوِّرت معايير محددة للترميز الجيني للحمض النووي بهدف تحديد أنواع كل مجموعة من المجموعات الرئيسية للطحالب الكبيرة. [ 42 ] [ 39 ] [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] يُستخدم جين الوحدة الفرعية الأولى من إنزيم سيتوكروم سي أوكسيداز (COI) بشكل شائع كترميز جيني للطحالب الحمراء والبنية، بينما تُستخدم جينات tufA (عامل استطالة البلاستيدات)، وrbcL (الوحدة الفرعية الكبيرة من إنزيم روبيسكو)، وITS ( الفاصل النسخي الداخلي ) بشكل شائع للطحالب الخضراء. [ 41 ] [ 45 ] يتراوح طول هذه الترميزات الجينية عادةً بين 600 و700 زوج قاعدي.

تختلف الرموز الشريطية عادةً بين المجموعات الرئيسية الثلاث للطحالب الكبيرة (الحمراء والخضراء والبنية) نظرًا لتنوع تراثها التطوري الكبير. [ 46 ] تُعدّ الطحالب الكبيرة مجموعة متعددة الأصول ، أي أنها لا تشترك جميعها في سلف مشترك حديث، مما يجعل من الصعب العثور على جين محفوظ بين جميعها ولكنه متغير بما يكفي لتحديد الأنواع.

المناطق المستهدفة

مجموعة تصنيفيةجين مؤشر
الطاقة النوويةالميتوكوندرياالبلاستيدات الخضراء
الطحالب الخضراءالحمض النووي المؤتلف SSU، الحمض النووي المؤتلف LSU، الحمض النووي المؤتلف ITStuf A, rbc L
الطحالب الحمراءالفيكوإريثرين، عامل الاستطالة، الحمض النووي الريبوزي للوحدة الفرعية الكبيرةفاصل cox 1، cox 2-3فاصل روبيسكو rbc L
النباتات البنيةالحمض النووي الريبوزي المرسالكوكس 1، كوكس 3psb A، rbc L، فاصل روبيسكو
الكريسوفيتات والسينوروفيتاتالحمض النووي الريبوزي SSU، الحمض النووي الريبوزي ITSكوكس 1PSA A، RBC L
النباتات الكريبتوفيتيةالحمض النووي المؤتلف SSU، الحمض النووي المؤتلف LSU، الحمض النووي المؤتلف ITSكوكس 1فاصل روبيسكو
الدياتوماتالحمض النووي المؤتلف SSU، الحمض النووي المؤتلف LSU، الحمض النووي المؤتلف ITSكوكس 1خلايا الدم الحمراء L
الدينافيتLSU rDNA، rDNA ITScox 1، cobPsbA ncr ، 23S rDNA
الهابتوفايتالحمض النووي المؤتلف SSU، الحمض النووي المؤتلف LSU، الحمض النووي المؤتلف، الحمض النووي المؤتلف ITScox 1b- atp 4تاف أ
الرافيدوفيتاتالحمض النووي المؤتلف SSU، الحمض النووي المؤتلف LSU، الحمض النووي المؤتلف، الحمض النووي المؤتلف ITSكوكس 1PSA A ، RBC L
الزانثوفيتاتالحمض النووي الريبوزي المرسالRbc L, psb A- فاصل rbc L
الكلوراراكنيوفيتالحمض النووي الريبوزي النووي ITS، الحمض النووي الريبوزي النووي ITS
اليوجلينوفايتالحمض النووي الريبوزي SSU، الحمض النووي الريبوزي LSUالحمض النووي الريبوزي SSU، الحمض النووي الريبوزي LSU

مقتبس من [ 40 ]

انظر أيضاً

يمكنكم الاطلاع على معلومات مفصلة حول ترميز الحمض النووي للكائنات الحية المختلفة هنا:

مراجع

  1. ^ لوبو، إدواردو أ. هاينريش، كارلا جيزيلدا؛ شوش، ماريليا. ويتزل، كارلوس إدواردو؛ Ector، Luc (2016)، “Diatoms as Bioindicators in Rivers”، in Necchi JR، Orlando (ed.)، River Algae ، Springer International Publishing، الصفحات من 245 إلى 271، دوى : 10.1007 / 978-3-319-31984-1_11 ، ISBN  978-3-319-31983-4
  2. ↑ ستيفنسون، ر. جان؛ بان، يانغدونغ؛ فان دام، هيرمان (2010)، "تقييم الظروف البيئية في الأنهار والجداول باستخدام الدياتومات"، في سمول، جون ب.؛ ستورمر، يوجين ف. (محرران)، الدياتومات (الطبعة الثانية )، مطبعة جامعة كامبريدج، ص 57-85 ، doi : 10.1017/cbo9780511763175.005 ، ISBN   978-0-511-76317-5
  3. ↑ تابيرليه، بيير؛ بونين، أوريلي؛ زينجر، لوسي؛ كويساك، إريك (22 مارس 2018). الحمض النووي البيئي . المجلد 1. مطبعة جامعة أكسفورد. doi : 10.1093/oso/9780198767220.001.0001 . ISBN  978-0-19-876722-0.
  4. 1 2 زيمرمان، جوناس؛ جلوكنر، جيرنوت؛ جان، ريجين. إنكه، نيلا؛ جيمينهولزر، بيرجيت (2015). “Metabarcoding مقابل التحديد المورفولوجي لتقييم تنوع الدياتوم في الدراسات البيئية”. موارد البيئة الجزيئية . 15 (3): 526-542 . دوى : 10.1111 / 1755-0998.12336 . بميد 25270047 . S2CID 27291997 .  
  5. 1 2 3 4 5 كيرماريك، لينيج؛ فرانك، آلان؛ ريميه، فريديريك؛ شوميل، فيليب؛ فريجيريو، جان مارك؛ همبرت، جان فرانسوا؛ بوشيز، أغنيس (2014). “نهج التسلسل من الجيل التالي للرصد الحيوي للأنهار باستخدام الدياتومات القاعية”. علوم المياه العذبة . 33 (1): 349-363 . دوى : 10.1086/675079 . ردمك 2161-9549 . S2CID 85771495 .  
  6. هامشر ، سارة إي.؛ إيفانز، كاثرين إم.؛ مان، ديفيد جي.؛ بوليتشكوفا، ألويزي؛ سوندرز، غاري دبليو. (2011). "ترميز الدياتومات: استكشاف بدائل لـ COI-5P". بروتيست . 162 (3): 405-422 . doi : 10.1016/ j.protis.2010.09.005 . PMID 21239228 . 
  7. 1 2 3 4 5 زيمرمان، جوناس؛ يان، ريجين؛ جيمينهولزر، بيرجيت (2011). "الترميز الشريطي للدياتومات: تقييم المنطقة الفرعية V4 على جين 18S rRNA، بما في ذلك البادئات والبروتوكولات الجديدة". تنوع الكائنات الحية وتطورها . 11 (3): 173-192 . doi : 10.1007/s13127-011-0050-6 . ISSN 1439-6092 . S2CID 39047583 .  
  8. ↑ أبوثيلوز-بيريه-جنتيل، لور؛ كوردونييه، أرييل؛ ستروب، فرانسوا؛ إيزيلي، جينيفر؛ إسلينغ، فيليب؛ باولووسكي، جان (2017). "مؤشر جزيئي للدياتومات غير مصنف لرصد الحمض النووي البيئي عالي الإنتاجية". موارد علم البيئة الجزيئية . 17 (6): 1231-1242 . doi : 10.1111/1755-0998.12668 . PMID 28296259. S2CID 206947826 .  
  9. ↑ باولووسكي، ج.؛ ليزيروفيتش، ف.؛ أبوثيلوز-بيريه-جنتيل، ل.؛ فيسكو، ج.؛ إسلينغ، ب. (2016). "الترميز الفائق للطلائعيات والرصد البيولوجي البيئي: حان وقت التغيير" . المجلة الأوروبية لعلم الطلائعيات . 55 (الجزء أ): 12-25 . doi : 10.1016/j.ejop.2016.02.003 . PMID 27004417 . 
  10. ^ ألميدا، سالومي FP؛ إلياس، كارمن؛ فيريرا، جواو؛ تورنيس، إليزابيث؛ بوتشينيللي، كاميلا؛ ديلماس، فرانسوا؛ دورفلينغر، جيرالد. أوربانيتش، جورازد؛ ماركيجياني ، ستيفانيا (2014). “تقييم جودة المياه للأنهار باستخدام مقاييس الدياتوم عبر البحر الأبيض المتوسط ​​في أوروبا: تمرين المعايرة بين الأساليب”. علم البيئة الشاملة . 476– 477: 768–776 . بيب كود : 2014ScTEn.476..768A . دوى : 10.1016/j.scitotenv.2013.11.144 . بميد 24342490 . 
  11. ↑ لافوا، إيزابيل؛ كامبو، ستيفان؛ دارشامبو، فرانسوا؛ كابانا، جيلبرت؛ ديلون، بيتر جيه. (2008). "هل تُعدّ الدياتومات مؤشرات جيدة للتغيرات الزمنية في جودة مياه الجداول؟" . علم الأحياء المائية العذبة . 53 (4): 827-841 . Bibcode : 2008FrBio..53..827L . doi : 10.1111/j.1365-2427.2007.01935.x . hdl : 2268/62412 . ISSN 0046-5070 . 
  12. ↑ مارتن، غونزالو؛ رييس فرنانديز، ماريا دي لوس (16-05-2012)، "الدياتومات كمؤشرات لجودة المياه والحالة البيئية: أخذ العينات والتحليل وبعض الملاحظات البيئية"، في فودوريس، كوستاس (محرر)، جودة المياه البيئية - معالجة المياه وإعادة استخدامها ، InTech، doi : 10.5772/33831 ، ISBN 978-953-51-0508-4
  13. ^ ريميه، فريديريك. بوشيز، أغنيس (2012). “دياتومات نهر الرصد الحيوي: الآثار المترتبة على القرار التصنيفي”. المؤشرات البيئية . 15 (1): 92-99 . دوى : 10.1016/j.ecolind.2011.09.014 .
  14. ↑ فاسيلون، فالنتين؛ دومايزون، إيزابيل؛ ريميه، فريدريك؛ كاليرت، ماريا؛ بوشيه، أنييس (2017). "تطبيق تقنية التسلسل عالي الإنتاجية (HTS) للترميز الفائق على الرصد البيولوجي للدياتومات: هل لطرق استخلاص الحمض النووي أهمية؟" (ملف PDF) . علوم المياه العذبة . 36 (1): 162-177 . doi : 10.1086/690649 . ISSN 2161-9549 . S2CID 59043627 .  
  15. ↑ ستوك، ثورستن؛ بينكه، أنكه؛ كريستن، ريتشارد؛ أمارال-زيتلر، ليندا؛ رودريغيز-مورا، ماريا جيه؛ تشيستوسيردوف، أندريه؛ أورسي، ويليام؛ إدجكومب، فيرجينيا ب (2009). "التسلسل المتوازي الضخم للعلامات يكشف عن تعقيد مجتمعات الطلائعيات البحرية اللاهوائية" . بي إم سي بيولوجي . 7 (1): 72. doi : 10.1186/1741-7007-7-72 . ISSN 1741-7007 . PMC 2777867. PMID 19886985 .   
  16. باولووسكي، جان؛ كيلي- كوين ، ماري؛ ألترمان، فلوريان؛ أبوتيلوز-بيريه-جنتيل، لور؛ بيجا، بيدرو؛ بوغيرو، أنجيلا؛ بورخا، أنجيل؛ بوشيه، أنييس؛ كوردييه، تريستان (2018). " مستقبل المؤشرات الحيوية في عصر علم الجينوم البيئي: دمج الترميز الفائق للحمض النووي (eDNA) في التقييم البيولوجي للنظم البيئية المائية" (ملف PDF) . مجلة علوم البيئة الشاملة . 637-638 : 1295-1310 . Bibcode : 2018ScTEn.637.1295P . doi : 10.1016/j.scitotenv.2018.05.002 . PMID: 29801222 . 
  17. ↑ فيسكو، جوانا أموريم؛ أبوتيلوز-بيريه-جنتيل، لور؛ كوردونييه، أرييل؛ إسلينغ، فيليب؛ بيليه، لويك؛ باولووسكي، يان (2015-07-07). "الرصد البيئي: استنتاج مؤشر الدياتومات من بيانات التسلسل الجيني من الجيل التالي". العلوم والتكنولوجيا البيئية . 49 (13): 7597-7605 . Bibcode : 2015EnST...49.7597V . doi : 10.1021/es506158m . ISSN 0013-936X . PMID 26052741 .  
  18. ↑ زيمرمان، جوناس؛ أباركا، نيليدا؛ إنك، نيلا؛ سكيب، أوليفر؛ كوسبر، وولف-هينينغ؛ يان، ريجين (29-09-2014). شيرواتر، بيرند (محرر). "مكتبات المراجع التصنيفية للترميز البيئي: مثال لأفضل الممارسات من أبحاث الدياتومات" . PLOS ONE . 9 (9) e108793. Bibcode : 2014PLoSO...9j8793Z . doi : 10.1371/journal.pone.0108793 . ISSN 1932-6203 . PMC 4180937. PMID 25265556 .   
  19. ↑ شو، جينيفر إل إيه؛ ويريتش، لورا؛ كوبر، آلان (2017). "استخدام تسلسل الحمض النووي البيئي (eDNA) في مسوحات التنوع البيولوجي المائي: دليل للمبتدئين". بحوث المياه البحرية والعذبة . 68 (1): 20. doi : 10.1071/MF15361 . ISSN 1323-1650 . 
  20. ↑ إدغار، غراهام جيه؛ ألكسندر، تيموثي جيه؛ ليفشيك، جوناثان إس؛ بيتس، أماندا إي؛ كينينمونث، ستيوارت جيه؛ طومسون، راسل جيه؛ دافي، جيه إيميت؛ كوستيلو، مارك جيه؛ ستيوارت-سميث، ريك دي. (2017). " الوفرة والعمليات المحلية تساهم في تدرجات التنوع البيولوجي البحري العالمي بين مختلف الشعب" . مجلة ساينس أدفانسز . 3 (10) e1700419. Bibcode : 2017SciA....3E0419E . doi : 10.1126/sciadv.1700419 . ISSN 2375-2548 . PMC 5647131. PMID 29057321 .   
  21. ^ فاسيلون، فالنتين؛ بوشيز، أنييس؛ ريميه، فريديريك؛ سترة من ستيفان؛ تروباجو، روزا؛ كورنيكل، ميلين؛ تابولكزاي، كالمان؛ دوميزون ، إيزابيل (2018). ماهون، أندرو (محرر). "تجنب التحيز الكمي في metabarcoding: تطبيق عامل تصحيح الحجم الحيوي للخلية في المراقبة الحيوية الجزيئية المشطورة" (PDF) . طرق في علم البيئة والتطور . 9 (4): 1060–1069 . بيب كود : 2018MEcEv...9.1060V . دوى : 10.1111/2041-210X.12960 . اتش دي ال : 20.500.12327/161 . S2CID 54010645 . 
  22. ↑ إيفانز، كاثرين م.؛ وورتلي، ألكسندرا هـ.؛ مان، ديفيد ج. (2007). "تقييم جينات "الباركود" المحتملة للدياتومات (cox1، rbcL، 18S وITS rDNA) وفعاليتها في تحديد العلاقات في سيلافورا (Bacillariophyta)". بروتيست . 158 (3): 349-364 . doi : 10.1016/j.protis.2007.04.001 . PMID 17581782 . 
  23. 1 2 مونيز، مونيكا بي جيه؛ كازمارسكا، إيرينا (2010). “التشفير الشريطي للدياتومات: إعادة النظر في أنظمة النقل الذكية المشفرة النووية”. بروتيست . 161 (1): 7– 34. دوى : 10.1016/j.protis.2009.07.001 . بميد 19674931 . 
  24. ↑ سيكلونا، ستيفاني م.؛ تاواري، بليسنج؛ كلارك، سي. جراهام (2006). "الترميز الجيني لـ Blastocystis". Protist . 157 (1): 77–85 . doi : 10.1016/j.protis.2005.12.001 . PMID 16431158 . 
  25. ↑ أوتز، لورا آر بي؛ إيزيريك، إدواردو (2007). "التطور الجزيئي لفئة فرعية من بيريتريكيا (هدبيات: قليلات غشائيات الأهداب) بناءً على تحليلات موسعة لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي 18S". مجلة علم الأحياء الدقيقة حقيقية النواة . 54 (3): 303-305 . doi : 10.1111/j.1550-7408.2007.00260.x . ISSN 1066-5234 . PMID 17552986. S2CID 31422075 .   
  26. ↑ جان، ر. (11 ديسمبر 2007). "الدياتومات والترميز الجيني: دراسة تجريبية على عينة بيئية" . وقائع الاجتماع الأول للدياتومات في أوروبا الوسطى 2007. الحديقة النباتية والمتحف النباتي برلين-دالم: 63-68 . doi : 10.3372/cediatom.113 . ISBN 978-3-921800-63-8.
  27. ↑ نيكرنت، دانيال ل.؛ سارجنت، مالكولم ل. (1991). "نظرة عامة على البنية الثانوية لمنطقة V4 من الحمض النووي الريبوزي للوحدة الفرعية الصغيرة في حقيقيات النوى" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 19 (2): 227-235 . doi : 10.1093 / nar/19.2.227 . ISSN 0305-1048 . PMC 333584. PMID 2014163 .   
  28. ↑ وايلد، إريك (1999)، "بروتوكول نقل النص التشعبي (HTTP)"، شبكة وايلد العالمية ، سبرينغر برلين هايدلبرغ، ص 53-135 ، doi : 10.1007/978-3-642-95855-7_4 ، ISBN  978-3-642-95857-1
  29. ↑ التوجيه 2000/60/EC الصادر عن البرلمان الأوروبي والمجلس بتاريخ 23 أكتوبر 2000، والذي يحدد إطار عمل الجماعة في مجال سياسة المياه ، المجلد L، 22 ديسمبر 2000 ، تاريخ الاطلاع 28 مارس 2019 
  30. ↑ ريميه، فريدريك (2012-03-01). "آراء حديثة حول تلوث الأنهار والدياتومات". هيدروبيولوجيا . 683 (1): 1-24 . doi : 10.1007/s10750-011-0949-0 . ISSN 1573-5117 . S2CID 18668007 .  
  31. ↑ كيرماريك، ل.؛ فرانك، أ.؛ ريميه، ف.؛ شوميل، ب.؛ همبرت، ج. ف.؛ بوشيز، أ. (2013). "التسلسل الجيني من الجيل التالي لحصر التنوع التصنيفي في المجتمعات حقيقية النواة: اختبار للدياتومات في المياه العذبة". موارد علم البيئة الجزيئية . 13 (4): 607-619 . doi : 10.1111/1755-0998.12105 . PMID 23590277. S2CID 2706722 .  
  32. ↑ "كيلي وآخرون" (ملف PDF) .
  33. ↑ فاسيلون، فالنتين؛ دومايزون، إيزابيل؛ ريميه، فريدريك؛ كاليرت، ماريا؛ بوشيه، أنييس (2017). "تطبيق تقنية التسلسل عالي الإنتاجية (HTS) للترميز الفائق على الرصد البيولوجي للدياتومات: هل لطرق استخلاص الحمض النووي أهمية؟" (ملف PDF) . علوم المياه العذبة . 36 (1): 162-177 . doi : 10.1086/690649 . ISSN 2161-9549 . S2CID 59043627 .  
  34. ↑ فاسيلون، فالنتين؛ ريميه، فريدريك؛ تابولتشاي، كالمان؛ بوشيه، أنييس (2017). "تقييم الوضع البيئي باستخدام الترميز الجيني للحمض النووي للدياتومات: التوسع في شبكة رصد تابعة لتوجيهات الإطار المائي (جزيرة مايوت، فرنسا)". المؤشرات البيئية . 82 : 1-12 . doi : 10.1016/j.ecolind.2017.06.024 .
  35. 1 2 ريميه، فريدريك؛ فاسيلون، فالنتين؛ أ.-كيزتي، باربرا؛ بوشيه، أنييس (2018). "هل نقوم بتقييم التنوع بشكل مماثل باستخدام المجهر والتسلسل عالي الإنتاجية؟ حالة الطحالب الدقيقة في البحيرات". تنوع الكائنات الحية وتطورها . 18 (1): 51-62 . doi : 10.1007/s13127-018-0359-5 . ISSN 1439-6092 . S2CID 3879922 .  
  36. ^ هيرينج دانيال. بورخا، ملاك؛ جونز، جي إيوان؛ بونت، ديدييه؛ بوتس، بيتر؛ بوشيز، أغنيس. بروس، كات. دراكار، ستينا؛ هانفلينج ، بيرند (2018). "خيارات التنفيذ لتحديد الهوية المستندة إلى الحمض النووي في تقييم الحالة البيئية بموجب التوجيه الإطاري الأوروبي للمياه" . أبحاث المياه . 138 : 192– 205. بيب كود : 2018WatRe.138..192H . دوى : 10.1016/j.watres.2018.03.003 . بميد 29602086 . S2CID 5008250 .  
  37. ^ سيو، ياسوهيسا. إيشيدا، دايسوكي؛ ساتو، شينغو؛ كوروكي، كوهجي؛ كيشيدا، تيتسوكو (2014). “طريقة محسنة لاختبار الدياتوم باستخدام قدرة ربط الحمض النووي للسيليكا”. مجلة علوم الطب الشرعي . 59 (3): 779-784 . دوى : 10.1111 / 1556-4029.12390 . بميد 24502836 . S2CID 1057761 .  
  38. ↑ ليتل، دامون ب . (29-11-2013). "رمز شريطي مصغر للحمض النووي للنباتات البرية". موارد علم البيئة الجزيئية . 14 (3): 437-446 . doi : 10.1111/1755-0998.12194 . ISSN 1755-098X . PMID 24286499. S2CID 32631697 .   
  39. 1 2 ساوندرز، غاري دبليو (29 أكتوبر 2005). "تطبيق الترميز الجيني للحمض النووي على الطحالب الحمراء الكبيرة: تقييم أولي يبشر بتطبيقات مستقبلية" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية ب: العلوم البيولوجية . 360 (1462): 1879-1888 . doi : 10.1098/rstb.2005.1719 . ISSN 0962-8436 . PMC 1609223. PMID 16214745 .   
  40. 1 2 ليليرت، فريدريك؛ فيربروجن، هيرون؛ فانورملينجن، بيتر؛ ستين، فريدريك. لوبيز باوتيستا، خوان م؛ زوكاريلو، جوزيبي سي؛ دي كليرك ، أوليفييه (2014/04/03). "ترسيم الأنواع القائمة على الحمض النووي في الطحالب" . المجلة الأوروبية لعلم الفطريات . 49 (2): 179– 196. بيب كود : 2014EJPhy..49..179L . دوى : 10.1080/09670262.2014.904524 . ISSN 0967-0262 . 
  41. 1 2 هاربر، جيه تي؛ سوندرز، جي دبليو (2001). "تطبيق تسلسلات الجين الريبوسومي على تصنيف وتصنيف الطحالب الحمراء من شعبة الفلوريديوفيت (فلوريديوفيسيا، رودوفيتا)". مجلة علم الأحياء البحرية . 42 (1/2): 25-38 .
  42. ↑ ماك ديفيت، دانيال سي؛ سوندرز، غاري دبليو (2009). "حول فائدة الترميز الجيني للحمض النووي في التمييز بين أنواع الطحالب البنية الكبيرة (Phaeophyceae) بما في ذلك بروتوكول استخلاص جديد" . بحوث علم الطحالب . 57 (2): 131-141 . doi : 10.1111/j.1440-1835.2009.00530.x . S2CID 84811166 . 
  43. ↑ ساوندرز، غاري دبليو؛ كوتشيرا، هانا (2010). "تقييم rbcL و tufA و UPA و LSU و ITS كعلامات باركود الحمض النووي للطحالب الخضراء البحرية الكبيرة". Cryptogamie Algologie . 31 (4).
  44. ↑ فاليرو، ميريام؛ كوبر، فريثجوف سي؛ تساميس، كونستانتينوس؛ كوسيرو، لوسيا؛ بيترز، أكيرا إف. (2015). "الترميز الجيني للأطوار الخفية للطحالب البنية البحرية المعزولة من ركيزة محضونة يكشف عن تنوع كبير في عائلة أسينتوسبوراسيا (إكتوكارباليس، فيوفيسيا)1". كريبتوغامي، ألغولوجي . 36 (1): 3-29 . doi : 10.7872/crya.v36.iss1.2015.3 . ISSN 0181-1568 . S2CID 84276804 .  
  45. 1 2 ساوندرز، غاري دبليو؛ ماكديفيت، دانيال سي (2012)، "طرق ترميز الحمض النووي للكائنات الأولية الضوئية مع التركيز على الطحالب الكبيرة والدياتومات"، في كريس، دبليو جون؛ إريكسون، ديفيد إل (محرران)، ترميز الحمض النووي ، طرق في البيولوجيا الجزيئية، المجلد 858، دار هومانا للنشر، الصفحات 207-222 ، doi : 10.1007/978-1-61779-591-6_10 ، ISBN   978-1-61779-590-9PMID 22684958​ 
  46. ↑ بالدوف، إس إل (13 يونيو 2003). "الجذور العميقة للكائنات حقيقية النواة". مجلة ساينس . 300 (5626): 1703-1706 . رمز Bibcode : 2003Sci...300.1703B . doi : 10.1126/science.1085544 . ISSN 0036-8075 . PMID 12805537. S2CID 32788100 .