جمول
رسم تخطيطي ثلاثي الأبعاد لهيكل ستريبتافيدين | |
| المطور(ون) | فريق تطوير جمول |
|---|---|
| الإصدار الأولي | 2001 |
| إصدار مستقر | 16.1.59
/ 26 فبراير 2024 |
| مستودع | المصدرforge.net/projects/jmol |
| مكتوب في | جافا |
| نظام التشغيل | متعدد المنصات |
| منصة | الأنظمة التي تستخدم Java ومتصفحات الويب التي لا تستخدم Java |
| متوفر في | 16 لغة |
قائمة اللغات الكتالانية، الصينية، التشيكية، الدنماركية، الهولندية، الإنجليزية، الفرنسية، الألمانية، المجرية، الإندونيسية، الإيطالية، الكورية، البرتغالية، الإسبانية، التركية، الأوكرانية [1] | |
| يكتب | النمذجة الجزيئية |
| رخصة | رخصة الملكية الفكرية 2.0 |
| موقع إلكتروني | www.jmol.org |
Jmol هو برنامج كمبيوتر للنمذجة الجزيئية للهياكل الكيميائية في ثلاثة أبعاد . [2] يعيد Jmol تمثيلًا ثلاثي الأبعاد لجزيء يمكن استخدامه كأداة تعليمية، [3] أو للبحث مثلًا في الكيمياء والكيمياء الحيوية .
برمجة
Jmol مكتوب بلغة البرمجة Java ، لذا يمكن تشغيله على أنظمة التشغيل Windows و macOS و Linux و Unix ، إذا تم تثبيت Java. إنه برنامج مجاني ومفتوح المصدر تم إصداره بموجب ترخيص GNU Lesser General Public License (LGPL) الإصدار 2.0. يوجد تطبيق مستقل ومجموعة تطوير برامج (SDK) يمكن دمجها في تطبيقات Java الأخرى، مثل Bioclipse و Taverna .
الميزة الشائعة هي أداة صغيرة يمكن دمجها في صفحات الويب لعرض الجزيئات بعدة طرق. على سبيل المثال، يمكن عرض الجزيئات كنماذج كرة وعصا ، ونماذج ملء الفراغات ، ومخططات الشريط ، وما إلى ذلك. [4] يدعم Jmol مجموعة واسعة من تنسيقات الملفات الكيميائية ، بما في ذلك بنك بيانات البروتين (pdb)، وملف المعلومات البلورية (cif)، و MDL Molfile (mol)، ولغة ترميز المواد الكيميائية (CML). يوجد أيضًا إصدار JavaScript فقط ( HTML5 )، JSmol ، والذي يمكن استخدامه على أجهزة الكمبيوتر التي لا تحتوي على Java. [5]
يقدم تطبيق Jmol، من بين قدرات أخرى، بديلاً للمكون الإضافي Chime ، [3] الذي لم يعد قيد التطوير النشط. في حين أن Jmol يحتوي على العديد من الميزات التي يفتقر إليها Chime، إلا أنه لا يدعي إعادة إنتاج جميع وظائف Chime، وأبرزها وضع Sculpt . يتطلب Chime تثبيت المكون الإضافي و Internet Explorer 6.0 أو Firefox 2.0 على Microsoft Windows ، أو Netscape Communicator 4.8 على Mac OS 9. يتطلب Jmol تثبيت Java ويعمل على مجموعة متنوعة من المنصات. على سبيل المثال، يعمل Jmol بشكل كامل في Mozilla Firefox و Internet Explorer و Opera و Google Chrome و Safari .
لقطات الشاشة
-
البنية البلورية لـ RNP لصندوق H/ACA من Pyrococcus furiosus
-
تسليط الضوء على جسرين ملحيين في رباعي الهيموجلوبين (مجموعة الهيموجلوبين على شكل أعواد في أسفل اليمين)
انظر أيضا
- مجموعة تطوير الكيمياء (CDK)
- مقارنة بين برامج النمذجة الميكانيكية الجزيئية
- قائمة حزم البرمجيات المجانية والمفتوحة المصدر
- قائمة أنظمة الرسوم الجزيئية
- الرسومات الجزيئية
- محرر الجزيئات
- بروتيوبيديا
- بايمول
- شمشون
- الابتسامات
مراجع
- ^ ترجمات جمول
- ^ تشين، جيم إكس. (2008)، سبرينغر (المحرر)، دليل أدوات برامج الرسومات، ص 471، رقم ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ ab Herráez, A (2006), "الجزيئات الحيوية في الكمبيوتر: Jmol للإنقاذ"، تعليم الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية ، 34 (4): 255-61، doi : 10.1002/bmb.2006.494034042644 ، PMID 21638687، S2CID 36319720
- ^ Herráez, A (2007)، Lulu (محرر)، كيفية استخدام Jmol لدراسة وتقديم البنى الجزيئية، المجلد 1، ص 21، ISBN 978-1-84799-259-8
- ^ "JSmol". مؤرشف من الأصل في 2018-01-01 . تم الاسترجاع 2015-11-02 .
روابط خارجية
- الموقع الرسمي
- ويكي مع قوائم المواقع الإلكترونية والويكيات والمودلز
- ويليهاجين، إيجون؛ هوارد، ميغيل (يونيو 2007). "الرسومات الجزيئية السريعة والقابلة للبرمجة في متصفحات الويب بدون Java3D". Nature Precedings . doi : 10.1038/npre.2007.50.1 .
- ملحق Jmol لـ MediaWiki
- نموذج حيوي
- مولفيو
