بايمول

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 3 صور
الموسوعة الحرة

PyMOL هو نظام تصوير جزيئي متاح المصدر [ 2 ]، ابتكره وارن ليفورد ديلانو . تم تسويقه تجاريًا في البداية من قبل شركة DeLano Scientific LLC، وهي شركة برمجيات خاصة متخصصة في إنشاء أدوات مفيدة متاحة للجميع في الأوساط العلمية والتعليمية. تتولى شركة Schrödinger, Inc. حاليًا تسويقه. ونظرًا لأن ترخيص البرنامج الأصلي كان ترخيصًا متساهلًا ، فقد تمكنت الشركة من إزالته؛ ولم تعد الإصدارات الجديدة تُصدر بموجب ترخيص بايثون ، بل بموجب ترخيص مخصص (يمنح حقوق استخدام وإعادة توزيع وتعديل واسعة، ولكنه يتنازل عن حقوق الطبع والنشر لأي إصدار لشركة Schrödinger, LLC.)، [ 2 ] كما أن بعض شفرة المصدر لم تعد متاحة للنشر. [ 3 ] يستطيع PyMOL إنتاج صور ثلاثية الأبعاد عالية الجودة للجزيئات الصغيرة والجزيئات الحيوية الكبيرة ، مثل البروتينات . ويُستخدم PyMOL على نطاق واسع.

يُعدّ PyMOL أحد الأدوات القليلة المتاحة في مجال علم الأحياء البنيوي ، والتي تعتمد بشكل كبير على المصادر المفتوحة لتصور النماذج . ويشير الجزء "Py " من اسم البرنامج إلى أنه كُتب بلغة البرمجة بايثون .

يستخدم PyMOL مكتبة OpenGL Extension Wrangler (GLEW) و FreeGLUT ، ويمكنه حل معادلات بواسون-بولتزمان باستخدام محلل بواسون-بولتزمان التكيفي. [ 4 ] استخدم PyMOL مكتبة Tk لعناصر واجهة المستخدم الرسومية ، وكان لديه ملفات تنفيذية أصلية من Aqua لنظام macOS عبر Schrödinger ، والتي تم استبدالها بواجهة مستخدم PyQt على جميع المنصات مع إصدار النسخة 2.0. [ 5 ]

التاريخ والتسويق

صدرت الإصدارات الأولى من PyMol بموجب ترخيص بايثون . في 1 أغسطس 2006، اعتمدت شركة DeLano Scientific نظام تنزيل مُقيد الوصول لإصدارات PyMOL المُجمّعة مسبقًا (بما في ذلك الإصدارات التجريبية) التي توزعها الشركة. يقتصر الوصول إلى هذه الملفات التنفيذية الآن على المستخدمين المسجلين المشتركين في الخدمة؛ وتتوفر الإصدارات التعليمية مجانًا للطلاب والمعلمين. مع ذلك، لا يزال معظم كود المصدر الحالي متاحًا مجانًا، وكذلك الإصدارات المُجمّعة مسبقًا القديمة. في حين أن أنظمة بناء المنصات الأخرى مفتوحة المصدر، فإن نظام بناء واجهة برمجة تطبيقات ويندوز (WinAPI، Win32) ليس كذلك، على الرغم من توفر ملفات ثنائية غير رسمية لنظام ويندوز عبر الإنترنت. [ 6 ] يمكن لأي شخص إما تجميع ملف تنفيذي من كود المصدر المرخص بموجب ترخيص بايثون أو الاشتراك في خدمات الدعم للحصول على إمكانية الوصول إلى الملفات التنفيذية المُجمّعة مسبقًا.

في 8 يناير 2010، أبرمت شركة شرودنغر اتفاقية للاستحواذ على برنامج PyMOL. وتولت الشركة تطوير وصيانة ودعم وبيع البرنامج، بما في ذلك جميع الاشتراكات السارية آنذاك. كما تواصل الشركة دعمها الفعال لمجتمع PyMOL مفتوح المصدر. في عام 2017، أعادت شرودنغر تصميم نظام التوزيع لتوحيد واجهة المستخدم تحت Qt وإدارة الحزم تحت Anaconda ، وأصدرته باسم PyMol v2. [ 5 ] يقيد هذا الإصدار بعض الوظائف الجديدة ويضيف علامة مائية إلى العرض المرئي في حال استخدامه بدون ترخيص بعد انتهاء فترة التجربة التي تبلغ 30 يومًا؛ وتتشابه سياسة الترخيص العامة مع نظام DeLano. لا يزال معظم كود المصدر متاحًا، هذه المرة بموجب ترخيص مشابه لترخيص BSD. [ 7 ] وكما هو الحال مع التوزيعة السابقة، تتوفر ملفات تنفيذية غير رسمية لنظام Windows بصيغة wheel ، [ 6 ] وتستمر توزيعات Linux في توفير إصداراتها الخاصة من كود المصدر المفتوح.

ألوان العناصر

يطبق برنامج PyMOL تلوين الكرات حسب العنصر.

الجدول الدوري باستخدام ألوان عناصر PyMOL كخلفية [ 8 ]
①الهيدروجين H # e5e5e5الهيليوم هي # d8ffff
٢الليثيوم Li # cc7fffبريل ليوم Be # c2ff00بورون ب #ffb5b5الكربون C #33ff33نيترو جين N # 3333ffالأكسجين O # ff4c4cالفلور F # b2ffffنيون ني #b2e2f5
③صوديوم الصوديوم aa5cf2​المغنيسيوم Mg # 8aff00ألومنيوم Al # bfa5a5سيليكون مع سي # f0c79fفوسفور P # ff7f00الكبريت Se5c53f​الكلور Cl # 1ef01eأرجون Ar #7fd0e2
④بوتاسيوم K # 8f3fd3الكالسيوم Ca # 3cff00سكان ديوم Sc # e5e5e5تيتانيوم Ti # bfc2c7الفاناديوم Va5a5aa​​الكروم Cr # 8a99c7مانغا نيسي Mn # 9c7ac7حديد Fe #e06633شركة كوبالت f08f9fنيكل Ni #4fd04fنحاس Cu.c77f33​الزنك Zn #7c7fafالغاليوم Ga #c28f8fالجرمانيوم Ge # 668f8fالزرنيخ As #bd7fe2سيلينيوم Se # ffa000بروم Br #a52929كريبتون كر # 5cb7d0
⑤روبيديوم Rb # 6f2eafسترونتيوم Sr # 00ff00الإيتريوم Y #94ffffزركونيوم Zr94e0e0​​نيوبيوم Nb # 72c2c8Molyb denum Mo # 54b5b5تيك نتيوم Tc.3a9d9d​الروثينيوم Ru # 248f8fالروديوم Rh # 097c8cبلاديوم Pd # 006984الفضة Ag #bfbfbfالكادميوم ( Cd) # ffd88fإنديوم إن a57472قصدير Sn667f7f​Anti mony Sb # 9d62b5تيلوريوم Te sd37a00​اليود I940094​زينون Xe #419daf
⑥Cae sium Cs # 57168fباريوم Ba 00c800​نجمة واحدةلوتيوم Lu # 00aa24هاف نيوم Hf # 4cc2ffطنطا لوم تا # 4ca5ffتنجستن W # 2194d5رينيوم Re 267caa​Os mium Os # 266695إيريديوم Ir #165487بلاتينيوم Pt # d0d0e0ذهب Au #ffd023الزئبق ( Hg) # b7b7d0الثاليوم Tla5544c​رصاص Pb رقم 575961Bis muth Bi # 9d4fb5بولو نيوم بو aa5c00Asta tine At # 744f44رقم تسجيل الرادون 418295
⑦فرانسيوم فر # 410066راديوم Ra # 007c00نجمة واحدةلورين سيوم إل آر # c70066روثر فورديوم Rf # cc0059دب نيوم دي بي # d0004fبورغيوم البحر Sgd80044​بور ium Bh # e00037يحتوي على sium Hse5002eميت نيريوم جبل # ea0026ملعب دارم دي إس –رونت جينيوم آر جي –النحاس والنيسيوم (Cn) –نيهونيوم NH–فليروفيوم فل​​–موسكوفيوم ماك–الكبد موريوم Lv –تينيسي إن تي إس –أوجا نيسون أوج –
نجمة واحدةلان ثانوم لا # 6fd3ffسيريوم سي #ffffc7براسيو ديميوم بر # d8ffc7نيوديميوم Nd # c7ffc7بروميثيوم PM # a2ffc7ساماريوم سم # 8fffc7يوروبيوم Eu # 61ffc7غادولينيوم Gd # 44ffc7تيربيوم Tb # 2fffc7ديسبروسيوم Dy # 1effc7هول ميوم هو # 00ff9cالإربيوم Er #00e574ثوليوم ™ #00d351Ytter bium Yb # 00bf37
نجمة واحدةأكتينيوم Ac # 6faafaثوريوم Th # 00baffبروتاك تينيوم با # 00a0ffيورانيوم U # 008fffنبتونيوم Np # 007fffبلوتونيوم Pu # 006affأميريسيوم Am # 545cf2كوريوم سم #775ce2بيركليوم Bk # 8a4fe2كاليفورنيوم Cf # a036d3Einstei nium Es # b21ed3فيرميوم إف إم # b21ebaMende levium Md # b20ca5نوبليوم رقم # bd0c87

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "نظام رسومات PyMOL الجزيئية" . SourceForge . 2 يونيو 2020.
  2. 1 2 3 "PyMOL مفتوح المصدر" . شركة شرودنجر، 5 نوفمبر 2021. تم الاطلاع عليه في 7 نوفمبر 2021 .
  3. ↑ "PyMOL | pymol.org" . pymol.org . تاريخ الوصول: 7 نوفمبر 2021. فلسفة المصادر المفتوحة: PyMOL منتج تجاري، لكننا نتيح معظم شفرته المصدرية مجانًا بموجب ترخيص متساهل. تتولى شركة Schrödinger صيانة مشروع المصادر المفتوحة، ويتم تمويله في نهاية المطاف من قِبل كل من يشتري ترخيص PyMOL. المصادر المفتوحة تُمكّن العلم المفتوح. كانت هذه رؤية وارن ل. ديلانو، مؤلف PyMOL الأصلي.
  4. ↑ "APBS" . poissonboltzmann.org . مؤرشف من الأصل بتاريخ 24 فبراير 2020. تم الاطلاع عليه بتاريخ 7 أكتوبر 2020 .
  5. 1 2 "ملاحظات إصدار PyMOL v2.0" .
  6. 1 2 "حزم إضافات بايثون لنظام ويندوز - كريستوف غولكه" . lfd.uci.edu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 أكتوبر 2019 .
  7. ↑ "schrodinger/pymol-open-source" . GitHub . تم الاطلاع عليه بتاريخ 24 يونيو 2019 .
  8. ↑ "قيم الألوان" . pymolwiki. 2010. تم الاطلاع عليه في 4 سبتمبر 2021 .