الطي في المنزل

الموسوعة الحرة

مشروع Folding@home ( FAH أو F@h ) هو مشروع حوسبة موزعة يهدف إلى مساعدة العلماء على تطوير علاجات جديدة لمجموعة متنوعة من الأمراض عن طريق محاكاة ديناميكيات البروتين . يشمل ذلك عملية طي البروتين وحركاته ، ويعتمد على عمليات محاكاة تُجرى على أجهزة الكمبيوتر الشخصية للمتطوعين . [ 4 ] يقع مقر مشروع Folding@home حاليًا في جامعة بنسلفانيا ، ويقوده جريج بومان، وهو طالب سابق لدى فيجاي باندي . [ 1 ]

يستخدم المشروع وحدات معالجة الرسومات (GPUs) ووحدات المعالجة المركزية (CPUs)، بما في ذلك معالجات ARM مثل تلك الموجودة في Raspberry Pi، للحوسبة الموزعة والبحث العلمي. ويعتمد المشروع على منهجية المحاكاة الإحصائية التي تُمثل نقلة نوعية عن أساليب الحوسبة التقليدية. [ 2 ] وكجزء من بنية شبكة نموذج العميل والخادم ، تتلقى كل آلة من الآلات المتطوعة أجزاءً من المحاكاة (وحدات العمل)، وتُكملها، ثم تُعيدها إلى خوادم قاعدة بيانات المشروع ، حيث تُجمع هذه الوحدات في محاكاة شاملة. ويمكن للمتطوعين تتبع مساهماتهم على موقع Folding@home الإلكتروني، مما يجعل مشاركة المتطوعين تنافسية ويشجع على المشاركة طويلة الأمد.

يُعدّ نظام Folding@home أحد أسرع أنظمة الحوسبة في العالم. ومع ازدياد الاهتمام بالمشروع نتيجةً لجائحة كوفيد-19 ، [ 3 ] حقق النظام سرعةً تقارب 1.22 إكسافلوب بحلول أواخر مارس 2020، ووصل إلى 2.43 إكسافلوب بحلول 12 أبريل 2020، [ 5 ] مما جعله أول نظام حوسبة إكسافلوب في العالم . وقد مكّن هذا المستوى من الأداء، بفضل شبكة الحوسبة واسعة النطاق، الباحثين من إجراء محاكاة حسابية مُكلفة على المستوى الذري لطي البروتين لفترات أطول بآلاف المرات مما كان ممكنًا سابقًا. ومنذ إطلاقه في  1 أكتوبر 2000، ساهم نظام Folding@home في إنتاج 226 ورقة بحثية علمية . [ 6 ] وتتوافق نتائج محاكاة المشروع بشكل جيد مع التجارب. [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]

خلفية

بروتين قبل وبعد الطي. يبدأ في حالة لفائف عشوائية غير مستقرة وينتهي في هيئته الأصلية.

تُعدّ البروتينات عنصرًا أساسيًا للعديد من الوظائف البيولوجية، وتشارك في جميع العمليات تقريبًا داخل الخلايا . غالبًا ما تعمل كإنزيمات ، حيث تُجري تفاعلات كيميائية حيوية تشمل الإشارات الخلوية ، والنقل الجزيئي، والتنظيم الخلوي . وبصفتها عناصر هيكلية، تعمل بعض البروتينات كهيكل أساسي للخلايا ، وكأجسام مضادة ، بينما تشارك بروتينات أخرى في الجهاز المناعي . قبل أن يتمكن البروتين من أداء هذه الأدوار، يجب أن يطوى إلى بنية ثلاثية الأبعاد وظيفية ، وهي عملية تحدث غالبًا بشكل تلقائي وتعتمد على التفاعلات داخل تسلسل الأحماض الأمينية وتفاعلات هذه الأحماض مع محيطها. يُحرك طي البروتين البحث عن التكوين الأكثر استقرارًا من الناحية الطاقية، أي حالته الطبيعية . لذا، يُعدّ فهم طي البروتين أمرًا بالغ الأهمية لفهم وظيفته وكيفية عمله، ويُعتبر هدفًا رئيسيًا في علم الأحياء الحاسوبي . [ 7 ] [ 8 ] على الرغم من حدوث الطي داخل بيئة خلوية مزدحمة ، إلا أنه عادةً ما يسير بسلاسة. مع ذلك، قد تتعرض البروتينات، نتيجةً لخصائصها الكيميائية أو عوامل أخرى، إلى طي خاطئ، أي أنها تسلك مسارًا غير صحيح وتنتهي بشكل مشوه. وما لم تتمكن الآليات الخلوية من تدمير البروتينات المطوية بشكل خاطئ أو إعادة طيها، فإنها قد تتجمع لاحقًا وتسبب مجموعة متنوعة من الأمراض المنهكة. [ 9 ] قد تكون التجارب المخبرية التي تدرس هذه العمليات محدودة النطاق والتفاصيل الذرية، مما يدفع العلماء إلى استخدام نماذج حاسوبية قائمة على الفيزياء، والتي تسعى، عند استكمالها للتجارب، إلى تقديم صورة أكثر شمولًا لطي البروتين، وطيّه الخاطئ، وتجمعه. [ 10 ] [ 11 ]

نظراً لتعقيد بنية البروتينات أو فضاء التكوين (مجموعة الأشكال الممكنة التي يمكن أن يتخذها البروتين)، ومحدودية القدرة الحاسوبية، فقد كانت محاكاة الديناميكا الجزيئية الذرية الكاملة محدودة للغاية في النطاقات الزمنية التي يمكنها دراستها. فبينما تطوي معظم البروتينات عادةً في حدود أجزاء من الألف من الثانية، [ 10 ] [ 12 ] قبل عام 2010، لم تكن المحاكاة قادرة إلا على الوصول إلى نطاقات زمنية تتراوح بين النانوثانية والميكروثانية. [ 4 ] وقد استُخدمت الحواسيب العملاقة متعددة الأغراض لمحاكاة طي البروتين، لكن هذه الأنظمة مكلفة بطبيعتها، وعادةً ما تُشارك بين العديد من المجموعات البحثية. علاوة على ذلك، ولأن العمليات الحسابية في النماذج الحركية تحدث بشكل متسلسل، فإن التوسع القوي للمحاكاة الجزيئية التقليدية لتتوافق مع هذه البنى يُعدّ صعباً للغاية. [ 13 ] [ 14 ] إضافةً إلى ذلك، ولأن طي البروتين عملية عشوائية (أي احتمالية) ويمكن أن تتغير إحصائياً بمرور الوقت، فإن استخدام محاكاة طويلة للحصول على رؤى شاملة لعملية الطي يُمثل تحدياً حسابياً. [ 15 ] [ 16 ]

يستخدم برنامج Folding@home نماذج حالة ماركوف ، مثل النموذج الموضح هنا، لنمذجة الأشكال المحتملة ومسارات الطي التي يمكن أن يتخذها البروتين أثناء تكثفه من حالته الأولية الملفوفة عشوائيًا (يسارًا) إلى بنيته ثلاثية الأبعاد الأصلية (يمينًا).

لا تتم عملية طي البروتين في خطوة واحدة. [ 9 ] بل تقضي البروتينات معظم وقت طيها، ما يقارب 96% في بعض الحالات، [ 17 ] في انتظار حالات بنائية وسيطة مختلفة ، تمثل كل منها حدًا أدنى محليًا للطاقة الحرة الديناميكية الحرارية في فضاء طاقة البروتين . من خلال عملية تُعرف باسم أخذ العينات التكيفي ، يستخدم برنامج Folding@home هذه التكوينات كنقاط بداية لمجموعة من مسارات المحاكاة. ومع اكتشاف المحاكاة لمزيد من التكوينات، تُعاد المسارات من جديد انطلاقًا منها، ويتم إنشاء نموذج حالة ماركوف (MSM) تدريجيًا من هذه العملية الدورية. نماذج حالة ماركوف هي نماذج معادلات رئيسية منفصلة الزمن تصف فضاء طاقة وتكوين الجزيء الحيوي كمجموعة من البنى المتميزة والانتقالات القصيرة بينها. تزيد طريقة نموذج حالة ماركوف لأخذ العينات التكيفي من كفاءة المحاكاة بشكل كبير لأنها تتجنب الحساب داخل الحد الأدنى المحلي للطاقة نفسه، وهي قابلة للتطبيق على الحوسبة الموزعة (بما في ذلك على GPUGRID ) لأنها تسمح بالتجميع الإحصائي لمسارات المحاكاة القصيرة والمستقلة. [ ‡ 7 ] يتناسب الوقت اللازم لبناء نموذج حالة ماركوف عكسيًا مع عدد عمليات المحاكاة المتوازية المُشغّلة، أي عدد المعالجات المتاحة. بعبارة أخرى، يُحقق هذا النموذج توازيًا خطيًا ، مما يؤدي إلى تقليل وقت الحساب التسلسلي الإجمالي بمقدار أربعة مراتب تقريبًا . قد يحتوي نموذج حالة ماركوف المُكتمل على عشرات الآلاف من حالات العينة من فضاء طور البروتين (جميع التكوينات التي يمكن أن يتخذها البروتين) والانتقالات بينها. يُوضح النموذج أحداث الطي ومساراته، ويمكن للباحثين لاحقًا استخدام التجميع الحركي لعرض تمثيل مُبسط للنموذج عالي التفصيل. يمكنهم استخدام نماذج حالة ماركوف هذه للكشف عن كيفية طي البروتينات بشكل خاطئ ولمقارنة المحاكاة بالتجارب كميًا. [ 2 ] [ 15 ] [ 18 ]

بين عامي 2000 و2010، ازداد طول البروتينات التي درسها برنامج Folding@home بمقدار أربعة أضعاف، بينما ازدادت المدة الزمنية لمحاكاة طي البروتين بمقدار ستة أضعاف. [ 8 ] في عام 2002، استخدم برنامج Folding@home نماذج حالة ماركوف لإكمال ما يقارب مليون يوم من عمليات المحاكاة على مدار عدة أشهر، [ 6 ] وفي عام 2011، قام البرنامج بموازاة محاكاة أخرى تطلبت ما مجموعه 10  ملايين ساعة من الحوسبة. [ 19 ] في يناير 2010، استخدم برنامج Folding@home نماذج حالة ماركوف لمحاكاة ديناميكيات بروتين NTL9 بطيء الطي والمكون من 32 حمضًا أمينيًا لمدة تصل إلى 1.52  مللي ثانية، وهي مدة زمنية تتوافق مع توقعات معدل الطي التجريبية، ولكنها أطول بألف مرة مما تم تحقيقه سابقًا. يتكون النموذج من مسارات فردية متعددة، كل منها أقصر بمقدار ضعفين، وقد وفر مستوى غير مسبوق من التفاصيل حول طاقة البروتين. [ 2 ] [ 4 ] [ 20 ] في عام 2010، مُنح الباحث غريغوري بومان، من مشروع Folding@home، جائزة توماس كون لتغيير النموذج من الجمعية الكيميائية الأمريكية لتطويره برنامج MSMBuilder مفتوح المصدر، ولتحقيقه توافقًا كميًا بين النظرية والتجربة. [ 21 ] [ 22 ] تقديرًا لعمله، مُنح باندي جائزة مايكل وكيت باراني للباحثين الشباب لعام 2012 لـ"تطويره أساليب حسابية رائدة ومُغيرة للمجال لإنتاج نماذج نظرية رائدة لطي البروتين والحمض النووي الريبي"، [ 23 ] وجائزة إيرفينغ سيغال للباحثين الشباب لعام 2006 لنتائج محاكاته التي "حفزت إعادة النظر في معنى كل من قياسات المجموعة والجزيء الواحد، مما جعل جهود باندي مساهمات رائدة في منهجية المحاكاة". [ 9 ]

أمثلة على التطبيق في البحوث الطبية الحيوية

يمكن أن يؤدي سوء طي البروتين إلى مجموعة متنوعة من الأمراض ، بما في ذلك مرض الزهايمر، والسرطان ، ومرض كروتزفيلد-جاكوب ، والتليف الكيسي ، ومرض هنتنغتون ، وفقر الدم المنجلي ، والسكري من النوع الثاني . [ 9 ] [ 24 ] [ 10 ] كما تتضمن العدوى الخلوية بالفيروسات، مثل فيروس نقص المناعة البشرية والإنفلونزا ، عمليات طي على أغشية الخلايا . [ 25 ] بمجرد فهم سوء طي البروتين بشكل أفضل، يمكن تطوير علاجات تعزز قدرة الخلايا الطبيعية على تنظيم طي البروتين. تشمل هذه العلاجات استخدام جزيئات مُهندسة لتغيير إنتاج بروتين معين، أو المساعدة في تدمير بروتين مطوي بشكل خاطئ، أو المساعدة في عملية الطي. [ 26 ] يمتلك الجمع بين النمذجة الجزيئية الحاسوبية والتحليل التجريبي القدرة على تشكيل مستقبل الطب الجزيئي والتصميم العقلاني للعلاجات بشكل جذري ، [ 11 ] مثل تسريع وخفض تكاليف اكتشاف الأدوية . [ 27 ] كان الهدف من السنوات الخمس الأولى لمشروع Folding@home هو إحراز تقدم في فهم عملية طي البروتينات، بينما يتمثل الهدف الحالي في فهم عملية الطي الخاطئ والأمراض المرتبطة بها، وخاصة مرض الزهايمر. [ 11 ]

تُستخدم عمليات المحاكاة التي تُجرى على منصة Folding@home بالتزامن مع التجارب المخبرية، [ 15 ] ولكن يمكن للباحثين استخدامها لدراسة كيفية اختلاف عملية طي البروتينات في المختبر عن عملية طيها في البيئات الخلوية الطبيعية. يُعد هذا مفيدًا في دراسة جوانب الطي، والطي الخاطئ، وعلاقتها بالأمراض التي يصعب رصدها تجريبيًا. على سبيل المثال، في عام 2011، قامت منصة Folding@home بمحاكاة طي البروتين داخل نفق خروج الريبوسوم ، لمساعدة العلماء على فهم أفضل لكيفية تأثير الحصر الطبيعي والازدحام على عملية الطي. [ 12 ] [ 28 ] علاوة على ذلك، يستخدم العلماء عادةً مواد كيميائية مُفسِّخة لفك طي البروتينات من حالتها الطبيعية المستقرة. ليس من المعروف عمومًا كيف تؤثر هذه المواد على إعادة طي البروتين، ومن الصعب تحديد ما إذا كانت هذه الحالات المُفسَّخة تحتوي على هياكل متبقية قد تؤثر على سلوك الطي. في عام 2010، استخدمت منصة Folding@home وحدات معالجة الرسومات (GPUs) لمحاكاة حالات البروتين L غير المطوية ، وتوقعت معدل انهياره بما يتوافق إلى حد كبير مع النتائج التجريبية. [ 29 ]

تُتاح مجموعات البيانات الضخمة من المشروع مجانًا للباحثين الآخرين لاستخدامها عند الطلب، ويمكن الوصول إلى بعضها من موقع Folding@home الإلكتروني. [ ‡ 13 ] [ ‡ 14 ] وقد تعاون مختبر باندي مع أنظمة ديناميكيات جزيئية أخرى، مثل الحاسوب العملاق Blue Gene ، [ 30 ] ويشاركون البرمجيات الرئيسية لـ Folding@home مع باحثين آخرين، بحيث تُسهم الخوارزميات التي أفادت Folding@home في مجالات علمية أخرى. [ ‡ 13 ] في عام 2011، أصدروا برنامج Copernicus مفتوح المصدر، والذي يعتمد على نموذج MSM الخاص بـ Folding@home وطرق التوازي الأخرى، ويهدف إلى تحسين كفاءة وقابلية توسيع نطاق عمليات المحاكاة الجزيئية على مجموعات الحواسيب الكبيرة أو الحواسيب العملاقة . [ 31 ] [ 32 ] تُنشر ملخصات جميع النتائج العلمية من Folding@home على موقع Folding@home الإلكتروني بعد النشر. [ ‡ 15 ]

مرض الزهايمر

يرتبط مرض الزهايمر بتراكم شظايا بروتين بيتا النشواني في الدماغ (يمين). وقد استخدم الباحثون برنامج Folding@home لمحاكاة عملية التراكم هذه، بهدف فهم سبب المرض بشكل أفضل.

مرض الزهايمر مرض تنكسي عصبي لا شفاء منه ، يصيب كبار السن في أغلب الأحيان، ويمثل أكثر من نصف حالات الخرف . لا يزال سببه الدقيق مجهولاً، ولكنه يُعرف بأنه مرض ناتج عن خلل في طي البروتين . يرتبط الزهايمر بتجمعات سامة من ببتيد بيتا النشواني (Aβ) ، نتيجةً لخلل طي Aβ وتكتله مع ببتيدات Aβ أخرى. تنمو هذه التجمعات لتشكل لويحات شيخوخية أكبر حجماً ، وهي علامة مرضية لمرض الزهايمر. [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] ونظراً لطبيعة هذه التجمعات غير المتجانسة، واجهت الطرق التجريبية، مثل علم البلورات بالأشعة السينية والرنين المغناطيسي النووي (NMR)، صعوبة في تحديد بنيتها. علاوة على ذلك، تتطلب المحاكاة الذرية لتجمع Aβ قدرة حاسوبية عالية نظراً لحجمها وتعقيدها. [ 36 ] [ 37 ]

يُعدّ منع تجمّع بروتين بيتا أميلويد (Aβ) طريقةً واعدةً لتطوير أدوية علاجية لمرض الزهايمر، وفقًا لما ذكره نعيم وفاضلي في مقال استعراضي للأدبيات . [ 38 ] في عام 2008، قام برنامج Folding@home بمحاكاة ديناميكيات تجمّع بروتين بيتا أميلويد (Aβ) بتفاصيل ذرية على مدى فترات زمنية تصل إلى عشرات الثواني. في حين لم تتمكن الدراسات السابقة إلا من محاكاة حوالي 10 ميكروثانية. استطاع برنامج Folding@home محاكاة طيّ بروتين بيتا أميلويد (Aβ) لفترة أطول بستة مراتب من السابق. استخدم الباحثون نتائج هذه الدراسة لتحديد بنية بيتا هيربين التي تُعدّ مصدرًا رئيسيًا للتفاعلات الجزيئية داخل البنية. [ 39 ] ساعدت هذه الدراسة مختبر باندي في إعداده لإجراء دراسات تجمّع مستقبلية، ولإجراء المزيد من الأبحاث للعثور على ببتيد صغير قد يُساهم في استقرار عملية التجمّع. [ 36 ]

في ديسمبر 2008، اكتشف مشروع Folding@home عدة مرشحات دوائية صغيرة يبدو أنها تثبط سمية تجمعات بروتين بيتا النشواني (Aβ). [ 16 ] وفي عام 2010، وبالتعاون الوثيق مع مركز آليات طي البروتين، بدأ اختبار هذه المرشحات الدوائية على الأنسجة البيولوجية . [ 10 ] وفي عام 2011، أكمل مشروع Folding@home محاكاة عدة طفرات في بروتين بيتا النشواني (Aβ) يبدو أنها تُثبّت تكوين التجمعات، مما قد يُساعد في تطوير علاجات دوائية لهذا المرض، ويُسهم بشكل كبير في دراسات مطيافية الرنين المغناطيسي النووي التجريبية لقليل الوحدات من بروتين بيتا النشواني (Aβ) . [ 37 ] [ 40 ] وفي وقت لاحق من ذلك العام، بدأ مشروع Folding@home محاكاة أجزاء مختلفة من بروتين بيتا النشواني (Aβ) لتحديد كيفية تأثير الإنزيمات الطبيعية المختلفة على بنية بروتين بيتا النشواني (Aβ) وطيه. [ 17 ] [ 18 ]

مرض هنتنغتون

مرض هنتنغتون هو اضطراب وراثي تنكسي عصبي يرتبط بطي البروتين الخاطئ وتجمعه. يؤدي التكرار المفرط لحمض الغلوتامين الأميني في الطرف الأميني لبروتين هنتنغتين إلى هذا التجمع، وعلى الرغم من أن سلوك هذه التكرارات غير مفهوم تمامًا، إلا أنه يؤدي إلى التدهور المعرفي المصاحب للمرض. [ 41 ] وكما هو الحال مع التجمعات الأخرى، يصعب تحديد بنيته تجريبيًا. [ 42 ] يستخدم العلماء برنامج Folding@home لدراسة بنية تجمع بروتين هنتنغتين والتنبؤ بكيفية تشكله، مما يساعد في تطوير أساليب تصميم الأدوية العقلانية لوقف تكوين هذا التجمع. [ 10 ] يُسرّع جزء N17 من بروتين هنتنغتين هذا التجمع، وعلى الرغم من وجود العديد من الآليات المقترحة، إلا أن دوره الدقيق في هذه العملية لا يزال غير معروف إلى حد كبير. [ 43 ] قام برنامج Folding@home بمحاكاة هذا الجزء وأجزاء أخرى لتوضيح أدوارها في المرض. [ ‡ 19 ] منذ عام 2008، تم تطبيق أساليب تصميم الأدوية الخاصة بها لمرض الزهايمر على مرض هنتنغتون. [ ‡ 10 ]

سرطان

أكثر من نصف حالات السرطان المعروفة مرتبطة بطفرات في جين p53 ، وهو بروتين كابح للأورام موجود في كل خلية، ينظم دورة الخلية ويرسل إشارات موت الخلية في حال تلف الحمض النووي . يمكن لطفرات محددة في p53 أن تعطل هذه الوظائف، مما يسمح للخلية غير الطبيعية بالاستمرار في النمو دون رادع، ما يؤدي إلى تطور الأورام . يساعد تحليل هذه الطفرات في تفسير الأسباب الجذرية للسرطانات المرتبطة بـ p53. [ 44 ] في عام 2004، استُخدم برنامج Folding@home لإجراء أول دراسة ديناميكية جزيئية لإعادة طي ثنائي بروتين p53 في محاكاة ذرية كاملة للماء . توافقت نتائج المحاكاة مع الملاحظات التجريبية، وقدمت رؤى جديدة حول إعادة طي الثنائي لم تكن متاحة سابقًا. [ 45 ] كان هذا أول منشور مُحكّم حول السرطان من مشروع حوسبة موزعة. [ 46 ] في العام التالي، طوّر برنامج Folding@home طريقة جديدة لتحديد الأحماض الأمينية الأساسية لاستقرار بروتين معين، والتي استُخدمت بعد ذلك لدراسة طفرات p53. كانت هذه الطريقة ناجحة إلى حد معقول في تحديد الطفرات المسببة للسرطان، كما حددت آثار طفرات محددة لم يكن من الممكن قياسها تجريبياً بطريقة أخرى. [ 47 ]

يُستخدم برنامج Folding@home أيضًا لدراسة البروتينات المرافقة ، [ ‡ 10 ] وبروتينات الصدمة الحرارية التي تلعب أدوارًا أساسية في بقاء الخلية من خلال المساعدة في طي البروتينات الأخرى في البيئة المزدحمة والمجهدة كيميائيًا داخل الخلية. تعتمد الخلايا السرطانية سريعة النمو على بروتينات مرافقة محددة، وتلعب بعض هذه البروتينات أدوارًا رئيسية في مقاومة العلاج الكيميائي . يُنظر إلى تثبيط هذه البروتينات المرافقة المحددة على أنه آليات عمل محتملة لأدوية العلاج الكيميائي الفعالة أو للحد من انتشار السرطان. [ 48 ] باستخدام برنامج Folding@home وبالتعاون الوثيق مع مركز آليات طي البروتين، يأمل مختبر باندي في إيجاد دواء يثبط تلك البروتينات المرافقة المشاركة في الخلايا السرطانية. [ ‡ 20 ] كما يستخدم الباحثون برنامج Folding@home لدراسة جزيئات أخرى مرتبطة بالسرطان، مثل إنزيم Src kinase ، وبعض أشكال نطاق engrailed homeodomain : وهو بروتين كبير قد يكون متورطًا في العديد من الأمراض، بما في ذلك السرطان. [ ‡ 21 ] [ ‡ 22 ] في عام 2011، بدأ مشروع Folding@home محاكاة ديناميكيات بروتين نوتين الصغير EETI، الذي يمكنه تحديد الأورام السرطانية في فحوصات التصوير عن طريق الارتباط بمستقبلات سطح الخلايا السرطانية. [ ‡ 23 ] [ ‡ 24 ]

الإنترلوكين 2 (IL-2) هو بروتين يساعد الخلايا التائية في الجهاز المناعي على مهاجمة مسببات الأمراض والأورام. مع ذلك، فإن استخدامه كعلاج للسرطان محدود بسبب آثاره الجانبية الخطيرة، مثل الوذمة الرئوية . يرتبط IL-2 بخلايا الرئة هذه بطريقة مختلفة عن ارتباطه بالخلايا التائية، لذا فإن أبحاث IL-2 تتضمن فهم الاختلافات بين آليات الارتباط هذه. في عام 2012، ساهم مشروع Folding@home في اكتشاف شكل متحور من IL-2 أكثر فعالية بثلاثمائة ضعف في دوره المناعي، ولكنه أقل آثارًا جانبية. في التجارب، تفوق هذا الشكل المعدل بشكل ملحوظ على IL-2 الطبيعي في تثبيط نمو الورم. وقد أبدت شركات الأدوية اهتمامًا بالجزيء المتحور، وتقوم المعاهد الوطنية للصحة باختباره على مجموعة واسعة من نماذج الأورام في محاولة لتسريع تطويره كعلاج. [ 49 ] [ 50 ]

تكون العظم الناقص

مرض تكون العظم الناقص ، المعروف أيضًا بمرض هشاشة العظام، هو اضطراب وراثي عضال يصيب العظام وقد يكون مميتًا. يعجز المصابون بهذا المرض عن تكوين نسيج عظمي ضام وظيفي. ويعود ذلك في أغلب الأحيان إلى طفرة في الكولاجين من النوع الأول ، [ 51 ] الذي يؤدي وظائف هيكلية متنوعة ويُعد البروتين الأكثر وفرة في الثدييات . [ 52 ] تُسبب هذه الطفرة تشوهًا في بنية الحلزون الثلاثي للكولاجين ، والذي يؤدي، في حال عدم تدميره طبيعيًا، إلى نسيج عظمي غير طبيعي وضعيف. [ 53 ] في عام 2005، اختبر مشروع Folding@home طريقة ميكانيكية كمية جديدة حسّنت من طرق المحاكاة السابقة، والتي قد تكون مفيدة في الدراسات الحاسوبية المستقبلية للكولاجين. [ 54 ] على الرغم من أن الباحثين استخدموا Folding@home لدراسة طي الكولاجين واختلال طيه، إلا أن هذا المشروع لا يزال في مراحله التجريبية مقارنةً بأبحاث مرض الزهايمر ومرض هنتنغتون. [ 10 ]

الفيروسات

يُساهم مشروع Folding@home في الأبحاث الرامية إلى منع بعض الفيروسات ، مثل الإنفلونزا وفيروس نقص المناعة البشرية ، من التعرّف على الخلايا البيولوجية ودخولها . [ 10 ] في عام 2011، بدأ مشروع Folding@home محاكاة ديناميكيات إنزيم RNase H ، وهو مُكوّن رئيسي لفيروس نقص المناعة البشرية، في محاولة لتصميم أدوية لتعطيله. [ 25 ] كما استُخدم مشروع Folding@home لدراسة اندماج الأغشية ، وهو حدث أساسي للعدوى الفيروسية ومجموعة واسعة من الوظائف البيولوجية. يتضمن هذا الاندماج تغييرات في بنية بروتينات الاندماج الفيروسية والتحام البروتينات ، [ 25 ] لكن الآليات الجزيئية الدقيقة وراء الاندماج لا تزال غير معروفة إلى حد كبير. [ 55 ] قد تتكون أحداث الاندماج من أكثر من نصف مليون ذرة تتفاعل لمئات الميكروثواني. هذا التعقيد يُحدّ من عمليات المحاكاة الحاسوبية النموذجية إلى حوالي عشرة آلاف ذرة على مدى عشرات النانوثواني: وهو فرقٌ كبيرٌ جدًا. [ 39 ] سيساهم تطوير نماذج للتنبؤ بآليات اندماج الأغشية في الفهم العلمي لكيفية استهداف هذه العملية بالأدوية المضادة للفيروسات. [ 56 ] في عام 2006، طبق العلماء نماذج ماركوف وشبكة Folding@home لاكتشاف مسارين للاندماج واكتساب رؤى آلية أخرى. [ 39 ]

بعد إجراء محاكاة تفصيلية باستخدام برنامج Folding@home للخلايا الصغيرة المعروفة باسم الحويصلات ، قدم مختبر باندي في عام 2007 طريقة حسابية جديدة لقياس بنية التغيرات الهيكلية أثناء اندماجها. [ 57 ] وفي عام 2009، استخدم الباحثون برنامج Folding@home لدراسة طفرات الهيماغلوتينين الخاص بفيروس الإنفلونزا ، وهو بروتين يربط الفيروس بالخلية المضيفة ويساعد في دخوله. تؤثر طفرات الهيماغلوتينين على مدى قوة ارتباط البروتين بجزيئات مستقبلات سطح الخلية المضيفة ، مما يحدد مدى قدرة سلالة الفيروس على إصابة الكائن المضيف. تساعد معرفة آثار طفرات الهيماغلوتينين في تطوير الأدوية المضادة للفيروسات . [ 58 ] [ 59 ] وحتى عام 2012، استمر برنامج Folding@home في محاكاة طي الهيماغلوتينين وتفاعلاته، مكملاً بذلك الدراسات التجريبية في جامعة فرجينيا . [ 10 ] [ 26 ]

في مارس 2020، أطلقت مبادرة Folding@home برنامجًا لدعم الباحثين حول العالم الذين يعملون على إيجاد علاج لفيروس كورونا المستجد (كوفيد-19) وفهم المزيد عن جائحة كورونا . تحاكي الموجة الأولى من المشاريع أهدافًا بروتينية قابلة للاستهداف الدوائي من فيروس SARS-CoV-2، وفيروس SARS-CoV ذي الصلة، والذي تتوفر عنه بيانات أكثر بكثير. [ 60 ] [ 27 ] [ 61 ]

تصميم الأدوية

تعمل الأدوية عن طريق الارتباط بمواقع محددة على الجزيئات المستهدفة وإحداث تغيير مرغوب فيه، مثل تعطيل الهدف أو إحداث تغيير في بنيته . من الناحية المثالية، يجب أن يكون تأثير الدواء شديد التخصص، وأن يرتبط فقط بهدفه دون التأثير على الوظائف البيولوجية الأخرى. مع ذلك، يصعب تحديد مكان وقوة ارتباط جزيئين بدقة . نظرًا لمحدودية القدرة الحاسوبية، غالبًا ما تضطر الطرق الحاسوبية الحالية إلى التضحية بالسرعة مقابل الدقة ؛ على سبيل المثال، استخدام طرق سريعة لربط البروتينات بدلًا من حسابات الطاقة الحرة المكلفة حسابيًا . يتيح الأداء الحاسوبي لبرنامج Folding@home للباحثين استخدام كلا الطريقتين، وتقييم كفاءتهما وموثوقيتهما. [ ‡ 11 ] [ ‡ 28 ] [ 62 ] يتمتع تصميم الأدوية بمساعدة الحاسوب بإمكانية تسريع عملية اكتشاف الأدوية وخفض تكاليفها. [ 27 ] في عام 2010، استخدم برنامج Folding@home نماذج MSM وحسابات الطاقة الحرة للتنبؤ بالحالة الأصلية لبروتين الفيلين بدقة تصل إلى 1.8 أنغستروم (Å) كمتوسط ​​انحراف تربيعي (RMSD) عن البنية البلورية التي تم تحديدها تجريبيًا باستخدام علم البلورات بالأشعة السينية . لهذه الدقة آثارٌ على أساليب التنبؤ ببنية البروتينات في المستقبل، بما في ذلك البروتينات غير المنظمة بطبيعتها . [ 39 ] استخدم العلماء برنامج Folding@home لدراسة مقاومة الأدوية من خلال دراسة الفانكومايسين ، وهو مضاد حيوي يُستخدم كخط علاج أخير ، وبيتا لاكتاماز ، وهو بروتين قادر على تحليل المضادات الحيوية مثل البنسلين . [ 29 ] [ 30 ]

يحدث النشاط الكيميائي على طول الموقع النشط للبروتين . تتضمن طرق تصميم الأدوية التقليدية الارتباط الوثيق بهذا الموقع ومنع نشاطه، بافتراض أن البروتين المستهدف موجود في بنية صلبة واحدة. مع ذلك، لا تنجح هذه الطريقة إلا مع حوالي 15% فقط من جميع البروتينات. تحتوي البروتينات على مواقع تنظيمية ، والتي عند ارتباطها بجزيئات صغيرة، يمكنها تغيير بنية البروتين والتأثير في النهاية على نشاطه. تُعد هذه المواقع أهدافًا دوائية جذابة، لكن تحديدها مكلف حسابيًا للغاية . في عام 2012، استُخدم برنامجا Folding@home وMSMs لتحديد المواقع التنظيمية في ثلاثة بروتينات ذات أهمية طبية: بيتا لاكتاماز، وإنترلوكين-2 ، و RNase H. [ ‡ 30 ] [ 63 ]

يُعيق ما يقارب نصف المضادات الحيوية المعروفة عمل الريبوسوم البكتيري ، وهو جهاز كيميائي حيوي كبير ومعقد يُؤدي وظيفة تخليق البروتين عن طريق ترجمة الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) إلى بروتينات. تعمل المضادات الحيوية من فئة الماكروليدات على سدّ نفق خروج الريبوسوم، مما يمنع تخليق البروتينات البكتيرية الأساسية. في عام 2007، حصل مختبر باندي على منحة لدراسة وتصميم مضادات حيوية جديدة. [ 10 ] وفي عام 2008، استخدموا برنامج Folding@home لدراسة البنية الداخلية لهذا النفق وكيفية تأثير جزيئات محددة عليه. [ 64 ] لم يتم تحديد البنية الكاملة للريبوسوم إلا في عام 2011، كما قام برنامج Folding@home بمحاكاة البروتينات الريبوسومية ، نظرًا لأن العديد من وظائفها لا تزال غير معروفة إلى حد كبير. [ 31 ]

أنماط المشاركة

على غرار مشاريع الحوسبة الموزعة الأخرى ، يُعدّ مشروع Folding@home مشروعًا علميًا تشاركيًا عبر الإنترنت . في هذه المشاريع، يُساهم غير المتخصصين بقدرات معالجة حاسوبية أو يُساعدون في تحليل البيانات التي يُنتجها علماء متخصصون. ولا يحصل المشاركون على مكافأة ظاهرة تُذكر.

أُجريت أبحاثٌ حول دوافع العلماء المواطنين، وقد خلصت معظم هذه الدراسات إلى أن المشاركين مدفوعون بدوافع إيثارية؛ أي أنهم يرغبون في مساعدة العلماء والمساهمة في تطوير أبحاثهم. [ 65 ] [ 66 ] [ 67 ] [ 68 ] لدى العديد من المشاركين في العلوم المدنية اهتمامٌ كامنٌ بموضوع البحث، ويميلون إلى المشاريع التي تقع ضمن مجالات تهمهم. ولا يختلف مشروع Folding@home في هذا الصدد. [ 69 ] وكشفت دراسةٌ أُجريت مؤخرًا على أكثر من 400 مشاركٍ نشطٍ أنهم يرغبون في المساهمة في البحث، وأن العديد منهم لديهم أصدقاء أو أقارب مصابون بالأمراض التي يدرسها علماء Folding@home.

يجذب مشروع Folding@home مشاركين من هواة أجهزة الحاسوب. تُسهم هذه المجموعات بخبرات كبيرة في المشروع، وتستطيع بناء حواسيب ذات قدرات معالجة متقدمة. [ 70 ] تجذب مشاريع الحوسبة الموزعة الأخرى هذا النوع من المشاركين، وغالبًا ما تُستخدم هذه المشاريع لتقييم أداء الحواسيب المُعدّلة، ويُلبّى هذا الجانب من الهواية من خلال الطبيعة التنافسية للمشروع. إذ يُمكن للأفراد والفرق التنافس لمعرفة من يستطيع معالجة أكبر عدد من وحدات المعالجة المركزية (CPU).

أظهر هذا البحث الأخير حول مشروع Folding@home، والذي تضمن مقابلات وملاحظات إثنوغرافية لمجموعات عبر الإنترنت، أن فرقًا من هواة الأجهزة يمكنها أحيانًا العمل معًا، وتبادل أفضل الممارسات فيما يتعلق بتحقيق أقصى قدر من كفاءة المعالجة. ويمكن لهذه الفرق أن تُصبح مجتمعات ممارسة ، ذات لغة وثقافة مشتركة عبر الإنترنت. وقد لوحظ هذا النمط من المشاركة في مشاريع حوسبة موزعة أخرى. [ 71 ] [ 72 ]

من الملاحظات الرئيسية الأخرى حول المشاركين في مشروع Folding@home أن معظمهم من الذكور. [ 69 ] وقد لوحظ هذا الأمر أيضاً في مشاريع أخرى موزعة. علاوة على ذلك، يعمل العديد من المشاركين في وظائف ومجالات تعتمد على الحاسوب والتكنولوجيا. [ 69 ] [ 73 ] [ 74 ]

ليس جميع المشاركين في مشروع Folding@home من هواة الأجهزة. فالعديد منهم يشغلون برمجيات المشروع على أجهزة غير معدلة ويشاركون في منافسات. وبحلول يناير 2020، انخفض عدد المستخدمين إلى 30,000. [ 75 ] ومع ذلك، يصعب تحديد نسبة المشاركين من هواة الأجهزة. مع ذلك، ووفقًا لمديري المشروع، فإن مساهمة مجتمع الهواة أكبر بكثير من حيث قوة المعالجة. [ 76 ]

أداء

قوة الحوسبة لجهاز Folding@home وأسرع حاسوب عملاق من أبريل 2004 إلى أكتوبر 2012. بين يونيو 2007 ويونيو 2011، تفوق أداء Folding@home (باللون الأحمر) على أداء أسرع حاسوب عملاق في قائمة Top500 (باللون الأسود). إلا أنه تفوق عليه حاسوب K في نوفمبر 2011، ثم حاسوب Blue Gene/Q في يونيو 2012.

يُقيّم أداء الحواسيب العملاقة (FLOPS) بتشغيل معيار LINPACK التقليدي . يواجه هذا الاختبار قصير المدى صعوبة في عكس الأداء المستدام بدقة في المهام الواقعية، لأن LINPACK يُحاكي أجهزة الحواسيب العملاقة بكفاءة أكبر. تختلف أنظمة الحوسبة في بنيتها وتصميمها، مما يجعل المقارنة المباشرة صعبة. مع ذلك، لا يزال FLOPS المقياس الأساسي للسرعة المستخدم في الحوسبة العملاقة. [ 77 ] في المقابل، يُحدد مشروع Folding@home أداءه (FLOPS) باستخدام وقت التشغيل الفعلي ، وذلك بقياس الوقت الذي تستغرقه وحدات العمل لإكمالها. [ 78 ]

في 16 سبتمبر 2007، وبفضل مشاركة أجهزة بلاي ستيشن 3 بشكل كبير، حقق مشروع Folding@home رسميًا مستوى أداء مستدامًا يتجاوز بيتافلوب واحد ، ليصبح أول نظام حاسوبي من أي نوع يحقق هذا الإنجاز. [ 32 ] [ 79 ] وكان أسرع حاسوب عملاق في قائمة Top500 آنذاك هو BlueGene/L ، بقدرة 0.280 بيتافلوب. [ 80 ] وفي العام التالي، في 7 مايو 2008، حقق المشروع مستوى أداء مستدامًا يتجاوز بيتافلوبين، [ 81 ] تلاه تحقيق إنجازات أخرى بوصوله إلى ثلاثة وأربعة بيتافلوب في أغسطس 2008 [ 82 ] [ 83 ] و28 سبتمبر 2008 على التوالي. [ 84 ] في 18 فبراير 2009، حقق مشروع Folding@home خمسة بيتافلوب أصلية، [ 33 ] [ 85 ] وكان أول مشروع حاسوبي يصل إلى هذه المستويات الخمسة. [ 86 ] [ 87 ] للمقارنة، كان أسرع حاسوب عملاق في نوفمبر 2008 هو Roadrunner من IBM بسرعة 1.105 بيتافلوب. [ 88 ] في 10 نوفمبر 2011، تجاوز أداء Folding@home ستة بيتافلوب أصلية، أي ما يعادل ثمانية بيتافلوب x86 تقريبًا. [ 79 ] [ 34 ] في منتصف مايو 2013، حقق Folding@home أكثر من سبعة بيتافلوب أصلية، أي ما يعادل 14.87 بيتافلوب x86. ثم بلغ أداء النظام ثمانية بيتافلوبس أصلية في 21 يونيو، تلتها تسعة بيتافلوبس في 9 سبتمبر من العام نفسه، ليصل إلى 17.9 بيتافلوبس x86. [ 89 ] وفي 11 مايو 2016، أعلنت شركة Folding@home أنها تقترب من بلوغ عتبة 100 بيتافلوبس x86. [ 35 ]

ازداد استخدام المشروع نتيجةً لزيادة الوعي والمشاركة فيه خلال جائحة كورونا عام 2020. في 20 مارس 2020، أعلن مشروع Folding@home عبر تويتر أنه يعمل بأكثر من 470 بيتافلوب أصلية، [ 90 ] أي ما يعادل 958 بيتافلوب x86. [ 36 ] وبحلول 25 مارس، وصل إلى 768 بيتافلوب، أو 1.5 إكسافلوب x86، ليصبح بذلك أول نظام حوسبة إكسافلوب . [ 91 ]

اعتبارًا من 31 أكتوبر 2025 تبلغ القدرة الحاسوبية لبرنامج Folding@home 12.9 بيتا فلوبس أصلية، أو 24.8 بيتا فلوبس x86. [ ‡ 37 ]

نقاط

على غرار مشاريع الحوسبة الموزعة الأخرى، يُقيّم مشروع Folding@home مساهمات المستخدمين الحاسوبية في المشروع كميًا من خلال نظام نقاط. [ ‡ 38 ] جميع الوحدات من مشروع بروتيني مُحدد لها رصيد أساسي موحد، يُحدد عن طريق قياس أداء وحدة عمل واحدة أو أكثر من ذلك المشروع على جهاز مرجعي رسمي قبل إصدار المشروع. [ ‡ 38 ] يحصل كل مستخدم على هذه النقاط الأساسية لإكمال كل وحدة عمل، مع إمكانية الحصول على نقاط إضافية باستخدام رمز مرور لإكمال الوحدات الأكثر تطلبًا من الناحية الحسابية أو ذات الأولوية العلمية بشكل موثوق وسريع. [ ‡ 39 ] [ ‡ 40 ] قد يحصل المستخدمون أيضًا على نقاط مقابل عملهم من عملاء على أجهزة متعددة. [ ‡ 41 ] يسعى نظام النقاط هذا إلى مواءمة الرصيد الممنوح مع قيمة النتائج العلمية. [ ‡ 38 ]

يمكن للمستخدمين تسجيل مساهماتهم ضمن فريق، حيث تُجمع نقاط جميع أعضائه. بإمكان المستخدم إنشاء فريقه الخاص، أو الانضمام إلى فريق قائم. في بعض الحالات، قد يمتلك الفريق مصادر مساعدة أو تجنيد خاصة به، مدفوعة من المجتمع، مثل منتدى على الإنترنت . [ 92 ] تُشجع النقاط على المنافسة الودية بين الأفراد والفرق لتحقيق أكبر قدر من النقاط للمشروع، مما يُفيد مجتمع Folding@home ويُسرّع البحث العلمي. [ 38 ] [ 93 ] [ 94 ] تُنشر إحصائيات الأفراد والفرق على موقع Folding@home الإلكتروني. [ 38 ]

إذا لم يُنشئ المستخدم فريقًا جديدًا، أو لم ينضم إلى فريق موجود، فإنه يُصبح تلقائيًا جزءًا من فريق "افتراضي". يحمل هذا الفريق "الافتراضي" رقم "0". تُجمع الإحصائيات لهذا الفريق "الافتراضي" بالإضافة إلى إحصائيات الفرق المُسماة بأسماء خاصة.

برمجة

يتضمن برنامج Folding@home في نهاية المستخدم ثلاثة مكونات أساسية: وحدات العمل، والنوى، والعميل.

وحدات العمل

وحدة العمل هي بيانات البروتين التي يُطلب من المستخدم معالجتها. تمثل وحدات العمل جزءًا من عملية المحاكاة بين الحالات في نموذج ماركوف . بعد تنزيل وحدة العمل ومعالجتها بالكامل بواسطة جهاز المتطوع، تُعاد إلى خوادم Folding@home، التي بدورها تمنح المتطوع نقاطًا. تتكرر هذه العملية تلقائيًا. [ 93 ] لكل وحدة عمل موعد نهائي، وفي حال تجاوز هذا الموعد، قد لا يحصل المستخدم على النقاط، وستُعاد الوحدة تلقائيًا إلى مشارك آخر. نظرًا لأن طي البروتين يحدث بشكل تسلسلي، ولأن العديد من وحدات العمل تُنشأ من الوحدات السابقة، فإن هذا يسمح لعملية المحاكاة بالاستمرار بشكل طبيعي حتى في حال عدم إعادة وحدة العمل بعد فترة زمنية معقولة. وبسبب هذه المواعيد النهائية، فإن الحد الأدنى لمتطلبات النظام لتشغيل Folding@home هو معالج Pentium  3 بسرعة 450  ميجاهرتز مع تقنية Streaming SIMD Extensions (SSE). [ ‡ 41 ] ومع ذلك، فإن وحدات العمل للعملاء ذوي الأداء العالي لها مهلة أقصر بكثير من تلك الخاصة بالعميل أحادي المعالج، حيث يعتمد جزء كبير من الفائدة العلمية على إكمال عمليات المحاكاة بسرعة. [ ‡ 42 ]

قبل الإصدار العام، تخضع وحدات العمل لعدة مراحل لضمان الجودة لمنع وصول الوحدات التي بها مشاكل إلى المستخدمين بشكل كامل. تشمل مراحل الاختبار هذه اختبارات داخلية، وتجريبية، ومتقدمة، قبل الإصدار النهائي الكامل عبر منصة Folding@home. [ ‡ 43 ] عادةً ما تتم معالجة وحدات العمل في Folding@home مرة واحدة فقط، إلا في حالات نادرة تحدث فيها أخطاء أثناء المعالجة. إذا حدث هذا الخطأ لثلاثة مستخدمين مختلفين، تُسحب الوحدة تلقائيًا من التوزيع. [ ‡ 44 ] [ ‡ 45 ] يمكن استخدام منتدى دعم Folding@home للتمييز بين المشاكل الناجمة عن أعطال في الأجهزة ووحدات العمل المعيبة. [ ‡ 46 ]

النوى

تُجري برامج ديناميكيات الجزيئات المتخصصة، والتي يُشار إليها باسم "FahCores" ويُختصر غالبًا إلى "cores"، الحسابات على وحدة العمل كعملية في الخلفية . تعتمد غالبية نوى Folding@home على GROMACS ، [ 93 ] أحد أسرع حزم برامج ديناميكيات الجزيئات وأكثرها شيوعًا، والذي يتكون في معظمه من كود لغة تجميع مُحسَّن يدويًا وتحسينات للأجهزة. [ 95 ] [ 96 ] على الرغم من أن GROMACS برنامج مفتوح المصدر وهناك جهد تعاوني بين مختبر Pande ومطوري GROMACS، إلا أن Folding@home يستخدم ترخيصًا مغلق المصدر للمساعدة في ضمان صحة البيانات. [ 47 ] تشمل النوى الأقل نشاطًا ProtoMol وSHARPEN. استخدم Folding@home سابقًا AMBER و CPMD و Desmond و TINKER ، ولكن تم إيقاف تشغيلها منذ ذلك الحين ولم تعد قيد الاستخدام. [ ‡ 3 ] [ ‡ 48 ] [ ‡ 49 ] تُجري بعض هذه النوى حسابات مذيب صريحة، حيث يتم نمذجة المذيب المحيط (عادةً الماء) ذرةً بذرة؛ بينما تُجري نوى أخرى طرق مذيب ضمنية ، حيث يُعامل المذيب كوسط رياضي متصل. [ 97 ] [ ‡ 50 ] النواة منفصلة عن العميل لتمكين تحديث الأساليب العلمية تلقائيًا دون الحاجة إلى تحديث العميل. تُنشئ النوى نقاط تفتيش حسابية دوريًا ، بحيث يمكنها استئناف العمل من تلك النقطة عند بدء التشغيل في حال انقطاعها. [ 93 ]

عميل

Folding@home يعمل على نظام Fedora 25

يقوم أحد المشاركين في مشروع Folding@home بتثبيت برنامج عميل على حاسوبه الشخصي . يتفاعل المستخدم مع هذا البرنامج، الذي يدير مكونات البرامج الأخرى في الخلفية. من خلال هذا البرنامج، يمكن للمستخدم إيقاف عملية الطي مؤقتًا، أو فتح سجل الأحداث، أو التحقق من تقدم العمل، أو عرض الإحصائيات الشخصية. [ ‡ 51 ] تعمل برامج العميل على الحاسوب باستمرار في الخلفية بأولوية منخفضة جدًا، مستخدمةً طاقة المعالجة الخاملة بحيث لا تتأثر الاستخدامات العادية للحاسوب. [ ‡ 41 ] يمكن ضبط الحد الأقصى لاستخدام وحدة المعالجة المركزية من خلال إعدادات البرنامج. [ ‡ 51 ] [ ‡ 52 ] يتصل البرنامج بخادم Folding@home ويسترجع وحدة عمل، وقد يقوم أيضًا بتنزيل النواة المناسبة لإعدادات البرنامج ونظام التشغيل وبنية الأجهزة الأساسية. بعد المعالجة، تُعاد وحدة العمل إلى خوادم Folding@home. برامج العميل مصممة خصيصًا لأنظمة المعالجات أحادية النواة ومتعددة النوى ، ووحدات معالجة الرسومات . يُتيح تنوّع وقوة كل بنية من بنى الأجهزة لبرنامج Folding@home إمكانية إنجاز أنواع عديدة من عمليات المحاكاة بكفاءة وفي وقت قياسي (في غضون أسابيع أو أشهر بدلاً من سنوات)، وهو ما يُعدّ ذا قيمة علمية كبيرة. وتُمكّن هذه البرامج مجتمعةً الباحثين من دراسة مسائل طبية حيوية كانت تُعتبر سابقًا غير عملية من الناحية الحسابية. [ ‡ 11 ] [ 93 ] [ ‡ 42 ]

يتولى مطورو البرامج المحترفون مسؤولية معظم شفرة برنامج Folding@home، سواءً من جانب العميل أو الخادم. ويضم فريق التطوير مبرمجين من شركات Nvidia و ATI و Sony وCauldron Development. [ ‡ 53 ] لا يمكن تنزيل برامج العميل إلا من موقع Folding@home الرسمي أو من شركائه التجاريين، وتتفاعل فقط مع ملفات حاسوب Folding@home. تقوم هذه البرامج بتحميل وتنزيل البيانات من خوادم بيانات Folding@home (عبر المنفذ  8080، مع إمكانية استخدام المنفذ 80 كبديل)، ويتم التحقق من الاتصال باستخدام توقيعات رقمية بطول 2048 بت . [ ‡ 41 ] [ ‡ 54 ] على الرغم من أن واجهة المستخدم الرسومية (GUI) لبرنامج العميل مفتوحة المصدر، [ ‡ 55 ] إلا أن البرنامج نفسه مملوك لشركة أخرى، وذلك لأسباب تتعلق بالأمان والنزاهة العلمية. [ ‡ 56 ] [ ‡ 57 ] [ 98 ]

مع ذلك، يُثار جدلٌ حول هذا الأساس المنطقي لاستخدام البرامج الاحتكارية، فبينما يُمكن إنفاذ الترخيص قانونيًا بأثر رجعي، إلا أنه لا يمنع عمليًا تعديل الملفات الثنائية القابلة للتنفيذ (المعروف أيضًا بالتصحيح ) . وبالمثل، لا يمنع التوزيع الثنائي فقط التعديل الخبيث للشيفرة الثنائية القابلة للتنفيذ، سواءً من خلال هجوم الوسيط أثناء التنزيل عبر الإنترنت، [ 99 ] أو عن طريق إعادة توزيع الملفات الثنائية من قِبل طرف ثالث بعد تعديلها مسبقًا، إما في حالتها الثنائية (أي بعد التصحيح )، [ 100 ] أو عن طريق فك تجميعها [ 101 ] وإعادة تجميعها بعد التعديل. [ 102 ] [ 103 ] هذه التعديلات ممكنة ما لم تكن الملفات الثنائية - وقناة النقل - مُوقّعة ، وكان بإمكان المُستلم/النظام التحقق من التوقيع الرقمي، وفي هذه الحالة يُمكن اكتشاف التعديلات غير المبررة، ولكن ليس دائمًا. [ 104 ] في كلتا الحالتين، بما أن بيانات الإدخال ونتيجة الإخراج التي تتم معالجتها بواسطة برنامج العميل في حالة Folding@home يتم توقيعها رقميًا، [ ‡ 41 ] [ ‡ 54 ] يمكن التحقق من سلامة العمل بشكل مستقل عن سلامة برنامج العميل نفسه.  

يستخدم برنامج Folding@home مكتبات برمجيات Cosm للشبكات. [ 93 ] [ 53 ] أُطلق برنامج Folding@home في  1 أكتوبر 2000، وكان أول مشروع حوسبة موزعة يستهدف الأنظمة الجزيئية الحيوية. [ 105 ] كان أول عميل له عبارة عن شاشة توقف ، تعمل عندما لا يكون الحاسوب قيد الاستخدام. [ 106 ] [ 58 ] في عام 2004، تعاون مختبر باندي مع ديفيد ب. أندرسون لاختبار عميل إضافي على إطار عمل BOINC مفتوح المصدر . أُصدر هذا العميل في نسخة تجريبية مغلقة في أبريل 2005؛ [ 59 ] ومع ذلك، أصبحت الطريقة غير عملية وتم إيقافها في يونيو 2006. [ 60 ]

وحدات معالجة الرسومات

صُممت وحدات معالجة الرسومات (GPU) المتخصصة لتسريع عرض تطبيقات الرسومات ثلاثية الأبعاد،  مثل ألعاب الفيديو، وتتفوق بشكل ملحوظ على وحدات المعالجة المركزية (CPU) في بعض أنواع العمليات الحسابية. تُعد وحدات معالجة الرسومات من أقوى منصات الحوسبة وأسرعها نموًا، ويسعى العديد من العلماء والباحثين إلى تطوير الحوسبة العامة باستخدامها (GPGPU). مع ذلك، يصعب استخدام وحدات معالجة الرسومات في المهام غير الرسومية، وعادةً ما يتطلب ذلك إعادة هيكلة كبيرة للخوارزميات وفهمًا متقدمًا للبنية الأساسية. [ 107 ] يُمثل هذا التخصيص تحديًا، لا سيما للباحثين ذوي موارد تطوير البرمجيات المحدودة. يستخدم برنامج Folding@home مكتبة OpenMM مفتوحة المصدر ، التي تعتمد نمط تصميم جسري بمستويين من واجهة برمجة التطبيقات (API) لربط برنامج محاكاة الجزيئات ببنية الأجهزة الأساسية. مع إضافة تحسينات الأجهزة، لا تحتاج عمليات المحاكاة القائمة على OpenMM باستخدام وحدات معالجة الرسومات إلى تعديلات كبيرة، بل تحقق أداءً يُقارب أداء كود وحدات معالجة الرسومات المُعدّل يدويًا، وتتفوق بشكل كبير على تطبيقات وحدات المعالجة المركزية. [ 97 ] [ 108 ]

قبل عام 2010، كان مستوى موثوقية الحوسبة لأجهزة GPGPU المخصصة للمستهلكين غير معروف إلى حد كبير، وأثارت الأدلة الظرفية المتعلقة بنقص آليات اكتشاف الأخطاء وتصحيحها المدمجة في ذاكرة وحدة معالجة الرسومات مخاوف بشأن الموثوقية. في أول اختبار واسع النطاق لدقة وحدة معالجة الرسومات في التجارب العلمية، كشفت دراسة أجريت عام 2010 على أكثر من 20,000 جهاز مضيف على شبكة Folding@home عن أخطاء عابرة في أنظمة الذاكرة الفرعية لثلثي وحدات معالجة الرسومات المختبرة. ارتبطت هذه الأخطاء ارتباطًا وثيقًا ببنية اللوحة، على الرغم من أن الدراسة خلصت إلى أن الحوسبة الموثوقة باستخدام وحدة معالجة الرسومات ممكنة جدًا طالما تم الاهتمام بخصائص الأجهزة، مثل اكتشاف الأخطاء من جانب البرمجيات. [ 109 ]

أُطلق الجيل الأول من برنامج Folding@home المُخصص لوحدات معالجة الرسومات (GPU1) للجمهور في  2 أكتوبر 2006، [ ‡ 60 ] ، مُحققًا تسارعًا يتراوح بين 20 و30 ضعفًا في بعض العمليات الحسابية مقارنةً بنظيره من برنامج GROMACS المُعتمد على وحدة المعالجة المركزية (CPU) . [ ‡ 61 ] وكانت هذه هي المرة الأولى التي تُستخدم فيها وحدات معالجة الرسومات (GPUs) في الحوسبة الموزعة أو في حسابات ديناميكيات الجزيئات الرئيسية. [ ‡ 62 ] [ 110 ] وقد وفّر برنامج GPU1 للباحثين معرفةً وخبرةً قيّمةً في تطوير برامج GPGPU ، ولكن استجابةً للأخطاء العلمية في DirectX ، تم استبداله في 10 أبريل  2008 ببرنامج GPU2، وهو الجيل الثاني من البرنامج. [ ‡ 61 ] [ ‡ 63 ] بعد طرح وحدة معالجة الرسومات GPU2، تم إيقاف دعم GPU1 رسميًا في  6 يونيو. [ ‡ 61 ] بالمقارنة مع GPU1، كانت GPU2 أكثر موثوقية وإنتاجية من الناحية العلمية، حيث كانت تعمل على وحدات معالجة الرسومات Nvidia المزودة بتقنيتي ATI و CUDA ، كما دعمت خوارزميات أكثر تطورًا، وبروتينات أكبر حجمًا، وتصورًا فوريًا لمحاكاة البروتين. [ ‡ 64 ] [ ‡ 65 ] بعد ذلك، تم إصدار الجيل الثالث من عميل GPU الخاص ببرنامج Folding@home (GPU3) في 25 مايو 2010. وبينما كانت متوافقة مع الإصدارات السابقة من GPU2، كانت GPU3 أكثر استقرارًا وكفاءة ومرونة في قدراتها العلمية، [ ‡ 66 ] واستخدمت OpenMM على إطار عمل OpenCL . [ ‡ 66 ] [ ‡ 67 ] على الرغم من أن عملاء GPU3 هؤلاء لم يدعموا أنظمة التشغيل لينكس وماك أو إس بشكلٍ أصلي ، إلا أن مستخدمي لينكس الذين يمتلكون بطاقات رسومات Nvidia تمكنوا من تشغيلها عبر تطبيق Wine . [ ‡ 68 ] [ ‡ 69 ] لا تزال وحدات معالجة الرسومات (GPUs) هي المنصة الأقوى لمشروع Folding@home من حيث عمليات الفاصلة العائمة في الثانية (FLOPS) . اعتبارًا من نوفمبر 2012، شكلت عملاء GPU نسبة 87% من إجمالي إنتاجية المشروع من حيث عمليات الفاصلة العائمة في الثانية (FLOPS) على معالجات x86. [ ‡ 70 ] 

تم تقديم الدعم الأصلي لبطاقات الرسومات من نوع Nvidia و AMD في نظام Linux مع إصدار FahCore  17، الذي يستخدم OpenCL بدلاً من CUDA. [ ‡ 71 ]

بلاي ستيشن 3

عرض برنامج "الحياة مع بلاي ستيشن" الخاص بجهاز بلاي ستيشن 3 رسومًا متحركة ثلاثية الأبعاد لعملية طي البروتين.

من مارس 2007 حتى نوفمبر 2012، استفاد مشروع Folding@home من قوة الحوسبة الهائلة لجهاز PlayStation 3. عند إطلاقه، وفّر معالج Cell الرئيسي سرعةً تفوق سرعة الحواسيب الشخصية بعشرين ضعفًا في بعض العمليات الحسابية، وهي قوة معالجة لم تكن متوفرة في أنظمة أخرى مثل Xbox 360. [ 11 ] [ 111 ] أتاحت السرعة والكفاءة العالية لجهاز PS3 فرصًا أخرى لتحسينات قيّمة وفقًا لقانون أمدال ، وغيّرت بشكلٍ كبير المفاضلة بين كفاءة الحوسبة والدقة الإجمالية، مما سمح باستخدام نماذج جزيئية أكثر تعقيدًا بتكلفة حسابية إضافية ضئيلة. [ 112 ] مكّن هذا مشروع Folding@home من إجراء حسابات طبية حيوية كانت ستكون مستحيلة حسابيًا لولا ذلك. [ 113 ]

تم تطوير برنامج عميل PS3 بالتعاون بين سوني ومختبر باندي، وصدر لأول مرة كعميل مستقل في  23 مارس 2007. [ 11 ] [ 114 ] جعل إصداره مشروع Folding@home أول مشروع حوسبة موزعة يستخدم أجهزة PS3. [ 115 ] في  18 سبتمبر من العام التالي، أصبح عميل PS3 قناةً ضمن برنامج Life with PlayStation عند إطلاقه. [ 116 ] [ 72 ] في أنواع العمليات الحسابية التي يمكنه إجراؤها، كان العميل عند إطلاقه يجمع بين مرونة وحدة المعالجة المركزية وسرعة وحدة معالجة الرسومات. [ 93 ] مع ذلك، وعلى عكس العملاء الذين يعملون على أجهزة الكمبيوتر الشخصية ، لم يكن بإمكان المستخدمين القيام بأنشطة أخرى على جهاز PS3 أثناء تشغيل Folding@home. [ 113 ] سهّلت بيئة وحدة تحكم PS3 الموحدة الدعم الفني وجعلت Folding@home أكثر سهولة في الاستخدام . [ ‡ 11 ] كان لدى جهاز PS3 أيضًا القدرة على بث البيانات بسرعة إلى وحدة معالجة الرسومات الخاصة به، والتي استُخدمت للتصوير المرئي في الوقت الفعلي على المستوى الذري لديناميكيات البروتين الحالية. [ 112 ]

في 6 نوفمبر 2012، أوقفت سوني دعم برنامج Folding@home لجهاز PS3 والخدمات الأخرى المتاحة ضمن برنامج Life with PlayStation. على مدار خمس سنوات وسبعة أشهر،  ساهم أكثر من 15 مليون مستخدم بأكثر من 100  مليون ساعة حاسوبية في برنامج Folding@home، مما ساعد المشروع بشكل كبير في أبحاث الأمراض. بعد مناقشات مع مختبر باندي، قررت سوني إنهاء البرنامج. اعتبر باندي برنامج PlayStation 3 بمثابة نقلة نوعية للمشروع. [ ‡ 73 ] [ 117 ] [ 118 ]

عميل معالجة متعددة النوى

يستفيد برنامج Folding@home من قدرات الحوسبة المتوازية للمعالجات الحديثة متعددة النوى . وتتيح إمكانية استخدام عدة نوى معالجة مركزية في آنٍ واحد إكمال المحاكاة الكاملة بسرعة أكبر بكثير. فعند العمل معًا، تُنجز هذه النوى وحدات العمل الفردية بسرعة أكبر نسبيًا من برنامج العميل أحادي المعالج القياسي. وتُعد هذه الطريقة ذات قيمة علمية لأنها تُمكّن من تنفيذ مسارات محاكاة أطول بكثير في نفس المدة الزمنية، وتُقلل من الصعوبات التقليدية لتوسيع نطاق محاكاة كبيرة لتشمل العديد من المعالجات المنفصلة. [ 74 ] وقد اعتمدت دراسة نُشرت عام 2007 في مجلة علم الأحياء الجزيئي على المعالجة متعددة النوى لمحاكاة طي جزء من بروتين الفيلين لمدة أطول بحوالي 10 مرات مما كان ممكنًا باستخدام برنامج عميل أحادي المعالج، وهو ما يتوافق مع معدلات الطي التجريبية. [ 119 ]

في نوفمبر 2006، أُطلقت الجيل الأول من عملاء المعالجة المتعددة المتناظرة (SMP) علنًا للاختبار التجريبي المفتوح، ويُشار إليها باسم SMP1. [ ‡ 60 ] استخدمت هذه العملاء بروتوكولات اتصال واجهة تمرير الرسائل (MPI) للمعالجة المتوازية، حيث لم تكن نوى GROMACS آنذاك مُصممة للاستخدام مع خيوط متعددة. [ ‡ 42 ] كانت هذه هي المرة الأولى التي يستخدم فيها مشروع حوسبة موزعة بروتوكول MPI. [ ‡ 75 ] على الرغم من أن أداء العملاء كان جيدًا في أنظمة التشغيل المبنية على Unix مثل Linux و macOS، إلا أنهم واجهوا مشاكل في نظام Windows . [ ‡ 74 ] [ ‡ 75 ] في  24 يناير 2010، أُطلق SMP2، وهو الجيل الثاني من عملاء SMP وخليفة SMP1، كإصدار تجريبي مفتوح، واستبدل بروتوكول MPI المعقد بتنفيذ أكثر موثوقية قائم على الخيوط . [ ‡ 40 ] [ ‡ 53 ]

يدعم SMP2 تجربة فئة خاصة من وحدات العمل bigadv ، المصممة لمحاكاة البروتينات الضخمة للغاية والتي تتطلب موارد حاسوبية هائلة ولها أولوية علمية كبيرة. كانت هذه الوحدات تتطلب في الأصل ثمانية أنوية معالجة مركزية كحد أدنى، [ ‡ 76 ] ، ثم رُفع هذا العدد إلى ستة عشر في  7 فبراير 2012. [ ‡ 77 ] بالإضافة إلى متطلبات الأجهزة الإضافية هذه مقارنةً بوحدات عمل SMP2 القياسية، فإنها تتطلب موارد نظام إضافية مثل ذاكرة الوصول العشوائي (RAM) وعرض نطاق الإنترنت . في المقابل، يُكافأ المستخدمون الذين يشغلون هذه الوحدات بزيادة قدرها 20% على نظام نقاط المكافآت في SMP2. [ ‡ 78 ] تتيح فئة bigadv لمنصة Folding@home تشغيل عمليات محاكاة بالغة التعقيد لفترات طويلة، والتي كانت تتطلب سابقًا استخدام مجموعات الحوسبة الفائقة ، ولم يكن من الممكن إجراؤها في أي مكان آخر على منصة Folding@home. [ ‡ 76 ] بعد رفع الحد الأدنى لعدد أنوية المعالج، تم اعتبار العديد من المستخدمين الذين يمتلكون أجهزة قادرة على تشغيل وحدات bigadv غير مؤهلين لتشغيلها، مما جعلهم قادرين فقط على تشغيل وحدات SMP العادية. وقد أثار هذا الأمر استياء العديد من المستخدمين الذين استثمروا مبالغ كبيرة في البرنامج، ليجدوا أجهزتهم قديمة وغير مناسبة لبرامج bigadv بعد فترة وجيزة. ونتيجة لذلك، أعلن باندي في يناير 2014 أن برنامج bigadv سينتهي في 31 يناير 2015. [ ‡ 79 ]

V7

صورة نموذجية لعميل V7 في وضع المبتدئين يعمل تحت نظام التشغيل Windows 7. بالإضافة إلى مجموعة متنوعة من عناصر التحكم وتفاصيل المستخدم، يعرض V7 معلومات وحدة العمل، مثل حالتها، وتقدم الحساب، والوقت المقدر للإنجاز، ونقاط الائتمان، وأرقام التعريف، والوصف.

يُعدّ عميل V7 الجيل السابع من برنامج Folding@home، وهو عبارة عن إعادة كتابة وتوحيد كاملين للعملاء السابقين لأنظمة التشغيل Windows و macOS و Linux . [ ‡ 80 ] [ ‡ 81 ] وقد تم إصداره في  22 مارس 2012. [ ‡ 82 ] وكما هو الحال مع الإصدارات السابقة، يُمكن لـ V7 تشغيل Folding@home في الخلفية بأولوية منخفضة جدًا ، مما يسمح للتطبيقات الأخرى باستخدام موارد وحدة المعالجة المركزية حسب حاجتها. وقد صُمم لجعل التثبيت والتشغيل والاستخدام أكثر سهولة للمبتدئين، وتوفير مرونة علمية أكبر للباحثين مقارنةً بالعملاء السابقين. [ ‡ 83 ] يستخدم V7 نظام Trac لإدارة تذاكر الأخطاء، مما يُمكّن المستخدمين من متابعة عملية التطوير وتقديم ملاحظاتهم. [ ‡ 81 ]

يتكون الإصدار V7 من أربعة عناصر متكاملة. يتفاعل المستخدم عادةً مع واجهة المستخدم الرسومية مفتوحة المصدر الخاصة بالإصدار V7 ، والتي تُسمى FAHControl. [ ‡ 55 ] [ ‡ 84 ] تحتوي هذه الواجهة على أوضاع مستخدم للمبتدئين والمتقدمين والخبراء، وتتيح مراقبة وتكوين والتحكم في العديد من عملاء الطي عن بُعد من جهاز كمبيوتر واحد. يُدير FAHControl تطبيق FAHClient، وهو تطبيق خلفي يُدير بدوره كل FAHSlot (أو فتحة ). تعمل كل فتحة كبديل لعملاء Folding@home v6 السابقين، سواءً كانوا يعملون على معالج أحادي أو معالج متعدد التناظر أو وحدة معالجة رسومية ، حيث يمكنها تنزيل وحدات العمل ومعالجتها وتحميلها بشكل مستقل. تعرض وظيفة FAHViewer، المُصممة على غرار عارض PS3، عرضًا ثلاثي الأبعاد في الوقت الفعلي، إن وُجد، للبروتين الذي تتم معالجته حاليًا. [ ‡ 80 ] [ ‡ 81 ]

اعتبارًا من سبتمبر 2025، لا يزال من الممكن استخدام الإصدار V7 ولكن لم يعد يُنصح باستخدامه. [ ‡ 85 ]

محرك V8

اعتبارًا من سبتمبر 2025، الإصدار V8.4 هو الإصدار الحالي. [ ‡ 85 ]

جوجل كروم

في عام ٢٠١٤، تم إصدار برنامج عميل لمتصفحي جوجل كروم وكروميوم ، مما أتاح للمستخدمين تشغيل برنامج Folding@home مباشرةً من متصفحاتهم. استخدم هذا البرنامج ميزة Native Client (NaCl) من جوجل في متصفحات الويب المبنية على كروميوم لتشغيل كود Folding@home بسرعة قريبة من سرعة التشغيل الأصلية في بيئة معزولة على جهاز المستخدم. [ ‡ ٨٦ ] ونظرًا لتوقف دعم NaCl والتغييرات التي طرأت على Folding@home، تم إيقاف برنامج العميل نهائيًا في يونيو ٢٠١٩. [ ‡ ٨٧ ]

أندرويد

في يوليو 2015، تم إطلاق تطبيق للهواتف المحمولة التي تعمل بنظام أندرويد على متجر جوجل بلاي للأجهزة التي تعمل بنظام أندرويد 4.4 كيت كات أو أحدث. [ ‡ 88 ] [ 120 ]

في 16 فبراير 2018، أُزيل تطبيق أندرويد، الذي طُرح بالتعاون مع سوني ، من متجر جوجل بلاي. وأُعلن عن خطط لتقديم بديل مفتوح المصدر في المستقبل. [ 89 ] أُطلق تطبيق متوافق مع معالجات ARM64 في يوليو 2020، مما سمح بتشغيل برنامج Folding@home على أجهزة Raspberry Pi والهواتف الذكية التي تعمل بمعالجات ARM؛ [ 121 ] ومع ذلك، لا يوجد تطبيق أندرويد رسمي حتى يوليو 2025.

مقارنة بمحاكيات جزيئية أخرى

Rosetta@home هو مشروع حوسبة موزعة يهدف إلى التنبؤ ببنية البروتين، ويُعدّ من أدقّ برامج التنبؤ بالبنية الثلاثية . [ 122 ] [ 123 ] يمكن استخدام حالات التشكيل من برنامج Rosetta لتهيئة نموذج حالة ماركوف كنقاط بداية لمحاكاة Folding@home. [ 7 ] في المقابل، يمكن تحسين خوارزميات التنبؤ بالبنية من خلال النماذج الديناميكية الحرارية والحركية، وجوانب أخذ العينات في محاكاة طي البروتين. [ 124 ] بما أن Rosetta يحاول فقط التنبؤ بالحالة النهائية المطوية، وليس بكيفية سير عملية الطي، فإن Rosetta@home وFolding@home يُكمّلان بعضهما البعض، ويتناولان أسئلة جزيئية مختلفة تمامًا. [ 7 ] [ 125 ]

أنتون هو حاسوب فائق مُصمم خصيصًا لمحاكاة ديناميكيات الجزيئات. في أكتوبر 2011، كان أنتون وFolding@home أقوى نظامين لمحاكاة ديناميكيات الجزيئات. [ ‡ 90 ] يتميز أنتون بقدرته الفريدة على إنتاج مسارات جزيئية طويلة جدًا ومكلفة حسابيًا، [ 126 ] مثل مسار في عام 2010 وصل إلى نطاق أجزاء من الألف من الثانية. [ 127 ] [ 128 ] قد تكون هذه المسارات الطويلة مفيدة بشكل خاص لبعض أنواع المشكلات البيوكيميائية. [ 129 ] [ 130 ] مع ذلك، لا يستخدم أنتون نماذج حالة ماركوف (MSM) للتحليل. في عام 2011، أنشأ مختبر باندي نموذج حالة ماركوف من محاكاتين لأنتون مدة كل منهما 100 ميكروثانية، ووجدوا مسارات طي بديلة لم تكن ظاهرة من خلال التحليل التقليدي لأنتون. وخلصوا إلى وجود فرق طفيف بين نماذج حالة ماركوف المُنشأة من عدد محدود من المسارات الطويلة أو نموذج مُجمّع من العديد من المسارات الأقصر. [ 126 ] في يونيو 2011، أضاف برنامج Folding@home خاصية أخذ عينات من محاكاة Anton في محاولة لتحديد مدى توافق أساليبه مع أساليب Anton. [ 91 ] [ 92 ] ومع ذلك، على عكس مسارات Folding@home الأقصر، والتي تُعدّ أكثر ملاءمة للحوسبة الموزعة وغيرها من أساليب التوازي، فإن المسارات الأطول لا تتطلب أخذ عينات تكيفية لتغطية فضاء طور البروتين بشكل كافٍ . ولهذا السبب، من الممكن أن يوفر الجمع بين أساليب محاكاة Anton وFolding@home تغطية أكثر شمولاً لهذا الفضاء. [ 126 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ جوليا إيفانجيلو ستريت (26 فبراير 2019). "مشروع بيولوجيا حاسوبية يهدف إلى فهم أفضل لطي البروتين" . تم الاطلاع عليه في 8 مارس 2020 .
  2. 1 2 3 ف. س. باندي؛ ك. بيوشامب؛ ج. ر. بومان (2010). "كل ما أردت معرفته عن نماذج ماركوف للحالات ولكنك كنت تخشى السؤال عنه" . طرق . 52 ( 1): 99-105 . doi : 10.1016/j.ymeth.2010.06.002 . PMC 2933958. PMID 20570730 .  
  3. ↑ فريق عمل News 12 لعام 2020 : "منذ بداية جائحة كوفيد-19، شهد برنامج Folding@home ارتفاعًا كبيرًا في عمليات التنزيل، وهو مؤشر واضح على أن الناس في جميع أنحاء العالم مهتمون بالقيام بدورهم لمساعدة الباحثين في إيجاد علاج لهذا الفيروس"، كما قال الدكتور سينا ​​رباني، عميد كلية ديماتيس.
  4. 1 2 3 فينسنت أ. فولز؛ غريغوري ر. بومان؛ كايل بيوشامب؛ فيجاي س. باندي (2010). "محاكاة جزيئية لطي البروتين من الصفر لبروتين NTL9(1–39) سريع الطي بالمللي ثانية" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 132 (5): 1526–1528 . doi : 10.1021/ja9090353 . PMC 2835335. PMID 20070076 .  
  5. ↑ غريغوري ر. بومان؛ فيجاي س. باندي (2010). "حالات طي البروتين هي محاور حركية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 107 (24): 10890-5 . Bibcode : 2010PNAS..10710890B . doi : 10.1073 / pnas.1003962107 . PMC 2890711. PMID 20534497 .  
  6. ١ ٢ كريستوفر د. سنو؛ هوبي نغوين؛ فيجاي س. باندي؛ مارتن غرويبل (٢٠٠٢). "مقارنة مطلقة بين ديناميكيات طي البروتين المحاكاة والتجريبية" ( ملف PDF) . مجلة نيتشر . ٤٢٠ (٦٩١١): ١٠٢-١٠٦ . Bibcode : 2002Natur.420..102S . doi : 10.1038/nature01160 . PMID 12422224. S2CID 1061159. مؤرشف من النسخة الأصلية (ملف PDF) في ٢٤ مارس ٢٠١٢.  
  7. ↑ فابريزيو مارينيلي؛ فابيو بيتروتشي؛ أليساندرو لايو؛ ستيفانو بيانا (2009). باندي، فيجاي س. (محرر). " نموذج حركي لطي قفص التربتوفان من محاكاة ديناميكيات جزيئية متعددة متحيزة" . مجلة PLOS للبيولوجيا الحاسوبية . 5 (8) e1000452. Bibcode : 2009PLSCB...5E0452M . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000452 . PMC 2711228. PMID 19662155 .  
  8. ↑ "الكثير مما يجب معرفته". مجلة ساينس . 309 (5731): 78–102 . 2005. doi : 10.1126/science.309.5731.78b . PMID 15994524. S2CID 33234834 .  
  9. 1 2 3 هيث إيكرويد؛ جون أ. كارفر (2008). "كشف أسرار طي البروتين وسوء طيه" . مجلة IUBMB Life (مراجعة). 60 (12): 769-774 . doi : 10.1002/iub.117 . PMID 18767168. S2CID 10115925 .  
  10. 1 2 ييوين تشين؛ فينغ دينغ؛ هويفن ني؛ أدريان دبليو. سيروهيجوس؛ شانتانو شارما؛ كايل سي. ويلكوكس؛ شوانغيه ين؛ نيكولاي في. دوخوليان (2008). "طي البروتين: الماضي والحاضر" . أرشيف الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية . 469 (1): 4-19 . doi : 10.1016 / j.abb.2007.05.014 . PMC 2173875. PMID 17585870 .  
  11. 1 2 ليلى م. لوهيشي؛ داميان كروثر؛ كريستوفر دوبسون (2008). "سوء طي البروتين والأمراض: من المختبر إلى الكائن الحي". الرأي الحالي في البيولوجيا الكيميائية . 12 (1): 25-31 . doi : 10.1016/j.cbpa.2008.02.011 . PMID 18295611 . 
  12. ↑ سي دي سنو؛ إي جيه سورين؛ واي إم ري؛ في إس باندي. (2005). "ما مدى دقة المحاكاة في التنبؤ بحركية طي البروتين وديناميكياته الحرارية؟". المراجعة السنوية للفيزياء الحيوية (مراجعة). 34 : 43-69 . doi : 10.1146/annurev.biophys.34.040204.144447 . PMID 15869383 . 
  13. ↑ أ. فيرما؛ إس. إم. جوبال؛ أ. شوج؛ جيه. إس. أوه؛ كيه. في. كلينين؛ كيه. إتش. لي؛ دبليو. وينزل (2008). "طي البروتين الذري الكامل بالتوازي على نطاق واسع في يوم واحد". في: سي. بيشوف؛ إم. بروكينر؛ بي. جيبون؛ جي. آر. جوبير؛ تي. ليبرت؛ بي. موهر؛ إف. بيترز (محررون). الحوسبة المتوازية: البنى والخوارزميات والتطبيقات . سلسلة التقدم في الحوسبة المتوازية. المجلد 15. دار نشر IOS. الصفحات 527-534 . ISBN   978-1-58603-796-3ISSN 0927-5452​​ 
  14. ↑ فيجاي س. باندي؛ إيان بيكر؛ جارود تشابمان؛ سيدني ب. إلمر؛ سراج خالق؛ ستيفان م. لارسون؛ يونغ مين ري؛ مايكل ر. شيرتس؛ كريستوفر د. سنو؛ إريك ج. سورين؛ بويان زاغروفيتش (2002). "محاكاة طي البروتين على المستوى الذري في نطاق زمني أقل من جزء من الألف من الثانية باستخدام الحوسبة الموزعة عالميًا". بوليمرات حيوية . 68 (1): 91-109 . doi : 10.1002/bip.10219 . PMID 12579582 . 
  15. 1 2 3 ج. بومان؛ ف. فوليز؛ ف. س. باندي (2011). "ترويض تعقيد طي البروتين" . الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية . 21 (1): 4-11 . doi : 10.1016/j.sbi.2010.10.006 . PMC 3042729. PMID 21081274 .  
  16. ↑ تشوديرا، جون د.؛ سوب، ويليام س.؛ بيترا، جيد و.؛ ديل، كين أ. (1 يناير 2006). "ديناميكيات طي البروتين على المدى الطويل من محاكاة الديناميكيات الجزيئية على المدى القصير" . النمذجة والمحاكاة متعددة المقاييس . 5 (4): 1214-1226 . doi : 10.1137/06065146X . S2CID 17825277 . 
  17. ↑ روبرت ب. بيست (2012). "محاكاة جزيئية ذرية لطي البروتين". الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية (مراجعة). 22 (1): 52-61 . doi : 10.1016/j.sbi.2011.12.001 . PMID 22257762 . 
  18. ↑ غريغوري ر. بومان؛ دانيال ل. إنسين؛ فيجاي س. باندي (2010). "النمذجة المحسّنة عبر نظرية الشبكات: أخذ عينات تكيفية لنماذج حالة ماركوف" . مجلة نظرية الحساب الكيميائي . 6 (3): 787-794 . Bibcode : 2010JCTC....6..787B . doi : 10.1021/ct900620b . PMC 3637129. PMID 23626502 .  
  19. ↑ كايل أ. بيوشامب؛ دانيال ل. إنسين؛ ريجو داس؛ فيجاي س. باندي (2011). "مقارنة كمية لمحاكاة نطاقات فرعية لرأس الفيلين وتجارب نقل الطاقة بين حالات ثلاثية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 108 (31): 12734-12739 . Bibcode : 2011PNAS..10812734B . doi : 10.1073/pnas.1010880108 . PMC 3150881. PMID 21768345 .  
  20. ↑ تيموثي هـ. كليك؛ ديباباني غانغولي؛ جيانهان تشين (2010). "البروتينات غير المنتظمة جوهريًا في عالم قائم على الفيزياء" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 11 (12): 919-27 . doi : 10.3390/ijms11125292 . PMC 3100817. PMID 21614208 .  
  21. ↑ «حصل جريج بومان على جائزة كون لتغيير النموذج لعام 2010» . simtk.org . SimTK: MSMBuilder. 29 مارس 2010. مؤرشف من الأصل في 7 أبريل 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  22. ↑ "GitHub - msmbuilder/msmbuilder: :building_construction: نماذج إحصائية لديناميكيات الجزيئات الحيوية :building_construction: · GitHub" . MSMBuilder . github.com. 2019. مؤرشف من الأصل في 12 مارس 2023. تم الاطلاع عليه في 7 يوليو 2026 .
  23. ↑ «الجمعية الفيزيائية الحيوية تُعلن أسماء خمسة فائزين بجوائز عام 2012» . Biophysics.org . الجمعية الفيزيائية الحيوية. 17 أغسطس 2011. مؤرشف من الأصل في 27 مارس 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  24. ↑ فيتوريو بيلوتي؛ مونيكا ستوبيني (2009). "أمراض سوء طي البروتين" (ملف PDF) . مجلة علم الأحياء المفتوح . 2 (2): 228-234 . مؤرشف من الأصل (ملف PDF) في 22 فبراير 2014.
  25. 1 2 كولير، ليزلي؛ بالوز، ألبرت؛ سوسمان، ماكس (1998). ماهي، برايان؛ كولير، ليزلي (محررون). علم الأحياء الدقيقة والعدوى الميكروبية لتوبلي وويلسون . المجلد 1، علم الفيروسات ( الطبعة التاسعة). لندن: أرنولد. الصفحات 75-91 . ISBN    978-0-340-66316-5.
  26. ↑ فريد إي. كوهين؛ جيفري دبليو. كيلي (2003). "الأساليب العلاجية لأمراض سوء طي البروتين". مجلة نيتشر (مراجعة). 426 (6968): 905-909 . Bibcode : 2003Natur.426..905C . doi : 10.1038/nature02265 . PMID 14685252. S2CID 4421600 .  
  27. 1 2 تشون سونغ؛ شين ليم؛ جو تونغ (2009). "التطورات الحديثة في تصميم الأدوية بمساعدة الحاسوب" . موجزات في المعلوماتية الحيوية (مراجعة). 10 (5): 579-91 . doi : 10.1093/bib/bbp023 . PMID 19433475 . 
  28. ↑ ديل لوسنت؛ في. فيشال؛ فيجاي س. باندي (2007). "طي البروتين تحت الحصر: دور المذيب" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 104 (25): 10430-10434 . Bibcode : 2007PNAS..10410430L . doi : 10.1073/pnas.0608256104 . PMC 1965530. PMID 17563390 .  
  29. ↑ فينسنت أ. فولز؛ فيجاي ر. سينغ؛ ويليام ج. ويدماير؛ ليزا ج. لابيدوس؛ فيجاي س. باندي (2010). "ديناميكيات الحالة غير المطوية وبنية البروتين L الموصوفة بالمحاكاة والتجربة" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 132 (13): 4702-4709 . Bibcode : 2010JAChS.132.4702V . doi : 10.1021/ja908369h . PMC 2853762. PMID 20218718 .  
  30. ↑ كارولين هادلي (2004). " علماء الأحياء يفكرون على نطاق أوسع" . تقارير EMBO . 5 (3): 236-238 . doi : 10.1038/sj.embor.7400108 . PMC 1299019. PMID 14993921 .  
  31. ↑ برونك، ساندر؛ لارسون، بير؛ بويا، إيمان؛ بومان، غريغوري ر.؛ حق، عمران س.؛ بوشامب، كايل؛ هيس، بيرك؛ باندي، فيجاي س.؛ كاسون، بيتر م.؛ ليندال، إريك (12 نوفمبر 2011). "كوبرنيكوس: نموذج جديد لديناميكيات الجزيئات التكيفية المتوازية" . وقائع المؤتمر الدولي لعام 2011 للحوسبة عالية الأداء والشبكات والتخزين والتحليل . ACM. الصفحات 1-10 . doi : 10.1145/2063384.2063465 . ISBN  978-1-4503-0771-0.
  32. ^ ساندر برونك. إيمان بويا؛ بير لارسون؛ بيتر كاسون؛ إريك ليندال (17 نوفمبر 2011). "تحميل كوبرنيكوس" . كوبرنيكوس-computing.org . كوبرنيكوس. مؤرشفة من الأصلي في 7 أكتوبر 2012 . تم الاسترجاع 2 أكتوبر، 2012 .
  33. ↑ جي برنت إيرفين؛ عمر م. العجناف؛ غانيش م. شانكار؛ دومينيك م. والش (2008). " تجمع البروتين في الدماغ: الأساس الجزيئي لمرضي الزهايمر وباركنسون" . الطب الجزيئي (مراجعة). 14 ( 7-8 ): 451-464 . doi : 10.2119/2007-00100.Irvine . PMC 2274891. PMID 18368143 .  
  34. ↑ كلاوديو سوتو؛ ليسبيل د. إسترادا (2008). "سوء طي البروتين والتنكس العصبي". أرشيف علم الأعصاب (مراجعة). 65 (2): 184-189 . doi : 10.1001/archneurol.2007.56 . PMID 18268186 . 
  35. ↑ روبن رويشودري؛ مينغفنغ يانغ؛ ميناكو م. هوشي؛ ديفيد ب. تيبلو (2008). "تجميع بروتين بيتا النشواني ومرض الزهايمر" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 284 (8): 4749-53 . doi : 10.1074/jbc.R800036200 . PMC 3837440. PMID 18845536 .  
  36. 1 2 نيكولاس دبليو. كيلي؛ في. فيشال؛ غرانت أ. كرافت؛ فيجاي إس. باندي. (2008). "محاكاة تكوين القليل عند التركيزات التجريبية وعلى مدى فترات زمنية طويلة : نهج نموذج حالة ماركوف" . مجلة الفيزياء الكيميائية . 129 (21): 214707. Bibcode : 2008JChPh.129u4707K . doi : 10.1063/1.3010881 . PMC 2674793. PMID 19063575 .  
  37. ١ ٢ ب. نوفيك؛ ج. راجاداس؛ س. و. ليو؛ ن. و. كيلي؛ م. عناية الله؛ ف. س. باندي (٢٠١١). بوهلر، ماركوس ج. (محرر). "طفرة مصممة بعقلانية لتعزيز الانعطاف في تسلسل ببتيد الأميلويد بيتا تعمل على تثبيت القليل الوحدات في المحلول" . PLOS ONE . ٦ (٧) e٢١٧٧٦. Bibcode : ٢٠١١PLoSO...٦٢١٧٧٦R . doi : ١٠.١٣٧١/journal.pone.٠٠٢١٧٧٦ . PMC ٣١٤٢١١٢. PMID ٢١٧٩٩٧٤٨ .  
  38. ↑ عابجينا نعيم؛ نويد أحمد فاضلي (2011). "خلل طي البروتين وتجمعه كأساس للأمراض التنكسية العصبية: الجانب المظلم للبروتينات". الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية الخلوية (مراجعة). 61 (2): 237-250 . doi : 10.1007/s12013-011-9200-x . PMID 21573992. S2CID 22622999 .  
  39. 1 2 3 4 غريغوري ر. بومان؛ شوهوي هوانغ؛ فيجاي س. باندي (2010). "نماذج الشبكات للحركية الجزيئية وتطبيقاتها الأولية على صحة الإنسان" . أبحاث الخلية (مراجعة). 20 (6): 622-630 . doi : 10.1038/cr.2010.57 . PMC 4441225. PMID 20421891 .  
  40. ↑ بول أ. نوفيك؛ داهابادا هـ. لوبيز؛ كيم م. برانسون؛ ألكسندرا إستيراس-تشوبو؛ إيزابيلا أ. غريف؛ غال بيتان؛ فيجاي س. باندي (2012). "تصميم مثبطات لتجمع بروتين بيتا-أميلويد من نمط بنيوي متوقع" . مجلة الكيمياء الطبية . 55 (7): 3002-3010 . doi : 10.1021/jm201332p . PMC 3766731. PMID 22420626 .  
  41. ↑ ووكر ، ف. أو. (2007). "مرض هنتنغتون". لانسيت . 369 (9557): 218-228 [220]. doi : 10.1016/S0140-6736(07)60111-1 . PMID 17240289. S2CID 46151626 .  
  42. ↑ نيكولاس دبليو. كيلي؛ شوهوي هوانغ؛ ستيفن تام؛ كريستوف سبيس؛ جوديث فريدمان؛ فيجاي إس. باندي (2009). " البنية المتوقعة للجزء الرأسي لبروتين هنتنغتين وتأثيرها على تكتل هنتنغتين" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 388 (5): 919-27 . doi : 10.1016/j.jmb.2009.01.032 . PMC 2677131. PMID 19361448 .  
  43. ↑ سوزان دبليو ليبمان؛ ستيفن سي ميريديث (2010). "طي البروتين: البروتين N17 اللاصق يُسرّع تراكم بروتين الهنتنغتين". مجلة نيتشر للكيمياء الحيوية . 6 (1): 7-8 . doi : 10.1038/nchembio.279 . PMID 20016493 . 
  44. ↑ م. هولشتاين؛ د. سيدرانسكي؛ ب. فوغلشتاين؛ س. س. هاريس (1991). "طفرات p53 في السرطانات البشرية" . مجلة ساينس . 253 (5015): 49-53 . Bibcode : 1991Sci...253...49H . doi : 10.1126/science.1905840 . PMID 1905840. S2CID 38527914 .  
  45. ↑ إل تي تشونغ؛ سي دي سنو؛ واي إم ري؛ في إس باندي. (2004). "تكوين ثنائي الوحدات في نطاق تجميع البروتين p53: تحديد نواة الطي بواسطة محاكاة الديناميكا الجزيئية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 345 (4): 869-878 . CiteSeerX 10.1.1.132.1174 . doi : 10.1016/j.jmb.2004.10.083 . PMID 15588832 .  
  46. ↑ mah3؛ فيجاي باندي (24 سبتمبر 2004). "مشروع F@H ينشر نتائج بحث متعلق بالسرطان" . MaximumPC.com . شركة Future US. مؤرشف من الأصل في 29 أكتوبر 2013. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .على حد علمنا، هذه هي النتائج الأولى التي تمت مراجعتها من قبل النظراء لمشروع الحوسبة الموزعة المتعلق بالسرطان.
  47. ↑ ليليان ت. تشونغ؛ ويليام س. سوب؛ جيد و. بيترا؛ فيجاي س. باندي (2005). "المسح الحسابي الحركي للألانين: تطبيق على تجميع بروتين p53". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 357 (3): 1039-1049 . doi : 10.1016/j.jmb.2005.12.083 . PMID 16457841. S2CID 16156007 .  
  48. ↑ ألميدا إم بي، دو ناسيمنتو جي إل، هيركولانو آم، كريسبو لوبيز إم إي (2011). “المرافقات الجزيئية: نحو أدوات علاجية جديدة”. مجلة البيولوجيا الجزيئية (مراجعة). 65 (4): 239-43 . دوى : 10.1016/j.biopha.2011.04.025 . بميد 21737228 . 
  49. ↑ "علماء يعززون فعالية بروتين IL-2 ويقللون من آثاره الجانبية، وهو بروتين يُستخدم لعلاج السرطان" . MedicalXpress.com . Medical Xpress. ١٨ مارس ٢٠١٢. مؤرشف من الأصل في ٣ أكتوبر ٢٠١٢. تم الاطلاع عليه في ٢٠ سبتمبر ٢٠١٢ .
  50. ↑ آرون إم. ليفين؛ دارين إل. بيتس؛ آرون إم. رينغ؛ كارستن كريغ؛ جاك تي. لين؛ ليون سو؛ إغناسيو موراغا؛ ميرو إي. رايبر؛ غريغوري آر. بومان؛ بول نوفيك؛ فيجاي إس. باندي؛ سي. غاريسون فاثمان؛ أونور بويمان؛ ك. كريستوفر غارسيا (2012). "استغلال التحول البنيوي الطبيعي لهندسة إنترلوكين-2 'سوبركين'"" . Nature . 484 (7395): 529– 33. Bibcode : 2012Natur.484..529L . doi : 10.1038/nature10975 . PMC 3338870 . PMID 22446627 .  
  51. ↑ راوخ ف، غلوريو ف.هـ (2004). "تكوّن العظم الناقص". لانسيت . 363 (9418): 1377-1385 . doi : 10.1016/S0140-6736(04) 16051-0 . PMID 15110498. S2CID 24081895 .  
  52. ↑ فراتزل، بيتر (10 مايو 2008). الكولاجين: البنية والميكانيكا . سبرينغر. ISBN 978-0-387-73905-2تم الاطلاع عليه بتاريخ 17 مارس 2012 .
  53. ^ غوتييري أ، أوزيل إس، فيسينتيني إس، ريدايلي أ، بوهلر إم جي (2009). "آليات المرض الجزيئي والميزوسكيل لتكوين العظم الناقص" . مجلة البيوفيزيائية . 97 (3): 857– 865. بيب كود : 2009BpJ....97..857G . دوى : 10.1016/j.bpj.2009.04.059 . بمك 2718154 . بميد 19651044 .  
  54. ↑ سانغ هيون بارك؛ راندال ج. رادمر؛ تيري إي. كلاين؛ فيجاي س. باندي (2005). "مجموعة جديدة من معلمات الميكانيكا الجزيئية للهيدروكسي برولين واستخدامها في محاكاة الديناميكا الجزيئية للببتيدات الشبيهة بالكولاجين". مجلة الكيمياء الحاسوبية . 26 (15): 1612-1616 . Bibcode : 2005JCoCh..26.1612P . CiteSeerX : 10.1.1.142.6781 . doi : 10.1002/jcc.20301 . PMID: 16170799. S2CID : 13051327 .   
  55. ↑ هانا روبسون مارسدن؛ إيتسورو توماتسو؛ ألكسندر كروس (2011). "نماذج أنظمة لدمج الأغشية". مجلة الجمعية الكيميائية (مراجعة). 40 (3): 1572-1585 . doi : 10.1039/c0cs00115e . PMID 21152599 . 
  56. ^ بيتر كاسون (2012). "بيتر م. كاسون" . معمل كاسون . جامعة فرجينيا . مؤرشفة من الأصلي في 3 سبتمبر 2012 . تم الاسترجاع في 20 سبتمبر 2012 .
  57. ↑ بيتر إم. كاسون؛ أفرا زوموروديان؛ سانغ هيون بارك؛ نينا سينغال؛ ليونيداس جيه. غيباس؛ فيجاي إس. باندي (2007). "الفراغات المستمرة: مقياس هيكلي جديد لاندماج الأغشية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (14): 1753-1759 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm250 . PMID 17488753 . 
  58. ↑ بيتر إم. كاسون؛ دانيال إل. إنسين؛ فيجاي إس. باندي (2009). "دمج الديناميكا الجزيئية مع التحليل البايزي للتنبؤ بطفرات ارتباط الليجاند في هيماغلوتينين الإنفلونزا وتقييمها" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 131 (32): 11338-11340 . Bibcode : 2009JAChS.13111338K . doi : 10.1021/ja904557w . PMC 2737089. PMID 19637916 .  
  59. ↑ بيتر إم. كاسون؛ فيجاي إس. باندي (2009). "دمج المعلومات المتبادلة مع التحليل البنيوي لفحص البقايا المهمة وظيفيًا في هيماغلوتينين الإنفلونزا" . ندوة المحيط الهادئ حول الحوسبة الحيوية : 492-503 . doi : 10.1142/9789812836939_0047 . ISBN 978-981-283-692-2. PMC 2811693 . PMID 19209725 .  
  60. ↑ بروكهويسن، نيلز (3 مارس 2020). "ساعد في علاج فيروس كورونا باستخدام قوة المعالجة المتبقية في جهاز الكمبيوتر الخاص بك" . تومز هاردوير . تم الاسترجاع في 12 مارس 2020 .
  61. ↑ "Folding@home تستخدم شبكتها الحاسوبية الضخمة التي تعتمد على التعهيد الجماعي لمكافحة كوفيد-19" . 16 مارس 2020.
  62. ↑ غوها جايشاندرا؛ إم آر شيرتس؛ إس بارك؛ في إس باندي (2006). "حساب طاقة الربط الحرة المطلقة باستخدام الالتحام وديناميكيات الجزيئات بالتوازي على أجزاء". مجلة الفيزياء الكيميائية . 125 (8): 084901. Bibcode : 2006JChPh.125h4901J . doi : 10.1063/1.2221680 . PMID 16965051 . 
  63. ↑ غريغوري ر. بومان؛ فيليب ل. غايسلر (يوليو 2012). "تقلبات التوازن لبروتين مطوي واحد تكشف عن العديد من المواقع التنظيمية الخفية المحتملة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 109 (29): 11681-11686 . Bibcode : 2012PNAS..10911681B . doi : 10.1073/pnas.1209309109 . PMC 3406870. PMID 22753506 .  
  64. ↑ باولا م. بيترون؛ كريستوفر د. سنو؛ ديل لوسنت؛ فيجاي س. باندي (2008). "التعرف على السلاسل الجانبية وتنظيمها في نفق خروج الريبوسوم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 105 (43): 16549-54 . Bibcode : 2008PNAS..10516549P . doi : 10.1073/pnas.0801795105 . PMC 2575457. PMID 18946046 .  
  65. ↑ راديك، إم. جوردان؛ براسي، جورجيا؛ جاي، باميلا إل.؛ لينتوت، كريس جيه.؛ موراي، فيل؛ شاوينسكي، كيفن؛ زالاي، ألكسندر إس.؛ فاندنبرغ، جان (ديسمبر 2010). "حديقة حيوانات المجرات: استكشاف دوافع متطوعي العلوم المدنية" . مجلة مراجعة تعليم علم الفلك . 9 (1): 010103. arXiv : 0909.2925 . Bibcode : 2010AEdRv...9a0103R . doi : 10.3847/AER2009036 . S2CID 118372704 . 
  66. ↑ فيكي، كورتيس (20 أبريل 2018). العلوم المدنية عبر الإنترنت وتوسيع نطاق الأوساط الأكاديمية: المشاركة الموزعة في البحث وإنتاج المعرفة . تشام، سويسرا: دار نشر سبرينغر الدولية. ISBN 978-3-319-77664-4. OCLC 1034547418 . 
  67. ↑ نوف، عوديد؛ أرازي، عوفر؛ أندرسون، ديفيد (2011). "التنظيف بالغبار من أجل العلم" . وقائع مؤتمر iConference لعام 2011. IConference '11. سياتل، واشنطن: مطبعة ACM. الصفحات 68-74 . doi : 10.1145/1940761.1940771 . ISBN  978-1-4503-0121-3. S2CID 12219985 . 
  68. ↑ كورتيس، فيكي (ديسمبر 2015). "الدافع للمشاركة في لعبة علمية للمواطنين عبر الإنترنت: دراسة حول Foldit" (ملف PDF) . التواصل العلمي . 37 (6): 723-746 . doi : 10.1177/1075547015609322 . ISSN 1075-5470 . S2CID 1345402 .  
  69. 1 2 3 كورتيس، فيكي (27 أبريل 2018). "أنماط المشاركة والتحفيز في مشروع Folding@home: مساهمة هواة الأجهزة ومحبي كسر السرعة" . علم المواطن: النظرية والتطبيق . 3 (1): 5. doi : 10.5334/cstp.109 . ISSN 2057-4991 . 
  70. ↑ كولول، ب. (مارس 2004). "فن كسر سرعة المعالج". مجلة الكمبيوتر . 37 (3): 9-12 . رمز Bibcode : 2004Compr..37c...9C . doi : 10.1109/MC.2004.1273994 . ISSN 0018-9162 . S2CID 21582410 .  
  71. ↑ كلوتزر، لور؛ دا كوستا، جوليان؛ شنايدر، دانيال ك. (31 ديسمبر 2016). "ليسوا سلبيين تمامًا: المشاركة والتعلم في مشاريع الحوسبة التطوعية" . الحوسبة البشرية . 3 (1): 25-68 . doi : 10.15346/hc.v3i1.4 . ISSN 2330-8001 . 
  72. ↑ دارش، بيتر؛ كاروسي، أناماريا (13 سبتمبر 2010). "الاحتفاظ بالمتطوعين في مشاريع الحوسبة التطوعية". المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية أ: العلوم الرياضية والفيزيائية والهندسية . 368 (1926): 4177-4192 . Bibcode : 2010RSPTA.368.4177D . doi : 10.1098/rsta.2010.0163 . PMID 20679130. S2CID 1675353 .  
  73. ↑ "دراسة الأعضاء لعام 2013: النتائج والخطوات التالية" . شبكة المجتمع العالمي.
  74. ↑ كريبس، فيولا (31 يناير 2010). "دوافع المتطوعين الإلكترونيين في بيئة حوسبة موزعة تطبيقية: MalariaControl.net كمثال" . فيرست مونداي . 15 (2). doi : 10.5210/fm.v15i2.2783 .
  75. ↑ "حوّل وباء فيروس كورونا مشروع Folding@Home إلى حاسوب فائق السرعة (exaFLOP)" . 14 أبريل 2020.
  76. ↑ كورتيس، فيكي (2015). مشاريع العلوم المدنية عبر الإنترنت: استكشاف الدافع والمساهمة والمشاركة، أطروحة دكتوراه (PDF) . المملكة المتحدة: الجامعة المفتوحة.
  77. ↑ ميمز 2010
  78. ↑ Pande 2008 : "في النهاية، الوقت الذي يُقاس بالساعة هو الشيء الوحيد المهم، ولهذا السبب نعتمد على الساعة في القياس (ولهذا السبب نؤكد على الساعة في أبحاثنا)."
  79. 1 2 مايكل غروس (2012). "أبحاث الطي تستعين بمساعدة غير تقليدية" . علم الأحياء الحالي . 22 (2): R35– R38. Bibcode : 2012CBio...22..R35G . doi : 10.1016/j.cub.2012.01.008 . PMID 22389910 . 
  80. ↑ "قائمة أفضل 500 شركة - يونيو 2007" . top500.org . Top500 . يونيو 2007. مؤرشفة من الأصل في 30 سبتمبر 2007. تم الاطلاع عليها في 20 سبتمبر 2012 . 
  81. ↑ "تقنية الطي المنزلي تصل إلى 2 بيتافلوب" . n4g.com . HAVAmedia. 8 مايو 2008. مؤرشف من الأصل في 10 يونيو 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  82. ↑ "إنفيديا تحقق إنجازًا تاريخيًا في مشروع Folding@Home باستخدام كودا" . nvidia.com . شركة إنفيديا . 26 أغسطس 2008. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  83. ↑ "حاجز 3 بيتافلوب" . longecity.org . Longecity. 19 أغسطس 2008. مؤرشف من الأصل في 30 أغسطس 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  84. ↑ "زيادة عدد مجلدات PS3 "النشطة" تدفع مشروع Folding@home إلى تجاوز 4 بيتافلوب!" . team52735.blogspot.com . Blogspot . 29 سبتمبر 2008. مؤرشف من الأصل في 22 ديسمبر 2013. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  85. ↑ "تجاوز حاجز 5 بيتافلوب" . longecity.org . Longecity. 18 فبراير 2009. مؤرشف من الأصل في 30 أغسطس 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  86. ↑ دراغان زاكيك (مايو 2009). "الحوسبة الشبكية المجتمعية - دراسات في الأنظمة المتوازية والموزعة" (ملف PDF) . كلية العلوم بجامعة ماسي . جامعة ماسي . مؤرشف من الأصل (ملف PDF) في 23 مارس 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 . 
  87. ↑ ويليام إيتو. "مراجعة لأحدث التطورات في طي البروتينات من الصفر بواسطة مشروع Folding@home" (ملف PDF) . foldingathome.org. مؤرشف من الأصل (ملف PDF) في 31 مارس 2011. تم الاطلاع عليه في 22 سبتمبر 2012 .
  88. ↑ "قائمة أفضل 500 شركة - نوفمبر 2008" . top500.org . Top500 . نوفمبر 2008. مؤرشف من الأصل في 9 ديسمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 . 
  89. ↑ ريستو كانتونين (23 سبتمبر 2013). "إحصائيات Folding@home - مستندات جوجل" . Folding@home . تم الاطلاع عليه في 23 سبتمبر 2013 .
  90. ↑ بومان، جريج (20 مارس 2020). "مذهل! يمتلك مشروع @foldingathome الآن أكثر من 470 بيتافلوب من قوة الحوسبة. ولتوضيح ذلك، فهذا يزيد عن ضعف ذروة أداء حاسوب Summit العملاق!" . @drGregBowman . تم الاطلاع عليه في 20 مارس 2020 .
  91. ↑ شيلوف، أنطون (25 مارس 2020). "مشروع Folding@Home يصل إلى مستوى إكساسكيل: 1,500,000,000,000,000,000 عملية في الثانية لمكافحة كوفيد-19" . أناندتك . مؤرشف من الأصل في 22 يوليو 2025. تم الاطلاع عليه في 26 مارس 2020 .
  92. ↑ "المنتدى الرسمي لفريق كسر السرعة المتطرف في لعبة Folding@home" . forums.extremeoverclocking.com . موقع Extreme Overclocking. مؤرشف من الأصل بتاريخ 21 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه بتاريخ 20 سبتمبر 2012 .
  93. 1 2 3 4 5 6 7 آدم بيبرج؛ دانيال إنسين؛ جوها جايشاندرا؛ سراج خالق؛ فيجاي باندي (2009). "Folding@home: دروس مستفادة من ثماني سنوات من الحوسبة الموزعة التطوعية" (ملف PDF) . ندوة IEEE الدولية لعام 2009 حول المعالجة المتوازية والموزعة . الصفحات 1-8 . doi : 10.1109/IPDPS.2009.5160922 . ISBN  978-1-4244-3751-1ISSN 1530-2075 . S2CID 15677970 .​  
  94. ↑ نورمان تشان (6 أبريل 2009). "ساعد فريق فولدينغ التابع لموقع ماكسيموم بي سي على الفوز بتحدي الشمبانزي القادم!" . Maximumpc.com . شركة فيوتشر يو إس. مؤرشف من الأصل في 7 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  95. ^ كارستن كوتزنر. ديفيد فان دير سبويل؛ مارتن فيشنر؛ إريك ليندال؛ أودو دبليو شميت؛ بيرت ل. دي جروت؛ هيلموت غروبمولر (2007). “تسريع GROMACS الموازي على الشبكات ذات الكمون العالي”. مجلة الكيمياء الحاسوبية . 28 (12): 2075–2084 . بيب كود : 2007JCoCh..28.2075K . دوى : 10.1002/jcc.20703 . اتش دي ال : 11858/00-001M-0000-0012-E29A-0 . بميد 17405124 . S2CID 519769 .  
  96. ↑ بيرك هيس؛ كارستن كوتزنر؛ ديفيد فان دير سبويل؛ إريك ليندال (2008). "GROMACS 4: خوارزميات لمحاكاة جزيئية عالية الكفاءة ومتوازنة الأحمال وقابلة للتوسع". مجلة نظرية الحساب الكيميائي . 4 (3): 435-447 . Bibcode : 2008JCTC....4..435H . doi : 10.1021/ct700301q . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0 . PMID 26620784. S2CID 1142192 .  
  97. 1 2 م. س. فريدريش؛ ب. إيستمان؛ ف. فايدياناثان؛ م. هيوستن؛ س. ليجراند؛ أ. ل. بيبرج؛ د. ل. إنسين؛ س. م. برونز؛ ف. س. باندي (2009). "تسريع محاكاة الديناميكا الجزيئية على وحدات معالجة الرسومات" . مجلة الكيمياء الحاسوبية . 30 (6): 864-872 . Bibcode : 2009JCoCh..30..864F . doi : 10.1002/jcc.21209 . PMC 2724265. PMID 19191337 .  
  98. ↑ unikuser (7 أغسطس 2011). "FoldingAtHome" . وثائق أوبونتو . help.ubuntu.com. مؤرشف من الأصل في 22 أبريل 2012. تم الاطلاع عليه في 22 سبتمبر 2012 .
  99. ↑ "قضية الملفات الثنائية المعدلة" . شركة ليفياثان للأمن .
  100. ↑ "إصلاح/إحداث ثغرات في ملفات/برامج ELF الثنائية" . بلاك هات .
  101. ↑ ربما باستخدام أدوات مثل ERESI. مؤرشف في 7 يوليو 2018 على موقع Wayback Machine.
  102. ↑ "x86 - كيفية تفكيك وتعديل ثم إعادة تجميع ملف تنفيذي لنظام لينكس؟" . Stack Overflow .
  103. ↑ "لينكس - كيف أضيف وظائف إلى ملف تنفيذي ثنائي موجود؟" . موقع Reverse Engineering Stack Exchange .
  104. ↑ "تجاوز الشهادة: إخفاء البرامج الضارة وتشغيلها من ملف تنفيذي موقّع رقميًا" (ملف PDF) . BlackHat.com . Deep Instinct . أغسطس 2016.
  105. ↑ فينيوس آر إل ماركويك؛ جيه أندرو ماكامون (2011). "دراسة الديناميكيات الوظيفية في الجزيئات الحيوية باستخدام الديناميكيات الجزيئية المعجلة". الكيمياء الفيزيائية والكيمياء الفيزيائية . 13 (45): 20053-20065 . Bibcode : 2011PCCP...1320053M . doi : 10.1039/C1CP22100K . PMID 22015376 . 
  106. ↑ قمصان السيد آر؛ في إس باندي. (2000). " يا مستخدمي شاشات التوقف في العالم، اتحدوا!". مجلة ساينس . 290 (5498): 1903-1904 . doi : 10.1126/science.290.5498.1903 . PMID 17742054. S2CID 2854586 .  
  107. ^ جون د. أوينز. ديفيد لوبكي؛ ناجا جوفينداراجو؛ مارك هاريس؛ ينس كروجر؛ آرون ليفون؛ تيموثي ج. بورسيل (2007). “مسح للحسابات ذات الأغراض العامة على أجهزة الرسومات”. منتدى رسومات الحاسوب . 26 (1 ) : 80-113.سيتيسيركس 10.1.1.215.426 . دوى : 10.1111/j.1467-8659.2007.01012.x . S2CID 62756490 .  
  108. ↑ ب. إيستمان؛ ف. س. باندي (2010). "OpenMM: إطار عمل مستقل عن الأجهزة لمحاكاة الجزيئات" . الحوسبة في العلوم والهندسة . 12 (4 ) : 34-39 . Bibcode : 2010CSE....12d..34E . doi : 10.1109/MCSE.2010.27 . ISSN 1521-9615 . PMC 4486654. PMID 26146490 .   
  109. ↑ إ. حق؛ ف. س. باندي (2010). "بيانات دقيقة حول الأخطاء العابرة: تقييم واسع النطاق لمعدلات الخطأ في العالم الحقيقي في معالجة الرسومات للأغراض العامة". المؤتمر الدولي العاشر لجمعية مهندسي الكهرباء والإلكترونيات/رابطة مكائن ​​الحوسبة حول الحوسبة العنقودية والسحابية والشبكية ، 2010. الصفحات 691-696 . arXiv : 0910.0505 . doi : 10.1109/CCGRID.2010.84 . ISBN  978-1-4244-6987-1. S2CID 10723933 . 
  110. ↑ ترافيس ديسيل؛ أنتوني ووترز؛ مالك ماجدون إسماعيل؛ بوليسلاف ك. شيمانسكي؛ كارلوس أ. فاريلا؛ ماثيو نيوبي؛ هايدي نيوبيرغ؛ أندرياس برزيستاويك؛ ديفيد أندرسون (2009). "تسريع مشروع الحوسبة التطوعية MilkyWay@Home باستخدام وحدات معالجة الرسومات". المؤتمر الدولي الثامن للمعالجة المتوازية والرياضيات التطبيقية (PPAM 2009)، الجزء الأول . سبرينغر. الصفحات 276-288 . CiteSeerX 10.1.1.158.7614 . ISBN   978-3-642-14389-2.
  111. ↑ "مستقبل التكنولوجيا الحيوية 27: الحوسبة المنزلية بتقنية Folding@home بسرعة 1.3 بيتافلوب" . Castroller.com . CastRoller. 28 ديسمبر 2007. مؤرشف من الأصل (مقابلة، بث مباشر) في 29 نوفمبر 2011. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  112. إدغار لوتيمان ؛ دانيال ل. إنسين؛ فيشال فايدياناثان؛ مايك هيوستن؛ نوام ريمون؛ جيب أولاند؛ جوها جايشاندرا؛ مارك فريدريش؛ فيجاي س. باندي (2008). " تسريع محاكاة الديناميكا الجزيئية على معالج Cell وجهاز PlayStation 3" . مجلة الكيمياء الحاسوبية . 30 (2): 268-274 . doi : 10.1002/jcc.21054 . PMID 18615421. S2CID 33047431 .  
  113. 1 2 ديفيد إي. ويليامز (20 أكتوبر 2006). "الجانب الجاد لجهاز بلاي ستيشن: مكافحة الأمراض" . سي إن إن. مؤرشف من الأصل في 22 يونيو 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  114. ↑ جيري لياو (23 مارس 2007). "العلاج المنزلي: بلاي ستيشن 3 للمساعدة في دراسة أسباب السرطان" . mb.com . مؤسسة مانيلا بوليتين للنشر. مؤرشف من الأصل في 1 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  115. ↑ لو كيستن، أسوشيتد برس (26 مارس/آذار 2007). "أخبار ألعاب الفيديو لهذا الأسبوع: لعبة 'God of War II' تغزو جهاز PS2؛ مشروع بحثي لجهاز PS3" . Post-Gazette.com . صحيفة بيتسبرغ بوست-غازيت . مؤرشف من الأصل في 20 يونيو/حزيران 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر/أيلول 2012 .
  116. ↑ إيلين تشاو (18 سبتمبر 2008). "خدمة أخبار PS3، الحياة مع بلاي ستيشن، متاحة الآن للتحميل" . Gizmodo.com . Gizmodo . مؤرشف من الأصل في 20 يونيو 2012. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  117. ↑ إريك ليمبل (21 أكتوبر 2012). "تحديث برنامج نظام PS3 (الإصدار 4.30)" . مدونة بلاي ستيشن . سوني . مؤرشف من الأصل في 24 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 21 أكتوبر 2012 .
  118. ↑ "إنهاء خدمة بلاي ستيشن" . الحياة مع بلاي ستيشن . سوني . 6 نوفمبر 2012. مؤرشف من الأصل في 13 نوفمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 نوفمبر 2012 .
  119. ↑ دانيال ل. إنسين؛ بيتر م. كاسون؛ فيجاي س. باندي (2007). "عدم التجانس حتى عند الحد الأقصى لسرعة الطي: دراسة ديناميكية جزيئية واسعة النطاق لمتغير سريع الطي من رأس الفيلين" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 374 (3): 806-816 . doi : 10.1016/j.jmb.2007.09.069 . PMC 3689540. PMID 17950314 .  
  120. ↑ "Folding@Home" . متجر جوجل بلاي . 2016. تم الاطلاع عليه في 31 مايو 2016 .
  121. ↑ مون، مارييلا (28 يوليو 2020). "دعم نظام ARM في منصة Folding@home يُمكّن أجهزة أندرويد من تحليل بيانات أبحاث كوفيد-19" . Engadget . Yahoo . تاريخ الاسترجاع: 27 يوليو 2025 .
  122. ↑ لينسينك إم إف، مينديز آر، ووداك إس جيه (ديسمبر 2007). " الالتحام وتقييم معقدات البروتين: CAPRI، الطبعة الثالثة". البروتينات . 69 (4): 704-18 . doi : 10.1002/prot.21804 . PMID 17918726. S2CID 25383642 .  
  123. ↑ غريغوري ر. بومان؛ فيجاي س. باندي (2009). "محاكاة التبريد تُسهم في فهم وظيفة تسجيل روزيتا منخفضة الدقة". البروتينات : التركيب، الوظيفة، والمعلوماتية الحيوية . 74 (3): 777-88 . doi : 10.1002/prot.22210 . PMID 18767152. S2CID 29895006 .  
  124. ↑ جي آر بومان؛ في إس باندي (2009). هوفمان، أندرياس (محرر). "أدوار الإنتروبيا والحركية في التنبؤ بالبنية" . PLOS ONE . 4 (6) e5840. Bibcode : 2009PLoSO...4.5840B . doi : 10.1371/journal.pone.0005840 . PMC 2688754. PMID 19513117 .  
  125. ↑ Gen_X_Accord، فيجاي باندي (11 يونيو 2006). "Folding@home مقابل Rosetta@home" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن . مؤرشف من الأصل في 8 أغسطس 2014. تم الاطلاع عليه في 20 سبتمبر 2012 .
  126. ١ ٢ ٣ توماس ج. لين؛ غريغوري ر. بومان؛ كايل أ. بيوشامب؛ فنسنت ألفين فولز؛ فيجاي س. باندي (٢٠١١). "نموذج حالة ماركوف يكشف عن طي وديناميكيات وظيفية في مسارات ديناميكيات جزيئية فائقة الطول" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . ١٣٣ (٤٥): ١٨٤١٣-١٨٤١٩ . Bibcode : 2011JAChS.13318413L . doi : 10.1021/ja207470h . PMC 3227799. PMID 21988563 .  
  127. ↑ ديفيد إي. شو وآخرون (2009). "محاكاة ديناميكيات الجزيئات على نطاق أجزاء من الألف من الثانية على أنتون". وقائع مؤتمر الحوسبة عالية الأداء والشبكات والتخزين والتحليل - SC '09 . الصفحات 1-11 . doi : 10.1145/1654059.1654099 . ISBN   978-1-60558-744-8. S2CID 53234452 . 
  128. ↑ ديفيد إي. شو وآخرون (2010). "التوصيف الذري للديناميكيات البنيوية للبروتينات". مجلة ساينس . 330 (6002): 341-346 . Bibcode : 2010Sci...330..341S . doi : 10.1126 / science.1187409 . PMID 20947758. S2CID 3495023 .   
  129. ↑ ديفيد إي. شو؛ مارتن إم. دينيروف؛ رون أو. درور؛ جيفري إس. كوسكين؛ ريتشارد إتش. لارسون؛ جون ك. سالمون؛ كليف يونغ؛ برانون باتسون؛ كيفن جيه. باورز؛ جاك سي. تشاو؛ مايكل بي. إيستوود؛ جوزيف غالياردو؛ جيه بي غروسمان؛ سي. ريتشارد هو؛ دوغلاس جيه. إيراردي؛ وآخرون . (2008). "أنتون، جهاز متخصص لمحاكاة الديناميكا الجزيئية" . مجلة اتصالات رابطة مكائن ​​الحوسبة . 51 (7): 91-97 . doi : 10.1145/1364782.1364802 . 
  130. ↑ رون أو. درور؛ روبرت إم. ديركس؛ جيه بي غروسمان؛ هوافينغ شو؛ ديفيد إي. شو (2012). "محاكاة الجزيئات الحيوية: مجهر حاسوبي لعلم الأحياء الجزيئي". المراجعة السنوية للفيزياء الحيوية . 41 : 429-52 . doi : 10.1146/annurev-biophys-042910-155245 . PMID 22577825 . 

المصادر الأولية

في النص، تسبق هذه المراجع علامة خنجر مزدوجة (‡):

  1. ↑ foldingathome.org (27 سبتمبر 2016). "حول شركاء Folding@home" . مؤرشف من الأصل في 23 أبريل 2020. تم الاطلاع عليه في 2 سبتمبر 2019 .
  2. ↑ "فهرس /releases/public/fah-client/" . تم الاسترجاع في 15 فبراير 2025 .
  3. 1 2 مختبر باندي (2 أغسطس 2012). "أسئلة وأجوبة حول المصادر المفتوحة لبرنامج Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 3 مارس 2020. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  4. ↑ مشروع Folding@home : "مشروع Folding@home (FAH أو F@h) هو مشروع حوسبة موزعة لمحاكاة ديناميكيات البروتين، بما في ذلك عملية طي البروتين وحركات البروتينات المتورطة في مجموعة متنوعة من الأمراض. يجمع المشروع علماء مواطنين يتطوعون لتشغيل محاكاة ديناميكيات البروتين على أجهزة الكمبيوتر الشخصية الخاصة بهم. تساعد الرؤى المستقاة من هذه البيانات العلماء على فهم علم الأحياء بشكل أفضل، وتوفر فرصًا جديدة لتطوير العلاجات."
  5. ↑ "إحصائيات العملاء حسب نظام التشغيل" . اتحاد Folding@home. مؤرشف من الأصل في 28 مارس 2020. تم الاطلاع عليه في 12 أبريل 2020 .
  6. ↑ "الأوراق والنتائج" . Folding@home.org . تم الاطلاع عليه في 9 ديسمبر 2021 .
  7. 1 2 3 تي جيه لين؛ غريغوري بومان؛ روبرت ماكغيبون؛ كريستيان شوانتس؛ فيجاي باندي؛ بروس بوردن (10 سبتمبر 2012). "أسئلة وأجوبة حول محاكاة Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 13 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  8. ↑ فيجاي باندي (8 يونيو 2012). " مؤتمر FAHcon 2012: نظرة على مدى التقدم الذي أحرزته FAH" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 12 يونيو 2012 .
  9. ↑ " جوائز Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . أغسطس 2011. مؤرشف من الأصل (الأسئلة الشائعة) في 12 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 . 
  10. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 مختبر باندي (30 مايو 2012). "أسئلة وأجوبة حول الأمراض التي دُرست في مشروع Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 25 أغسطس 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  11. 1 2 3 4 5 6 مختبر باندي (2012). "أسئلة وأجوبة حول مشروع Folding@Home Press" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) بتاريخ 25 أغسطس 2012. تم الاطلاع عليه بتاريخ 8 يوليو 2013 .
  12. ↑ كريستيان "schwancr" شوانتس (عضو مختبر باندي) (15 أغسطس 2011). "المشروعان 7808 و7809 إلى مرحلة التنفيذ الكامل" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 31 يناير 2013. تم الاطلاع عليه في 16 أكتوبر 2011 .
  13. 1 2 فيجاي باندي (23 أبريل 2008). "Folding@home وSimbios" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 9 نوفمبر 2011 .
  14. ↑ فيجاي باندي (25 أكتوبر 2011). "ردًا على: التغييرات المقترحة على موقع F@h الإلكتروني" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 31 مارس 2012. تم الاطلاع عليه في 25 أكتوبر 2011 .
  15. ↑ مختبر باندي (27 يوليو 2012). "الأوراق والنتائج من مشروع Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 17 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 1 فبراير 2019 .
  16. ↑ فيجاي باندي (18 ديسمبر 2008). "عرض نتائج جديدة لتحليل FAH حول دواء جديد محتمل لمرض الزهايمر" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 8 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 23 سبتمبر 2011 .
  17. ↑ yslin (عضو مختبر Pande) (22 يوليو 2011). "مشروع جديد ص6871 [ كلاسيكي ] " . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 30 أكتوبر 2013. تم الاطلاع عليه في 17 مارس 2012 .( التسجيل مطلوب )
  18. ↑ مختبر باندي. "وصف المشروع 6871" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 6 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 27 سبتمبر 2011 .
  19. ↑ ديواكار شوكلا (عضو مختبر باندي) (10 فبراير 2012). "إصدار تجريبي للمشروع 8021" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 9 أغسطس 2014. تم الاطلاع عليه في 17 مارس 2012 .( التسجيل مطلوب )
  20. ↑ فيجاي باندي (28 سبتمبر 2007). "مركز الطب النانوي" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 23 سبتمبر 2011 .
  21. ↑ فيجاي باندي (22 ديسمبر 2009). "إصدار وحدات عمل جديدة لبرنامج Protomol (Core B4)" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 23 سبتمبر 2011 .
  22. ↑ مختبر باندي. "وصف المشروع 180" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 6 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 27 سبتمبر 2011 .
  23. ↑ تي جيه لين (عضو مختبر باندي) (8 يونيو 2011). "المشروع 7600 في مرحلة تجريبية" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 10 أغسطس 2014. تم الاطلاع عليه في 27 سبتمبر 2011 .( التسجيل مطلوب )
  24. ↑ تي جيه لين (عضو مختبر باندي) (8 يونيو 2011). "وصف المشروع 7600" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 6 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 31 مارس 2012 .
  25. ↑ غريغوري بومان (عضو مختبر باندي). "المشروع 10125" . Folding@home . مجموعة phpBB . تم الاطلاع عليه في 2 ديسمبر 2011 .( التسجيل مطلوب )
  26. ↑ فيجاي باندي (24 فبراير 2012). "طي البروتين والعدوى الفيروسية" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 4 مارس 2012 .
  27. ↑ بومان، جريج (27 فبراير 2020). "مشروع Folding@home يتصدى لفيروس كوفيد-19 / 2019-nCoV" . Folding@home . تاريخ الاسترجاع: 12 مارس 2020 .
  28. ↑ فيجاي باندي (27 فبراير 2012). "أساليب جديدة لتصميم الأدوية الحاسوبي" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 23 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 1 أبريل 2012 .
  29. ↑ مختبر باندي. "وصف المشروع 10721" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 6 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 27 سبتمبر 2011 .
  30. 1 2 غريغوري بومان (23 يوليو 2012). "البحث عن أهداف دوائية جديدة" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 21 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 27 سبتمبر 2011 .
  31. ↑ مختبر باندي. "وصف المشروع 5765" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 6 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 2 ديسمبر 2011 .
  32. ↑ فيجاي باندي (16 سبتمبر 2007). "تجاوز حاجز البيتافلوب" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أبريل 2012. تم الاطلاع عليه في 28 أغسطس 2011 .
  33. ↑ فيجاي باندي (18 فبراير 2009). "Folding@home يتجاوز حاجز 5 بيتافلوب" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 8 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 31 أغسطس 2011 .
  34. ↑ جيسي فيكتورز (10 نوفمبر 2011). "ستة بيتافلوب أصلية" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 31 يوليو 2013. تم الاطلاع عليه في 11 نوفمبر 2011 .
  35. ↑ "اقتربنا من بلوغ 100 بيتافلوبس" . foldingathome.org. 11 مايو 2016. تم الاطلاع عليه في 9 أغسطس 2016 .
  36. ↑ "تقرير إحصائيات برنامج Folding@home" . 20 مارس 2020. مؤرشف من الأصل في 20 مارس 2020. تم الاطلاع عليه في 20 مارس 2020 .
  37. ↑ "تقرير إحصائيات برنامج Folding@home" . تم الاطلاع عليه في 31 أكتوبر 2025 .
  38. 1 2 3 4 5 مختبر باندي (20 أغسطس 2012). "أسئلة وأجوبة حول نقاط برنامج Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 17 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  39. ↑ مختبر باندي (23 يوليو 2012). "أسئلة وأجوبة حول مفتاح المرور في مشروع Folding @home" . Folding@home.foldingathome.org. مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 22 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  40. 1 2 بيتر كاسون (عضو مختبر باندي) (24 يناير 2010). "إصدار قادم من نوى SMP2" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 30 نوفمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 30 سبتمبر 2011 .
  41. 1 2 3 4 5 مختبر باندي (18 أغسطس 2011). "الأسئلة الشائعة الرئيسية حول مشروع Folding@home" (FAQ) . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 20 نوفمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  42. 1 2 3 مختبر باندي (11 يونيو 2012). "الأسئلة الشائعة حول برنامج Folding@home SMP" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة الشائعة) في 22 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  43. ↑ فيجاي باندي (5 أبريل 2011). "مزيد من الشفافية في الاختبار" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 14 أكتوبر 2011 .
  44. ↑ بروس بوردن (7 أغسطس 2011). "ردًا على: لا يمكن لـ Gromacs الاستمرار" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 31 مارس 2012. تم الاطلاع عليه في 7 أغسطس 2011 .
  45. ↑ بانثر إكس (1 أكتوبر 2011). "ردًا على: المشروع 6803: (التشغيل 4، المستنسخ 66، الجيل 255)" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 31 مارس 2012. تم الاطلاع عليه في 9 أكتوبر 2011 .
  46. ↑ بانثر إكس (31 أكتوبر 2010). "استكشاف أخطاء وحدات العمل المعطوبة وإصلاحها" . فولدينغ@هوم . مجموعة بي بي بي . مؤرشف من الأصل في 7 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 7 أغسطس 2011 .
  47. ↑ مختبر باندي (19 أغسطس 2012). "أسئلة وأجوبة حول برنامج Gromacs في Folding @home" . Folding@home.foldingathome.org. مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 17 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  48. ↑ مختبر باندي (7 أغسطس 2012). "فهرس الأسئلة الشائعة حول مشروع Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 25 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  49. ↑ فيجاي باندي ( 25 سبتمبر 2009). "تحديث حول نوى FAH الجديدة وعملائها" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 24 فبراير 2012 .
  50. ↑ مختبر باندي (19 أغسطس 2012). "مبادرة بيتافلوب من فولدينغ@هوم" . فولدينغ@هوم . foldingathome.org. مؤرشف من الأصل (الأسئلة الشائعة) في 13 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  51. 1 2 مختبر باندي (10 فبراير 2011). "دليل تثبيت عميل ويندوز أحادي المعالج" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الدليل) في 20 نوفمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  52. ↑ بانثر إكس (2 سبتمبر 2010). "ردًا على: هل يمكن لبرنامج Folding@home أن يُلحق الضرر بأي جزء من جهاز الكمبيوتر الخاص بي؟" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 30 نوفمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 25 فبراير 2012 .
  53. 1 2 3 فيجاي باندي (17 يونيو 2009). "كيف يتم تطوير كود FAH وإدارة النظام؟" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 14 أكتوبر 2011 .
  54. 1 2 مختبر باندي (30 مايو 2012). "دليل إلغاء تثبيت Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الدليل) في 17 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  55. ١ ٢ مطورو Folding@home. "GitHub - FoldingAtHome/fah-control: واجهة المستخدم الرسومية المتقدمة لعميل Folding@home · GitHub" . foldingathome.org. مؤرشف من الأصل في ٧ يوليو ٢٠٢٦. تم الاسترجاع في ٧ يوليو ٢٠٢٦ .
  56. ↑ مختبر باندي. "عميل الحوسبة الموزعة لـ Folding@home" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل في 26 يونيو 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  57. ↑ فيجاي باندي (28 يونيو 2008). "اتفاقية ترخيص المستخدم النهائي (EULA) لبرنامج Folding@home" . Folding@home . مؤرشف من الأصل في 9 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 15 مايو 2012 .
  58. ↑ مختبر باندي. "ملخص تنفيذي لمشروع Folding@Home" ( ملف PDF) . Folding@home.foldingathome.org. مؤرشف (ملف PDF) من النسخة الأصلية بتاريخ 7 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه بتاريخ 4 أكتوبر 2011 .
  59. ↑ راتلداغر، فيجاي باندي (1 أبريل 2005). "عميل Folding@home لـ BOINC في مرحلة تجريبية "قريبًا""" . Boarddigger.com . Anandtech.com. مؤرشف من الأصل بتاريخ 17 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه بتاريخ 20 سبتمبر 2012. "
  60. 1 2 3 مختبر باندي (30 مايو 2012). "أسئلة وأجوبة حول الأداء العالي" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 19 أغسطس 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  61. 1 2 3 مختبر باندي (18 مارس 2011). "الأسئلة الشائعة حول ATI" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة الشائعة) في 28 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  62. ↑ فيجاي باندي (23 مايو 2008). "أخبار وحدة معالجة الرسومات (حول وحدة معالجة الرسومات 1 ووحدة معالجة الرسومات 2 ودعم NVIDIA)" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 سبتمبر 2011 .
  63. ↑ فيجاي باندي (10 أبريل 2008). "GPU2 النسخة التجريبية المفتوحة" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 9 أكتوبر 2010. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2011 .
  64. ↑ فيجاي باندي (15 أبريل 2008). "تحديثات صفحة التنزيل/GPU2 متاحة الآن" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2011 .
  65. ↑ فيجاي باندي (11 أبريل 2008). "النسخة التجريبية المفتوحة من GPU2 تسير على ما يرام" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 22 سبتمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2011 .
  66. 1 2 فيجاي باندي (24 أبريل 2010). " الاستعداد لإطلاق GPU3: سيحتاج العميل الجديد وعملاء NVIDIA FAH GPU (مستقبلاً) إلى CUDA 2.2 أو أحدث" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 سبتمبر 2011 .
  67. ↑ فيجاي باندي (25 مايو 2010). "Folding@home: إصدار تجريبي مفتوح لعميل/نواة GPU3" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2011 .
  68. ↑ جوزيف كوفلاند (الرئيس التنفيذي لشركة Cauldron Development LLC والمطور الرئيسي في Folding@home) (13 أكتوبر 2011). "ردًا على: إصدار FAHClient V7.1.38 (الإصدار التجريبي المفتوح الرابع)" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 31 مارس 2012. تم الاطلاع عليه في 15 أكتوبر 2011 .
  69. ↑ "دليل تثبيت NVIDIA GPU3 على نظام Linux/Wine بدون واجهة رسومية" . Folding@home . مجموعة phpBB . 8 نوفمبر 2008. مؤرشف من الأصل في 9 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 5 سبتمبر 2011 .
  70. ↑ مختبر باندي. "إحصائيات العملاء حسب نظام التشغيل" . Folding@home . foldingathome.org. مؤرشف من الأصل في 3 سبتمبر 2015. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  71. ↑ بروس بوردن (25 يونيو 2013). "GPU FahCore_17 متوفر الآن على نظامي التشغيل ويندوز ولينكس الأصليين" . Folding@home . مجموعة phpBB . تم الاطلاع عليه في 30 سبتمبر 2014 .
  72. ↑ فيجاي باندي (18 سبتمبر 2008). "الحياة مع بلاي ستيشن - تحديث جديد لعميل FAH/PS3" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 24 فبراير 2012 . 
  73. ↑ مختبر باندي (30 مايو 2012). "أسئلة وأجوبة حول PS3" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 13 مايو 2013. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  74. 1 2 فيجاي باندي (15 يونيو 2008). "ماذا يفعل معالج SMP الأساسي؟" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2011 .
  75. 1 2 فيجاي باندي (8 مارس 2008). "تطوير عميل/نواة ويندوز جديدة (عملاء SMP وعملاء كلاسيكيون)" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 15 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 30 سبتمبر 2011 .
  76. 1 2 بيتر كاسون (عضو مختبر باندي) (15 يوليو 2009). "إصدار جديد: وحدات عمل كبيرة جدًا" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 11 نوفمبر 2012. تم الاسترجاع في 9 أكتوبر 2011 .
  77. ↑ فيجاي باندي (7 فبراير 2012). "تحديث حول "bigadv-16 " ، الإصدار الجديد من bigadv" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 9 فبراير 2012 .
  78. ↑ فيجاي باندي (2 يوليو 2011). "تغيير في نظام النقاط لوحدات العمل المتقدمة الكبيرة" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 18 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 24 فبراير 2012 .
  79. ↑ فيجاي باندي (15 يناير 2014). "خطط منقحة لتجربة BigAdv (BA)" . تم الاطلاع عليه في 6 أكتوبر 2014 .
  80. 1 2 مختبر باندي (23 مارس 2012). "دليل تثبيت ويندوز (FAH V7)" . Folding@home.foldingathome.org . مؤرشف من الأصل (الدليل) في 28 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 8 يوليو 2013 .
  81. 1 2 3 فيجاي باندي (29 مارس 2011). "الإصدار السابع من برنامج العميل متوفر الآن في مرحلة تجريبية مفتوحة" . Folding@home.typepad.com. مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 14 أغسطس 2011 .
  82. ↑ فيجاي باندي (22 مارس 2012). "تحديث صفحة الويب وإطلاق الإصدار 7" . Folding@home.typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 22 مارس 2012 .
  83. ↑ فيجاي باندي (31 مارس 2011). "إصدار معالج Core 16 لبطاقات ATI؛ ملاحظة أيضًا حول دعم معالجات NVIDIA الرسومية للوحات القديمة" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 3 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2011 .
  84. ↑ aschofield; jcoffland (3 أكتوبر 2011). "التذكرة رقم 736 (رابط إلى GPL في FAHControl)" . Folding@home . Trac . مؤرشف من الأصل في 28 مايو 2012. تم الاطلاع عليه في 12 أكتوبر 2012 .
  85. 1 2 "دليل العميل v8.4 - Folding@home" . تم الاطلاع عليه في 4 سبتمبر 2025 .
  86. ↑ باندي، فيجاي (24 فبراير 2014). "إضافة طريقة جديدة تمامًا للطي، مباشرةً في المتصفح" . foldingathome.org . مختبر باندي، جامعة ستانفورد . تم الاطلاع عليه في 13 فبراير 2015 .
  87. ↑ "إشعار إيقاف تشغيل عميل الويب NaCL" . Folding@Home . مؤرشف من الأصل بتاريخ 12 أبريل 2019. تم الاطلاع عليه بتاريخ 29 أغسطس 2019 .
  88. ↑ باندي، فيجاي (7 يوليو 2015). "أول نسخة كاملة من تطبيق Folding@Home الخاص بنا لهواتف أندرويد المحمولة" . Folding@Home . foldingathome.org . تم الاطلاع عليه في 31 مايو 2016 .
  89. ↑ "تحديث شامل لعميل أندرويد" . Folding@home . 2 فبراير 2018. تم الاطلاع عليه في 22 يوليو 2019 .
  90. ↑ فيجاي باندي (13 أكتوبر 2011). "مقارنة بين منهج FAH ومنهج أنطون" . Folding@home . typepad.com . مؤرشف من الأصل في 5 أكتوبر 2012. تم الاطلاع عليه في 25 فبراير 2012 .
  91. ↑ تي جيه لين (عضو مختبر باندي) (6 يونيو 2011). "المشروعان 7610 و7611 في مرحلة تجريبية" . Folding@home . مجموعة phpBB . مؤرشف من الأصل في 9 أغسطس 2014. تم الاطلاع عليه في 25 فبراير 2012 .( التسجيل مطلوب )
  92. ↑ مختبر باندي. "وصف المشروع 7610" . Folding@home . مؤرشف من الأصل في 6 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 26 فبراير 2012 .

مصادر

  • Folding@home (nde)، "حول" ، Folding@home ، تم الاطلاع عليه في 26 أبريل 2020
  • ميمز، كريستوفر (8 نوفمبر 2010)، "لماذا يُعدّ الحاسوب العملاق الصيني الجديد الأسرع في العالم من الناحية التقنية فقط؟" ، مجلة التكنولوجيا ، ماساتشوستس: معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا، مؤرشف من الأصل في 21 أكتوبر 2012 ، تم استرجاعه في 20 سبتمبر 2012
  • فريق عمل قناة News 12 (13 مايو 2020)، جامعة هوفسترا تُعير مختبرًا بحثيًا لأبحاث كوفيد-19 في جميع أنحاء العالم ، تم الاطلاع عليه في 24 مايو 2020
  • باندا، فيجاي س. (10 نوفمبر 2008)، "ردًا على: إحصائيات ATI وNVIDIA مقابل أرقام PPD" ، منتدى Folding ، المشاركة الخامسة من الأسفل، مؤرشفة من الأصل في 31 مارس 2012 ، تم استرجاعها في 26 أبريل 2020