شرح الحمض النووي

📅 آخر تحديث: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 7 صور
الموسوعة الحرة
تمثيل مرئي لشرح جينوم البلاستيدات الخضراء لطحلب بورفيرا أومبيليكاليس (رقم الوصول في بنك الجينات : MF385003.1 ) باستخدام برنامج كلوروبلوت . [ 1 ] يوضح الشكل في الدائرة السوداء المركزية عدد الجينات، وطول الجينوم، ومحتوى GC . أما الدائرة الرمادية الخارجية فتُظهر محتوى GC في كل قسم من أقسام الجينوم. تُوضع جميع الجينات الفردية على الدائرة الخارجية وفقًا لموقعها في الجينوم، واتجاه نسخها ، وطولها؛ ويتم ترميزها بالألوان بناءً على الوظيفة الخلوية أو المكون الذي تنتمي إليه. تُمثل اتجاهات النسخ للجينات الداخلية والخارجية بأسهم، حيث تُدرج باتجاه عقارب الساعة وعكس اتجاه عقارب الساعة على التوالي.

في علم الأحياء الجزيئي وعلم الوراثة ، يُعرف ترميز الحمض النووي أو ترميز الجينوم بأنه عملية وصف بنية ووظيفة مكونات الجينوم ، [ 2 ] وذلك من خلال تحليلها وتفسيرها لاستخلاص أهميتها البيولوجية وفهم العمليات البيولوجية التي تشارك فيها. [ 3 ] ومن بين أمور أخرى، يحدد هذا الترميز مواقع الجينات وجميع المناطق المشفرة في الجينوم، ويحدد وظائف تلك الجينات. [ 4 ]

تُجرى عملية التوصيف بعد تسلسل الجينوم وتجميعه ، وهي خطوة ضرورية في تحليل الجينوم قبل إيداع التسلسل في قاعدة بيانات ووصفه في مقال منشور. ورغم أن وصف الجينات الفردية ومنتجاتها أو وظائفها كافٍ لاعتبار هذا الوصف توصيفًا، إلا أن عمق التحليل المذكور في الأدبيات العلمية للجينومات المختلفة يتباين بشكل كبير، حيث تتضمن بعض التقارير معلومات إضافية تتجاوز التوصيف البسيط. [ 5 ] علاوة على ذلك، ونظرًا لحجم الجينومات المتسلسلة وتعقيدها، لا يُجرى توصيف الحمض النووي يدويًا، بل يُؤتمت باستخدام الوسائل الحاسوبية. ومع ذلك، تتطلب الاستنتاجات المستخلصة من النتائج المُتحصل عليها تحليلًا يدويًا من قِبل خبير. [ 6 ]

يُصنَّف ترميز الحمض النووي إلى فئتين: الترميز البنيوي ، الذي يُحدِّد ويُفرِّق العناصر في الجينوم، والترميز الوظيفي ، الذي يُسند وظائف لهذه العناصر. [ 7 ] وهذه ليست الطريقة الوحيدة لتصنيفه، إذ اقتُرحت عدة بدائل، مثل التصنيفات القائمة على الأبعاد [ 8 ] والتصنيفات القائمة على المستويات [ 3 ] .

تاريخ

استخدم الجيل الأول من برامج تحليل الجينوم طرقًا محلية تعتمد كليًا على المعلومات المستخرجة من تسلسل الحمض النووي على نطاق محلي، أي إطار قراءة مفتوح واحد في كل مرة. [ 9 ] [ 10 ] وقد برزت هذه الطرق كضرورة للتعامل مع الكم الهائل من البيانات الناتجة عن تقنيات تسلسل الحمض النووي ماكسام-جيلبرت وسانجر التي طُوّرت في أواخر سبعينيات القرن الماضي. أما أول برنامج استُخدم لتحليل قراءات التسلسل فهو حزمة ستادن ، التي أنشأها رودجر ستادن عام 1977. [ 11 ] وقد أدّت هذه الحزمة عدة مهام متعلقة بالتحليل، مثل عدّ القواعد والكودونات . في الواقع، كان استخدام الكودونات الاستراتيجية الرئيسية التي اعتمدتها العديد من طرق التنبؤ المبكرة بتسلسل ترميز البروتين (CDS)، [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] استنادًا إلى افتراض أن المناطق الأكثر ترجمة في الجينوم تحتوي على كودونات تتوافق مع أكثر جزيئات الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) وفرةً (وهي الجزيئات المسؤولة عن نقل الأحماض الأمينية إلى الريبوسوم أثناء تخليق البروتين)، مما يسمح بترجمة أكثر كفاءة. [ 15 ] وقد ثبتت صحة هذا أيضًا بالنسبة للكودونات المترادفة ، والتي غالبًا ما توجد في البروتينات التي يتم التعبير عنها بمستوى منخفض. [ 13 ] [ 16 ]

أدى ظهور الجينومات الكاملة في تسعينيات القرن الماضي (أولها جينوم المستدمية النزلية الذي تم تسلسله عام ١٩٩٥) إلى ظهور جيل ثانٍ من برامج تحليل الجينوم. وكما في الجيل السابق، اعتمدوا في تحليل الجينوم على أساليب من الصفر ، ولكن هذه المرة على نطاق الجينوم بأكمله. [ ٩ ] [ ١٠ ] تُعد نماذج ماركوف القوة الدافعة وراء العديد من الخوارزميات المستخدمة في برامج تحليل الجينوم لهذا الجيل؛ [ ١٧ ] [ ١٨ ] ويمكن اعتبار هذه النماذج بمثابة رسوم بيانية موجهة ، حيث تمثل العقد إشارات جينومية مختلفة (مثل مواقع بدء النسخ والترجمة ) متصلة بأسهم تمثل مسح التسلسل. ولضمان اكتشاف نموذج ماركوف لإشارة جينومية، يجب تدريبه أولاً على سلسلة من الإشارات الجينومية المعروفة. [ 19 ] تتضمن مخرجات نماذج ماركوف في سياق الشرح احتمالات كل نوع من العناصر الجينومية في كل جزء من أجزاء الجينوم، وسيقوم نموذج ماركوف الدقيق بتعيين احتمالات عالية للشرح الصحيح واحتمالات منخفضة للشرح غير الصحيح. [ 20 ]

جدول زمني لإصدار برامج تحليل الجينوم. تشير المربعات المنقطة إلى الأجيال الأربعة المختلفة من برامج تحليل الجينوم وخصائصها الأكثر تميزًا. الجيل الأول (الأزرق) حيث استخدم المحللون أساليب ab initio على نطاق محلي، والجيل الثاني (الأحمر) باستخدام أساليب ab initio على مستوى الجينوم، والجيل الثالث (الأخضر) الذي يتميز بمزيج من أساليب ab initio والتحليلات القائمة على التشابه، والجيل الرابع (البرتقالي) الذي بدأ فيه اتباع نهج لتحديد المناطق غير المشفرة من الحمض النووي ودراستها على مستوى السكان المُمثل بالجينوم الشامل.

مع ازدياد توفر الجينومات المتسلسلة في أوائل ومنتصف العقد الأول من الألفية الثانية، بالإضافة إلى الكم الهائل من تسلسلات البروتينات التي تم الحصول عليها تجريبياً، بدأ مُعَلِّمو الجينومات باستخدام أساليب تعتمد على التشابه، مما أدى إلى ظهور الجيل الثالث من توصيف الجينومات. سمحت هذه الأساليب الجديدة للمُعَلِّمين ليس فقط باستنتاج العناصر الجينومية إحصائياً (كما في الأجيال السابقة)، بل أيضاً بمقارنة التسلسل المراد توصيفه بتسلسلات أخرى موجودة ومُثبتة. تتطلب هذه المُعَلِّمات المُدمجة، التي تُجري التوصيف من الصفر والتوصيف القائم على التشابه، خوارزميات محاذاة سريعة لتحديد مناطق التشابه . [ 2 ] [ 9 ] [ 10 ]

في أواخر العقد الأول من الألفية الثانية، تحوّل اهتمام تحليل الجينوم نحو تحديد المناطق غير المشفرة في الحمض النووي، وذلك بفضل ظهور طرق تحليل مواقع ارتباط عوامل النسخ ، ومواقع مثيلة الحمض النووي ، وبنية الكروماتين ، وتقنيات تحليل الحمض النووي الريبوزي والمناطق التنظيمية الأخرى . كما بدأ محللو الجينوم الآخرون بالتركيز على الدراسات السكانية التي يمثلها الجينوم الشامل ؛ ومن خلال ذلك، تضمن مسارات تحليل الجينوم، على سبيل المثال، وجود الجينات الأساسية لسلالة معينة في جينومات جديدة لنفس السلالة. وتشكل هاتان الاستراتيجيتان الجيل الرابع من محللي الجينوم. [ 9 ] [ 10 ]

بحلول العقد الثاني من القرن الحادي والعشرين، أصبحت تسلسلات الجينوم لأكثر من ألف فرد بشري (من خلال مشروع الألف جينوم ) والعديد من الكائنات النموذجية متاحة. ولذلك، لا يزال شرح الجينوم يمثل تحديًا كبيرًا للعلماء الذين يدرسون الجينوم البشري وغيره من الجينومات. [ 21 ] [ 22 ]

التوصيف الهيكلي

مخطط انسيابي عام لعملية شرح بنية الجينوم. أولًا، تُخفى المناطق المتكررة في الجينوم المُجمَّع باستخدام مكتبة تكرارات. ثم، اختياريًا، يُحاذى التسلسل المُخفى مع جميع الأدلة المتاحة ( تسلسلات EST ، وRNA ، والبروتينات ) للكائن الحي المراد شرحه. في جينومات حقيقيات النوى ، يجب تحديد مواقع الربط . أخيرًا، تُتنبأ التسلسلات المشفرة وغير المشفرة الموجودة في الجينوم بالاستعانة بقواعد بيانات تسلسلات DNA وRNA والبروتينات المعروفة، بالإضافة إلى معلومات داعمة أخرى.

يصف التوصيف البنيوي الموقع الدقيق للعناصر المختلفة في الجينوم، مثل إطارات القراءة المفتوحة (ORFs)، والتسلسلات المشفرة (CDS)، والإكسونات ، والإنترونات ، والتكرارات ، ومواقع الربط ، والوحدات التنظيمية ، وكودونات البدء والتوقف ، والمحفزات . [ 6 ] [ 23 ] الخطوات الرئيسية للتوصيف البنيوي هي:

  1. إعادة تحديد الهوية والإخفاء.
  2. مواءمة الأدلة (اختياري).
  3. تحديد الربط (فقط في حقيقيات النوى).
  4. التنبؤ بالميزات (التسلسلات المشفرة وغير المشفرة).

التعرف المتكرر والإخفاء

تتمثل الخطوة الأولى في التوصيف البنيوي في تحديد وإخفاء التكرارات ، والتي تشمل التسلسلات منخفضة التعقيد (مثل AGAGAGAG، أو القطع أحادية البوليمر مثل TTTTTTTTT)، والترانسبوزونات (وهي عناصر أكبر ذات نسخ متعددة عبر الجينوم). [ 2 ] [ 24 ] تُعد التكرارات مكونًا رئيسيًا في كل من جينومات بدائيات النوى وحقيقيات النوى؛ فعلى سبيل المثال، تتراوح نسبة التكرارات في جينومات بدائيات النوى بين 0% وأكثر من 42% [ 25 ] ، ويتكون ثلاثة أرباع الجينوم البشري من عناصر متكررة. [ 26 ]

يُعدّ تحديد التكرارات أمرًا صعبًا لسببين رئيسيين: ضعف حفظها، وعدم وضوح حدودها. ولذلك، يجب إنشاء مكتبات تكرارات للجينوم محل الاهتمام، ويمكن تحقيق ذلك بإحدى الطريقتين التاليتين: [ 24 ] [ 27 ]

  • طرق جديدة تمامًا . تُحدد التكرارات من خلال الكشف عن أزواج من التسلسلات في مواقع مختلفة وتجميعها، حيث تتجاوز درجة التشابه حدًا أدنى من حفظ التسلسل في مقارنة الجينوم الذاتي، مما لا يتطلب أي معلومات مسبقة عن بنية التكرار أو تسلسلاته. لكن يعيب هذه الطرق قدرتها على تحديد أي تسلسل متكرر، وليس فقط العناصر المتحركة، وقد تشمل تسلسلات ترميز محفوظة ، مما يجعل المعالجة اللاحقة الدقيقة خطوة لا غنى عنها لإزالة هذه التسلسلات. كما قد تُغفل هذه الطرق مناطق ذات صلة تدهورت بمرور الوقت، وقد تجمع عناصر لا صلة بينها في تاريخها التطوري. [ 28 ]
  • الطرق القائمة على التشابه . تُحدد التكرارات من خلال التشابه ( التشابه ) مع التكرارات المعروفة المخزنة في قاعدة بيانات مُنسقة. هذه الطرق أكثر قدرة على إيجاد عناصر النقل الحقيقية، حتى بكميات أقل، مقارنةً بطرق البحث من الصفر ، ولكنها تميل إلى التركيز على العائلات التي تم تحديدها مسبقًا.
  • الأساليب القائمة على البنية : تُحدد التكرارات بناءً على نماذج بنيتها، وليس على التكرار أو التشابه. وهي قادرة على تحديد العناصر المتحركة الحقيقية (تمامًا مثل الأساليب القائمة على التماثل)، ولكنها لا تتأثر بالعناصر المعروفة. مع ذلك، فهي شديدة التخصص لكل فئة من التكرارات، وبالتالي، فهي أقل قابلية للتطبيق على نطاق واسع.
  • أساليب علم الجينوم المقارن . تُحدد التكرارات على أنها اضطرابات في تسلسل واحد أو أكثر في محاذاة تسلسل متعددة ناتجة عن مناطق إدخال كبيرة . على الرغم من أن هذه الاستراتيجية تتجنب مشكلة الحدود غير الواضحة الموجودة في الطرق الأخرى، إلا أنها تعتمد بشكل كبير على جودة التجميع ومستوى نشاط العناصر المتحركة في الجينومات المعنية.

بعد تحديد المناطق المتكررة في الجينوم، يتم إخفاؤها. يعني الإخفاء استبدال أحرف النيوكليوتيدات ( A، C، G، أو T) بأحرف أخرى. وبذلك، تُصنّف هذه المناطق على أنها متكررة، وتتعامل معها التحليلات اللاحقة وفقًا لذلك. قد تُسبب المناطق المتكررة مشاكل في الأداء إذا لم يتم إخفاؤها، بل وقد تُنتج أدلة خاطئة لتحديد الجينات (على سبيل المثال، اعتبار إطار القراءة المفتوح (ORF) في عنصر ناقل بمثابة إكسون ) [ 24 ]. بناءً على الأحرف المستخدمة للاستبدال، يُمكن تصنيف الإخفاء إلى نوعين: الإخفاء المرن والإخفاء الصارم: في الإخفاء المرن ، تُشار إلى المناطق المتكررة بأحرف صغيرة (a، c، g، أو t)، بينما في الإخفاء الصارم ، تُستبدل أحرف هذه المناطق بالحرف N. بهذه الطريقة، على سبيل المثال، يُمكن استخدام الإخفاء المرن لاستبعاد تطابقات الكلمات وتجنب بدء عملية المحاذاة في تلك المناطق، كما يُمكن للإخفاء الصارم، بالإضافة إلى ذلك، استبعاد المناطق المُخفاة من نتائج المحاذاة. [ 29 ] [ 30 ]

مواءمة الأدلة

تتضمن الخطوة التالية بعد إخفاء الجينوم عادةً مواءمة جميع الأدلة المتاحة من النسخ والبروتينات مع الجينوم المُحلل، أي مواءمة جميع علامات التسلسل المعبر عنها (ESTs) المعروفة، والحمض النووي الريبوزي ( RNA )، والبروتينات الخاصة بالكائن الحي الذي يتم تحديده مع الجينوم. [ 31 ] على الرغم من أن هذه الخطوة اختيارية، إلا أنها قد تُحسّن من توضيح تسلسل الجينات لأن الحمض النووي الريبوزي والبروتينات هي نواتج مباشرة لتسلسلات الترميز. [ 19 ]

إذا توفرت بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) ، فيمكن استخدامها لتحديد وتصنيف جميع الجينات ونظائرها الموجودة في الجينوم المقابل، مما يوفر ليس فقط مواقعها، بل أيضًا معدلات تعبيرها. [ 32 ] مع ذلك، لا توفر النسخ معلومات كافية للتنبؤ بالجينات، لأنها قد لا تكون متاحة لبعض الجينات، وقد تشفر أوبرونات لأكثر من جين واحد، ولا يمكن تحديد كودونات البدء والتوقف الخاصة بها بسبب انزياحات الإطار وعوامل بدء الترجمة . [ 19 ] لحل هذه المشكلة، تُستخدم مناهج تعتمد على علم البروتينات الجينومية ، والتي تستخدم معلومات من البروتينات المُعبر عنها، والتي غالبًا ما تُستمد من قياس الطيف الكتلي . [ 33 ]

تحديد وصلات الربط

تُضيف عملية توصيف الجينومات حقيقية النواة صعوبةً إضافيةً بسبب عملية تضفير الحمض النووي الريبوزي (RNA) ، وهي عملية ما بعد النسخ يتم فيها إزالة الإنترونات (المناطق غير المشفرة) وربط الإكسونات (المناطق المشفرة). [ 23 ] ولذلك، فإن تسلسلات الترميز في حقيقيات النوى (CDS) غير متصلة، ولضمان تحديدها بدقة، يجب ترشيح المناطق الإنترونية. وللقيام بذلك، يجب على مسارات التوصيف إيجاد حدود الإكسون-إنترون، وقد طُوّرت منهجيات متعددة لهذا الغرض. أحد الحلول هو استخدام حدود الإكسونات المعروفة للمحاذاة؛ على سبيل المثال، تبدأ العديد من الإنترونات بـ GT وتنتهي بـ AG. [ 31 ] ومع ذلك، لا يمكن لهذا النهج اكتشاف الحدود الجديدة، لذا توجد بدائل مثل خوارزميات التعلم الآلي التي تُدرّب على حدود الإكسونات المعروفة ومعلومات الجودة للتنبؤ بالحدود الجديدة. [ 34 ] تتطلب أدوات التنبؤ بحدود الإكسونات الجديدة عادةً خوارزميات فعالة لضغط البيانات ومحاذاتها، لكنها عرضة للفشل في الحدود الواقعة في مناطق ذات تغطية تسلسلية منخفضة أو معدلات خطأ عالية تحدث أثناء التسلسل. [ 35 ] [ 36 ]

توقعات الميزات

ينقسم الجينوم إلى مناطق مشفرة وغير مشفرة ، وتتمثل الخطوة الأخيرة في التوصيف البنيوي في تحديد هذه الخصائص داخل الجينوم. في الواقع، المهمة الأساسية في توصيف الجينوم هي التنبؤ بالجينات ، ولهذا السبب طُوّرت العديد من الطرق لهذا الغرض. [ 19 ] يُعدّ مصطلح "التنبؤ بالجينات" مُضللاً، إذ أن معظم مُتنبئات الجينات تُحدد فقط التسلسلات المشفرة (CDS) ولا تُبلغ عن المناطق غير المترجمة (UTRs)؛ ولهذا السبب، اقتُرح مصطلح "التنبؤ بالتسلسلات المشفرة" (CDS) كمصطلح أكثر دقة. [ 24 ] تكشف مُتنبئات التسلسلات المشفرة عن خصائص الجينوم من خلال طرق تُسمى "المستشعرات" ، والتي تشمل مستشعرات الإشارة التي تُحدد إشارات المواقع الوظيفية مثل المحفزات ومواقع إضافة ذيل عديد الأدينين (polyA) ، ومستشعرات المحتوى التي تُصنف تسلسلات الحمض النووي إلى محتوى مشفر وغير مشفر. [ 37 ] في حين أن برامج التنبؤ بتسلسل ترميز البروتين (CDS ) في بدائيات النوى تتعامل في الغالب مع الأطر المفتوحة للقراءة (ORFs)، وهي أجزاء من الحمض النووي تقع بين كودونات البدء والتوقف ، فإن برامج التنبؤ بتسلسل ترميز البروتين في حقيقيات النوى تواجه مشكلة أكثر صعوبة نظرًا للتنظيم المعقد لجينات حقيقيات النوى. [ 3 ] يمكن تصنيف طرق التنبؤ بتسلسل ترميز البروتين إلى ثلاث فئات رئيسية: [ 2 ] [ 31 ]

  • الطرق الأولية (وتسمى أيضًا الطرق الإحصائية أو الجوهرية أو من الصفر). يعتمد التنبؤ بتسلسل الترميز (CDS) كليًا على المعلومات المستخرجة من تسلسل الحمض النووي. وتعتمد هذه الطرق على أساليب إحصائية مثل نموذج ماركوف المخفي (HMM). تستخدم بعض الطرق جينومين أو أكثر لاستنتاج معدلات الطفرات المحلية وأنماطها على طول الجينوم. [ 38 ]
  • الأساليب القائمة على التشابه (وتسمى أيضاً الأساليب التجريبية أو القائمة على الأدلة أو الأساليب الخارجية). يعتمد التنبؤ بتسلسلات الترميز على التشابه مع التسلسلات المعروفة. تحديداً، يقوم هذا الأسلوب بمحاذاة التسلسل المُحلل مع علامات التسلسل المعبر عنها (ESTs) أو الحمض النووي التكميلي (cDNA) أو تسلسلات البروتين .
  • المُجمِّعات . يتم التنبؤ بسوق مقايضات التخلف عن السداد (CDS) من خلال الجمع بين الطريقتين المذكورتين أعلاه.

الشرح الوظيفي

يُسند التوصيف الوظيفي وظائف للعناصر الجينومية التي تم تحديدها من خلال التوصيف البنيوي، [ 7 ] وذلك بربطها بالعمليات البيولوجية مثل دورة الخلية ، وموت الخلية ، والنمو ، والتمثيل الغذائي ، وما إلى ذلك. [ 3 ] ويمكن استخدامه أيضًا كفحص إضافي للجودة من خلال تحديد العناصر التي ربما تم توصيفها عن طريق الخطأ. [ 2 ]

التنبؤ بوظيفة تسلسل الترميز

مثال على مخطط أسلاف علم الجينات (GO) مُنظّم كرسم بياني موجه غير دوري ، مأخوذ من QuickGO . [ 39 ] يُظهر هذا المخطط الوظائف الجزيئية والعمليات البيولوجية والمكونات الخلوية التي يُشارك فيها مُركّب الماتريلين ، وهو أحد مكونات المصفوفة خارج الخلوية . يُمثّل كل مربع مصطلحًا من مصطلحات علم الجينات، ويندرج ضمن إحدى فئات علم الجينات الثلاث، ويتم ترميزه بالألوان وفقًا لذلك. ترتبط مصطلحات علم الجينات ببعضها البعض من خلال مُحدّدات مُحدّدة (مثل "هو جزء من"، "جزء من"، إلخ)، والتي تُمثّل بأنواع مختلفة من الأسهم.

يتطلب التوصيف الوظيفي للجينات استخدام مصطلحات موحدة (أو أنطولوجيا) لتسمية الخصائص الوظيفية المتوقعة. مع ذلك، ونظرًا لتعدد طرق تعريف وظائف الجينات، قد تتعثر عملية التوصيف عند إجرائها من قبل مجموعات بحثية مختلفة. لذا، لا بد من استخدام مصطلحات موحدة، وأكثرها شمولًا هو أنطولوجيا الجينات (GO). تصنف هذه الأنطولوجيا الخصائص الوظيفية إلى ثلاث فئات (الوظيفة الجزيئية، والعملية البيولوجية، والمكون الخلوي)، وتنظمها في رسم بياني موجه غير دوري ، حيث يمثل كل عقدة وظيفة محددة، ويشير كل ضلع (أو سهم) بين عقدتين إلى علاقة بين فئة أصلية وأخرى أو بين فئتين فرعيتين. [ 40 ] [ 41 ] اعتبارًا من عام 2020، تُعد أنطولوجيا الجينات (GO) أكثر المصطلحات الموحدة استخدامًا للتوصيف الوظيفي للجينات، تليها فهرس وظائف MIPS (FunCat). [ 42 ]

تعتمد بعض الطرق التقليدية للتعليق الوظيفي على التشابه ، والذي يعتمد بدوره على أدوات البحث عن المحاذاة المحلية. [ 40 ] تقوم هذه الطرق على فرضية أن الحفاظ العالي على تسلسل عنصرين جينوميين يعني بالضرورة الحفاظ على وظيفتهما. عادةً ما تؤدي أزواج التسلسلات المتشابهة، التي ظهرت من خلال التشابه الجيني أو التماثل أو التباين الجيني، وظيفةً متشابهة. مع ذلك، ينبغي التعامل مع التسلسلات المتماثلة بحذر لسببين: (1) قد تحمل أسماءً مختلفة تبعًا لوقت تعليقها الأصلي، و(2) قد لا تؤدي الدور الوظيفي نفسه في كائنين مختلفين. غالبًا ما يلجأ المعلقون إلى تسلسل مماثل عند عدم العثور على تشابه جيني أو تماثل جيني أو تباين جيني. [ 19 ] تعاني الطرق القائمة على التشابه من عدة عيوب، مثل الأخطاء في قاعدة البيانات، وانخفاض الحساسية/النوعية، وعدم القدرة على التمييز بين التشابه الجيني والتماثل الجيني، [ 43 ] وارتفاع الدرجات بشكل مصطنع نتيجة وجود مناطق ذات تعقيد منخفض، والتباين الكبير داخل عائلة البروتين الواحدة. [ 44 ]

يمكن إجراء التوصيف الوظيفي باستخدام الأساليب الاحتمالية. يشير توزيع الأحماض الأمينية المحبة للماء والكارهة للماء إلى ما إذا كان البروتين موجودًا في محلول أو غشاء. توفر أنماط تسلسلية محددة معلومات حول التعديلات اللاحقة للترجمة والموقع النهائي لأي بروتين. [ 19 ] يمكن دمج الأساليب الاحتمالية مع مصطلحات موحدة، مثل مصطلحات علم الجينات (GO)؛ فعلى سبيل المثال، عادةً ما تضع شبكات تفاعل البروتين-بروتين (PPI) البروتينات ذات الوظائف المتشابهة بالقرب من بعضها البعض. [ 45 ]

تُستخدم أساليب التعلّم الآلي أيضًا لإنشاء شروح وظيفية للبروتينات الجديدة استنادًا إلى مصطلحات علم الوجود الجيني (GO). وتتمثل هذه الأساليب عمومًا في بناء مُصنِّف ثنائي لكل مصطلح من مصطلحات علم الوجود الجيني، ثم دمج هذه التصنيفات للتنبؤ بوظائف كل مصطلح على حدة (مُشكِّلًا مُصنِّفًا متعدد الفئات )، والذي تُحسب له درجات الثقة لاحقًا. تُعدّ آلة المتجهات الداعمة (SVM) المُصنِّف الثنائي الأكثر استخدامًا في الشروح الوظيفية؛ ومع ذلك، فقد استُخدمت أيضًا خوارزميات أخرى، مثل خوارزمية أقرب الجيران (kNN) والشبكة العصبية الالتفافية (CNN). [ 40 ]

تُنتج طرق التصنيف الثنائي أو متعدد الفئات للتعليق الوظيفي عمومًا نتائج أقل دقة لأنها لا تأخذ في الحسبان العلاقات المتبادلة بين مصطلحات علم الوجود الجيني (GO). أما الطرق الأكثر تطورًا التي تراعي هذه العلاقات، فتستخدم إما منهجًا مسطحًا أو هرميًا، ويكمن الفرق بينهما في أن الأول لا يأخذ بنية علم الوجود في الاعتبار، بينما يأخذها الثاني. بعض هذه الطرق تضغط مصطلحات علم الوجود الجيني (GO) عن طريق تحليل المصفوفات أو التجزئة ، مما يُحسّن أداءها. [ 42 ]

التنبؤ بوظيفة التسلسل غير المشفر

التسلسلات غير المشفرة (ncDNA) هي تلك التي لا تشفر البروتينات. وتشمل عناصر مثل الجينات الكاذبة، والتكرارات القطاعية، ومواقع الارتباط، وجينات الحمض النووي الريبي (RNA). [ 28 ]

الجينات الكاذبة هي نسخ متحولة من جينات ترميز البروتين التي فقدت وظيفتها الترميزية بسبب خلل في إطار القراءة المفتوح (ORF)، مما يجعلها غير قابلة للترجمة . [ 28 ] يمكن تحديدها باستخدام إحدى الطريقتين التاليتين: [ 46 ]

  • طريقة تعتمد على التشابه . تُحدد الجينات الكاذبة بالبحث عن تسلسلات مشابهة للجينات الوظيفية، ولكنها تحتوي على طفرات تُحدث خللاً في إطار القراءة المفتوح (ORF). لا تستطيع هذه الطريقة تحديد العلاقة التطورية بين الجين الكاذب وجينه الأصلي، ولا تحديد الفترة الزمنية المنقضية منذ حدوث الطفرة.
  • طريقة تعتمد على علم الوراثة العرقي . تُحدد الجينات الكاذبة من خلال تحليل تطوري عرقي. أولًا، تُنشأ شجرة أنواع للنوع محل الدراسة وشجرة تطورية عرقية للجين (أو عائلة الجينات) محل الدراسة. ثم تُقارن الشجرتان لتحديد النوع الذي فقد الجين. بعد ذلك، يُبحث في جينوم النوع الذي لم يُعثر فيه على الجين عن تسلسل متماثل مع الجين المُحدد في أقرب الأنواع. أخيرًا، إذا كان هذا التسلسل المتماثل يحمل خللًا في إطار القراءة المفتوح (ويستوفي معايير أخرى، مثل تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي ، ونسبة dN/dS ، وما إلى ذلك)، فهذا يعني أن التسلسل هو بالفعل جين كاذب.

التكرارات القطاعية هي أجزاء من الحمض النووي يزيد طولها عن 1000 زوج قاعدي، وتتكرر في الجينوم بنسبة تطابق في التسلسل تتجاوز 90%. ومن الاستراتيجيات المستخدمة لتحديدها: WGAC وWSSD: [ 47 ]

  • مقارنة تجميع الجينوم الكامل (WGAC). تقوم هذه التقنية بمحاذاة الجينوم بأكمله مع نفسه لتحديد التسلسلات المتكررة بعد تصفية التكرارات الشائعة؛ ولا تتطلب وجود القراءات الأصلية المستخدمة في التجميع.
  • الكشف عن تسلسل الجينوم الكامل بتقنية التسلسل العشوائي (WSSD). تقوم هذه التقنية بمحاذاة القراءات الأصلية مع الجينوم المُجمَّع، وتبحث عن مناطق ذات عمق قراءة أعلى من المتوسط، والتي عادةً ما تُشير إلى وجود تكرار. من المُرجَّح أن تكون التكرارات القطاعية التي تُحدَّد بهذه الطريقة، ولكن لا تُحدَّد بواسطة WGAC، تكرارات مُدمجة، مما يعني أنها حُاذت خطأً إلى نفس المنطقة. [ 48 ]

مواقع ارتباط الحمض النووي هي مناطق في تسلسل الجينوم ترتبط ببروتينات محددة وتتفاعل معها. وتلعب دورًا هامًا في تضاعف الحمض النووي وإصلاحه ، وتنظيم النسخ ، والعدوى الفيروسية . يتضمن التنبؤ بمواقع الارتباط استخدام إحدى الطريقتين التاليتين: [ 49 ]

  • تعتمد هذه الطرق على تشابه التسلسلات ، وتتمثل في تحديد التسلسلات المتماثلة ذات مواقع ارتباط الحمض النووي المعروفة، أو عن طريق محاذاتها مع البروتينات المستهدفة. وعادةً ما يكون أداؤها منخفضًا لأن تسلسلات ارتباط الحمض النووي أقل حفظًا .
  • الأساليب القائمة على البنية . تستخدم هذه الأساليب المعلومات الهيكلية ثلاثية الأبعاد للبروتينات للتنبؤ بمواقع ارتباط الحمض النووي.

الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNA)، الذي تنتجه جينات الحمض النووي الريبوزي، هو نوع من الحمض النووي الريبوزي لا يُترجم إلى بروتين. ويشمل جزيئات مثل الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA )، والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي ( rRNA ) ، والحمض النووي الريبوزي النووي الصغير ( snoRNA )، والحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNA) ، بالإضافة إلى نسخ شبيهة بالحمض النووي الريبوزي الرسول غير المشفر (mRNA) . غالبًا ما تُسفر التنبؤات الأولية لجينات الحمض النووي الريبوزي في جينوم واحد عن نتائج غير دقيقة (باستثناء الحمض النووي الريبوزي الميكروي miRNA)، لذا تُستخدم بدلاً من ذلك طرق المقارنة متعددة الجينومات. تُعنى هذه الطرق تحديدًا بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبوزي غير المشفر، نظرًا لحفظها في الأنواع ذات الصلة حتى وإن لم يكن تسلسلها كذلك. وبالتالي، من خلال إجراء محاذاة تسلسل متعددة، يُمكن الحصول على معلومات أكثر فائدة للتنبؤ بها. كما يُمكن استخدام البحث عن التشابه لتحديد جينات الحمض النووي الريبوزي، إلا أن هذه العملية معقدة، لا سيما في حقيقيات النوى، نظرًا لوجود عدد كبير من التكرارات والجينات الكاذبة. [ 50 ]

التصور

لقطة لملف GBK مشروح تم إنشاؤه باستخدام Prokka. [ 51 ] يوضح مكونات (ميزات) جزء صغير من جينوم Candidatus Carsonella ruddii ، بما في ذلك مواقعها (التعليق الهيكلي) ووظائفها المستنتجة (التعليق الوظيفي).

تنسيقات الملفات

يتطلب عرض الشروح في متصفح الجينوم ملف إخراج وصفي، يصف بنية الإنترونات والإكسونات لكل شرح، وكودونات البدء والتوقف ، والمناطق غير المترجمة، والنسخ البديلة، ومن الأفضل أن يتضمن معلومات حول محاذاة التسلسلات وتوقعات الجينات التي تدعم كل نموذج جيني. من بين التنسيقات الشائعة الاستخدام لوصف الشروح: GenBank و GFF3 وGTF و BED وEMBL. [ 24 ] تستخدم بعض هذه التنسيقات مصطلحات ومفردات موحدة لتحديد مصطلحاتها الوصفية وضمان التوافق بين أدوات التحليل والعرض. [ 2 ]

متصفحات الجينوم

متصفحات الجينوم هي برامج تُسهّل تحليل وعرض بيانات التسلسل الجينومي الكبيرة وبيانات الشرح، وذلك لاكتساب فهم بيولوجي أعمق، عبر واجهة رسومية. [ 52 ] [ 31 ] [ 53 ]

يمكن تقسيم متصفحات الجينوم إلى متصفحات جينومية عبر الإنترنت ومتصفحات جينومية مستقلة . تستخدم الأولى معلومات من قواعد البيانات، ويمكن تصنيفها إلى متصفحات متعددة الأنواع (تدمج تسلسلات وشروحات كائنات حية متعددة، وتُسهّل التحليل المقارن بين الأنواع) ومتصفحات خاصة بنوع معين (تركز على كائن حي واحد وشروحاته). أما الثانية، فلا ترتبط بالضرورة بقاعدة بيانات جينومية محددة، بل هي متصفحات عامة الأغراض يمكن تنزيلها وتثبيتها كتطبيق على جهاز الكمبيوتر المحلي. [ 54 ] [ 19 ]

التصوير المقارن للجينومات

عرضٌ خطيٌّ مقارنٌ لجينومات العديد من الأنواع النموذجية لعائلات وأجناس فيروسية ذات صلة تطورية . تُعرض الشروحات الوظيفية للبروتينات بألوان مميزة، بينما تُعرض أوجه التشابه بدرجات لونية مختلفة .

يهدف علم الجينوم المقارن إلى تحديد أوجه التشابه والاختلاف في الخصائص الجينومية، بالإضافة إلى دراسة العلاقات التطورية بين الكائنات الحية. [ 55 ] تُعد أدوات التصور القادرة على توضيح السلوك المقارن بين جينومين أو أكثر ضرورية لهذا النهج، ويمكن تصنيفها إلى ثلاث فئات بناءً على تمثيل العلاقات بين الجينومات المُقارنة: [ 19 ]

  • مخططات النقاط: يسمح هذا المخطط فقط بإظهار محاذاة جينومين، حيث يتم تمثيل جينوم واحد على طول المحور الأفقي والآخر على طول المحور الرأسي، وتمثل النقاط في المخطط العناصر الجينومية المتشابهة بين هذين التعليقين.
  • التمثيل الخطي: يستخدم هذا التمثيل مسارات خطية متعددة لتمثيل جينومات متعددة وخصائصها حيث يشير "المسار" إلى نوع معين من الخصائص الجينومية في موقع جينومي.
  • التمثيل الدائري: يُسهّل هذا التمثيل مقارنة الجينومات الميكروبية أو الفيروسية الكاملة. في نمط العرض هذا، تُستخدم الدوائر والأقواس متحدة المركز لتمثيل الأجزاء الجينومية.

ضبط الجودة

تؤثر جودة تجميع التسلسل على جودة الشرح، لذا من المهم تقييم جودة التجميع قبل تنفيذ خطوات الشرح اللاحقة. [ 31 ] ولتحديد جودة شرح الجينوم كميًا، استُخدمت ثلاثة مقاييس: الاستدعاء ، والدقة ، والصحة ؛ مع أن هذه المقاييس لا تُستخدم صراحةً في مشاريع الشرح، بل في مناقشات دقة التنبؤ. [ 56 ]

تُعدّ أساليب التوصيف المجتمعية تقنيات ممتازة لضبط الجودة وتوحيد معايير توصيف الجينوم. وقد أدى مؤتمرٌ للتوصيف عُقد عام ٢٠٠٢ إلى وضع معايير التوصيف التي يستخدمها مشروع تحليل الإنسان والفقاريات التابع لمعهد سانجر (هافانا). [ ٥٧ ] [ ٢٠ ]

إعادة التعليق

تعتمد مشاريع الشرح غالبًا على شروح سابقة لجينوم الكائن الحي؛ إلا أن هذه الشروح القديمة قد تحتوي على أخطاء تنتقل إلى الشروح الجديدة. ومع تطور تقنيات تحليل الجينوم وتوفر قواعد بيانات أكثر ثراءً، قد يتم تحديث شروح بعض الجينومات القديمة. تُعرف هذه العملية بإعادة الشرح، وتُتيح للمستخدمين الحصول على معلومات جديدة حول الجينوم، بما في ذلك تفاصيل حول الجينات ووظائف البروتينات. لذا، تُعد إعادة الشرح منهجًا مفيدًا في ضبط الجودة. [ 56 ] [ 58 ]

التعليقات المجتمعية

تتضمن عملية شرح الجينوم من قِبل المجتمع إشراك مجتمع (علمي وغير علمي) في مشاريع شرح الجينوم. ويمكن تصنيفها إلى الفئات الست التالية: [ 59 ] [ 3 ]

  • نموذج المصنع: يتم تنفيذ عملية التعليق بواسطة خط أنابيب مؤتمت بالكامل.
  • نموذج المتحف: يتضمن التنسيق اليدوي من قبل الخبراء تفسير نتائج مشروع الشرح.
  • نموذج الصناعة المنزلية: يتم وضع التعليقات بشكل لا مركزي وهي نتيجة جهد من مختلف القيمين بدوام جزئي.
  • نموذج الحفل أو المهرجان: يتألف من ورشة عمل مكثفة قصيرة مع كبار القيمين من المجتمع. وقد استُخدم لأول مرة في مشروع شرح جينوم ذبابة الفاكهة (دروسوفيلا ميلانوجاستر) . [ 60 ]
  • المعلق المبارك: شكل مختلف من نموذج المتحف، تم تطبيقه في مشروع فأر نوك آوت (KOMP) ، حيث يخضع أمناء المتاحف لفترة تدريب قبل التعليق، ثم يتم منحهم إمكانية الوصول إلى أدوات التعليق لمواصلة عملهم.
  • نهج حارس البوابة: هو مزيج من نموذجي المؤتمر والصناعات المنزلية. يبدأ بورشة عمل للتعليق، تليها عملية تعاون لا مركزية لتوسيع نطاق التعليقات الأولية وتحسينها. وقد استُخدم هذا النهج لبيانات أنواع متعددة.

يُقال إنّ عملية التعليق المجتمعي مُشرفة عندما يكون هناك منسق يُدير المشروع من خلال طلب التعليق على عناصر مُحددة من عدد مُختار من الخبراء. من ناحية أخرى، عندما يُمكن لأي شخص الانضمام إلى المشروع ويتم التنسيق بطريقة لا مركزية، يُطلق عليه التعليق المجتمعي غير المُشرف . التعليق المجتمعي المُشرف قصير الأجل ومُقتصر على مدة الحدث، بينما لا يُعاني نظيره غير المُشرف من هذا القيد. ومع ذلك، كان الأخير أقل نجاحًا من الأول، ربما بسبب نقص الوقت أو الحافز أو الحوافز أو التواصل. [ 61 ]

تضم ويكيبيديا العديد من مشاريع ويكي التي تهدف إلى تحسين عملية الشرح. فعلى سبيل المثال، يُشغّل مشروع جين ويكي برنامجًا آليًا يجمع بيانات الجينات من قواعد البيانات البحثية ويُنشئ ملخصات جينية بناءً على ذلك. [ 62 ] ويسعى مشروع الحمض النووي الريبوزي (RNA) إلى كتابة مقالات تصف جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) الفردية وعائلات الحمض النووي الريبوزي (RNA) بطريقة سهلة الفهم. [ 63 ]

التطبيقات

تشخيص الأمراض

يستخدم الباحثون علم الجينات لتحديد العلاقة بين الأمراض والجينات، إذ يُساعد هذا العلم في التعرف على الجينات الجديدة، والتغيرات في تعبيرها وتوزيعها ووظائفها في ظل ظروف مختلفة، كالحالة المرضية مقابل الحالة الصحية. [ 41 ] وقد أُنشئت قواعد بيانات لهذه العلاقات بين الأمراض والجينات في كائنات حية مختلفة، مثل علم جينات مسببات الأمراض النباتية، [ 64 ] وعلم جينات الميكروبات المرتبطة بالنباتات ، [ 65 ] أو DisGeNET. [ 66 ] كما تم دمج بعض هذه القواعد في قواعد بيانات موجودة مسبقًا، مثل علم جينات أمراض الفئران في قاعدة بيانات جينوم الفئران. [ 67 ]

المعالجة البيولوجية

تُشفّر جيناتٌ موجودة في عناصرها الجينية المتنقلة (MGEs) مجموعةً واسعةً من الإنزيمات الهادمة المشاركة في تحلل الهيدروكربونات بواسطة بعض السلالات البكتيرية . وتكتسب دراسة هذه العناصر أهميةً بالغةً في مجال المعالجة الحيوية ، إذ سعى الباحثون مؤخرًا إلى تلقيح السلالات البرية أو المعدلة وراثيًا بهذه العناصر الجينية المتنقلة لاكتساب قدراتها على تحلل الهيدروكربونات. [ 68 ] في عام 2013، نشر فالي وآخرون [ 69 ] شرحًا لجينوم سلالة من بكتيريا Pseudomonas putida (CSV86)، وهي بكتيريا معروفة بتفضيلها للنفثالين ومركبات عطرية أخرى على الجلوكوز كمصدر للكربون والطاقة. ولتحديد العناصر الجينية المتنقلة لهذه البكتيريا، تم شرح جينومها باستخدام برنامج RAST وبرنامج NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP)، وتم تحديد تسعة عناصر متنقلة باستخدام قاعدة بيانات Insertion Sequence (IS) Finder . وقد خلص هذا التحليل إلى تحديد موقع جينات المسار العلوي لتحلل النفتالين، [ 70 ] بجوار الجينات التي تشفر tRNA-Gly والإنزيم المدمج ، بالإضافة إلى تحديد الجينات التي تشفر الإنزيمات المشاركة في تحلل الساليسيلات ، والبنزوات ، و4-هيدروكسي بنزوات ، وحمض فينيل أسيتيك ، وحمض هيدروكسي فينيل أسيتيك، والتعرف على أوبيرون مشارك في نقل الجلوكوز في السلالة.

يُعد تحليل علم الجينات ذا أهمية بالغة في التوصيف الوظيفي، وتحديدًا في المعالجة الحيوية، حيث يُمكن تطبيقه لفهم العلاقات بين جينات بعض الكائنات الدقيقة ووظائفها ودورها في معالجة ملوثات معينة. وقد اعتمد البحث والتعرف على سلالة بكتيريا هالوموناس زنكدورانس B6(T)، التي تحتوي على واحد وثلاثين جينًا تُشفّر مقاومة للمعادن الثقيلة ، وخاصة الزنك [ 71 ]، وسلالة ستينوتروفوموناس DDT-1، القادرة على استخدام DDT كمصدر وحيد للكربون والطاقة [ 72 ] ، على سبيل المثال لا الحصر.

برمجة

يمكن إضافة بيانات تعريفية للجينات في الجينوم حقيقي النواة باستخدام أدوات تعريفية متنوعة [ 73 ] مثل FINDER. [ 74 ] يدعم نظام التعريف الحديث واجهة ويب سهلة الاستخدام وتقنية حاويات البرامج مثل MOSGA. [ 75 ] [ 76 ] أما أنظمة التعريف الحديثة للجينومات بدائية النواة فهي Bakta، [ 77 ] وProkka [ 51 ] وPGAP. [ 78 ]

يقوم المركز الوطني لعلم الوجود الطبي الحيوي بتطوير أدوات للتعليق الآلي [ 79 ] لسجلات قواعد البيانات بناءً على الأوصاف النصية لتلك السجلات.

كطريقة عامة، يحتوي dcGO [ 80 ] على إجراء آلي لاستنتاج الارتباطات إحصائيًا بين مصطلحات علم الوجود ومجالات البروتين أو مجموعات المجالات من التعليقات التوضيحية الموجودة على مستوى الجين/البروتين.

تم تطوير مجموعة متنوعة من أدوات البرمجيات التي تسمح للعلماء بعرض ومشاركة التعليقات التوضيحية للجينوم، مثل MAKER .

يُعدّ ترميز الجينوم مجالًا بحثيًا نشطًا، ويشارك فيه عدد من المنظمات المختلفة في مجتمع علوم الحياة، والتي تنشر نتائج جهودها في قواعد بيانات بيولوجية متاحة للعموم عبر الإنترنت ووسائل إلكترونية أخرى. فيما يلي قائمة أبجدية بالمشاريع الجارية ذات الصلة بترميز الجينوم:

مراجع

  1. ↑ Zheng S, Poczai P, Hyvönen J, Tang J, Amiryousefi A (2020). "Chloroplot: برنامج إلكتروني لرسم مخططات جينومات العضيات المتعددة الاستخدامات" . Frontiers in Genetics . 11 576124. doi : 10.3389/fgene.2020.576124 . PMC 7545089. PMID 33101394 .  
  2. 1 2 3 4 5 6 دومينغيز ديل أنجيل ف، هيردي إي، ستيرك إل، كابيلا-جوتيريز إس، نوتردام سي، فينير بيترسون أو، وآخرون . (5 فبراير 2018). "عشر خطوات للبدء في تجميع الجينوم والتعليق التوضيحي" . F1000 للأبحاث . 7 (148): 148. دوى : 10.12688/f1000research.13598.1 . بمك 5850084 . بميد 29568489 .   
  3. 1 2 3 4 5 شتاين ، ل. (يوليو 2001). "شرح الجينوم: من التسلسل إلى البيولوجيا". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 2 (7): 493-503 . doi : 10.1038/35080529 . PMID 11433356. S2CID 12044602 .  
  4. ↑ ديفيس سي بي (29 مارس 2021). "التعريف الطبي لترميز الجينوم" . ميديسين نت . مؤرشف من الأصل في 9 فبراير 2023. تم الاطلاع عليه في 17 أبريل 2023 .
  5. ↑ كونين إي، غالبرين إم واي (2003). "شرح وتحليل الجينوم". التسلسل - التطور - الوظيفة ( الطبعة الأولى). سبرينغر الولايات المتحدة. الصفحات 193-226 . doi : 10.1007/978-1-4757-3783-7_6 . ISBN   978-1-4757-3783-7.
  6. 1 2 ميشرا ب، موريا ر، أفاشتي هـ، ميتال س، تشاندرا م، رامتك ب.و (2021). "تجميع الجينوم وشرحه". في سينغ د.ب، باثاك ر.ك (محرران). المعلوماتية الحيوية: الأساليب والتطبيقات (الطبعة الأولى ). إلسيفير ساينس. ص 49-66 . doi : 10.1016/B978-0-323-89775-4.00013-4 . ISBN   978-0-323-89775-4.
  7. 1 2 برايت إل إيه، بورغيس إس سي، تشودري بي، سويدرسكي سي إي، مكارثي إف إم (أكتوبر 2009). " التعليق البنيوي والوظيفي لمصفوفة أوليغومية لجينوم كامل للخيول" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 (ملحق 11): S8. doi : 10.1186/1471-2105-10-S11-S8 . PMC 3226197. PMID 19811692 .  
  8. ↑ ريد جيه إل، فاميلي آي، ثيل آي، بالسون بي أو (فبراير 2006). "نحو شرح متعدد الأبعاد للجينوم". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 7 (2): 130-141 . doi : 10.1038/nrg1769 . PMID 16418748. S2CID 13107786 .  
  9. 1 2 3 4 أبريل جيه إف، كاستيلانو إس (2019). "شرح الجينوم". في رانغاناثان إس، ناكاي كيه، شونباخ سي، غريبسكوف إم (محررون). موسوعة المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي ( الطبعة الأولى). إلسيفير ساينس. الصفحات 195-209 . doi : 10.1016/B978-0-12-809633-8.20226-4 . ISBN   978-0-12-811432-2. S2CID 226248103 . 
  10. 1 2 3 4 تاتوسوفا ت، ديكوتشيو م، بدر الدين أ، تشيتفيرنين ف، ناووركي إي بي، زاسلافسكي ل، وآخرون . (أغسطس 2016). "خط أنابيب شرح جينوم بدائيات النوى التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية" . أبحاث الأحماض النووية . 44 (14): 6614-6624 . doi : 10.1093/nar/gkw569 . PMC 5001611. PMID 27342282 .   
  11. ↑ ستادن ر (نوفمبر 1977). "معالجة بيانات التسلسل بواسطة الحاسوب" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 4 (11): 4037-4051 . doi : 10.1093 / nar/4.11.4037 . PMC 343220. PMID 593900 .  
  12. ↑ ستادن ر، ماكلاكلان أ.د. (يناير 1982). "تفضيل الكودون واستخدامه في تحديد مناطق ترميز البروتين في تسلسلات الحمض النووي الطويلة" . أبحاث الأحماض النووية . 10 (1): 141-156 . doi : 10.1093/nar/10.1.141 . PMC 326122. PMID 7063399 .  
  13. 1 2 غريبسكوف م، ديفيرو ج، بورغيس ر.ر. (يناير 1984). "مخطط تفضيل الكودون: تحليل بياني لتسلسلات ترميز البروتين والتنبؤ بالتعبير الجيني" . أبحاث الأحماض النووية . 12 (1 الجزء 2): 539-549 . doi : 10.1093/nar/12.1part2.539 . PMC 321069. PMID 6694906 .  
  14. ↑ فيكيت، جيه دبليو (أغسطس 1996). "اكتشاف الجينات باستخدام الحاسوب: أحدث التقنيات". اتجاهات في علم الوراثة . 12 (8): 316-320 . doi : 10.1016/0168-9525(96)10038-X . PMID 8783942 . 
  15. ↑ غروسجان هـ، فيرز و (يونيو 1982). "الاستخدام التفضيلي للكودونات في جينات بدائيات النوى: طاقة التفاعل الأمثل بين الكودون والمضاد للكودون والاستخدام الانتقائي للكودونات في الجينات المُعبر عنها بكفاءة". جين . 18 (3): 199-209 . doi : 10.1016/0378-1119(82)90157-3 . PMID 6751939 . 
  16. ↑ غرانثام ر، غوتييه س، غوي م، ميرسييه ر، بافيه أ (يناير 1980). "استخدام فهرس الكودونات وفرضية الجينوم" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 8 (1): r49– r62. doi : 10.1093/nar/8.1.197-c . PMC 327256. PMID 6986610 .  
  17. ↑ لوكاشين إيه في، بورودوفسكي إم (فبراير 1998). "GeneMark.hmm: حلول جديدة لاكتشاف الجينات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 26 (4): 1107-1115 . doi : 10.1093/nar/26.4.1107 . PMC 147337. PMID 9461475 .  
  18. ↑ سالزبرغ إس إل، ديلشر إيه إل، كاسيف إس، وايت أو (يناير 1998). "تحديد الجينات الميكروبية باستخدام نماذج ماركوف المُستنبطة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 26 (2): 544-548 . doi : 10.1093/nar/26.2.544 . PMC 147303. PMID 9421513 .  
  19. 1 2 3 4 5 6 7 8 سوه جيه، جوردون بي إم، سينسن سي دبليو (4 سبتمبر 2012). شرح الجينوم . نيويورك: تشابمان آند هول/سي آر سي. doi : 10.1201/b12682 . ISBN 978-0-429-06401-2أُرشف من المصدر الأصلي بتاريخ 18 أبريل 2023. تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أبريل 2023 .
  20. 1 2 برنت إم آر (ديسمبر 2005). "شرح الجينوم: الماضي والحاضر والمستقبل: كيفية تحديد إطار القراءة المفتوح في كل موقع" . أبحاث الجينوم . 15 (12): 1777-1786 . doi : 10.1101/gr.3866105 . PMID 16339376 . 
  21. ↑ اتحاد مشروع ENCODE (أبريل 2011). بيكر، بي. بي. (محرر). "دليل المستخدم لموسوعة عناصر الحمض النووي (ENCODE)" . مجلة PLOS Biology . 9 (4) e1001046. doi : 10.1371/journal.pbio.1001046 . PMC 3079585. PMID 21526222 .  أيقونة الوصول المفتوح
  22. ↑ أبيكاسيس جي آر، أوتون إيه، بروكس إل دي، ديبريستو إم إيه، دوربين آر إم، هاندساكر آر إي، وآخرون . (نوفمبر 2012). "خريطة متكاملة للتنوع الجيني من 1092 جينومًا بشريًا" . نيتشر . 491 (7422): 56-65 . Bibcode : 2012Natur.491...56T . doi : 10.1038/nature11632 . PMC 3498066. PMID 23128226 .   
  23. 1 2 كاهل، ج. (2015). قاموس علم الجينوم، وعلم النسخ، وعلم البروتينات ( الطبعة الخامسة). فاينهايم: وايلي. doi : 10.1002/9783527678679 . ISBN  978-3-527-67867-9أُرشف من المصدر الأصلي في 4 أغسطس 2022. تم الاطلاع عليه في 24 أبريل 2023 .
  24. 1 2 3 4 5 ياندل م، إنس د (أبريل 2012). " دليل المبتدئين لشرح جينوم حقيقيات النوى". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 13 (5): 329-342 . doi : 10.1038/nrg3174 . PMID 22510764. S2CID 3352427 .  
  25. ↑ تريانجن تي جيه، أبراهام إيه إل، توشون إم، روشا إي بي (مايو 2009). "نشأة وتأثيرات ومصائر التكرارات في جينومات بدائيات النوى" . مجلة FEMS لاستعراضات علم الأحياء الدقيقة . 33 (3): 539-571 . doi : 10.1111/j.1574-6976.2009.00169.x . PMID 19396957 . 
  26. ↑ ليهر تي (فبراير 2021). " العناصر المتكررة في البشر" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 22 (4): 2072. doi : 10.3390/ijms22042072 . PMC 7922087. PMID 33669810 .  
  27. ↑ بيرغمان سي إم، كيسنفيل إتش (نوفمبر 2007). "اكتشاف وتحديد العناصر القابلة للنقل في تسلسلات الجينوم" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 8 (6): 382-392 . doi : 10.1093/bib/bbm048 . PMID 17932080 . 
  28. 1 2 3 ألكسندر آر بي، فانغ جي، روزوفسكي جيه، سنايدر إم، غيرستين إم بي (أغسطس 2010). "شرح المناطق غير المشفرة في الجينوم". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 11 (8): 559-571 . doi : 10.1038/nrg2814 . PMID 20628352. S2CID 6617359 .  
  29. ↑ إدغار، آر سي (أكتوبر 2010). "البحث والتجميع أسرع بكثير من BLAST" . المعلوماتية الحيوية . 26 (19): 2460-2461 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq461 . PMID 20709691 . 
  30. ↑ إدغار ر. "إخفاء التسلسل" . drive5.com . مؤرشف من الأصل في 3 فبراير 2020. تم الاطلاع عليه في 25 أبريل 2023 .
  31. 1 2 3 4 5 إيجيغو جي إف، جونغ جيه (سبتمبر 2020). "مراجعة حول التوصيف الجينومي الحاسوبي للتسلسلات التي تم الحصول عليها بواسطة تسلسل الجيل التالي" . علم الأحياء . 9 (9): 295. doi : 10.3390/biology9090295 . PMC 7565776. PMID 32962098 .  
  32. ↑ غاربر م، غرابهر م ج، غوتمان م، ترابنيل س (يونيو 2011). "الأساليب الحسابية لشرح وتحديد كمية النسخ الجيني باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي". نيتشر ميثودز . 8 (6): 469-477 . doi : 10.1038/nmeth.1613 . PMID 21623353. S2CID 205419756 .  
  33. ↑ غوبتا ن، تانر س، جايتلي ن، أدكينز جيه إن، ليبتون م، إدواردز ر، وآخرون . (سبتمبر 2007). " تحليل البروتينات الكاملة للتعديلات ما بعد الترجمة: تطبيقات قياس الطيف الكتلي في توصيف البروتينات الجينومية" . أبحاث الجينوم . 17 (9): 1362-1377 . doi : 10.1101/gr.6427907 . PMC 1950905. PMID 17690205 .   
  34. ↑ دي بونا إف، أوسوفسكي إس، شنيبرغر كيه، راتش جي (أغسطس 2008). "المحاذاة المثلى للوصلات لقراءات التسلسل القصيرة" . المعلوماتية الحيوية . 24 (16): i174– i180. doi : 10.1093/bioinformatics/btn300 . PMID 18689821 . 
  35. ↑ ترابنيل سي، باتشر إل، سالزبيرغ إس إل (مايو 2009). "توب هات: اكتشاف مواقع الربط باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (9): 1105-1111 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp120 . PMC 2672628. PMID 19289445 .  
  36. ↑ كريزانوفيتش ك، إتشيكي أ، رو ج، شيكيتش م (مارس 2018). "تقييم أدوات محاذاة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) طويل القراءة مع مراعاة التضفير" . المعلوماتية الحيوية . 34 (5): 748-754 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx668 . PMC 6192213. PMID 29069314 .  
  37. ↑ ماك هاردي، أ. س.، وكلوتجن، أ. (2017). "البحث عن الجينات في تسلسل الجينوم". في: كيث، ج. م. (محرر). المعلوماتية الحيوية . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1525 (الطبعة الثانية ). نيويورك: سبرينغر. الصفحات 271-291 . doi : 10.1007/978-1-4939-6622-6_11 . ISBN    978-1-4939-6622-6PMID 27896725​​ 
  38. ↑ برنت إم آر، غيغو آر (يونيو 2004). "التطورات الحديثة في التنبؤ ببنية الجينات". الرأي الحالي في علم الأحياء البنيوي . 14 (3): 264-272 . doi : 10.1016/j.sbi.2004.05.007 . PMID 15193305 . 
  39. ↑ بينز د، ديمر إي، هانتلي ر، باريل د، أودونوفان س، أبوايلر ر (نوفمبر 2009). " QuickGO: أداة ويب للبحث في علم الجينات" . المعلوماتية الحيوية . 25 (22): 3045-3046 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp536 . PMC 2773257. PMID 19744993 .  
  40. 1 2 3 فو تي تي، جونغ جيه (2021). " التنبؤ بوظيفة البروتين باستخدام علم الجينات: من النماذج التقليدية إلى نماذج التعلم العميق" . PeerJ . 9 e12019. doi : 10.7717/peerj.12019 . PMC 8395570. PMID 34513334 .  
  41. 1 2 ساكسينا ر، بيشنوي ر، سينغلا د (2021). "علم الجينات: التطبيق والأهمية في التوصيف الوظيفي للبيانات الجينومية". في سينغ ب، باثاك ر ك (محرران). المعلوماتية الحيوية: الأساليب والتطبيقات . لندن: أكاديميك برس. ص 145-157 . doi : 10.1016/B978-0-323-89775-4.00015-8 . ISBN  978-0-323-89775-4.
  42. 1 2 Zhao Y, Wang J, Chen J, Zhang X, Guo M, Yu G (2020). "مراجعة أدبية لتوقع وظائف الجينات من خلال نمذجة علم الجينات" . Frontiers in Genetics . 11 : 400. doi : 10.3389/fgene.2020.00400 . PMC 7193026. PMID 32391061 .  
  43. ↑ ساسون، أو.، كابلان ، ن.، لينال، م. (يونيو 2006). "التنبؤ بالتعليقات الوظيفية: الكل للواحد والواحد للكل" . علم البروتين . 15 (6): 1557-1562 . doi : 10.1110/ps.062185706 . PMC 2242553. PMID 16672244 .  
  44. ↑ سينها إس، لين إيه إم، ديساي دي كيه (أكتوبر 2020). "تطبيق أساليب حسابية قائمة على التماثل وغير قائمة عليه لتحديد وتصنيف الإنزيمات اليتيمة: باستخدام المتفطرة السلية H37Rv كدراسة حالة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 21 (1): 466. doi : 10.1186/s12859-020-03794- x . PMC 574302. PMID 33076816 .  
  45. ↑ ليتوفسكي إس، كاسيف إس (2003). "التنبؤ بوظيفة البروتين من بيانات تفاعل البروتين/البروتين: منهج احتمالي" . المعلوماتية الحيوية . 19 (ملحق 1): i197– i204. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1026 . PMID 12855458 . 
  46. ↑ داينات ج، بونتاروتي ب (2021). "طرق تحديد ودراسة تطور الجينات الكاذبة باستخدام منهج التطور السلالي" (ملف PDF) . في: بوليسينو ل (محرر). الجينات الكاذبة . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 2324 ( الطبعة الثانية). نيويورك: سبرينغر. الصفحات 21-34 . doi : 10.1007/978-1-0716-1503-4_2 . ISBN    978-1-0716-1503-4PMID 34165706 . S2CID 235625288 .​  
  47. ↑ نومانجيك آي، جوكايا إيه إس، تشانغ إل، بيرغر بي، ألكان سي، هاش إف (سبتمبر 2018). "التوصيف السريع للتكرارات القطاعية في تجميعات الجينوم" . المعلوماتية الحيوية . 34 (17): i706– i714. doi : 10.1093/bioinformatics/bty586 . PMC 6129265. PMID 30423092 .  
  48. ↑ هارتاسانشيز، د.أ.، براسو-فيفيس، م.، هيريديا-جينستار، ج.م.، بايبوس، م.، نافارو، أ. (نوفمبر 2018). "تأثير التضاعفات المنهارة على تقديرات التنوع: ما يمكن توقعه" . علم الأحياء التطوري وعلم الجينوم . 10 (11): 2899-2905 . doi : 10.1093/gbe/ evy223 . PMC 6239678. PMID 30364947 .  
  49. ↑ سي جيه، تشاو آر، وو آر (مارس 2015). "نظرة عامة على التنبؤ بمواقع ارتباط البروتين بالحمض النووي" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 16 (3): 5194-5215 . doi : 10.3390/ijms16035194 . PMC 4394471. PMID 25756377 .  
  50. ↑ غريفيثس-جونز، س. (2007). "شرح جينات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر". المراجعة السنوية لعلم الجينوم وعلم الوراثة البشرية . 8 : 279-298 . doi : 10.1146/annurev.genom.8.080706.092419 . PMID 17506659 . 
  51. 1 2 سيمان تي (يوليو 2014). "بروكا: شرح سريع لجينوم بدائيات النوى" . المعلوماتية الحيوية . 30 (14): 2068-2069 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu153 . PMID 24642063 . 
  52. ↑ فالييف تي، يفشين آي، كولباكوف إف (2013). "متصفح جينوم BioUML" . علم الأحياء الافتراضي . 1 (1): 15. doi : 10.12704/vb/e8 .
  53. ↑ Szot PS, Yang A, Wang X, Parsania C, Röhm U, Wong KH, Ho JW (مايو 2017). "PBrowse: منصة ويب لاستكشاف البيانات الجينومية بشكل تعاوني في الوقت الفعلي" . Nucleic Acids Research . 45 (9): e67. doi : 10.1093/nar/ gkw1358 . PMC 5605237. PMID 28100700 .  
  54. ↑ وانغ جيه، كونغ إل، غاو جي، لو جيه (مارس 2013). "مقدمة موجزة لمتصفحات الجينوم على الويب" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 14 (2): 131-143 . doi : 10.1093/bib/bbs029 . PMID 22764121 . 
  55. ↑ جونغ جيه، كيم جي آي، يي جي (ديسمبر 2019). "geneCo: طريقة جينومية مقارنة مرئية لتحليل هياكل جينومية متعددة" . المعلوماتية الحيوية . 35 (24): 5303-5305 . doi : 10.1093/bioinformatics/btz596 . PMC 6954651. PMID 31350879 .  
  56. 1 2 أوزونيس، سي. أ.، وكارب، ب. د. (2002). "ماضي وحاضر ومستقبل إعادة شرح الجينوم على مستوى الجينوم" . علم الأحياء الجينومي . 3 (2) COMMENT2001. doi : 10.1186/gb-2002-3-2-comment2001 . PMC 139008. PMID 11864365 .  
  57. ↑ "التعليق اليدوي - معهد ويلكوم سانجر" . www.sanger.ac.uk . مؤرشف من الأصل في 2 فبراير 2023. تم الاطلاع عليه في 28 مارس 2023 .
  58. ↑ سيزن آر جيه، فان هيجوم إس إيه (يوليو 2010). "إعادة ترميز الجينوم وخطوط أنابيب الترميز مفتوحة المصدر" . التكنولوجيا الحيوية الميكروبية . 3 (4): 362-369 . doi : 10.1111/j.1751-7915.2010.00191.x . PMC 3815804. PMID 21255336 .  
  59. ↑ لوفلاند، جيه إي، وجيلبرت، جيه جي، وجريفيثس، إي، وهارو، جيه إل (2012). " شرح الجينات المجتمعية في الممارسة العملية" . قاعدة البيانات . 2012 (2012) bas009. doi : 10.1093/database/bas009 . PMC 3308165. PMID 22434843 .  
  60. ↑ هارتل ، د. ل. (أبريل 2000). "ذبابة تلتقي ببندقية: البندقية تفوز". علم الوراثة الطبيعية . 24 (4): 327-328 . doi : 10.1038/74125 . PMID 10742085. S2CID 5354139 .  
  61. ↑ مازومدر ر، ناتالي د.أ، خوليو ج.أ، ييه ل.س، وو س.هـ (فبراير 2010). " التعليق المجتمعي في علم الأحياء" . بيولوجي دايركت . 5 (1): 12. doi : 10.1186/1745-6150-5-12 . PMC 2834641. PMID 20167071 .  
  62. ↑ هوس، جيه دبليو، أوروزكو، سي، غوديل، جيه، وو، سي، باتالوف، إس، فيكرز، تي جيه، وآخرون . (يوليو 2008). "موسوعة جينية لشرح وظائف الجينات من قِبل المجتمع" . مجلة PLOS Biology . 6 (7) e175. doi : 10.1371/journal.pbio.0060175 . PMC 2443188. PMID 18613750 .   
  63. ↑ Daub J، Gardner PP، Tate J، Ramsköld D، Manske M، Scott WG، et al. (ديسمبر 2008). "مشروع ويكي RNA: شرح مجتمعي لعائلات RNA" . الحمض النووي الريبي . 14 (12): 2462–2464 . دوى : 10.1261/rna.1200508 . بمك 2590952 . بميد 18945806 .   
  64. ↑ كوبر إل، جايسوال بي (2016). "علم وجود النبات: أداة لعلم جينوم النبات". في إدواردز دي (محرر). المعلوماتية الحيوية النباتية . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1374 ( الطبعة الثانية). توتوا، نيوجيرسي: دار هومانا للنشر. الصفحات 89-114 . doi : 10.1007/978-1-4939-3167-5_5 . ISBN    978-1-4939-3167-5PMID 26519402​​ 
  65. ↑ تورتو-ألاليبو تي، كولمر سي دبليو، غوين-جيجليو إم (فبراير 2009). "اتحاد علم الجينات للميكروبات المرتبطة بالنباتات (PAMGO): تطوير مجتمعي لمصطلحات جديدة في علم الجينات تصف العمليات البيولوجية المتضمنة في تفاعلات الميكروب مع العائل" . مجلة BMC لعلم الأحياء الدقيقة . 9 ( ملحق 1): S1. doi : 10.1186/1471-2180-9-S1-S1 . PMC 2654661. PMID 19278549 .  
  66. ^ Piñero J، Ramírez-Anguita JM، Saüch-Pitarch J، Ronzano F، Centeno E، Sanz F، Furlong LI (يناير 2020). "منصة المعرفة DisGeNET لجينوميات الأمراض: تحديث 2019" . أبحاث الأحماض النووية . 48 (D1): D845 – D855. دوى : 10.1093/نار/gkz1021 . بمك 7145631 . بميد 31680165 .  
  67. ↑ هايمان جي تي، لوليدركيند إس جيه، سميث جيه آر، وانغ إس جيه، بيتري في، نيغام آر، وآخرون (2016). "بوابات الأمراض، وشرح الجينات المرتبطة بالأمراض، وتصنيف أمراض RGD في قاعدة بيانات جينوم الفئران" . قاعدة البيانات . 2016 baw034. doi : 10.1093/database/baw034 . PMC 4805243. PMID 27009807 .   
  68. ↑ توب إي إم، سبرينجيل دي، بون إن (نوفمبر 2002). "العناصر الوراثية المتنقلة الهدمية واستخدامها المحتمل في المعالجة الحيوية للتربة والمياه الملوثة" . مجلة FEMS لعلم الأحياء الدقيقة البيئية . 42 (2): 199-208 . doi : 10.1111/j.1574-6941.2002.tb01009.x . hdl : 1854/LU-348539 . PMID 19709279. S2CID 15173391 .  
  69. ↑ فالي، ب.س.، باليوال، ف.، راجو، س.س.، موداك، أ.، بوروهيت، هـ.ج. (يناير 2013). " تسلسل جينوم بكتيريا التربة المحللة للنفثالين، الزائفة بوتيدا CSV86" . إعلانات الجينوم . 1 (1): 234-235 . doi : 10.1128/genomeA.00234-12 . PMC 3587945. PMID 23469351 .  
  70. ↑ تريفيدي، في. دي.، جانجير، ب. ك.، شارما، ر.، فال، ب. س. (ديسمبر 2016). " رؤى حول التحليل الوظيفي والتطوري لمسار استقلاب الكارباميل من سلالة Pseudomonas sp. C5pp" . التقارير العلمية . 6 (1) 38430. Bibcode : 2016NatSR...638430T . doi : 10.1038/srep38430 . PMC 5141477. PMID 27924916 .  
  71. ↑ هوو واي واي، لي زد واي، تشنغ إتش، وانغ سي إس، شو إكس دبليو (2014). "تسلسل جينومي أولي عالي الجودة لبكتيريا هالوموناس زنكدورانس المقاومة للمعادن الثقيلة، السلالة النمطية B6(T)" . معايير في علوم الجينوم . 9 (30): 30. doi : 10.1186/1944-3277-9-30 . PMC 4286145. PMID 25945155 .  
  72. ↑ بان إكس، لين دي، تشنغ واي، تشانغ كيو، ين واي، كاي إل، وآخرون . (فبراير 2016). "التحلل البيولوجي لمركب DDT بواسطة بكتيريا Stenotrophomonas sp. DDT-1: توصيف وتحليل وظيفي للجينوم" . التقارير العلمية . 6 (1) 21332. Bibcode : 2016NatSR...621332P . doi : 10.1038/srep21332 . PMC 4758049. PMID 26888254 .   
  73. ↑ GAAS ، NBIS -- البنية التحتية الوطنية للمعلوماتية الحيوية في السويد، 13 أبريل 2022 ، تم الاطلاع عليه في 25 أبريل 2022
  74. ↑ بانيرجي إس، بهانداري بي، وودهاوس إم، سين تي زد، وايز آر بي، أندورف سي إم (أبريل 2021). "فايندر: حزمة برمجية آلية لترقيم جينات حقيقيات النوى من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) وتسلسلات البروتينات المرتبطة بها" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 22 (1): 205. doi : 10.1186/s12859-021-04120-9 . PMC 8056616. PMID 33879057 .  
  75. ^ مارتن آر، هاكل تي، حطاب جي، فيشر إم جي، هايدر د (أبريل 2021). بيرول الأول (محرر). “MOSGA: معلق الجينوم المعياري مفتوح المصدر”. المعلوماتية الحيوية . 36 ( 22 – 23): 5514 – 5515. أرخايف : 2009.03758 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btaa1003 . اتش دي ال : 21.11116/0000-0006-FED4-D . بميد 33258916 . 
  76. ↑ مارتن ر. "موسغا" . mosga.mathematik.uni-marburg.de . تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 أبريل 2022 .
  77. ↑ شوينجرز أو، جيلونيك إل، ديكمان إم إيه، بيفرز إس، بلوم جيه، جوسمان إيه (نوفمبر 2021). " باكتا: شرح سريع وموحد للجينومات البكتيرية عبر تحديد التسلسل بدون محاذاة" . علم الجينوم الميكروبي . 7 (11). doi : 10.1099/mgen.0.000685 . PMC 8743544. PMID 34739369 .  
  78. ↑ لي و، أونيل كيه آر، هافت دي إتش، ديكوتشيو إم، تشيتفيرنين في، بدر الدين إيه، وآخرون . (يناير 2021). "RefSeq: توسيع نطاق خط أنابيب شرح جينوم بدائيات النوى من خلال تنسيق نموذج عائلة البروتين" . أبحاث الأحماض النووية . 49 (D1): D1020– D1028 . doi : 10.1093/nar/gkaa1105 . PMC 7779008. PMID 33270901 .   
  79. ↑ "مُعَلِّم NCBO" . ncbo.bioontology.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 8 فبراير 2023 .
  80. ↑ فانغ هـ، غوف ج (يناير 2013). "DcGO: قاعدة بيانات للأنطولوجيات المرتكزة على المجال حول الوظائف، والأنماط الظاهرية، والأمراض، والمزيد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد قواعد البيانات): D536– D544. doi : 10.1093/nar/gks1080 . PMC 3531119. PMID 23161684 .