قاعدة بيانات الميتابولوم البشري

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 4 صور
الموسوعة الحرة
قاعدة بيانات الميتابولوم البشري
محتوى
وصفقاعدة بيانات الميتابولوميكس
أنواع البيانات
الملتقطة		هياكل المستقلبات البشرية، أوصاف المستقلبات، تفاعلات المستقلبات، إنزيمات المستقلبات وناقلاتها، تسلسلات الإنزيمات والناقلات البشرية، المسارات الأيضية البشرية، تركيزات المستقلبات الطبيعية وغير الطبيعية في البشر، الأمراض المرتبطة، الخصائص الكيميائية، التسمية، المرادفات، التصنيف الكيميائي، أطياف الرنين المغناطيسي النووي للمستقلبات، أطياف GC-MS للمستقلبات، أطياف LC-MS للمستقلبات
اتصال
مركز الأبحاثجامعة ألبرتا ومركز ابتكارات الميتابولوميكس
معملديفيد س. ويشارت
الاستشهاد الأساسيHMDB: قاعدة بيانات الميتابولوم البشري. [1]
وصول
موقع إلكترونيhttp://www.hmdb.ca
رابط التحميلhttp://www.hmdb.ca/downloads
متنوع

تردد إصدار البيانات		كل سنتين مع التصحيحات والتحديثات الشهرية
سياسة التحريرتم تنظيمها يدويًا

قاعدة بيانات الميتابولوم البشري (HMDB) [1] [2] [3] [4] هي قاعدة بيانات شاملة وعالية الجودة ويمكن الوصول إليها مجانًا عبر الإنترنت لجزيئات الأيض الصغيرة الموجودة في جسم الإنسان. وقد تم إنشاؤها بواسطة مشروع الميتابولوم البشري الممول من جينوم كندا [5] وهي واحدة من أولى قواعد بيانات الميتابولوم المخصصة . تسهل قاعدة بيانات الميتابولوم البشري إجراء أبحاث الميتابولوم البشري، بما في ذلك تحديد ووصف المستقلبات البشرية باستخدام مطيافية الرنين المغناطيسي النووي ، ومطيافية كروماتوغرافيا الغاز- مطياف كروماتوغرافيا السائل/ مطيافية كروماتوغرافيا السائل/مطيافية كروماتوغرافيا السائل . للمساعدة في عملية الاكتشاف هذه، تحتوي قاعدة بيانات الميتابولوم البشري على ثلاثة أنواع من البيانات: 1) البيانات الكيميائية، 2) البيانات السريرية، و3) بيانات البيولوجيا الجزيئية / الكيمياء الحيوية (الشكل 1-3). تتضمن البيانات الكيميائية 41514 بنية مستقلبة مع أوصاف تفصيلية إلى جانب ما يقرب من 10000 طيف من الرنين المغناطيسي النووي، ومطيافية كروماتوغرافيا الغاز-مطياف كروماتوغرافيا السائل/مطيافية ...

تتضمن البيانات السريرية معلومات حول أكثر من 10000 تركيز من المستقلبات والسوائل الحيوية ومعلومات تركيز المستقلبات لأكثر من 600 مرض بشري مختلف . تتضمن البيانات الكيميائية الحيوية 5688 تسلسل بروتين (وحمض نووي ) وأكثر من 5000 تفاعل كيميائي حيوي مرتبط بإدخالات المستقلبات هذه. [5] يحتوي كل إدخال مستقلب في HMDB على أكثر من 110 حقل بيانات حيث يتم تخصيص ثلثي المعلومات للبيانات الكيميائية / السريرية والثلث الآخر مخصص للبيانات الأنزيمية أو الكيميائية الحيوية. ترتبط العديد من حقول البيانات بقواعد بيانات أخرى ( KEGG و MetaCyc و PubChem و Protein Data Bank و ChEBI و Swiss-Prot و GenBank ) ومجموعة متنوعة من برامج عرض البنية والمسار. تدعم قاعدة بيانات HMDB عمليات بحث موسعة عن النصوص والتسلسل والطيف والبنية الكيميائية والاستعلامات العلائقية . لقد تم استخدامه على نطاق واسع في علم التمثيل الغذائي، والكيمياء السريرية ، واكتشاف المؤشرات الحيوية ، والتعليم الكيميائي الحيوي العام.

أربع قواعد بيانات إضافية، DrugBank، [6] [7] [8] T3DB، [9] SMPDB [10] و FooDB هي أيضًا جزء من مجموعة قواعد البيانات HMDB. يحتوي DrugBank على معلومات مكافئة عن ~1600 دواء ومستقلبات الأدوية، ويحتوي T3DB على معلومات عن 3100 سموم وملوث بيئي شائع ، ويحتوي SMPDB على مخططات مسارات لـ 700 مسار أيضي ومرض بشري، بينما يحتوي FooDB على معلومات مكافئة عن ~28000 مكون غذائي ومضافات غذائية .

تاريخ الإصدار

تم إصدار الإصدار الأول من HMDB في 1 يناير 2007، [1] تلاه إصداران لاحقان في 1 يناير 2009 (الإصدار 2.0)، [2] 1 أغسطس 2009 (الإصدار 2.5)، 18 سبتمبر 2012 (الإصدار 3.0) [4] و1 يناير 2013 (الإصدار 3.5)، [11] 2017 (الإصدار 4.0). [12] 2022 (الإصدار 5.0). [11] يتم توفير تفاصيل كل من إصدارات HMDB الرئيسية (حتى الإصدار 5.0) في الجدول 1.

الجدول 1. مقارنة محتوى إصدارات HMDB
حالة ميزة قاعدة البيانات أو المحتوى قاعدة بيانات HMDB (الإصدار 1.0) قاعدة بيانات HMDB (الإصدار 2.0) قاعدة بيانات HMDB (الإصدار 3.0) قاعدة بيانات HMDB (الإصدار 4.0) قاعدة بيانات HMDB (الإصدار 5.0)
عدد المستقلبات 2,180 6,408 37,170 114,100 220,945
عدد المرادفات الفريدة للمركبات الأيضية 27,700 43,882 152,364 - -
عدد المركبات المرتبطة بالمرض 862 1,002 3,948 22,605 22,600
عدد المركبات التي تحتوي على بيانات تركيز السوائل الحيوية أو الأنسجة 883 4,413 6,796 - -
عدد المركبات التي لها مراجع كيميائية 220 1,647 8,863 72,604 78,841
عدد المركبات ذات الأطياف المرجعية التجريبية لـ 1H و13C NMR 385 792 1,054 2,801 12,216
عدد المركبات ذات الأطياف المرجعية MS/MS 390 799 1,249 1,544 4,064
عدد المركبات التي تحتوي على بيانات مرجعية من GC-MS 0 279 884 7,418 11,493
عدد خرائط المسارات الخاصة بالإنسان 26 58 442 - -
عدد المركبات في مكتبة الميتابولوم البشري 607 920 1,031 - -
عدد حقول بيانات HMDB 91 102 114 130 130
عدد الخصائص الجزيئية المتوقعة 2 2 10 - -

النطاق والوصول

جميع البيانات في HMDB غير مملوكة أو مستمدة من مصدر غير مملوك. وهي متاحة للجميع ويمكن الوصول إليها بحرية. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تتبع كل عنصر بيانات تقريبًا بالكامل والإشارة إليه صراحةً بالمصدر الأصلي. تتوفر بيانات HMDB من خلال واجهة ويب عامة وعمليات تنزيل.

انظر أيضا

مراجع

  1. ^ abc Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; لي، ليانغ؛ ماري، توم؛ سايكس، بريان د؛ فوجل، هانز ج؛ كويرنجيسر، لوري (1 يناير 2007). "HMDB: قاعدة بيانات الميتابولوب البشري". أبحاث الأحماض النووية . 35 (D1): D521 – D526 . doi : 10.1093/nar/gkl923. PMC  1899095. PMID  17202168.
  2. ^ ab Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Eisner, Roman; Young, Nelson; Gautam, Bijaya; Hau, David D.; Psychogios, Nick; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Mandal, Rupasri; Sinelnikov, Igor; Xia, Jianguo; Jia, Leslie; Cruz, Joseph A.; Lim, Emilia; Sobsey, Constance A.; Shrivastava, Savita; Huang, Paul; Liu, Philip; Fang, Lydia; Peng, Jun; Fraditte, Ryan; Cheng, Dean; Tzur, Dan; Clements, Melisa; Lewis, Avalyn; de Souza, Andrea; Zúñiga, Azaret; Dawe, Margot; Xiong, Yeping; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Nazyrova, Alsu; Shaykhutdinov, Rustem; Li, Liang; Vogel, Hans J.; Forsythe, Ian J. (1 يناير 2009). "HMDB: قاعدة بيانات معرفية للميتابولوم البشري". Nucleic Acids Research . 37 (D1): D603 – D610 . doi :10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID  18953024 .  
  3. ^ Forsythe, Ian J.; Wishart, David S. (March 1, 2009). "Exploring Human Metabolites Using the Human Metabolome Database". Current Protocols in Bioinformatics . 25 : 14.8.1–14.8.45. doi :10.1002/0471250953.bi1408s25. ISBN 978-0471250951. PMID  19274632. S2CID  24291704.
  4. ^ أب ويشارت ، ديفيد س. جويسون، تيموثي؛ قوه، آن تشي؛ ويلسون، مايكل. نوكس، كريج. ليو، ييفينغ؛ دجومبو فيونانج، يانيك؛ ماندال، روباسري؛ عزيات، فريد؛ دونغ، اديسون. بوطرة، سهيلة؛ سينيلنيكوف، إيغور؛ أرندت، ديفيد؛ شيا، جيانجو؛ ليو، فيليب؛ يولو، فايزة؛ بجورندال، ترينت؛ بيريز بينيرو، رولاندو؛ ايسنر، رومان؛ ألين، فيليسيتي. نوفو، فانيسا؛ غرينر، روس. سكالبرت ، أوغستين (2013-01-01). “HMDB 3.0 – قاعدة بيانات Metabolobe البشرية في عام 2013”. أبحاث الأحماض النووية . 41 (د1): د801 – د807 . doi :10.1093/nar/gks1065. PMC 3531200 . PMID  23161693.  
  5. ^ "مشروع الميتابولوم البشري" . تم الاسترجاع في 13 فبراير 2013 .
  6. ^ Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Shrivastava, Savita; Hassanali, Murtaza; Stothard, Paul; Chang, Zhan; Woolsey, Jennifer (1 يناير 2006). "DrugBank: مورد شامل لاكتشاف واستكشاف الأدوية الحاسوبية". Nucleic Acids Research . 34 (D1): D668 – D672 . doi :10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430. PMID  16381955 .  
  7. ^ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug goals". Nucleic Acids Research . 36 (Database issue): D901-6. doi :10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412  . 
  8. ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (يناير 2011). "DrugBank 3.0: مورد شامل لأبحاث "الأوميكس" حول الأدوية". أبحاث الأحماض النووية . 39 (إصدار قاعدة البيانات): D1035-41. doi :10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID  21059682 . 
  9. ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (يناير 2010). "T3DB: قاعدة بيانات مفهرسة بشكل شامل للسموم الشائعة وأهدافها". Nucleic Acids Research . 38 (إصدار قاعدة البيانات): D781-6. doi :10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID  19897546 . 
  10. ^ Frolkis, A; Knox, C; Lim, E; Jewison, T; Law, V; Hau, DD; Liu, P; Gautam, B; Ly, S; Guo, AC; Xia, J; Liang, Y; Shrivastava, S; Wishart, DS. (يناير 2010). "SMPDB: قاعدة بيانات مسار الجزيئات الصغيرة". أبحاث الأحماض النووية . 38 (إصدار قاعدة البيانات): D480-7. doi :10.1093/nar/gkp1002. PMC 2808928. PMID  19948758 . 
  11. ^ "ملاحظات إصدار قاعدة بيانات الميتابولوم البشري".
  12. ^ ويشارت ، ديفيد س. دجومبو فيونانج، يانيك؛ ماركو، آنا؛ قوه، آن تشي؛ ليانغ، كيفن. فاسكيز فريسنو، روزا؛ ساجد، تنوير؛ جونسون، دانيال؛ لي كارين. كارو، نعمة؛ سعيدة، زينات؛ لو إلفيس. عاصمبور، نازانين؛ بيرجانسكي، مارك؛ سينغال، سانديب؛ أرندت، ديفيد؛ ليانغ، يونجي؛ بدران، حسن؛ جرانت، جايسون؛ سيرا كايويلا، أرناو؛ ليو، ييفينغ؛ ماندال، روبا؛ نوفو، فانيسا؛ بون، أليسون. نوكس، كريج. ويلسون، مايكل. ماناخ، كلودين. سكالبرت ، أوغستين (4 يناير 2018). “HMDB 4.0: قاعدة بيانات الأيض البشري لعام 2018”. أبحاث الأحماض النووية . 46 (D1): D608 – D617 . doi :10.1093/nar/gkx1089. PMC 5753273 . PMID  29140435.  
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=قاعدة_بيانات_الأيض_البشرية&oldid=1254698945"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate