الجينوم المرجعي

📅 آخر تحديث: ٣١ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣١ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 4 صور
الموسوعة الحرة
أول نسخة مطبوعة من الجينوم المرجعي البشري، عُرضت في سلسلة من الكتب، في مجموعة ويلكوم ، لندن.

الجينوم المرجعي هو تجميع جينومي يُمثل التسلسل الجيني الكامل للكائن الحي كسلسلة متصلة من النيوكليوتيدات (A، T، C، وG). ولكي يُستخدم التجميع كجينوم مرجعي، فإنه عادةً ما يكون مصحوبًا بتعليقات توضيحية، تُنتج من خلال عملية تُعرف باسم تعليق الحمض النووي أو تعليق الجينوم . تُحدد هذه التعليقات الإحداثيات الجينومية (مواقع البداية والنهاية) للجينات ، والإكسونات ، والإنترونات ، و mRNA ، وغالبًا ما تُقرن بتسلسلات النسخ (mRNA) والبروتينات المقابلة ( المتوقعة بواسطة خوارزمية أو المُثبتة تجريبيًا). [ 1 ]

تتوفر الجينومات المرجعية لمجموعة واسعة من الأنواع، بما في ذلك أنواع الفيروسات والبكتيريا والفطريات والنباتات والحيوانات ، وتختلف هذه الجينومات في طريقة بنائها وتمثيلها. قد يُستخلص المرجع من فرد واحد أو من عدة أفراد تُدمج تسلسلاتهم في تجميع تمثيلي واحد - النمط الفرداني . هناك عاملان رئيسيان يحددان جودة تجميع الجينوم المرجعي: تقنية التسلسل التي تؤثر على دقة التسلسل، ومستوى التجميع الذي يشير إلى مدى اكتمال تمثيل الجينوم. [ 2 ] [ 3 ]

الهدف الأمثل هو تجميع على مستوى الكروموسوم، أي تسلسل الحمض النووي الكامل لكل كروموسوم دون أي أجزاء غير متطابقة. مع ذلك، لا يزال تحقيق ذلك يمثل تحديًا تقنيًا، لا سيما بالنسبة للجينومات الكبيرة أو المتكررة (الغنية بالعناصر المتكررة ). غالبًا ما كانت تقنيات التسلسل السابقة تُنتج تجميعات على مستوى القطع المتجاورة (تسلسلات متجاورة قصيرة) أو السقالات (مجموعات مرتبة من القطع المتجاورة)، مع سياق كروموسومي محدود. يعتمد الحجم الدقيق لهذه الأجزاء على منصة التسلسل وطرق المعلوماتية الحيوية المتاحة في ذلك الوقت. [ 4 ]

بالنسبة للتجميعات التي لم يتم حلها بالكامل، تُستخدم الإحصاءات الموجزة مثل N50 و L50 بشكل شائع لتوصيف التقارب وتجزئة التجميع؛ يتم شرح هذه المقاييس في قسم Contigs and Scaffolds .

تُعدّ الجينومات المرجعية أساسية في أبحاث علم الجينوم ، وخاصة علم الجينوم . فهي توفر مرجعًا لـ "رسم خرائط" بيانات تسلسل الحمض النووي من العديد من الأفراد، مما يُمكّن من تحديد الموقع الجينومي لهذه التسلسلات بكفاءة والكشف عن تعدد الأشكال (الاختلافات في التسلسل بين الأفراد) من خلال عملية تُعرف باسم استدعاء المتغيرات . [ 5 ]

أدت القيود التي تعتري هذه الممارسة، مثل التحيز المرجعي ونقص تمثيل التنوع السكاني، إلى تطوير مجموعات مرجعية على مستوى السكان ومجموعات جينوم شاملة . [ 6 ]

يمكن الوصول إلى الجينومات المرجعية وشروحها بشكل عام من خلال متصفحات الجينوم والأرشيفات عبر الإنترنت مثل Ensembl ، [ 7 ] وأرشيف النيوكليوتيدات الأوروبي (ENA) في EMBL-EBI ، ومتصفح جينوم UCSC ، و NCBI .

خصائص الجينومات المرجعية

مقاييس الطول

يمكن قياس طول الجينوم بعدة طرق مختلفة.

إحدى الطرق البسيطة لقياس طول الجينوم هي عدّ عدد أزواج القواعد في التجميع. [ 8 ]

المسار الذهبي هو مقياس بديل للطول يستبعد المناطق الزائدة مثل الأنماط الفردية والمناطق شبه الصبغية الجسدية . [ 9 ] [ 10 ] يُبنى عادةً عن طريق وضع معلومات التسلسل فوق خريطة فيزيائية لدمج معلومات السقالات. وهو "أفضل تقدير" لشكل الجينوم ، ويتضمن عادةً فجوات، مما يجعله أطول من تجميع أزواج القواعد النموذجي. [ 11 ]

القطع المتجاورة والهياكل الداعمة

مخطط يوضح ترتيب القراءات، مُشكلاً القطع المتجاورة (contigs) التي يمكن تجميعها في سقالات خلال عملية تسلسل وتجميع الجينوم المرجعي. يُشار إلى الفجوة بين القطعتين المتجاورة 1 و2 على أنها مُسلسلة، مُشكلةً سقالة، بينما الفجوة الأخرى غير مُسلسلة وتفصل بين السقالتين 1 و2.

يتطلب تجميع الجينومات المرجعية تداخل القراءات، مما يُنشئ قطعًا متجاورة (contigs) ، وهي مناطق متصلة من الحمض النووي (DNA) ذات تسلسلات توافقية . [ 12 ] في حال وجود فجوات بين هذه القطع، يُمكن ملؤها عن طريق بناء سقالات ، إما بتضخيم القطع المتجاورة باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) والتسلسل، أو باستنساخ الكروموسوم الاصطناعي البكتيري (BAC) . [ 13 ] [ 12 ] لا يكون ملء هذه الفجوات ممكنًا دائمًا، وفي هذه الحالة يتم إنشاء سقالات متعددة في التجميع المرجعي. [ 14 ] تُصنف السقالات إلى ثلاثة أنواع: 1) سقالات مُحددة الموقع، حيث يكون الكروموسوم والإحداثيات الجينومية والاتجاهات معروفة؛ 2) سقالات غير مُحددة الموقع، حيث يكون الكروموسوم معروفًا فقط دون الإحداثيات أو الاتجاه؛ 3) سقالات غير مُحددة الموقع، حيث يكون الكروموسوم غير معروف. [ 15 ]

يُعدّ عدد القطع المتجاورة (contigs) والهياكل (scaffolds) ، بالإضافة إلى متوسط ​​أطوالها، من المعايير المهمة، من بين معايير أخرى كثيرة، لتقييم جودة تجميع الجينوم المرجعي، إذ تُقدّم هذه المعايير معلومات حول استمرارية عملية الربط النهائية من الجينوم الأصلي. كلما قلّ عدد الهياكل لكل كروموسوم، حتى يشغل هيكل واحد كروموسومًا كاملًا، زادت استمرارية تجميع الجينوم. [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] ومن المعايير الأخرى ذات الصلة N50 و L50 . يُمثّل N50 طول القطع المتجاورة/الهياكل التي يوجد فيها 50% من التجميع في أجزاء بهذا الطول أو أكبر، بينما يُمثّل L50 عدد القطع المتجاورة/الهياكل التي يبلغ طولها N50. كلما ارتفعت قيمة N50، انخفضت قيمة L50، والعكس صحيح، مما يُشير إلى استمرارية عالية في التجميع. [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]

جينومات الثدييات

يتولى اتحاد مرجع الجينوم (GRC)، وهو مجموعة تضم أقل من 20 عالماً من عدد من معاهد أبحاث الجينوم، بما في ذلك المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية ، والمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية ، ومعهد سانجر ، ومعهد ماكدونيل للجينوم في جامعة واشنطن في سانت لويس ، صيانة وتحسين الجينومات المرجعية للإنسان والفأر . ويواصل الاتحاد تحسين الجينومات المرجعية من خلال بناء محاذاة جديدة تحتوي على فجوات أقل، وتصحيح الأخطاء في التسلسل.

الجينوم المرجعي البشري

استُخلصت النسخة الأصلية من الجينوم البشري المرجعي من ثلاثة عشر متطوعًا مجهول الهوية من مدينة بوفالو، نيويورك . وتم استقطاب المتبرعين عبر إعلان نُشر في صحيفة "بوفالو نيوز" يوم الأحد الموافق 23 مارس 1997. ودُعي أول عشرة متطوعين من الذكور وعشر من الإناث لتحديد موعد مع مستشاري علم الوراثة في المشروع والتبرع بالدم لاستخلاص الحمض النووي. ونتيجةً لطريقة معالجة عينات الحمض النووي، جاء حوالي 80% من الجينوم المرجعي من ثمانية أشخاص؛ يُمثل ذكر واحد، يُشار إليه بالرمز RP11 ، 66% من إجمالي الجينوم. يختلف نظام فصائل الدم ABO بين البشر، لكن الجينوم البشري المرجعي لا يحتوي إلا على أليل O واحد ، على الرغم من أن الأليلات الأخرى مُحددة . [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]

تطور تكلفة تسلسل الجينوم البشري من عام 2001 إلى عام 2021، مقارنةً بقانون مور

مع انخفاض تكلفة تسلسل الحمض النووي ، وظهور تقنيات جديدة لتسلسل الجينوم الكامل ، يستمر إنتاج المزيد من تسلسلات الجينوم. في حالات عديدة، مثل حالة جيمس د. واتسون، تم تجميع جينومه باستخدام تقنية التسلسل المتوازي الضخم للحمض النووي . [ 27 ] [ 28 ] كشفت المقارنة بين المرجع (التجميع NCBI36/hg18) وجينوم واتسون عن 3.3  مليون اختلاف في تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ، بينما لم يكن من الممكن مطابقة حوالي 1.4% من حمضه النووي مع المرجع على الإطلاق. [ 26 ] [ 27 ] بالنسبة للمناطق المعروفة بوجود تباين واسع النطاق فيها، يتم تجميع مجموعات من المواقع البديلة إلى جانب الموقع المرجعي.

مخطط كروموسومي لتجميع الجينوم المرجعي البشري GRCh38/hg38. تظهر أنماط الحزم المميزة باللون الأسود والرمادي والأبيض، بينما تظهر الفجوات والمناطق المجمعة جزئيًا باللون الأزرق والوردي، على التوالي. المرجع: عارض بيانات الجينوم التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI). [ 29 ]

أحدث تجميع لجينوم الإنسان المرجعي، الذي أصدره اتحاد مرجع الجينوم ، هو GRCh38 في عام 2017. [ 30 ] أُضيفت عدة تصحيحات لتحديثه، وكان آخرها GRCh38.p14، الذي نُشر في 3 فبراير 2022. [ 31 ] [ 32 ] يحتوي هذا الإصدار على 349 فجوة فقط في جميع أنحاء التجميع، مما يُشير إلى تحسن كبير مقارنةً بالإصدار الأول الذي احتوى على ما يقرب من 150,000 فجوة. [23] تقع الفجوات في الغالب في مناطق مثل التيلوميرات والسنتروميرات والتسلسلات المتكررة الطويلة ، مع وجود أكبر فجوة على طول الذراع الطويلة للكروموسوم Y، وهي منطقة يبلغ طولها حوالي 30 ميجابايت (حوالي 52% من طول الكروموسوم Y). [ 33 ] ازداد عدد مكتبات الاستنساخ الجينومي المساهمة في المرجع بشكل مطرد إلى أكثر من 60 مكتبة على مر السنين، على الرغم من أن RP11 الفردية لا تزال تمثل 70% من الجينوم المرجعي. [ 34 ] يشير التحليل الجينومي لهذا الرجل المجهول إلى أنه من أصل أفريقي-أوروبي. [ 34 ] وفقًا لموقع GRC الإلكتروني، فإن إصدار التجميع التالي للجينوم البشري (الإصدار GRCh39) "مؤجل إلى أجل غير مسمى". [ 35 ]

في عام 2022، نشر اتحاد تيلومير-إلى-تيلومير (T2T) [ 36 ] ، وهو جهد مفتوح قائم على المجتمع، أول جينوم مرجعي مُجمَّع بالكامل (الإصدار T2T-CHM13)، دون أي فجوات في التجميع. ولم يتضمن كروموسوم Y حتى الإصدار 2.0. [ 37 ] [ 38 ] يتيح هذا التجميع دراسة تطور تسلسل السنترومير وما حوله. استخدم الاتحاد أساليب دقيقة لتجميع وتنظيف والتحقق من صحة مناطق التكرار المعقدة التي يصعب تسلسلها بشكل خاص. [ 39 ] كما استخدم تقنية التسلسل فائق الطول (>100 كيلوبايت) لتسلسل التضاعفات القطاعية بدقة . [ 40 ]

تم تسلسل T2T-CHM13 من CHM13hTERT، وهو خط خلوي من حمل عنقودي أحادي الصيغة الصبغية تقريبًا . يشير "CHM" إلى "حمل عنقودي كامل"، و"13" هو رقم خطه الخلوي. يشير "hTERT" إلى " إنزيم النسخ العكسي للتيلوميراز البشري ". تم نقل جين TERT إلى هذا الخط الخلوي، وهو المسؤول عن الحفاظ على طول التيلوميرات، وبالتالي يساهم في خلود هذا الخط الخلوي . [ 41 ] يحتوي الحمل العنقودي على نسختين من نفس الجينوم الأبوي، وبالتالي فهو أحادي الصيغة الصبغية تقريبًا. هذا يلغي التباين الأليلي ويسمح بدقة تسلسل أفضل. [ 40 ]

فيما يلي تجميعات الجينوم الحديثة: [ 42 ]

اسم الإصدارتاريخ الإصدارالنسخة المكافئة من جامعة كاليفورنيا في سانتا كروز
GRCh39تم تأجيله إلى أجل غير مسمى [ 35 ]-
T2T-CHM13يناير 2022hs1
GRCh38ديسمبر 2013hg38
GRCh37فبراير 2009hg19
إصدار NCBI 36.1مارس 2006hg18
إصدار NCBI رقم 35مايو 2004hg17
NCBI Build 34يوليو 2003hg16

القيود

بالنسبة لمعظم أجزاء الجينوم، يوفر المرجع تقريبًا جيدًا للحمض النووي لأي فرد. ولكن في المناطق ذات التنوع الأليلي العالي ، مثل معقد التوافق النسيجي الرئيسي لدى البشر والبروتينات البولية الرئيسية لدى الفئران، قد يختلف الجينوم المرجعي اختلافًا كبيرًا عن جينومات الأفراد الآخرين. [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] نظرًا لأن الجينوم المرجعي عبارة عن تسلسل "واحد" مميز، مما يجعله مفيدًا كمؤشر أو محدد للخصائص الجينومية، فهناك قيود فيما يتعلق بمدى دقته في تمثيل الجينوم البشري وتنوعه . معظم العينات الأولية المستخدمة لتسلسل الجينوم المرجعي كانت من أشخاص من أصول أوروبية. في عام 2010، وُجد أنه من خلال تجميع الجينومات من جديد من السكان الأفارقة والآسيويين باستخدام الجينوم المرجعي للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) (الإصدار NCBI36)، احتوت هذه الجينومات على تسلسلات بحجم 5 ميجابايت تقريبًا لم تتطابق مع أي منطقة من الجينوم المرجعي. [ 46 ]

تسعى المشاريع اللاحقة لمشروع الجينوم البشري إلى تقديم توصيف أعمق وأكثر تنوعًا للتنوع الجيني البشري، الذي لا يستطيع الجينوم المرجعي تمثيله. مشروع هاب ماب ، الذي نُفِّذ خلال الفترة 2002-2010، كان يهدف إلى إنشاء خريطة للأنماط الفردية وأكثر اختلافاتها شيوعًا بين مختلف المجموعات البشرية. وقد دُرست ما يصل إلى 11 مجموعة سكانية ذات أصول مختلفة، مثل أفراد من عرقية الهان في الصين، والغوجاراتيين في الهند، واليوروبا في نيجيريا، واليابانيين ، وغيرهم. [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] [ 50 ] أما مشروع الألف جينوم ، الذي نُفِّذ بين عامي 2008 و2015، فكان يهدف إلى إنشاء قاعدة بيانات تشمل أكثر من 95% من الاختلافات الموجودة في الجينوم البشري، والتي يمكن استخدام نتائجها في دراسات الارتباط بالأمراض ( GWAS ) مثل داء السكري، وأمراض القلب والأوعية الدموية، وأمراض المناعة الذاتية. شملت هذه الدراسة 26 مجموعة عرقية، مما وسّع نطاق مشروع هاب ماب ليشمل مجموعات عرقية جديدة مثل شعب الميندي في سيراليون، والشعب الفيتنامي ، والشعب البنغالي . [ 51 ] [ 52 ] [ 53 ] [ 54 ] ويسعى مشروع الجينوم البشري الشامل ، الذي بدأ مرحلته الأولى في عام 2019 بإنشاء اتحاد مرجع الجينوم البشري الشامل، إلى إنشاء أكبر خريطة للتنوع الجيني البشري، انطلاقًا من نتائج الدراسات السابقة. [ 55 ] [ 56 ]

جينوم مرجعي للفأر

فيما يلي تجميعات جينوم الفأر الحديثة: [ 42 ]

اسم الإصدارتاريخ الإصدارالنسخة المكافئة من جامعة كاليفورنيا في سانتا كروز
GRCm39يونيو 2020مم39
GRCm38ديسمبر 2011مم10
NCBI Build 37يوليو 2007مم9
NCBI Build 36فبراير 2006مم8
إصدار NCBI رقم 35أغسطس 2005مم7
NCBI Build 34مارس 2005مم6

جينومات أخرى

منذ انتهاء مشروع الجينوم البشري، انطلقت مشاريع دولية متعددة تركز على تجميع جينومات مرجعية للعديد من الكائنات الحية. وتحظى الكائنات النموذجية (مثل سمك الزيبرا ( Danio rerio )، والدجاج ( Gallus gallus )، وبكتيريا الإشريكية القولونية ، وغيرها) باهتمام خاص من المجتمع العلمي، بالإضافة إلى الأنواع المهددة بالانقراض (مثل سمكة الأروانا الآسيوية ( Scleropages formosus ) أو البيسون الأمريكي ( Bison bison )). وحتى أغسطس 2022، احتوت قاعدة بيانات المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) على 71886 جينومًا مُسلسلًا جزئيًا أو كليًا ومُجمّعًا من أنواع مختلفة، منها 676 من الثدييات ، و590 من الطيور ، و865 من الأسماك . ومن الجدير بالذكر أيضًا أعداد جينومات الحشرات (1796) ، والفطريات (3747) ، والنباتات (1025)، والبكتيريا (33724) ، والفيروسات (26004 )، والعتائق (2040) . [ 57 ] تحتوي العديد من هذه الأنواع على بيانات شرح مرتبطة بجينوماتها المرجعية، والتي يمكن الوصول إليها وعرضها بشكل عام في متصفحات الجينوم مثل Ensembl و UCSC Genome Browser . [ 58 ] [ 59 ]

من أمثلة هذه المشاريع الدولية: مشروع جينوم الشمبانزي ، الذي نُفذ بين عامي 2005 و2013 بالاشتراك بين معهد برود ومعهد ماكدونيل للجينوم التابع لجامعة واشنطن في سانت لويس ، والذي أنتج أول جينومات مرجعية لأربعة أنواع فرعية من الشمبانزي (Pan troglodytes) ؛ [ 60 ] [ 61 ] مشروع جينوم مسببات الأمراض 100 ألف ، الذي بدأ في عام 2012 بهدف رئيسي هو إنشاء قاعدة بيانات للجينومات المرجعية لـ 100 ألف كائن حي دقيق ممرض لاستخدامها في الصحة العامة، والكشف عن تفشي الأمراض، والزراعة، والبيئة؛ [ 62 ] مشروع الجينوم الحيوي للأرض ، الذي بدأ في عام 2018 ويهدف إلى تسلسل وفهرسة جينومات جميع الكائنات حقيقية النواة على الأرض لتعزيز مشاريع الحفاظ على التنوع البيولوجي. يضم هذا المشروع العلمي الضخم ما يصل إلى 50 مشروعاً فرعياً أصغر حجماً، مثل مشروع الجينوم الحيوي الأفريقي أو مشروع الألف جينوم فطري . [ 63 ] [ 64 ] [ 65 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ إيجيغو، جيروم فيتيهاملاك؛ جونغ، جاي هي (18 سبتمبر 2020). "مراجعة حول التوصيف الجينومي الحاسوبي للتسلسلات التي تم الحصول عليها بواسطة تقنية التسلسل من الجيل التالي" . علم الأحياء . 9 (9): 295. doi : 10.3390/biology9090295 . ISSN 2079-7737 . PMC 7565776. PMID 32962098 .   
  2. ↑ جياني، أليس ماريا؛ غالو، غيدو روبرتو؛ جيانفرانشيسكي، لوكا؛ فورمنتي، جوليو (2020-01-01). "رحلة طويلة نحو علم الجينوم: تاريخ ومناهج تسلسل وتجميع الجينوم الحالية" . مجلة الحوسبة والتكنولوجيا الحيوية الهيكلية . 18 : 9-19 . doi : 10.1016 /j.csbj.2019.11.002 . ISSN 2001-0370 . PMC 6926122. PMID 31890139 .   
  3. ↑ بالوز، سارة؛ دوبين، ألكسندر؛ جيليس، جيسي أ. (9 أغسطس/آب 2019). "هل حان الوقت لتغيير الجينوم المرجعي؟" . علم الأحياء الجينومي . 20 (1): 159. doi : 10.1186/s13059-019-1774-4 . ISSN 1474-760X . PMC 6688217. PMID 31399121 .   
  4. ^ نورك، سيرجي. كورين، سيرجي. ري، أرانج؛ راوتياينن، ميكو؛ بزيكادزه، أندريه ف؛ ميخينكو، علاء؛ فولجر، ميتشل ر. التيموس، نيكولاس. أورالسكي، ليف؛ غيرشمان، أرييل؛ اجانيزوف، سيرجي؛ هويت، سافانا J.؛ ديخانس، مارك؛ لوجسدون، جلينيس أ؛ ألونج ، مايكل (أبريل 2022). "التسلسل الكامل للجينوم البشري" . علوم . 376 (6588): 44– 53. بيب كود : 2022Sci...376...44N . دوى : 10.1126/science.abj6987 . ISSN 0036-8075 . بمك 9186530 . PMID 35357919 .   
  5. ↑ أغانيزوف، سيرجي؛ يان، ستيفاني م.؛ سوتو، دانييلا س.؛ كيرش، ميلاني؛ زاراتي، سامانثا؛ أفدييف، بافيل؛ تايلور، ديلان ج.؛ شافين، كيشوار؛ شومات، ألينا؛ شياو، تشونلين؛ فاغنر، جاستن؛ ماكدانيال، جينيفر؛ أولسون، ناثان د.؛ ساوريا، مايكل إي جي؛ فولجر، ميتشل ر. (أبريل 2022). "مرجع جينومي كامل يُحسّن تحليل التباين الجيني البشري" . مجلة ساينس . 376 (6588) eabl3533. doi : 10.1126/science.abl3533 . ISSN 0036-8075 . PMC 9336181. PMID 35357935 .   
  6. ↑ ميغا، كارين هـ.؛ وانغ، تينغ (31 أغسطس/آب 2021). "الحاجة إلى تسلسل مرجعي للجينوم البشري الشامل" . المراجعة السنوية لعلم الجينوم وعلم الوراثة البشرية . 22 (1): 81-102 . doi : 10.1146/annurev-genom-120120-081921 . ISSN 1527-8204 . PMC 8410644. PMID 33929893 .   
  7. ↑ فليسيك، ب.؛ أكن، ب. ل.؛ بيل، ك.؛ باليستر، ب.؛ كاكامو، م.؛ تشين، ي.؛ كلارك، ل.؛ كوتس، ج.؛ كانينغهام، ف.؛ كاتس، ت.؛ داون، ت.؛ داير، س. س.؛ إير، ت.؛ فيتزجيرالد، س.؛ فرنانديز-بانيت، ج. (23-12-2007). "Ensembl 2008" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (قاعدة البيانات): D707– D714 . doi : 10.1093/nar/gkm988 . ISSN 0305-1048 . PMC 2238821. PMID 18000006 .   
  8. ↑ "مساعدة - مسرد المصطلحات - الإنسان العاقل - متصفح جينوم Ensembl 87" . www.ensembl.org .
  9. ↑ "طول المسار الذهبي | VectorBase" . www.vectorbase.org . مؤرشف من الأصل بتاريخ 2020-08-07 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2016-12-12 .
  10. ↑ "مساعدة - مسرد المصطلحات - الإنسان العاقل - متصفح جينوم Ensembl 87" . www.ensembl.org .
  11. ↑ "التجميع الكامل مقابل طول المسار الذهبي في Ensembl؟ - SEQanswers" . seqanswers.com . 31 يوليو 2014. تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 ديسمبر 2016 .
  12. 1 2 جيبسون، جريج؛ ميوز، سبنسر ف. (2009). مدخل إلى علم الجينوم ( الطبعة الثالثة). سيناور أسوشيتس. ص 84. ISBN   978-0-878-93236-8.
  13. ↑ "مساعدة - مسرد المصطلحات - الإنسان العاقل - متصفح جينوم Ensembl 107" . www.ensembl.org . تاريخ الاسترجاع: 26-09-2022 .
  14. ^ لوه، جونوي؛ وي، ياوي؛ ليو، مينجنا؛ وو، تشنغجيانغ؛ ليو، شياو يان؛ لو، هويمين؛ يان ، تشاوكون (2021-09-02). “مراجعة شاملة لطرق السقالات في تجميع الجينوم”. إحاطات في المعلوماتية الحيوية . 22 (5) بباب033. دوى : 10.1093/بيب/bbab033 . ردمك 1477-4054 . بميد 33634311 .  
  15. ↑ "الكروموسومات، والهياكل، والقطع المتجاورة" . www.ensembl.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26-09-2022 .
  16. ↑ ميدر، ستيفن؛ هيلير، لاديانا دبليو؛ لوك، ديفين؛ بونتينغ، كريس بي؛ لونتر، جيرتون (مايو 2010). "جودة تجميع الجينوم: التقييم والتحسين باستخدام نموذج الإدخال/الحذف المحايد" . أبحاث الجينوم . 20 (5): 675-684 . doi : 10.1101/gr.096966.109 . ISSN 1088-9051 . PMC 2860169. PMID 20305016 .   
  17. ↑ رايس، إدوارد س.؛ غرين، ريتشارد إي. (15 فبراير 2019). "مناهج جديدة لتجميع الجينوم وبنائه" . المراجعة السنوية لعلوم الأحياء الحيوانية . 7 (1): 17-40 . doi : 10.1146/annurev-animal-020518-115344 . ISSN 2165-8102 . PMID 30485757. S2CID 54121772 .   
  18. ↑ كاو، مينه دوك؛ نغوين، سون هوانغ؛ غانيسامورثي، ديفيكا؛ إليوت، أليشا جي؛ كوبر، ماثيو أ؛ كوين، لاكلان جيه إم (2017-02-20). "بناء واستكمال تجميعات الجينوم في الوقت الحقيقي باستخدام تسلسل النانوبور" . نيتشر كوميونيكيشنز . 8 (1) 14515. Bibcode : 2017NatCo...814515C . doi : 10.1038/ ncomms14515 . ISSN 2041-1723 . PMC 5321748. PMID 28218240 .   
  19. ↑ ميندي، دانيال ر.؛ والر، أليسون س.؛ سوناغاوا، شينيتشي؛ يارفيلين، أينو إ.؛ تشان، ميشيل م.؛ أروموجام، مانيموزيان؛ رايس، جيرون؛ بورك، بير (23 فبراير 2012). "تقييم تجميع الميتاجينوم باستخدام بيانات تسلسل الجيل التالي المحاكاة" . PLOS ONE . 7 (2) e31386. Bibcode : 2012PLoSO...731386M . doi : 10.1371/journal.pone.0031386 . ISSN 1932-6203 . PMC 3285633. PMID 22384016 .   
  20. ↑ الحكمي، هند؛ مير إبراهيم، حامد؛ لوناردي، ستيفانو (18 مايو 2017). "تقييم مقارن لأدوات التوفيق بين تجميع الجينوم" . علم الأحياء الجينومي . 18 (1): 93. doi : 10.1186/s13059-017-1213-3 . ISSN 1474-7596 . PMC 5436433. PMID 28521789 .   
  21. ↑ كاسترو، كريستينا جيه؛ نغ، تيري فاي فان (2017-11-01). "U50: مقياس جديد لقياس ناتج التجميع بناءً على قطع متجاورة غير متداخلة ومحددة للهدف" . مجلة علم الأحياء الحاسوبي . 24 (11): 1071-1080 . doi : 10.1089/cmb.2017.0013 . PMC 5783553. PMID 28418726 .  
  22. ↑ شيرر، س. (2008). دليل موجز للجينوم البشري . مطبعة مختبر كولد سبرينغ هاربور. ص 135. ISBN  978-0-87969-791-4.
  23. 1 2 "E pluribus unum" . طرق الطبيعة . 7 (5): 331. مايو 2010. دوى : 10.1038/nmeth0510-331 . بميد 20440876 . 
  24. ↑ بالوز إس، دوبين أ، جيليس جيه إيه (أغسطس 2019). "هل حان الوقت لتغيير الجينوم المرجعي؟" . علم الأحياء الجينومي . 20 (1) 159. doi : 10.1186/ s13059-019-1774-4 . PMC 6688217. PMID 31399121 .  
  25. ↑ روزنفيلد، جيه. إيه.، ماسون، سي. إي.، سميث، تي. إم. (11 يوليو 2012). " محدودية الجينوم المرجعي البشري لعلم الجينوم الشخصي" . PLOS ONE . 7 (7) e40294. Bibcode : 2012PLoSO...740294R . doi : 10.1371/journal.pone.0040294 . PMC 3394790. PMID 22811759 .  
  26. 1 2 ويد ن (31 مايو 2007). "فك شفرة جينوم رائد الحمض النووي" . نيويورك تايمز . تم الاسترجاع في 21 فبراير 2009 .
  27. 1 2 ويلر، د. أ.، سرينيفاسان، م.، إيغولم، م.، شين، ي.، تشين، ل.، ماكغواير، أ.، وآخرون . (أبريل 2008). "الجينوم الكامل لفرد باستخدام تسلسل الحمض النووي المتوازي عالي الإنتاجية" . مجلة نيتشر . 452 (7189): 872-876 . Bibcode : 2008Natur.452..872W . doi : 10.1038/nature06884 . PMID 18421352 .  
  28. ↑ الاستثناء من ذلك هو ج. كريج فينتر الذي تم تسلسل الحمض النووي الخاص به وتجميعه باستخدامطرق التسلسل العشوائي .
  29. ↑ "عارض بيانات الجينوم - المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية" . www.ncbi.nlm.nih.gov . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  30. ↑ شنايدر، ف. أ.، غريفز-ليندسي، ت.، هاو، ك.، بوك، ن.، تشين، هـ. س.، كيتس، ب. أ.، وآخرون . (مايو 2017). "تقييم تجميعات الجينوم GRCh38 وتجميعات الجينوم أحادي الصيغة الصبغية الجديدة يُظهر الجودة الدائمة للتجميع المرجعي" . أبحاث الجينوم . 27 (5): 849-864 . doi : 10.1101/gr.213611.116 . PMC 5411779. PMID 28396521 .   
  31. ↑ "GRCh38.p14 - hg38 - Genome - Assembly - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . تم الاطلاع عليه بتاريخ 19 أغسطس 2022 .
  32. ↑ اتحاد مرجع الجينوم (9 مايو 2022). "تم إصدار GenomeRef: GRCh38.p14 الآن!" . مدونة GRC (GenomeRef) . تاريخ الاسترجاع: 19 أغسطس 2022 .
  33. ↑ "GRCh38.p14 - hg38 - Genome - Assembly - NCBI - Statistics Report" . www.ncbi.nlm.nih.gov . تاريخ الاسترجاع: 18 أغسطس 2022 .
  34. 1 2 "كم عدد الأفراد الذين تم تسلسل جينومهم لتجميع الجينوم المرجعي البشري؟" . اتحاد الجينوم المرجعي . تم الاطلاع عليه في 7 أبريل 2022 .
  35. 1 2 "اتحاد مرجع الجينوم" . www.ncbi.nlm.nih.gov . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  36. ↑ "من التيلومير إلى التيلومير" . المعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري . تم الاطلاع عليه بتاريخ 16 أغسطس 2022 .
  37. ↑ نورك إس، كورين إس، ري أ، راوتياينن إم، بزيكادزه إيه في، ميخينكو أ، وآخرون . (أبريل 2022). "التسلسل الكامل للجينوم البشري" . علوم . 376 (6588): 44– 53. بيب كود : 2022Sci...376...44N . دوى : 10.1126/science.abj6987 . بمك 9186530 . بميد 35357919 . S2CID 247854936 .    
  38. ↑ "T2T-CHM13v2.0 - Genome - Assembly - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . تاريخ الاسترجاع: 16 أغسطس 2022 .
  39. ^ التيموس، نيكولاس. لوجسدون، جلينيس أ؛ بزيكادزه، أندريه ف؛ سيدواني، براجيا؛ لانجلي، ساشا أ؛ كالداس، جينا V؛ هويت، سافانا J.؛ أورالسكي، ليف؛ ريابوف، فيدور د.؛ شو، كولن ج. سوريا ، مايكل إي جي ؛ بورشرز، ماثيو؛ غيرشمان، أرييل؛ ميخينكو، علاء؛ شيبيليف ، فاليري أ. (أبريل 2022). "خرائط جينومية وجينية كاملة للسينتروميرات البشرية" . علوم . 376 (6588) إيبل4178. دوى : 10.1126/science.abl4178 . ISSN 0036-8075 . بمك 9233505 . بميد 35357911 .   
  40. 1 2 تشيرش، ديانا م. (أبريل 2022). "تسلسل الجينوم البشري من الجيل التالي" . مجلة ساينس . 376 (6588): 34-35 . Bibcode : 2022Sci...376...34C . doi : 10.1126/science.abo5367 . ISSN 0036-8075 . PMID 35357937 .  
  41. ↑ شتاينبرغ، كارين ميلتز؛ شنايدر، فاليري أ.؛ غريفز-ليندسي، تينا أ.؛ فولتون، روبرت س.؛ أغاروالا، ريتشا؛ هودلستون، جون؛ شيريف، سيرجي أ.؛ مورغوليس، ألكسندر؛ سورتي، أورفاشي؛ وارين، ويسلي س.؛ تشيرش، ديانا م.؛ إيشلر، إيفان إي.؛ ويلسون، ريتشارد ك. (ديسمبر 2014). "تجميع النمط الفرداني المفرد للجينوم البشري من حمل عنقودي" . أبحاث الجينوم . 24 (12): 2066-2076 . doi : 10.1101/gr.180893.114 . ISSN 1088-9051 . PMC 4248323. PMID 25373144 .   
  42. 1 2 "معلوماتية الجينوم في جامعة كاليفورنيا في سانتا كروز: الأسئلة الشائعة" . genome.ucsc.edu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18-08-2016 .
  43. ↑ اتحاد تسلسل معقد التوافق النسيجي الرئيسي (أكتوبر 1999). "التسلسل الكامل والخريطة الجينية لمعقد التوافق النسيجي الرئيسي البشري. اتحاد تسلسل معقد التوافق النسيجي الرئيسي". مجلة نيتشر . 401 ( 6756 ): 921-923 . رمز Bibcode : 1999Natur.401..921T . doi : 10.1038/44853 . PMID 10553908. S2CID 186243515 .  
  44. ↑ لوغان، د. و.، مارتون، ت. ف.، ستورز، ل. (سبتمبر 2008). فوشال، ل. ب. (محرر). " التخصص النوعي في البروتينات البولية الرئيسية من خلال التطور المتوازي" . PLOS ONE . 3 (9) e3280. Bibcode : 2008PLoSO...3.3280L . doi : 10.1371/journal.pone.0003280 . PMC 2533699. PMID 18815613 .  
  45. ↑ هيرست جيه، بينون آر جيه، روبرتس إس سي، وايت تي دي (أكتوبر 2007). الليبوكالينات البولية في القوارض: هل يوجد نموذج عام؟ الإشارات الكيميائية في الفقاريات 11. سبرينغر نيويورك. ISBN 978-0-387-73944-1.
  46. ↑ لي ر، لي ي، تشنغ هـ، لوه ر، تشو هـ، لي كيو، وآخرون . (يناير 2010). "بناء خريطة تسلسل الجينوم البشري الشامل". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 28 (1): 57-63 . doi : 10.1038/nbt.1596 . PMID 19997067. S2CID 205274447 .   
  47. ↑ اتحاد هاب ماب الدولي (أكتوبر 2005). " خريطة النمط الفرداني للجينوم البشري" . مجلة نيتشر . 437 (7063): 1299-1320 . Bibcode : 2005Natur.437.1299T . doi : 10.1038/nature04226 . PMC 1880871. PMID 16255080 .  
  48. ↑ فرايزر كيه إيه، بالينجر دي جي، كوكس دي آر، هايندز دي إيه، ستوف إل إل، جيبس ​​آر إيه، وآخرون (أكتوبر 2007). " خريطة النمط الفرداني البشري من الجيل الثاني لأكثر من 3.1 مليون SNP" . مجلة نيتشر . 449 (7164): 851-861 . Bibcode : 2007Natur.449..851F . doi : 10.1038/nature06258 . PMC 2689609. PMID 17943122 .   
  49. ↑ ألتشولر دي إم، جيبس ​​آر إيه، بيلتونين إل، وآخرون (سبتمبر 2010). "دمج التباين الجيني الشائع والنادر في مجموعات بشرية متنوعة" . مجلة نيتشر . 467 (7311): 52-58 . Bibcode : 2010Natur.467...52T . doi : 10.1038/nature09298 . PMC 3173859. PMID 20811451 .   
  50. ↑ "مشروع هاب ماب الدولي" . Genome.gov . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  51. ↑ أبيكاسيس جي آر، ألتشولر دي، أوتون إيه، بروكس إل دي، دوربين آر إم، جيبس ​​آر إيه، وآخرون . (أكتوبر 2010). " خريطة لتنوع الجينوم البشري من تسلسل على نطاق السكان" . نيتشر . 467 (7319): 1061-1073 . Bibcode : 2010Natur.467.1061T . doi : 10.1038/nature09534 . PMC 3042601. PMID 20981092 .   
  52. ↑ أبيكاسيس جي آر، أوتون إيه، بروكس إل دي، ديبريستو إم إيه، دوربين آر إم، هاندساكر آر إي، وآخرون . (نوفمبر 2012). "خريطة متكاملة للتنوع الجيني من 1092 جينومًا بشريًا" . نيتشر . 491 (7422): 56-65 . Bibcode : 2012Natur.491...56T . doi : 10.1038/nature11632 . PMC 3498066. PMID 23128226 .   
  53. ↑ أوتون أ، بروكس إل دي، دوربين آر إم، غاريسون إي بي، كانغ إتش إم، كوربل جيه أو، وآخرون . (أكتوبر 2015). "مرجع عالمي للتنوع الجيني البشري" . نيتشر . 526 (7571): 68-74 . Bibcode : 2015Natur.526...68T . doi : 10.1038/ nature15393 . PMC 4750478. PMID 26432245 .   
  54. ↑ سودمانت، بي. إتش.، راوش، تي.، غاردنر، إي. جيه.، هاندساكر، آر. إي.، أبيزوف، إيه.، هودلستون، جيه.، وآخرون . (أكتوبر 2015). "خريطة متكاملة للتغيرات البنيوية في 2504 جينوم بشري" . مجلة نيتشر . 526 (7571): 75-81 . Bibcode : 2015Natur.526...75 . doi : 10.1038/nature15394 . PMC 4617611. PMID 26432246 .   
  55. ↑ ميغا كيه إتش، وانغ تي (أغسطس 2021). "الحاجة إلى تسلسل مرجعي للجينوم البشري الشامل" . المراجعة السنوية لعلم الجينوم وعلم الوراثة البشرية . 22 (1): 81-102 . doi : 10.1146/annurev - genom-120120-081921 . PMC 8410644. PMID 33929893 .  
  56. ↑ وانغ تي، أنتوناتشي-فولتون إل، هاو كيه، لوسون إتش إيه، لوكاس جيه كيه، فيليبي إيه إم، وآخرون . (أبريل 2022). " مشروع الجينوم البشري الشامل : مورد عالمي لرسم خرائط التنوع الجينومي" . نيتشر . 604 (7906): 437-446 . Bibcode : 2022Natur.604..437W . doi : 10.1038/s41586-022-04601-8 . PMC 9402379. PMID 35444317. S2CID 248297723 .    
  57. ↑ "قائمة الجينوم - الجينوم - المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية" . www.ncbi.nlm.nih.gov . مؤرشف من الأصل بتاريخ 28 نوفمبر 2011. تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  58. ↑ "قائمة الأنواع" . uswest.ensembl.org . مؤرشف من الأصل بتاريخ 2022-08-06 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2022-08-18 .
  59. ↑ "GenArk: أرشيف جينوم جامعة كاليفورنيا في سانتا كروز" . hgdownload.soe.ucsc.edu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  60. ↑ "مشروع جينوم الشمبانزي" . مركز أبحاث الجينوم البشري التابع لكلية الطب بجامعة بوسطن . 4 مارس 2016. تاريخ الاسترجاع: 18 أغسطس 2022 .
  61. ↑ برادو-مارتينيز ج، سودمانت ب.هـ، كيد ج.م، لي هـ، كيلي ج.ل، لورينتي-غالدوس ب، وآخرون . (يوليو 2013). "التنوع الجيني للقردة العليا وتاريخها السكاني" . مجلة نيتشر . 499 (7459): 471-475 . Bibcode : 2013Natur.499..471P . doi : 10.1038/ nature12228 . PMC 3822165. PMID 23823723 .   
  62. ↑ "مشروع جينوم مسببات الأمراض 100 ألف - الجينومات من أجل الصحة العامة وسلامة الغذاء" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  63. ↑ ليوين، هـ. أ.، روبنسون، ج. إ.، كريس، و. ج.، بيكر، و. ج.، كودينغتون، ج.، كراندال، ك. أ.، وآخرون . (أبريل 2018). "مشروع الجينوم الحيوي للأرض: تسلسل الحياة من أجل مستقبل الحياة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 115 (17): 4325-4333 . Bibcode : 2018PNAS..115.4325L . doi : 10.1073/pnas.1720115115 . PMC 5924910. PMID 29686065 .   
  64. ↑ "مشروع الجينوم الحيوي الأفريقي - علم الجينوم في خدمة الحفاظ على التنوع البيولوجي الأفريقي وتحسينه" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أغسطس 2022 .
  65. ↑ "مشروع الألف جينوم فطري" . mycocosm.jgi.doe.gov . تاريخ الاسترجاع: 18 أغسطس 2022 .