العاثية البكتيرية

بنية العاثية T4 بدقة ذرية [ 1 ]
بنية عاثية نموذجية لفيروس عضلي
تشريح ودورة عدوى العاثية T4

العاثية البكتيرية ( تُلفظ / bækˈtɪrioʊfeɪdʒ / )، والمعروفة أيضًا باسم الفيروس ( تُلفظ / ˈfeɪdʒ / )، هي فيروس يصيب البكتيريا ويتكاثر داخلها . يُشتق المصطلح من الكلمة اليونانية القديمة φαγεῖν (phagein) التي تعني " التهام " ، بالإضافة إلى كلمة " بكتيريا " . تتكون العاثيات البكتيرية من بروتينات تُغلف جينومًا من الحمض النووي DNA أو RNA ، وقد تكون بنيتها بسيطة أو معقدة. قد تحتوي جينوماتها على أربعة جينات فقط (مثل MS2 ) أو مئات الجينات . تتكاثر العاثيات داخل البكتيريا بعد حقن جينومها في سيتوبلازمها . 

تُعدّ العاثيات البكتيرية من بين أكثر الكائنات الحية شيوعًا وتنوعًا في المحيط الحيوي . [ 2 ] العاثيات البكتيرية فيروسات منتشرة في كل مكان ، وتوجد حيثما توجد البكتيريا. [ 3 ] يُقدّر عدد العاثيات البكتيرية على كوكب الأرض بأكثر من 10^ 31 ، أي أكثر من جميع الكائنات الحية على الأرض مجتمعة، بما في ذلك البكتيريا. [ 4 ] تُعدّ الفيروسات أكثر الكائنات الحية وفرةً في عمود الماء في محيطات العالم، وثاني أكبر مكون للكتلة الحيوية بعد بدائيات النوى ، [ 5 ] حيث تصل نسبتها إلى 9 × 10^10 تم العثور على 8 فيروسات لكل ملليلتر في الحصائر الميكروبية على السطح، [ 6 ] وقد تصل نسبة البكتيريا البحرية المصابة بالعاثياتإلى 70% . [ 7 ]

استُخدمت العاثيات البكتيرية منذ عشرينيات القرن الماضي كبديل للمضادات الحيوية في الاتحاد السوفيتي وأوروبا الوسطى، وكذلك في فرنسا والبرازيل. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] ويُنظر إليها كعلاج محتمل ضد سلالات البكتيريا المقاومة للأدوية المتعددة . [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]

من المعروف أن العاثيات تتفاعل مع الجهاز المناعي بشكل غير مباشر عبر التعبير البكتيري عن البروتينات المشفرة بواسطة العاثية، وبشكل مباشر من خلال التأثير على المناعة الفطرية والتخلص من البكتيريا. [ 15 ] وتُعد تفاعلات العاثية مع العائل من المجالات البحثية ذات الأهمية المتزايدة. [ 16 ]

تصنيف

العاثية البكتيرية P22، وهي فيروسات بودوفيروسية من حيث الشكل بسبب ذيلها القصير غير القابل للانقباض
العاثية T2، وهي فيروس عضلي بسبب ذيلها القابل للانقباض

تفتقر الفيروسات البكتيرية إلى أصل مشترك، ولهذا السبب يتم تصنيفها في العديد من التصنيفات غير ذات الصلة، المدرجة فيما يلي: [ 17 ]

يمكن تصور التصنيفات المذكورة أعلاه على النحو التالي، مع وضع تصنيفات الفيروسات البكتيرية بخط غامق: [ 17 ]

تاريخ

أجرى فيليكس ديريل أول تطبيق سريري للبكتيريا العاثية

في عام 1896، أفاد إرنست هانبري هانكين أن مادة ما في مياه نهري الغانج واليامونا في الهند لها تأثير مضاد للبكتيريا قوي ضد الكوليرا ، وأنها قادرة على المرور عبر مرشح تشامبرلاند الخزفي الدقيق للغاية . [ 32 ] وفي عام 1915، اكتشف عالم البكتيريا البريطاني فريدريك توورت ، مدير معهد براون في لندن، عاملًا صغيرًا يصيب البكتيريا ويقتلها. ورجّح أن يكون هذا العامل أحد العوامل التالية:

  1. مرحلة في دورة حياة البكتيريا
  2. إنزيم تنتجه البكتيريا نفسها، أو
  3. فيروس نما على البكتيريا ودمرها [ 33 ]

تعطلت أبحاث توورت بسبب اندلاع الحرب العالمية الأولى ، بالإضافة إلى نقص التمويل واكتشاف المضادات الحيوية.

بشكل مستقل، أعلن عالم الأحياء الدقيقة الفرنسي الكندي فيليكس ديريل ، العامل في معهد باستور في باريس، في 3 سبتمبر 1917، أنه اكتشف "ميكروبًا خفيًا مضادًا لبكتيريا الزحار ". بالنسبة لديريل، لم يكن هناك شك في طبيعة اكتشافه: "في لحظة أدركت: ما تسبب في ظهور البقع الصافية هو في الواقع ميكروب خفي... فيروس طفيلي على البكتيريا". [ 34 ] أطلق ديريل على الفيروس اسم العاثية، وهي آكلة للبكتيريا (من الكلمة اليونانية phagein ، التي تعني "الابتلاع"). كما سجل رواية مؤثرة لرجل كان يعاني من الزحار، وقد استعاد عافيته بفضل العاثيات. [ 35 ] كان ديريل هو من أجرى الكثير من الأبحاث حول العاثيات، وقدم مفهوم العلاج بالعاثيات . [ 36 ] في عام 1919، في باريس، فرنسا، أجرى ديريل أول تطبيق سريري للبكتيريا العاثية، وكان أول استخدام موثق لها في الولايات المتحدة في عام 1922. [ 37 ]

جوائز نوبل تُمنح لأبحاث العاثيات

في عام 1969، مُنح ماكس ديلبروك ، وألفريد هيرشي ، وسلفادور لوريا جائزة نوبل في الطب أو علم وظائف الأعضاء لاكتشافاتهم حول تكاثر الفيروسات وبنيتها الجينية. [ 38 ] وعلى وجه الخصوص، قدم عمل هيرشي، كمساهم في تجربة هيرشي-تشيس عام 1952، دليلاً قاطعاً على أن الحمض النووي (DNA)، وليس البروتين، هو المادة الوراثية للحياة. أجرى ديلبروك ولوريا تجربة لوريا-ديلبروك التي أثبتت إحصائياً أن الطفرات في البكتيريا تحدث عشوائياً، وبالتالي تخضع لمبادئ داروين وليس لامارك .

في عام 2018، حصل جورج سميث وجريجوري وينتر على جائزة نوبل في الكيمياء لعرض الببتيدات والأجسام المضادة باستخدام العاثيات .

الاستخدامات

العلاج بالعاثيات

كان جورج إليافا رائدًا في استخدام العاثيات في علاج العدوى البكتيرية.

تم اكتشاف أن العاثيات عوامل مضادة للبكتيريا وتم استخدامها في جمهورية جورجيا السوفيتية السابقة (حيث كان جيورجي إليافا رائدًا في هذا المجال بمساعدة من مكتشف العاثيات البكتيرية المشارك، فيليكس دي هيريل ) خلال عشرينيات وثلاثينيات القرن العشرين لعلاج العدوى البكتيرية.

سرعان ما تعلم ديريل أن العاثيات البكتيرية موجودة في كل مكان تزدهر فيه البكتيريا: في المجاري، وفي الأنهار التي تجمع مياه الصرف الصحي من الأنابيب، وفي براز المرضى المتعافين. [ 39 ]

كان استخدامها واسع النطاق، بما في ذلك علاج الجنود في الجيش الأحمر . [ 40 ] ومع ذلك، تم التخلي عنها للاستخدام العام في الغرب لعدة أسباب:

  • تم اكتشاف المضادات الحيوية وتسويقها على نطاق واسع. وكان من الأسهل تصنيعها وتخزينها ووصفها.
  • أُجريت تجارب طبية على العاثيات، لكن النقص الأساسي في فهم العاثيات أثار تساؤلات حول صحة هذه التجارب. [ 41 ]
  • كان نشر الأبحاث في الاتحاد السوفيتي يتم بشكل رئيسي باللغتين الروسية أو الجورجية ، ولم يتم متابعتها دولياً لسنوات عديدة.
  • تم تثبيط التكنولوجيا السوفيتية على نطاق واسع، بل وفي بعض الحالات كانت غير قانونية بسبب الخوف من الشيوعية .

استمر استخدام العاثيات منذ نهاية الحرب الباردة في روسيا، [ 42 ] وجورجيا، ومناطق أخرى في وسط وشرق أوروبا. نُشرت أول تجربة سريرية مُنظَّمة، عشوائية، مزدوجة التعمية في مجلة العناية بالجروح في يونيو 2009، والتي قيّمت سلامة وفعالية مزيج من العاثيات لعلاج قرح الساق الوريدية المصابة لدى المرضى. [ 43 ] وافقت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية على الدراسة كتجربة سريرية من المرحلة الأولى. أظهرت نتائج الدراسة سلامة الاستخدام العلاجي للعاثيات، لكنها لم تُظهر فعاليتها. أوضح الباحثون أن استخدام بعض المواد الكيميائية المُستخدمة في العناية القياسية بالجروح (مثل اللاكتوفيرين أو الفضة) قد يكون أثّر على حيوية العاثيات. [ 43 ] بعد ذلك بوقت قصير، نُشرت دراسة سريرية مضبوطة أخرى في أوروبا الغربية (علاج التهابات الأذن الناجمة عن بكتيريا الزائفة الزنجارية ) في مجلة طب الأذن والحنجرة السريري في أغسطس 2009. [ 44 ] خلصت الدراسة إلى أن مستحضرات العاثيات البكتيرية آمنة وفعالة لعلاج التهابات الأذن المزمنة لدى البشر. بالإضافة إلى ذلك، أُجريت العديد من التجارب السريرية على الحيوانات وغيرها من التجارب لتقييم فعالية العاثيات البكتيرية في علاج أمراض مختلفة، مثل الحروق والجروح المصابة، والتهابات الرئة المرتبطة بالتليف الكيسي، وغيرها. [ 44 ] من ناحية أخرى، تبين أن عاثيات الفيروسات الداخلية (Inoviridae) تُعقّد الأغشية الحيوية المتورطة في الالتهاب الرئوي والتليف الكيسي ، وتُوفر الحماية للبكتيريا من الأدوية المُخصصة للقضاء على المرض، مما يُعزز استمرار العدوى. [ 45 ]

في غضون ذلك، يعمل باحثو العاثيات على تطوير فيروسات مُهندسة للتغلب على مقاومة المضادات الحيوية ، وهندسة جينات العاثيات المسؤولة عن ترميز الإنزيمات التي تُحلل مصفوفة الغشاء الحيوي، والبروتينات البنيوية للعاثيات، والإنزيمات المسؤولة عن تحلل جدار الخلية البكتيرية. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] وقد أظهرت نتائج أن عاثيات T4، صغيرة الحجم وقصيرة الذيل، قد تكون مفيدة في الكشف عن بكتيريا الإشريكية القولونية في جسم الإنسان. [ 46 ]

تم تقييم الفعالية العلاجية لمزيج من العاثيات في نموذج فأر مصاب بعدوى أنفية ببكتيريا أسينيتوباكتر بوماني المقاومة للأدوية المتعددة . أظهرت الفئران المعالجة بمزيج العاثيات معدل بقاء أعلى بمقدار 2.3 ضعف مقارنةً بالفئران غير المعالجة بعد سبعة أيام من الإصابة. [ 47 ]

في عام 2017، كان مريض يبلغ من العمر 68 عامًا مصابًا بمرض السكري والتهاب البنكرياس النخري المعقد بكيس كاذب مصاب بسلالات A. baumannii المقاومة للأدوية المتعددة، يتلقى العلاج بمزيج من أزيثروميسين وريفامبيسين وكوليستين لمدة 4 أشهر دون نتائج وتدهور سريع في صحته بشكل عام.

نظرًا لبدء النقاش حول عدم جدوى العلاج الإضافي سريريًا، تم تقديم طلب دواء تجريبي جديد طارئ (eIND) كمحاولة أخيرة للحصول على بيانات طبية قيّمة على الأقل من هذه الحالة، وتمت الموافقة عليه، فخضع المريض للعلاج بالعاثيات باستخدام مزيج يُحقن عبر الجلد (PC) يحتوي على تسعة عاثيات مختلفة تم تحديد فعاليتها ضد سلالة العدوى الأولية من خلال تقنيات العزل والاختبار السريعة (وهي عملية استغرقت أقل من يوم). وقد أثبت هذا العلاج فعاليته لفترة وجيزة جدًا، على الرغم من أن المريض ظل فاقدًا للوعي واستمرت حالته الصحية في التدهور؛ وسرعان ما تم جمع عزلات من سلالة من بكتيريا أسينيتوباكتر بوماني من تصريف الكيس، والتي أظهرت مقاومة لهذا المزيج، وتمت إضافة مزيج ثانٍ تم اختباره وثبتت فعاليته ضد هذه السلالة الجديدة، هذه المرة عن طريق الحقن الوريدي (IV)، حيث أصبح من الواضح أن العدوى كانت أكثر انتشارًا مما كان يُعتقد في البداية. [ 48 ]

بمجرد بدء العلاج المركب بالحقن الوريدي والعلاج بالبلازما، تحسنت حالة المريض السريرية بشكل ملحوظ، وفي غضون يومين استيقظ من غيبوبته وأصبح واعياً. ومع بدء عمل جهازه المناعي، اضطررنا إلى إيقاف العلاج مؤقتاً بسبب ارتفاع حرارته إلى أكثر من 40 درجة مئوية ، ولكن بعد يومين، أُعيد إدخال مزيج العاثيات بجرعات يتحملها. استُبدل مزيج المضادات الحيوية الثلاثة الأصلي بالمينوسيكلين بعد أن تبين أن السلالة البكتيرية غير مقاومة له، واستعاد المريض وعيه الكامل بسرعة، على الرغم من أنه لم يُغادر المستشفى إلا بعد حوالي 145 يوماً من بدء العلاج بالعاثيات. قرب نهاية العلاج، اكتُشف أن البكتيريا أصبحت مقاومة لكلا مزيجَي العاثيات الأصليين، ولكن استمر استخدامهما لأنهما بدا أنهما يمنعان تطور مقاومة المينوسيكلين في عينات البكتيريا التي جُمعت، مما يدل على تأثير تآزري مفيد. [ 48 ]  

آخر

صناعة الأغذية

تُستخدم العاثيات بشكل متزايد لتعزيز سلامة المنتجات الغذائية ومنع نمو البكتيريا المسببة للتلف . [ 49 ] منذ عام 2006، وافقت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) ووزارة الزراعة الأمريكية (USDA) على العديد من منتجات العاثيات. تمت الموافقة على LMP-102 (إنتراليتكس) لمعالجة منتجات الدواجن واللحوم الجاهزة للأكل. في العام نفسه، وافقت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية على LISTEX (الذي طورته وأنتجته شركة ميكريوس ) والذي يستخدم العاثيات على الجبن للقضاء على بكتيريا الليستيريا المستوحدة ، وذلك لمنحه تصنيف "آمن بشكل عام" (GRAS). [ 50 ] في يوليو 2007، تمت الموافقة على استخدام نفس العاثيات على جميع المنتجات الغذائية. [ 51 ] في عام 2011، أكدت وزارة الزراعة الأمريكية أن LISTEX يُعدّ مُساعدًا في معالجة المنتجات الغذائية وفقًا لمعايير "المنتجات النظيفة" ومُدرج ضمن قائمة منتجاتها. [ 52 ] لا تزال الأبحاث في مجال سلامة الأغذية مستمرة لمعرفة ما إذا كانت العاثيات المحللة خيارًا قابلاً للتطبيق للسيطرة على مسببات الأمراض الأخرى المنقولة بالغذاء في مختلف المنتجات الغذائية. [ 53 ]

سمحت سويسرا باستخدام عاثية في إنتاج الجبن عام 2016. ولم يسمح الاتحاد الأوروبي حتى الآن (2025) باستخدام أي منها. [ 54 ]

مؤشرات المياه

استُخدمت العاثيات البكتيرية، بما فيها تلك الخاصة ببكتيريا الإشريكية القولونية ، كمؤشرات للتلوث البرازي في مصادر المياه. ونظرًا لتشابه خصائصها البنيوية والبيولوجية، يمكن استخدام عاثيات القولون كمؤشرات للتلوث الفيروسي البرازي ووجود فيروسات ممرضة مثل فيروس الروتا، وفيروس نورو، وفيروس التهاب الكبد الوبائي أ. وقد كشفت الأبحاث التي أُجريت على أنظمة معالجة مياه الصرف الصحي عن اختلافات كبيرة في سلوك عاثيات القولون مقارنةً ببكتيريا القولون البرازية، مما يُظهر ارتباطًا واضحًا باستعادة الفيروسات الممرضة عند انتهاء المعالجة. وبوضع عتبة تصريف آمنة، خلصت الدراسات إلى أن التصريفات التي تقل عن 3000 وحدة تشكيل لويحة/100 مل تُعتبر آمنة من حيث الحد من إطلاق الفيروسات الممرضة. [ 55 ]

التشخيص

في عام ٢٠١١، أجازت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية أول منتج قائم على العاثيات البكتيرية للاستخدام في التشخيص المختبري. [ ٥٦ ] يستخدم اختبار KeyPath MRSA/MSSA لزراعة الدم مزيجًا من العاثيات البكتيرية للكشف عن المكورات العنقودية الذهبية في مزارع الدم الإيجابية وتحديد مقاومتها أو حساسيتها للميثيسيلين . تظهر نتائج الاختبار في غضون خمس ساعات تقريبًا، مقارنةً بيومين إلى ثلاثة أيام لطرق تحديد الميكروبات واختبار الحساسية القياسية. وكان هذا أول اختبار مُسرّع لحساسية المضادات الحيوية معتمد من قِبل إدارة الغذاء والدواء الأمريكية. [ ٥٧ ]

مكافحة الأسلحة البيولوجية والسموم

تتطلع الوكالات الحكومية في الغرب منذ سنوات عديدة إلى جورجيا والاتحاد السوفيتي السابق للاستفادة من العاثيات في مكافحة الأسلحة البيولوجية والسموم، مثل الجمرة الخبيثة والتسمم الوشيقي . [ 58 ] وتتواصل الأبحاث في هذا المجال بين مجموعات البحث في الولايات المتحدة. تشمل الاستخدامات الأخرى رش العاثيات في البستنة لحماية النباتات والخضراوات من التلف وانتشار الأمراض البكتيرية. كما تُستخدم العاثيات كمبيدات حيوية للأسطح البيئية، مثلاً في المستشفيات، وكعلاجات وقائية للقسطرات والأجهزة الطبية قبل استخدامها في العيادات. وتتوفر الآن تقنية لتطبيق العاثيات على الأسطح الجافة، مثل الزي الرسمي والستائر وحتى خيوط الجراحة. وقد أظهرت التجارب السريرية المنشورة في مجلة طب الأذن والأنف والحنجرة السريري [ 44 ] نجاحاً في علاج الكلاب الأليفة المصابة بالتهاب الأذن .

استشعار البكتيريا وتحديد هويتها

تعتمد طريقة استشعار وتحديد البكتيريا باستخدام سلسلة الأيونات المحفزة بواسطة العاثيات (SEPTIC) على انبعاث الأيونات وديناميكيتها أثناء الإصابة بالعاثيات، وتوفر دقة عالية وسرعة في الكشف. [ 59 ]

عرض العاثيات

عرض العاثيات هو استخدام مختلف للعاثيات، يتضمن مكتبة من العاثيات ذات ببتيد متغير مرتبط ببروتين سطحي. يشفر كل جينوم عاثي متغير البروتين المعروض على سطحه (ومن هنا جاءت التسمية)، مما يوفر رابطًا بين متغير الببتيد وجينه المشفر. يمكن اختيار العاثيات المتغيرة من المكتبة من خلال قدرتها على الارتباط بجزيء مثبت (مثل سم البوتولينوم) لتحييده. يمكن تكثير العاثيات المرتبطة والمختارة عن طريق إعادة إصابة سلالة بكتيرية حساسة، مما يسمح لها باستعادة الببتيدات المشفرة فيها لمزيد من الدراسة. [ 60 ]

اكتشاف الأدوية المضادة للميكروبات

تتمتع بروتينات العاثيات غالبًا بنشاط مضاد للميكروبات، وقد تُستخدم كمركبات رائدة في مجال محاكيات الببتيدات ، أي الأدوية التي تحاكي الببتيدات. [ 61 ] تستخدم تقنية العاثيات المرتبطة بالليجاندات بروتينات العاثيات في تطبيقات متنوعة، مثل ربط البكتيريا ومكوناتها (مثل السموم الداخلية ) وتحليل البكتيريا. [ 62 ]

البحث الأساسي

تُعد العاثيات البكتيرية كائنات نموذجية مهمة لدراسة مبادئ التطور وعلم البيئة . [ 63 ]

زراعة

يمكن استخدام العاثيات لمكافحة العدوى البكتيرية مثل مرض الساق السوداء . وقد تم ترخيص مجموعة من المنتجات القائمة على العاثيات في الولايات المتحدة، كما تستخدم ولاية جورجيا العاثيات الزراعية منذ فترة طويلة. وفي أماكن أخرى، لا تزال الأبحاث والتجارب التجريبية جارية. ويبرز هذا الأمر بشكل خاص في سويسرا، حيث تُجري كلية فريبورغ للهندسة المعمارية أبحاثًا بالتعاون مع مستشفى جامعة لوزان (CHUV). [ 64 ]

الأضرار

صناعة الألبان

قد تتسبب العاثيات الموجودة في البيئة في عدم تخمير الجبن. ولتجنب ذلك، يمكن استخدام بادئات مزارع مختلطة السلالات وأنظمة تناوب المزارع. [ 65 ] وقد دُرست الهندسة الوراثية للميكروبات المزروعة - وخاصةً لاكتوكوكوس لاكتيس وستربتوكوكوس ثيرموفيلوس - لإجراء التحليل والتعديل الجيني لتحسين مقاومة العاثيات . وقد ركزت هذه الدراسات بشكل خاص على تعديلات البلازميد والكروموسومات المؤتلفة . [ 66 ] [ 49 ]

ركزت بعض الأبحاث على إمكانات العاثيات البكتيرية كمضادات للميكروبات ضد مسببات الأمراض المنقولة بالغذاء وتكوين الأغشية الحيوية في صناعة الألبان. ونظرًا لأن انتشار مقاومة المضادات الحيوية يمثل مصدر قلق رئيسي في صناعة الألبان، فإن العاثيات يمكن أن تكون بديلاً واعدًا. [ 67 ]

النسخ

رسم تخطيطي لعملية حقن الحمض النووي

تميل دورة حياة العاثيات إلى أن تكون إما دورة تحلل أو دورة اندماج . بالإضافة إلى ذلك، تُظهر بعض العاثيات سلوكيات اندماج زائفة. [ 15 ]

في حالة العاثيات المحللة ، مثل عاثية T4 ، تُكسر الخلايا البكتيرية (تتحلل) وتُدمر بعد التكاثر الفوري للفيروس. وبمجرد تدمير الخلية، يمكن لذرية العاثية أن تجد عوائل جديدة لإصابتها. [ 15 ] تُعد العاثيات المحللة أكثر ملاءمة للعلاج بالعاثيات . تخضع بعض العاثيات المحللة لظاهرة تُعرف باسم تثبيط التحلل، حيث لا تتحلل ذرية العاثية المكتملة فورًا خارج الخلية إذا كانت تركيزات العاثية خارج الخلية عالية. هذه الآلية تختلف عن آلية خمول العاثية المعتدلة ، وعادةً ما تكون مؤقتة. [ 68 ]

على النقيض من ذلك، لا تؤدي دورة التحلل الفيروسي إلى تحلل فوري للخلية المضيفة. تُعرف العاثيات القادرة على الخضوع لدورة التحلل الفيروسي بالعاثيات المعتدلة . يندمج جينومها الفيروسي مع الحمض النووي للخلية المضيفة ويتكاثر معه، بشكل غير ضار نسبيًا، أو قد يستقر كبلازميد . يبقى الفيروس كامنًا حتى تتدهور ظروف الخلية المضيفة، ربما بسبب نقص المغذيات، وعندها تنشط العاثيات الداخلية (المعروفة باسم العاثيات الأولية ). عند هذه النقطة، تبدأ دورة التكاثر، مما يؤدي إلى تحلل الخلية المضيفة. بما أن دورة التحلل الفيروسي تسمح للخلية المضيفة بالاستمرار في البقاء والتكاثر، يتكاثر الفيروس في جميع نسل الخلية. من الأمثلة على العاثيات المعروفة باتباعها دورة التحلل الفيروسي ودورة التحلل الكامل، عاثية لامدا في بكتيريا الإشريكية القولونية. [ 69 ]

قد تُفيد العاثيات الكامنة البكتيريا المضيفة أحيانًا أثناء فترة خمولها، وذلك بإضافة وظائف جديدة إلى جينومها ، في ظاهرة تُعرف بالتحول الليزوجيني . ومن الأمثلة على ذلك تحويل سلالات غير ضارة من بكتيريا الخناق (Corynebacterium diphtheriae) أو ضمة الكوليرا (Vibrio cholerae) بواسطة العاثيات إلى سلالات شديدة الضراوة تُسبب الخناق أو الكوليرا ، على التوالي. [ 70 ] [ 71 ] وقد اقتُرحت استراتيجيات لمكافحة بعض أنواع العدوى البكتيرية عن طريق استهداف هذه العاثيات الكامنة المُشفِّرة للسموم. [ 72 ]

الالتصاق والاختراق

في هذه الصورة المجهرية الإلكترونية للبكتيريا العاثية الملتصقة بخلية بكتيرية، تكون الفيروسات بحجم وشكل العاثية القولونية T1

تُحمي الخلايا البكتيرية بجدار خلوي من عديدات السكاريد ، وهي عوامل ضراوة مهمة تحمي الخلايا البكتيرية من دفاعات الجهاز المناعي المضيف والمضادات الحيوية . [ 73 ] للدخول إلى الخلية المضيفة، ترتبط العاثيات البكتيرية بمستقبلات محددة على سطح البكتيريا، بما في ذلك عديدات السكاريد الدهنية ، والأحماض التيكويكية ، والبروتينات ، أو حتى الأسواط . تعني هذه الخصوصية أن العاثية البكتيرية لا تستطيع إصابة إلا أنواعًا معينة من البكتيريا التي تحمل مستقبلات يمكنها الارتباط بها، وهو ما يحدد بدوره نطاق عوائل العاثية. إنزيمات تحليل عديدات السكاريد هي بروتينات مرتبطة بالفيروسات، تعمل على تحليل الطبقة الخارجية لكبسولة عوائلها إنزيميًا في الخطوة الأولى من عملية عدوى العاثية المُبرمجة بدقة. كما تؤثر ظروف نمو العائل على قدرة العاثية على الالتصاق به وغزوه. [ 74 ] بما أن الفيروسات العاثية لا تتحرك بشكل مستقل، فيجب أن تعتمد على اللقاءات العشوائية مع المستقبلات الصحيحة عندما تكون في المحلول، مثل الدم، والدورة اللمفاوية، والري، ومياه التربة، وما إلى ذلك.

تستخدم عاثيات الميوفيروس حركةً تشبه حركة الحقن تحت الجلد لإدخال مادتها الوراثية إلى الخلية. بعد ملامسة المستقبل المناسب، تنثني ألياف الذيل لتقريب الصفيحة القاعدية من سطح الخلية. يُعرف هذا بالارتباط العكسي. بمجرد اكتمال الارتباط، يبدأ الارتباط غير العكسي، وينقبض الذيل، ربما بمساعدة جزيئات الأدينوسين ثلاثي الفوسفات (ATP) الموجودة فيه، [ 7 ] ليحقن المادة الوراثية عبر الغشاء البكتيري. [ 75 ] يتم الحقن من خلال حركة انحناء في العمود، حيث يتحرك جانبًا، وينقبض مقتربًا من الخلية، ثم يعود للأعلى. تفتقر عاثيات البودوفيروس إلى غمد ذيل طويل مثل عاثيات الميوفيروس، لذا فهي تستخدم ألياف ذيلها الصغيرة الشبيهة بالأسنان إنزيميًا لتحليل جزء من غشاء الخلية قبل إدخال مادتها الوراثية.

تخليق البروتينات والأحماض النووية

في غضون دقائق، تبدأ الريبوسومات البكتيرية بترجمة الحمض النووي الريبوزي الرسول الفيروسي إلى بروتين. بالنسبة للعاثيات القائمة على الحمض النووي الريبوزي، يتم تصنيع إنزيم ناسخ الحمض النووي الريبوزي في وقت مبكر من العملية. تعمل البروتينات على تعديل بوليميراز الحمض النووي الريبوزي البكتيري بحيث يقوم بنسخ الحمض النووي الريبوزي الرسول الفيروسي بشكل تفضيلي. يتعطل بذلك التخليق الطبيعي للبروتينات والأحماض النووية في الخلية المضيفة، مما يجبرها على تصنيع المنتجات الفيروسية بدلاً من ذلك. تصبح هذه المنتجات جزءًا من الفيروسات الجديدة داخل الخلية، أو بروتينات مساعدة تساهم في تجميع الفيروسات الجديدة، أو بروتينات تشارك في تحلل الخلية . في عام 1972، كان والتر فيرز ( جامعة غنت ، بلجيكا ) أول من حدد التسلسل النيوكليوتيدي الكامل لجين، وفي عام 1976، حدد التسلسل الجينومي الفيروسي لعاثية MS2 . [ 76 ] تقوم بعض عاثيات الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين ثنائي السلسلة بتشفير بروتينات ريبوسومية، يُعتقد أنها تنظم ترجمة البروتين أثناء الإصابة بالعاثية. [ 77 ]

تجميع الفيروس

في حالة عاثية T4 ، يتطلب بناء جزيئات الفيروس الجديدة مساعدة بروتينات مساعدة تعمل كمحفز أثناء تشكل العاثية . [ 78 ] تُجمَّع الصفائح القاعدية أولًا، ثم تُبنى الذيول عليها لاحقًا. أما القفيصات الرأسية، التي تُبنى بشكل منفصل، فتتجمع تلقائيًا مع الذيول. أثناء تجميع فيروس عاثية T4 ، تتفاعل البروتينات المورفوجينية المشفرة بواسطة جينات العاثية مع بعضها البعض بتسلسل مميز. ويبدو أن الحفاظ على توازن مناسب في كميات كل من هذه البروتينات المنتجة أثناء العدوى الفيروسية أمر بالغ الأهمية لتشكل عاثية T4 بشكل طبيعي . [ 79 ] يُعبأ الحمض النووي بكفاءة داخل الرؤوس. [ 80 ] تستغرق العملية برمتها حوالي 15 دقيقة.

أتاحت الدراسات المبكرة على العاثية T4 (1962-1964) فرصةً لفهم جميع الجينات الضرورية لنمو العاثية في ظروف المختبر تقريبًا. [ 81 ] [ 82 ] وقد أُتيحت هذه الدراسات بفضل توفر نوعين من الطفرات المميتة المشروطة . [ 83 ] عُرف أحد هذين النوعين من الطفرات باسم طفرات العنبر . [ 83 ] أما النوع الآخر، فقد عُرف باسم الطفرات الحساسة للحرارة . [ 84 ] وقد أسفرت دراسات هذين النوعين من الطفرات عن فهمٍ أعمق لوظائف وتفاعلات البروتينات المستخدمة في آليات تضاعف الحمض النووي وإصلاحه وإعادة تركيبه ، وكيفية تجميع الفيروسات من مكونات البروتين والحمض النووي ( التكوين الجزيئي ).

إطلاق الفيروسات

قد تُطلق العاثيات عن طريق تحلل الخلايا، أو بالطرد، أو في حالات نادرة، بالتبرعم. ويتحقق التحلل، في العاثيات ذات الذيل، بواسطة إنزيم يُسمى الإندوليسين ، الذي يهاجم ويُحلل ببتيدوغليكان جدار الخلية . أما نوع مختلف تمامًا من العاثيات، وهو العاثي الخيطي ، فيجعل الخلية المضيفة تُفرز باستمرار جزيئات فيروسية جديدة. وتُوصف الفيروسات المُطلقة بأنها حرة، وهي قادرة على إصابة بكتيريا جديدة ما لم تكن معيبة. ويرتبط التبرعم ببعض عاثيات الميكوبلازما . وعلى عكس إطلاق الفيروسات، فإن العاثيات التي تُظهر دورة اندماجية لا تقتل المضيف، بل تُصبح مُقيمة طويلة الأمد كعاثيات كامنة . [ 85 ]

تواصل

كشفت الأبحاث التي أُجريت عام 2017 أن العاثية Φ3T تُنتج بروتينًا فيروسيًا قصيرًا يُشير إلى العاثيات الأخرى بالبقاء في حالة سكون بدلًا من قتل البكتيريا المُضيفة. [ 86 ] أطلق الباحثون الذين اكتشفوا هذا البروتين اسم "أربيتريوم" . [ 87 ] [ 88 ]

بنية الجينوم

نظراً لوجود ملايين الأنواع المختلفة من العاثيات في البيئة، فإن جينومات العاثيات تأتي بأشكال وأحجام متنوعة. تمتلك عاثيات الحمض النووي الريبوزي (RNA)، مثل MS2، أصغر الجينومات، إذ لا يتجاوز حجمها بضعة كيلوبايتات. مع ذلك، قد تمتلك بعض عاثيات الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA)، مثل T4، جينومات كبيرة تضم مئات الجينات؛ ويختلف حجم وشكل الغلاف البروتيني تبعاً لحجم الجينوم. [ 89 ] يصل حجم أكبر جينومات العاثيات البكتيرية إلى 735 كيلوبايت. [ 90 ]

Phage T7 genome (schematic)
رسم تخطيطي لجينوم عاثية T7 بحجم 44 كيلوبايت . كل مربع يمثل جينًا. تشير الأرقام إلى الجينات (أو بالأحرى إطارات القراءة المفتوحة). تمثل الجينات "المبكرة" و"المتوسطة" (تضاعف الحمض النووي) و"المتأخرة" (بنية الفيروس) تقريبًا التسلسل الزمني للتعبير الجيني. [ 91 ]

قد تكون جينومات العاثيات شديدة التوزع ، أي أن جينوم العديد من أنواع العاثيات يبدو وكأنه يتكون من وحدات فردية عديدة. وقد توجد هذه الوحدات في أنواع أخرى من العاثيات بترتيبات مختلفة. وقد قدمت عاثيات المتفطرات ، وهي عاثيات تصيب المتفطرات ، أمثلة ممتازة على هذا التوزع. في هذه العاثيات، قد يكون التوزيع الجيني ناتجًا عن حالات متكررة من إعادة التركيب الموضعي وإعادة التركيب غير المتجانس (نتيجة اكتساب جينوم العاثية لتسلسلات جينية من البكتيريا المضيفة). [ 92 ] تختلف الآليات التطورية التي تشكل جينومات الفيروسات البكتيرية بين العائلات المختلفة، وتعتمد على نوع الحمض النووي، وخصائص بنية الفيروس، بالإضافة إلى نمط دورة حياة الفيروس. [ 93 ]

تحتوي بعض عاثيات بكتيريا روزوباكتر البحرية ، والمعروفة أيضًا باسم عاثيات روزوباكتر ، على ديوكسي يوريدين (dU) بدلًا من ديوكسي ثيميدين (dT) في حمضها النووي الجينومي. وتشير بعض الأدلة إلى أن هذا المكون غير المألوف هو آلية للتهرب من آليات الدفاع البكتيرية، مثل إنزيمات القطع المحددة وأنظمة CRISPR/Cas ، التي تطورت للتعرف على التسلسلات داخل العاثيات الغازية وقطعها، وبالتالي تعطيلها. ومن المعروف منذ زمن طويل أن عاثيات أخرى تستخدم نيوكليوتيدات غير مألوفة. ففي عام 1963، حدد تاكاهاشي ومارمور عاثية بكتيريا باسيلوس تحتوي على dU بدلًا من dT في جينومها، [ 94 ] وفي عام 1977، حدد كيرنوس وآخرون عاثية بكتيريا زرقاء تحتوي على 2-أمينوأدينين (Z) بدلًا من الأدينين (A). [ 95 ]

علم الأحياء النظمي

يستكشف مجال بيولوجيا الأنظمة شبكات التفاعلات المعقدة داخل الكائن الحي، مستخدمًا عادةً أدوات الحوسبة والنمذجة. [ 96 ] على سبيل المثال، قد يُنتج جينوم العاثية الذي يدخل خلية بكتيرية مضيفة مئات من بروتينات العاثية، مما يؤثر على التعبير عن العديد من جينات المضيف أو على استقلاب المضيف . ويمكن وصف جميع هذه التفاعلات المعقدة ومحاكاتها في نماذج حاسوبية. [ 96 ]

على سبيل المثال، أدى إصابة بكتيريا الزائفة الزنجارية بفيروس PaP3 المعتدل إلى تغيير التعبير الجيني لـ 38% (2160/5633) من جينات العائل. من المحتمل أن تكون العديد من هذه التأثيرات غير مباشرة، ولذا يكمن التحدي في تحديد التفاعلات المباشرة بين البكتيريا والفيروس. [ 97 ]

بُذلت محاولات عديدة لرسم خريطة التفاعلات بين البروتينات في العاثيات ومضيفاتها. على سبيل المثال، وُجد أن عاثية لامدا تتفاعل مع مضيفتها، الإشريكية القولونية ، عبر عشرات التفاعلات. ومع ذلك، لا تزال أهمية العديد من هذه التفاعلات غير واضحة، لكن هذه الدراسات تشير إلى وجود العديد من التفاعلات الرئيسية والعديد من التفاعلات غير المباشرة التي لم يُحدد دورها بعد. [ 98 ]

مقاومة المضيف والدفاع ضد العاثيات

تُشكل العاثيات تهديدًا كبيرًا للبكتيريا والكائنات بدائية النواة، التي طورت آليات عديدة لمنع العدوى (مقاومة المضيف) أو لمنع تكاثر العاثيات داخل خلايا المضيف (الدفاع المضاد للعاثيات). ومن الأمثلة على ذلك:

  • نظام كريسبر
  • الريترونات ونظام مضادات السموم المشفر بواسطة هذه الريترونات. [ 99 ]
  • من المعروف أن نظام الدفاع لدى بكتيريا Thoeris يستخدم استراتيجية فريدة لمقاومة الفيروسات المضادة للبكتيريا عن طريق تحلل NAD+ . [ 100 ]
  • يتكون نظام الدفاع المضاد للفيروسات في بكتيريا هايلونغ من أوبيرون ثنائي الجينات يُشفّر مُؤثر قناة أيونية عبر الغشاء (HalA) وإنزيم ناقل النيوكليوتيد (NTase، HalB). يستطيع الفيروس المُعدي تنشيط HalA، مما يُؤدي إلى إزالة استقطاب الغشاء وبالتالي موت الخلية. على الرغم من أن الخلية المُصابة ستموت على الأرجح، إلا أن هذا يحمي البكتيريا من الانتشار. [ 101 ]
  • يُعد نظام الإشارات المضادة للفيروسات القائم على النيوكليوتيدات الحلقية (CBASS) نظام مناعة فطرية موجود في العديد من البكتيريا، ويحميها من عدوى العاثيات. فعندما تكتشف البكتيريا عدوى العاثيات، تقوم إنزيمات CBASS بتخليق رسل ثانوية من النيوكليوتيدات الحلقية، مثل غوانوزين أحادي الفوسفات الحلقي-أدينوزين أحادي الفوسفات الحلقي ( cGAMP ). تُفعّل جزيئات الإشارة هذه بروتينات فعالة لاحقة، مثل CapV (إنزيم فوسفوليباز يُحفز تحلل الغشاء)، مما يُعطل العمليات الخلوية الأساسية، ويؤدي إلى فشل العدوى وموت الخلية. يُعد هذا الأمر بالغ الأهمية في دفاع البكتيريا، حيث تُقتل الخلية المصابة قبل اكتمال تكاثر الفيروس وانتشاره إلى جميع أفراد المجموعة. [ 102 ]
  • يستخدم نظام SNIPE (النيوكلياز المرتبط بالسطح والمثبط لدخول العاثيات) نيوكليازًا مرتبطًا بالغشاء يقوم بقطع الحمض النووي للعاثية مباشرةً أثناء حقن الجينوم. اكتُشف نظام SNIPE في بكتيريا الإشريكية القولونية حيث يمنع عدوى العاثية λ، ولكنه يبدو أنه يحمي أيضًا من مجموعة من الفيروسات السيفية الأخرى . في الواقع، توجد نظائر لبروتينات SNIPE في ثلث السلالات البكتيرية المعروفة، على الرغم من أنه لا يزال من غير الواضح ما إذا كانت جميع هذه البروتينات متورطة في مقاومة العاثيات. [ 103 ]

التكافل بين العاثيات والمضيف

العاثيات المعتدلة هي عاثيات بكتيرية تدمج مادتها الوراثية في العائل على شكل جزيئات إبيسومية خارج الكروموسوم أو كعاثية كامنة خلال دورة التحلل . [ 104 ] [ 105 ] [ 106 ] يمكن لبعض العاثيات المعتدلة أن تمنح عائلها مزايا تنافسية بطرق عديدة، بما في ذلك منح مقاومة للمضادات الحيوية من خلال نقل أو إدخال جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs)، [ 105 ] [ 107 ] وحماية العائل من البلعمة، [ 108 ] [ 109 ] وحماية العائل من العدوى الثانوية من خلال استبعاد العدوى الفائقة، [ 110 ] [ 111 ] [ 112 ] وتعزيز ضراوة العائل، [ 104 ] [ 113 ] أو تعزيز استقلاب البكتيريا أو نموها. [ 114 ] [ 115 ] [ 116 ] [ 117 ] قد يفيد التكافل بين العاثيات والبكتيريا المضيفة البكتيريا من خلال توفير مزايا انتقائية مع تكرار جينوم العاثية بشكل سلبي. [ 118 ]

في البيئة

أتاح علم الميتاجينوميات الكشف عن العاثيات في الماء، وهو أمر لم يكن ممكناً من قبل. [ 119 ]

كما استُخدمت العاثيات في تتبع ونمذجة الأنظمة النهرية ، لا سيما في المناطق التي تتفاعل فيها المياه السطحية مع المياه الجوفية . ويُفضّل استخدام العاثيات على استخدام الصبغات التقليدية لأنها أقل امتصاصًا عند مرورها عبر المياه الجوفية، ويمكن الكشف عنها بسهولة حتى في التراكيز المنخفضة جدًا. [ 120 ] قد تحتوي المياه غير الملوثة على ما يقارب 2 × 10⁸ عاثية لكل مل. [ 121 ]

يُعتقد أن العاثيات تساهم بشكل كبير في النقل الأفقي للجينات في البيئات الطبيعية، بشكل رئيسي عن طريق النقل الفيروسي ، ولكن أيضًا عن طريق التحول . [ 122 ] كما كشفت الدراسات القائمة على علم الجينوم البيئي أن الفيروسات من بيئات متنوعة تحمل جينات مقاومة للمضادات الحيوية، بما في ذلك تلك التي يمكن أن تمنح مقاومة متعددة للأدوية . [ 123 ]

وقد كشفت النتائج الحديثة عن ترسانة معقدة ومتشابكة من أدوات الدفاع ضد العاثيات في البكتيريا البيئية. [ 124 ]

عند البشر

على الرغم من أن العاثيات لا تُصيب البشر، إلا أن هناك أعدادًا هائلة من جسيمات العاثيات في جسم الإنسان، نظرًا لتنوع الميكروبيوم البشري . يُطلق على مجموعة العاثيات لدى الفرد اسم " الفاجيوم البشري "، بما في ذلك "فاجيوم الأمعاء السليمة" (HGP) و"فاجيوم الإنسان المريض" (DHP). [ 125 ] يُقدّر أن الفاجيوم النشط لدى الإنسان السليم (أي العاثيات النشطة التكاثر، على عكس العاثيات الأولية غير المتكاثرة والمتكاملة) يتكون من عشرات إلى آلاف الفيروسات المختلفة. [ 126 ] هناك أدلة على أن العاثيات والبكتيريا تتفاعل في ميكروبيوم الأمعاء البشري، سواءً بشكل تنافسي أو مفيد. [ 127 ]

أشارت الدراسات الأولية إلى أن العاثيات الشائعة توجد لدى 62% من الأفراد الأصحاء في المتوسط، بينما انخفض انتشارها بنسبة 42% و54% في المتوسط ​​لدى مرضى التهاب القولون التقرحي وداء كرون على التوالي . [ 125 ] وقد ينخفض ​​عدد العاثيات أيضًا لدى كبار السن. [ 127 ]

تُعدّ عاثيات crAss أكثر أنواع العاثيات شيوعًا في أمعاء الإنسان، وتوجد في جميع أنحاء العالم. تنتقل عاثيات crAss من الأم إلى الطفل بعد الولادة بفترة وجيزة، وهناك بعض الأدلة التي تشير إلى إمكانية انتقالها محليًا. يُطوّر كل شخص مجموعات فريدة من عاثيات crAss خاصة به. قد توجد عاثيات شبيهة بـ CrAss أيضًا في الرئيسيات إلى جانب البشر. [ 127 ]

البكتيريا العاثية التي يتم دراستها بشكل شائع

من بين عدد لا يحصى من العاثيات، لم يُدرس بالتفصيل إلا عدد قليل منها، بما في ذلك بعض العاثيات ذات الأهمية التاريخية التي اكتُشفت في بدايات علم الوراثة الميكروبية. وقد ساهمت هذه العاثيات، ولا سيما عاثية T، في اكتشاف مبادئ مهمة لبنية الجينات ووظائفها.

قواعد بيانات وموارد العاثيات البكتيرية

انظر أيضاً

ملحوظات

  1. إن جنس Efunaviria أحادي النمط حتى رتبته الوحيدة، Tubulavirales ، وجنس Volvereviria أحادي النمط حتى فئته الوحيدة، Microviricetes . [ 17 ]
  2. يحتوي Artimaviricota على نوع واحد فقط، وهو Atsuirnavirus caloris . [ 17 ]
  3. إن Vidaverviricetes أحادي النمط حتى عائلته الوحيدة، Cystoviridae . [ 17 ]
  4. يُعتقد أن فيروسات بيكوبيرنا هي فيروسات حيوانية، ولكن هناك أدلة تشير إلى أنها قد تكون فيروسات بكتيرية. [ 24 ]
  5. يحتوي جنس Ainoaviricetes على نوع واحد فقط، وهو فيروس Finnlakevirus FLiP . [ 17 ]
  6. إن Prepoliviricotina أحادي النمط حتى عائلته الوحيدة، Tectiviridae . [ 17 ]

مراجع

  1. ^ باديلا سانشيز الخامس (2021). "النموذج الهيكلي للبكتيريا T4" . ويكي مجلة العلوم . 4 (1): 5. دوى : 10.15347/WJS/2021.005 . S2CID 238939621 . 
  2. ماكغراث إس، فان سينديرين دي، محرران. (2007). العاثيات: علم الوراثة والبيولوجيا الجزيئية ( الطبعة الأولى). دار كايستر الأكاديمية للنشر. رقم ISBN  978-1-904455-14-1.
  3. روهر، ف.، م. يول، هـ. موغان، ون. هيساكاوا (ديسمبر 2014). الحياة في عالمنا الفيروسي. سان دييغو، كاليفورنيا: وولون. ISBN 978-0-990-49430-0.
  4. لافي إس، بوشمان إتش (25 أبريل 2017). "علاج جديد بالعاثيات ينقذ مريضًا مصابًا بعدوى بكتيرية مقاومة للأدوية المتعددة" . يو سي هيلث - جامعة كاليفورنيا في سان دييغو . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 مايو 2018 .
  5. سوتل، سي. أ. (سبتمبر 2005). "الفيروسات في البحر". مجلة نيتشر . 437 (7057): 356-361 . Bibcode : 2005Natur.437..356S . doi : 10.1038/nature04160 . PMID: 16163346. S2CID : 4370363 .  
  6. 1 2 ووماك، ك. إي.، وكولويل، ر. ر. (مارس 2000). "الفيروسات العالقة: الفيروسات في النظم البيئية المائية" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة والبيولوجيا الجزيئية . 64 (1): 69-114 . Bibcode : 2000MMBR...64 ... 69W . doi : 10.1128/MMBR.64.1.69-114.2000 . PMC 98987. PMID 10704475 .  
  7. 1 2 3 م بريسكوت ل (1993). علم الأحياء الدقيقة . دار نشر ويليام سي براون. رقم ISBN 0-697-01372-3.
  8. 1 2 بانتينغ ج (1997). "الفيروس الذي يشفي" . بي بي سي هورايزون . بي بي سي العالمية المحدودة. OCLC 224991186 . – فيلم وثائقي عن تاريخ الطب القائم على العاثيات في روسيا والغرب
  9. بوريل ب، فيشتشيتي ف (أغسطس 2012). "حديث علمي: عامل العاثية". مجلة ساينتفك أمريكان . ص 80-83 . JSTOR 26016042 .  
  10. ألميدا جي إم، وسوندبيرغ إل آر (مايو 2020). "القصة المنسية للعلاج بالعاثيات في البرازيل" . مجلة لانسيت للأمراض المعدية . 20 (5): e90– e101. doi : 10.1016/S1473-3099(20)30060-8 . PMID 32213334 . 
  11. كورترايت كيه إي، تشان بي كيه، كوف جيه إل، تيرنر بي إي (فبراير 2019). "العلاج بالعاثيات: نهج متجدد لمكافحة البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية" . مجلة Cell Host & Microbe . 25 (2): 219-232 . doi : 10.1016/j.chom.2019.01.014 . PMID 30763536. S2CID 73439131 .  
  12. غورديلو ألتاميرانو ، ف. ل.، وبار، ج. ج. (أبريل 2019). "العلاج بالعاثيات في عصر ما بعد المضادات الحيوية" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة السريرية . 32 (2) e00066-18. Bibcode : 2019CliMR..3266.18G . doi : 10.1128/CMR.00066-18 . PMC 6431132. PMID 30651225 .  
  13. غونزاليس-مورا أ، هيرنانديز-بيريز ج، إقبال ح م، ريتو-بالوماريس م، بينافيدس ج (سبتمبر 2020). " اللقاحات القائمة على العاثيات: نهج فعال لإيصال المستضد" . اللقاحات . 8 (3): 504. doi : 10.3390/vaccines8030504 . PMC 7565293. PMID 32899720 .  
  14. كين إي سي (2012). " العلاج بالعاثيات: من المفهوم إلى العلاج" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 3 : 238. doi : 10.3389/fmicb.2012.00238 . PMC 3400130. PMID 22833738 .  
  15. 1 2 3 بوبيسكو م، فان بيليغيم جيه دي، خسروي أ، بوليكي بي إل (سبتمبر 2021). "العاثيات والجهاز المناعي" . المراجعة السنوية لعلم الفيروسات . 8 (1): 415-435 . doi : 10.1146/annurev-virology-091919-074551 . PMID 34014761 . 
  16. ستون إي، كامبل ك، غرانت آي، مكوليف أو (يونيو 2019). "فهم واستغلال تفاعلات العاثيات مع العائل" . الفيروسات . 11 ( 6): 567. Bibcode : 2019Virus..11..567S . doi : 10.3390/v11060567 . PMC 6630733. PMID 31216787 .  
  17. 1 2 3 4 5 6 7 "تصنيف الفيروسات: إصدار 2025" . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه بتاريخ 27 مارس 2026 .
  18. كونين إي في، دولجا في في، كروبوفيتش إم، فارساني إيه، وولف واي آي، يوتين إن، وآخرون (18 أكتوبر 2019). "إنشاء إطار تصنيفي شامل، يغطي جميع الرتب التصنيفية الرئيسية/الأساسية، لفيروسات الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين ثنائي السلسلة التي تشفر بروتينات الغلاف الرئيسية من نوع HK97" (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه في 20 أبريل 2025 . 
  19. زينكه م، شرودر ج ف، لانج أ (يناير 2022). "البروتينات الذيلية الرئيسية لبكتيريا العاثيات من رتبة Caudovirales" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 298 (1) 101472. Bibcode : 2022JBiCh.29801472Z . doi : 10.1016/j.jbc.2021.101472 . PMC 8718954. PMID 34890646 .  
  20. كروبوفيتش م، فارساني أ، رو س، زيربيني ف م، كون ج هـ، كونين إي ف (25 أغسطس 2025). "إعادة تنظيم مملكة مونودنافيريا بنقل ثلاث من الممالك الأربع إلى ممالك جديدة وإعادة تسمية مملكة مونودنافيريا إلى فلوريوفيريا " (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه في 27 مارس 2026 .
  21. أوراياما إس آي، فوكودومي إيه، كونين إي في، نونورا تي، كروبوفيتش إم (21 يونيو 2024). "إنشاء شعبة جديدة، " أرتيمافيريكوتا " في مملكة أورثورنافيراي (مملكة ريبوفيريا ) لتصنيف فيروس RNA محب للحرارة المفرطة" (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه في 20 أبريل 2025 .
  22. مانتينين إس، سالوما إم إم، بورانين إم إم (25 أكتوبر 2023). "تنوع وتصنيف العاثيات البكتيرية ذات الحمض النووي الريبي المزدوج" . الفيروسات . 15 ( 11): 2154. doi : 10.3390/v15112154 . PMC 10674327. PMID 38005832 .  
  23. كالينان ج، ستوكديل إس آر، أدريانسنز إي إم، كون جيه إتش، بالين إم، رومنيكس جيه، وآخرون . (26 نوفمبر 2020). "إعادة تسمية فئة واحدة ( Leviviricetes - سابقًا Allassoviricetes )، وإعادة تسمية رتبة واحدة ( Norzivirales - سابقًا Levivirales )، وإنشاء رتبة جديدة واحدة ( Timlovirales )، وتوسيع الفئة لتشمل ست عائلات، و420 جنسًا، و883 نوعًا" (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه في 20 أبريل 2025 . 
  24. 1 2 Kashnikov AY، Epifanova NV، Novikova NA (يونيو 2023). "حول طبيعة فيروسات البيكوبيرنا" . فافيلوفسكي جورنال جينيت سيليكتسي . 27 (3): 264-275 . دوى : 10.18699 / VJGB-23-32 . بمك 10244588 . بميد 37293447 .  
  25. نيري يو، وولف واي آي، روكس إس، كامارغو إيه بي، كازلاوسكاس دي، مين تشين آي، وآخرون (2022). "توسع نطاق الفيروسات الرناوية العالمية يكشف عن سلالات متنوعة من العاثيات". مجلة Cell . 185 (21): 4023–4037.e18. Bibcode : 2022Cell..185.4023N . bioRxiv 10.1101/2022.02.15.480533 . doi : 10.1016/j.cell.2022.08.023 . PMID 36174579 .   
  26. أوكسانين إتش إم، كروبوفيتش إم، جالاسفوري إم (29 يوليو 2020). "إنشاء عائلة جديدة ( ماتسوشيتافيريداي ) تتضمن جنسًا واحدًا أعيد تسميته ( هوكوتشيفيروس - المعروف سابقًا باسم جاماسفيروليبوفيروس ) منقولًا من عائلة سفيروليبوفيريداي ( هالوبانيفيراليس )" (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه في 20 أبريل 2025 .
  27. لانتو إي، مانتينين إس، سوندبيرج إل آر، كروبينسكي آم، أدريانسينس إم، بورانين إم إم، وآخرون . (3 يونيو 2019). "إنشاء عائلة واحدة جديدة ( Finnlakeviridae ) تتضمن جنسًا جديدًا ( Finnlakevirus ) ونوعًا جديدًا" (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاسترجاع 20 أبريل 2025 . 
  28. يوتين ن، رايكو م، أنتيبوف د، موتز ب، وولف يي، كروبوفيتش م، وآخرون . (23 أغسطس 2022). " فيروسات متغيرة في أمعاء الإنسان: توسع كبير لرتبة الفيروسات المتغيرة " . الفيروسات . 14 (9): 1842. doi : 10.3390/v14091842 . PMC 9502842. PMID 36146653 .   
  29. ^ Berjón-Otero M، Lechuga A، Mehla J، Uetz P، Salas M، Redrejo-Rodríguez M (12 سبتمبر 2017). "خريطة التفاعل داخل الفيروس Bam35 Tectivirus تكشف عن وظيفة جديدة وتوطين بروتينات Phage ORFan" . جي فيرول . 91 (19) e00870-17. دوى : 10.1128/JVI.00870-17 . بمك 5599771 . بميد 28747494 .  
  30. بارتلاو ن، مورارو س، ويتشلز أ، هولمفيلدت ك، أمان ر.إ. (30 سبتمبر 2024). "إنشاء عائلة جديدة، Obscuriviridae (الفئة: Caudoviricetes )" (docx) . اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات . تم الاطلاع عليه في 20 أبريل 2025 .
  31. كروبوفيتش م (مايو 2018). " ملف تصنيف فيروسات اللجنة الدولية لتصنيف الفيروسات: عائلة الفيروسات البلازمية " . مجلة علم الفيروسات العام . 99 (5): 617-618 . doi : 10.1099/jgv.0.001060 . PMC 12662186. PMID 29611799 .  
  32. ^ هانكين إيه (1896). "مبيد البكتيريا في مياه الجومنا والغانج على بكتيريا الكوليرا" . حوليات معهد باستور (بالفرنسية). 10 : 511 - 523.
  33. توورت، ف. و. (1915). "بحث في طبيعة الفيروسات فائقة الصغر" . مجلة لانسيت . 186 (4814): 1241-1243 . doi : 10.1016/S0140-6736(01)20383-3 .
  34. ^ دي هيريل ف (1917). "حول ميكروب غير مرئي مضاد للعصيات الزحارية" (PDF) . Comptes Rendus de l'Académie des Sciences de Paris . 165 : 373– 375. أرشفة (PDF) من النسخة الأصلية في 11 مايو 2011 . تم الاسترجاع 5 سبتمبر 2010 .
  35. دي هيريل، ف. (1949). "العاثية" (ملف PDF) . أخبار العلوم . 14 : 44-59 . تم الاطلاع عليه في 5 سبتمبر 2010 .
  36. كين إي سي (ديسمبر 2012). "فيليكس ديريل ومستقبلنا الميكروبي". علم الأحياء الدقيقة المستقبلي . 7 (12): 1337-1339 . doi : 10.2217/fmb.12.115 . PMID 23231482 . 
  37. أسواني، في إتش، وشوكلا، إس كيه (يونيو 2021). "تاريخ مبكر للعلاج بالعاثيات في الولايات المتحدة: هل حان وقت إعادة النظر؟" . الطب السريري والبحوث . 19 (2): 82-89 . doi : 10.3121/cmr.2021.1605 . PMC 8231696. PMID 34172535 .  
  38. «جائزة نوبل في الطب أو علم وظائف الأعضاء لعام 1969» . مؤسسة نوبل . تم الاطلاع عليه بتاريخ 28 يوليو 2007 .
  39. كوشمنت أ (2012)، العلاج المنسي: ماضي ومستقبل العلاج بالعاثيات ، سبرينغر، ص 11، ISBN  978-1-4614-0250-3
  40. ميلنيكوف د (أكتوبر 2018). "علاج بديل: تبني العلاج بالعاثيات وبقائه في الاتحاد السوفيتي، 1922-1955" . مجلة تاريخ الطب والعلوم المساعدة . 73 (4): 385-411 . doi : 10.1093/jhmas/jry024 . PMC 6203130. PMID 30312428 .  
  41. كوتر إي، دي فوس دي، غفاساليا جي، ألافيدزه زد، غوغوخيا إل، كول إس، وآخرون . (يناير 2010). "العلاج بالعاثيات في الممارسة السريرية: علاج العدوى البشرية". التكنولوجيا الحيوية الصيدلانية الحالية . 11 (1): 69-86 . doi : 10.2174/138920110790725401 . PMID 20214609. S2CID 31626252 .   
  42. ^ جولوفين إس (2017). "البكتيريا: الكائنات الحية في دور المنقذ" [ عاثيات البكتيريا: القتلة كمنقذين ] . Наука и знь [ Nauka I Zhizn (العلم والحياة) ] (بالروسية) (6): 26-33 .
  43. 1 2 رودز دي دي، وولكوت آر دي، كوسكوفسكي إم إيه، وولكوت بي إم، وارد إل إس، سولاكفيليدزه إيه (يونيو 2009). "العلاج بالعاثيات لقرح الساق الوريدية لدى البشر: نتائج المرحلة الأولى من تجربة السلامة". مجلة العناية بالجروح . 18 (6): 237-238 ، 240-243 . doi : 10.12968/jowc.2009.18.6.42801 . PMID 19661847 . 
  44. 1 2 3 رايت أ، هوكينز سي إتش، أنغارد إي إي، هاربر دي آر (أغسطس 2009). "تجربة سريرية مضبوطة لمستحضر علاجي من العاثيات البكتيرية في التهاب الأذن المزمن الناتج عن الزائفة الزنجارية المقاومة للمضادات الحيوية؛ تقرير أولي عن الفعالية" . طب الأذن والأنف والحنجرة السريري . 34 (4): 349-357 . doi : 10.1111/j.1749-4486.2009.01973.x . PMID 19673983 . 
  45. سوير جيه إم، فان بيليغيم جيه دي، إسحاق إتش، باخ إم إس، بوبيسكو إم، سونكاري في، وآخرون . (مارس 2019). "تحفز العاثيات مناعة مضادة للفيروسات وتمنع القضاء على العدوى البكتيرية" . مجلة ساينس . 363 (6434) eaat9691. Bibcode : 2019Sci...363t9691S . doi : 10.1126/science.aat9691 . PMC 6656896. PMID 30923196 .   
  46. طويل ن، ساخر إ، ماندفيل ر، مونييه م (مايو 2012). "الكشف عن بكتيريا الإشريكية القولونية والمكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين باستخدام العاثيات عن طريق رنين البلازمون السطحي" ( ملف PDF) . أجهزة الاستشعار الحيوية والإلكترونيات الحيوية . 37 (1): 24-29 . doi : 10.1016/j.bios.2012.04.048 . PMID 22609555. مؤرشف (ملف PDF) من النسخة الأصلية في 2 فبراير 2023. 
  47. تشا ك، أوه إتش كيه، جانغ جيه واي، جو واي، كيم دبليو كيه، ها جي يو، وآخرون . (10 أبريل 2018). "توصيف نوعين جديدين من العاثيات التي تصيب بكتيريا أسينيتوباكتر بوماني المقاومة للأدوية المتعددة، وتقييم فعاليتهما العلاجية في الجسم الحي " . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 9 696. doi : 10.3389/fmicb.2018.00696 . PMC 5932359. PMID 29755420 .   
  48. 1 2 سكولي آر تي، بيسواس بي، جيل جيه جيه، هيرنانديز-موراليس إيه، لانكستر جيه، ليسور إل، وآخرون . (أكتوبر 2017). "تطوير واستخدام مزيج علاجي شخصي قائم على العاثيات لعلاج مريض مصاب بعدوى بكتيريا أسينيتوباكتر بوماني المقاومة المنتشرة" . العوامل المضادة للميكروبات والعلاج الكيميائي . 61 (10) e00954-17. doi : 10.1128/AAC.00954-17 . PMC 5610518. PMID 28807909 .   
  49. 1 2 أوسوليفان إل، بولتون دي، مكوليف أو، كوفي إيه (مارس 2019). "العاثيات في تطبيقات الأغذية: من عدو إلى صديق". المراجعة السنوية لعلوم وتكنولوجيا الأغذية . 10 (1). المراجعات السنوية : 151-172 . doi : 10.1146/annurev-food-032818-121747 . PMID 30633564. S2CID 58620015 .  
  50. إدارة الغذاء والدواء الأمريكية/مركز سلامة الأغذية والتغذية التطبيقية: رسالة رد الوكالة، إشعار GRAS رقم 000198
  51. (إدارة الغذاء والدواء الأمريكية/مركز سلامة الأغذية والتغذية التطبيقية: رسالة رد الوكالة، إشعار GRAS رقم 000218)
  52. "توجيه خدمة سلامة الأغذية والتفتيش رقم 7120: المكونات الآمنة والمناسبة المستخدمة في إنتاج اللحوم والدواجن ومنتجات البيض" (ملف PDF) . خدمة سلامة الأغذية والتفتيش . واشنطن العاصمة: وزارة الزراعة الأمريكية. مؤرشف من الأصل (ملف PDF) بتاريخ 18 أكتوبر 2011.
  53. خان إف إم، تشين جيه إتش، تشانغ آر، ليو بي (2023). "مراجعة شاملة لتطبيقات الإندوليسينات المشتقة من العاثيات البكتيرية في مسببات الأمراض البكتيرية المنقولة بالغذاء وسلامة الغذاء: التطورات الحديثة والتحديات والآفاق المستقبلية" . مجلة فرونتيرز إن مايكروبيولوجي . 14 1259210. doi : 10.3389/fmicb.2023.1259210 . PMC 10588457. PMID 37869651 .  
  54. ^ بيير كورمون (31 أكتوبر 2025). "البكتيريا: في صناعة الأغذية، لا صلصة لا تظهر أبدًا" . المؤسسة الرومانسية (بالفرنسية) . تم الاسترجاع في 3 نوفمبر 2025 .
  55. تشاكون إل، بارانتيس ك، سانتاماريا-أولوا سي، سولانو إم آر، رييس إل، تايلور إل، فالينتي سي، سيموندز إي إم، أتشي آر. 2020. نهج عتبة العاثيات القولونية الجسدية لتحسين إدارة مخلفات محطات معالجة مياه الصرف الصحي بالحمأة المنشطة في المناطق ذات الموارد المحدودة. مجلة علم الأحياء الدقيقة البيئية والتطبيقية 86:e00616-20. https://doi.org/10.1128/AEM.00616-20/
  56. "إخطار ما قبل التسويق بموجب المادة 510(k) من قانون إدارة الغذاء والدواء الأمريكية" . إدارة الغذاء والدواء الأمريكية.
  57. تشاكون إل، بارانتيس ك، سانتاماريا-أولوا سي، سولانو إم، رييس إل، تايلور إل، وآخرون . (6 مايو 2011). " إدارة الغذاء والدواء الأمريكية تُجيز أول اختبار لتشخيص وتمييز المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين (MRSA) والمكورات العنقودية الذهبية الحساسة للميثيسيلين (MSSA) بسرعة" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 86 (17). إدارة الغذاء والدواء الأمريكية. doi : 10.1128/aem.00616-20 . hdl : 10669/82145 . PMC 7440787. PMID 32591380. مؤرشف من الأصل في 17 فبراير 2015. تم الاسترجاع في 17 فبراير 2015 .   
  58. فايسمان د (25 مايو 2007). "دراسة الجمرة الخبيثة في مختبر من الحقبة السوفيتية - بتمويل غربي" . صحيفة نيويورك تايمز .
  59. دوبوزي-كينغ م، سيو س، كيم جو، يونغ ر، تشينغ م، كيش إل بي (2005). "الكشف السريع عن البكتيريا وتحديدها: استشعار سلسلة الأيونات المحفزة بالعاثيات (SEPTIC)" (ملف PDF) . مجلة الفيزياء والكيمياء الحيوية . 5 : 3-7 . doi : 10.4024/1050501.jbpc.05.01 . مؤرشف من الأصل (ملف PDF) في 26 سبتمبر 2018. تم الاطلاع عليه في 19 ديسمبر 2016 .
  60. سميث جي بي، بيترينكو في إيه (أبريل 1997). "عرض العاثيات". المراجعات الكيميائية . 97 (2): 391-410 . Bibcode : 1997ChRv...97..391S . doi : 10.1021/cr960065d . PMID 11848876 . 
  61. ليو جيه، دهبي إم، مويك جي، أرهين إف، باودا بي، بيرجيرون دي، وآخرون . (فبراير 2004). "اكتشاف الأدوية المضادة للميكروبات من خلال علم جينوم العاثيات". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 22 (2): 185-191 . doi : 10.1038/nbt932 . PMID 14716317. S2CID 9905115 .   
  62. "الخلفية التكنولوجية لتقنية ربط العاثيات" . بيوميريو .
  63. كين إي سي (يناير 2014). " المفاضلات في دورات حياة العاثيات" . العاثيات . 4 (1) e28365. doi : 10.4161/bact.28365 . PMC 3942329. PMID 24616839 .  
  64. ^ بيير كورمون (31 أكتوبر 2025). "Desvirus pour sauver les patates" . المؤسسة الرومانية (بالفرنسية) . تم الاسترجاع في 3 نوفمبر 2025 .
  65. أتامر ز، سامتليب م، نيف هـ، هيلر ك، هينريش ج (16 يوليو 2013). "مراجعة: القضاء على العاثيات في مصل اللبن ومنتجاته" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 4 : 191. doi : 10.3389/fmicb.2013.00191 . PMC 3712493. PMID 23882262 .  
  66. كوفي أ، روس ر.ب. (أغسطس 2002). "أنظمة مقاومة العاثيات في سلالات بادئات الألبان: من التحليل الجزيئي إلى التطبيق". أنطوني فان ليفينهوك . 82 ( 1-4 ). سبرينغر : 303-321 . doi : 10.1023/a:1020639717181 . PMID 12369198. S2CID 7217985 .  
  67. فرنانديز إل، إسكوبيدو إس، غوتييريز د، بورتيلا إس، مارتينيز بي، غارسيا بي، وآخرون . (نوفمبر 2017). "البكتيريا في بيئة الألبان: من الأعداء إلى الحلفاء" . المضادات الحيوية . 6 (4). [MDPI]: 27. دوى : 10.3390/مضادات حيوية6040027 . بمك 5745470 . بميد 29117107 .   
  68. أبيدون، إس. تي. (أكتوبر 2019). "انظر من يتحدث: تثبيط تحلل عاثية تي-إيفن، الجد الأكبر لأبحاث التواصل بين الخلايا الفيروسية" . الفيروسات . 11 ( 10): 951. doi : 10.3390/v11100951 . PMC 6832632. PMID 31623057 .  
  69. ماسون كيه إيه، لوسوس جيه بي، سينغر إس آر، رافين بي إتش، جونسون جي بي (2011). علم الأحياء . نيويورك: ماكجرو هيل. ص 533. ISBN  978-0-07-893649-4.
  70. موكرووسوف، إي. (يناير 2009). "الخناق الوتدي: تنوع الجينوم، وبنية التجمعات السكانية، ومنظورات التنميط الجيني". العدوى، وعلم الوراثة، والتطور . 9 (1): 1-15 . Bibcode : 2009InfGE...9....1M . doi : 10.1016/j.meegid.2008.09.011 . PMID 19007916 . 
  71. تشارلز آر سي، رايان إي تي (أكتوبر 2011). "الكوليرا في القرن الحادي والعشرين". الرأي الحالي في الأمراض المعدية . 24 (5): 472-477 . doi : 10.1097/QCO.0b013e32834a88af . PMID 21799407. S2CID 6907842 .  
  72. كين إي سي (ديسمبر 2012). " نماذج التسبب في الأمراض: استهداف العناصر الجينية المتنقلة للأمراض" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الخلوي والميكروبيولوجيا المعدية . 2 : 161. doi : 10.3389/fcimb.2012.00161 . PMC 3522046. PMID 23248780 .  
  73. دروليس-كاوا ز، ماجكوفسكا-سكروبك ج، ماسيجيفسكا ب (2015). "العاثيات والبروتينات المشتقة منها - مناهج التطبيق" . الكيمياء الطبية الحالية . 22 (14): 1757-1773 . doi : 10.2174/0929867322666150209152851 . PMC 4468916. PMID 25666799 .  
  74. جاباشفيلي، آي إس، خان، إس إيه، هايز، إس جيه، سيرور، بي (أكتوبر 1997). "تعدد أشكال العاثية T7". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 273 (3): 658-667 . doi : 10.1006/jmbi.1997.1353 . PMID 9356254 . 
  75. مقصودي أ، تشاتيرجي أ، أندريشيواي إ، بيركنز ن.س. (ديسمبر 2019). "كيف تعمل آلية حقن العاثية T4، بما في ذلك الطاقة والقوى والمسار الديناميكي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 116 (50): 25097-25105 . Bibcode : 2019PNAS..11625097M . doi : 10.1073/pnas.1909298116 . PMC 6911207. PMID 31767752 .  
  76. فيرز دبليو، كونتريراس آر، دويرنك إف، هيغمان جي، إيزيرينتان دي، ميرغارت جيه، وآخرون (أبريل 1976). " التسلسل النيوكليوتيدي الكامل لحمض RNA الخاص بالعاثية MS2: البنية الأولية والثانوية لجين الناسخ". نيتشر . 260 (5551): 500-507 . Bibcode : 1976Natur.260..500F . doi : 10.1038/260500a0 . PMID 1264203. S2CID 4289674 .   
  77. ميزونو سي إم، غيومار سي، رو إس، لافين آر، رودريغيز-فاليرا إف، سوليفان إم بي، وآخرون . (فبراير 2019). "العديد من الفيروسات المزروعة وغير المزروعة تشفر بروتينات ريبوسومية" . نيتشر كوميونيكيشنز . 10 (1) 752. Bibcode : 2019NatCo..10..752M . doi : 10.1038/ s41467-019-08672-6 . PMC 6375957. PMID 30765709 .   
  78. سنستاد، د.ب. (أغسطس 1968). "تفاعلات السيادة في خلايا الإشريكية القولونية المصابة بشكل مختلط ببكتيريا العاثية T4D من النوع البري والطفرات العنبرية، وآثارها المحتملة على نوع وظيفة ناتج الجين: التحفيزية مقابل القياسية". علم الفيروسات . 35 (4): 550-563 . doi : 10.1016/0042-6822(68)90285-7 . PMID 4878023 . 
  79. الطابق E (فبراير 1970). "تفاعل الجينات المورفوجينية لبكتيريا العاثية T4". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 47 (3): 293-306 . doi : 10.1016/0022-2836(70)90303-7 . PMID 4907266 . 
  80. بيتروف، أ.س.، وهارفي، س.س. (يوليو 2008). "تغليف الحمض النووي الحلزوني المزدوج في قفيصات فيروسية: البنى والقوى والطاقة" . مجلة الفيزياء الحيوية . 95 (2): 497-502 . Bibcode : 2008BpJ....95..497P . doi : 10.1529/biophysj.108.131797 . PMC 2440449. PMID 18487310 .  
  81. إدغار آر إس. المميتات المشروطة: في كتاب العاثيات وأصول البيولوجيا الجزيئية (2007)، تحرير جون كيرنز، وجونثر إس. ستنت، وجيمس دي. واتسون، مختبر كولد سبرينغ هاربور للبيولوجيا الكمية، كولد سبرينغ هاربور، لونغ آيلاند، نيويورك . رقم ISBN 978-0-87969-800-3
  82. إدغار ب (أكتوبر 2004). "جينوم العاثية T4: حفر أثري" . علم الوراثة . 168 (2): 575-582 . doi : 10.1093/genetics/168.2.575 . PMC 1448817. PMID 15514035 .  
  83. 1 2 إبستين، ر. هـ.، بول، أ.، شتاينبرغ، س. م.، كيلنبرغر، إ.، بوي دي لا تور، إ.، شوفالي، ر.، وآخرون . (1963). "دراسات فيزيولوجية للطفرات المميتة المشروطة لبكتيريا العاثية T4D". ندوات كولد سبرينغ هاربور حول البيولوجيا الكمية . 28 : 375-394 . doi : 10.1101/SQB.1963.028.01.053 . ISSN 0091-7451 .  
  84. إدغار آر إس ، ليلاوسيس آي (أبريل 1964). "طفرات حساسة للحرارة من العاثية T4D: عزلها وتوصيفها" . علم الوراثة . 49 (4): 649-662 . doi : 10.1093/genetics/49.4.649 . PMC 1210603. PMID 14156925 .  
  85. هينرو سي، بيتي إم إيه (نوفمبر 2022). " إشارات تحفز تحفيز الطليعة الفيروسية في الميكروبات المعوية" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 118 (5): 494-502 . doi : 10.1111/mmi.14983 . PMC 9827884. PMID 36164818. S2CID 252542284 .   
  86. أبيدون، إس تي (2020). التواصل بين العاثيات، وبين العاثيات والبكتيريا، وبين العاثيات والبيئة. في: التواصل الحيوي للعاثيات. سبرينغر، تشام.
  87. كالاواي إي (2017). "هل تتحدث لغة الفيروسات؟ تم ضبط العاثيات وهي ترسل رسائل كيميائية" . مجلة نيتشر . doi : 10.1038/nature.2017.21313 .
  88. إيريز ز، شتاينبرغر-ليفي إ، شامير م، دورون س، ستوكار-أفيهيل أ، بيليغ ي، وآخرون . (يناير 2017). "التواصل بين الفيروسات يوجه قرارات التحلل-الاندماج" . مجلة نيتشر . 541 (7638): 488-493 . Bibcode : 2017Natur.541..488E . doi : 10.1038 / nature21049 . PMC 5378303. PMID 28099413 .   
  89. بلاك، إل دبليو، وتوماس، جيه إيه (2012). "بنية الجينوم المكثفة". الآلات الجزيئية الفيروسية . التقدم في الطب التجريبي وعلم الأحياء. المجلد 726. سبرينغر. الصفحات 469-487 . doi : 10.1007/978-1-4614-0980-9_21 . ISBN   978-1-4614-0979-3. PMC 3559133 . PMID 22297527 .  
  90. الشائب ب، ساشديفا ر، تشين إل إكس، وارد إف، مونك ب، ديفوتو أ، وآخرون . (فبراير 2020). "سلالات من العاثيات الضخمة من مختلف النظم البيئية للأرض" . مجلة نيتشر . 578 (7795): 425-431 . Bibcode : 2020Natur.578..425A . doi : 10.1038/ s41586-020-2007-4 . PMC 7162821. PMID 32051592 .   
  91. Häuser R، Blasche S، Dokland T، Haggård-Ljungquist E، von Brunn A، Salas M، et al. (2012). "تفاعلات بروتين بروتين البكتيريا" . التقدم في أبحاث الفيروسات . 83 : 219 – 298. دوى : 10.1016 / B978-0-12-394438-2.00006-2 . رقم ISBN  978-0-12-394438-2. PMC 3461333 . PMID 22748812 .  
  92. موريس ب، مارينيلي إل جيه، جاكوبس-سيرا د، هندريكس آر دبليو، هاتفل جي إف (مارس 2008). "التوصيف الجينومي لفيروس الميكوبكتيريا جايلز: دليل على اكتساب الفيروس للحمض النووي للمضيف عن طريق إعادة التركيب غير الشرعي" . مجلة علم البكتيريا . 190 (6): 2172-2182 . doi : 10.1128/JB.01657-07 . PMC 2258872. PMID 18178732 .  
  93. كروبوفيتش م، برانغيشفيلي د، هندريكس ر.و، بامفورد د.هـ (ديسمبر 2011). "علم جينوم الفيروسات البكتيرية والأثرية: ديناميكيات داخل عالم الفيروسات بدائيات النوى" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة والبيولوجيا الجزيئية . 75 (4): 610-635 . Bibcode : 2011MMBR...75..610K . doi : 10.1128/MMBR.00011-11 . PMC 3232739. PMID 22126996 .  
  94. تاكاهاشي، إي.، ومارمور، ج. (فبراير 1963). "استبدال حمض الثيميديليك بحمض الديوكسي يوريديليك في الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين لفيروس ناقل لبكتيريا العصوية الرقيقة". مجلة نيتشر . 197 (4869): 794-795 . Bibcode : 1963Natur.197..794T . doi : 10.1038/197794a0 . PMID: 13980287. S2CID : 4166988 .  
  95. كيرنوس، إم دي، خودياكوف، آي واي، ألكساندروشكينا، إن آي، فانيوشين، بي إف (نوفمبر 1977). "2-أمينوأدينين هو أدينين يحل محل قاعدة في الحمض النووي لفيروس S-2L الأزرق". مجلة نيتشر . 270 (5635): 369-370 . رمز Bibcode : 1977Natur.270..369K . doi : 10.1038/270369a0 . PMID 413053. S2CID 4177449 .  
  96. 1 2 كليب إي (2009). بيولوجيا النظم: كتاب مدرسي . فاينهايم: وايلي-VCH. رقم ISBN 978-3-527-31874-2. OCLC 288986435 . 
  97. تشاو إكس، تشين سي، شين دبليو، هوانغ جي، لي إس، لو إس، وآخرون (يناير 2016). "تحليل شامل للنسخ الجيني للتفاعلات بين الزائفة الزنجارية والبكتيريوفاج PaP3" . التقارير العلمية . 6 19237. Bibcode : 2016NatSR...619237Z . doi : 10.1038/srep19237 . PMC 4707531. PMID 26750429 .   
  98. بلاش إس، ووشتي إس، راجاغوبالا إس في، أويتز بي (ديسمبر 2013). "شبكة تفاعل البروتين بين العاثية لامدا ومضيفها، الإشريكية القولونية" . مجلة علم الفيروسات . 87 (23): 12745-12755 . doi : 10.1128/JVI.02495-13 . PMC 3838138. PMID 24049175 .  
  99. بوبونيس ج، ميتوش ك، ماتيوس أ، كارشر ن، كريتيكوس ج، سيلكريج ج، وآخرون . (سبتمبر 2022). "الريترونات البكتيرية تشفر أنظمة السموم ومضادات السموم الثلاثية المضادة للعاثيات" . نيتشر . 609 ( 7925): 144-150 . Bibcode : 2022Natur.609..144B . doi : 10.1038/ s41586-022-05091-4 . PMC 11938430. PMID 35850148. S2CID 250643138 .    
  100. كا د، أوه هـ، بارك إي، كيم جيه إتش، باي إي (يونيو 2020). "أدلة هيكلية ووظيفية على حماية البكتيريا من الفيروسات العاثية بواسطة نظام دفاع ثوريس عبر تحلل NAD + " . نيتشر كوميونيكيشنز . 11 (1) 2816. Bibcode : 2020NatCo..11.2816K . doi : 10.1038/s41467-020-16703-w . PMC 7272460. PMID 32499527 .  
  101. كوهن، جيه إيه، وبينيلا-ريدوندو، آر (يوليو 2025). "باختصار شديد: العاثيات تُحدث خللاً في الحمض النووي - انقضاض!" . الخلية الجزيئية . 85 (13): 2460-2461 . doi : 10.1016/j.molcel.2025.06.011 . PMID 40614705 . 
  102. Wang X, Li Y, Wang X, Zhang W, Liu M, Hao X, et al. (8 December 2025). "Manganese activates the CBASS immunity to protect bacteria from phage infection". mBio. 17 (1): e02758–25. doi:10.1128/mbio.02758-25. PMC 12802263. PMID 41358758.
  103. Saxton DS, DeWeirdt PC, Doering CR, Roney IJ, Laub MT (21 May 2026). "A membrane-bound nuclease directly cleaves phage DNA during genome injection". Nature. 653 (8115): 861–869. doi:10.1038/s41586-026-10207-1. ISSN 0028-0836.
  104. 12Cieślik M, Bagińska N, Jończyk-Matysiak E, Węgrzyn A, Węgrzyn G, Górski A (May 2021). "Temperate Bacteriophages-The Powerful Indirect Modulators of Eukaryotic Cells and Immune Functions". Viruses. 13 (6): 1013. doi:10.3390/v13061013. PMC 8228536. PMID 34071422.
  105. 12Wendling CC, Refardt D, Hall AR (February 2021). "Fitness benefits to bacteria of carrying prophages and prophage-encoded antibiotic-resistance genes peak in different environments". Evolution; International Journal of Organic Evolution. 75 (2): 515–528. doi:10.1111/evo.14153. PMC 7986917. PMID 33347602.
  106. Kirsch JM, Brzozowski RS, Faith D, Round JL, Secor PR, Duerkop BA (September 2021). "Bacteriophage-Bacteria Interactions in the Gut: From Invertebrates to Mammals". Annual Review of Virology. 8 (1): 95–113. doi:10.1146/annurev-virology-091919-101238. PMC 8484061. PMID 34255542.
  107. Brenciani A, Bacciaglia A, Vignaroli C, Pugnaloni A, Varaldo PE, Giovanetti E (January 2010). "Phim46.1, the main Streptococcus pyogenes element carrying mef(A) and tet(O) genes". Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 54 (1): 221–229. doi:10.1128/AAC.00499-09. PMC 2798480. PMID 19858262.
  108. جان إم تي، أرخيبوفا كيه، ماركرت إس إم، ستيغلوهر سي، لاخنيت تي، بيتا إل، وآخرون . (أكتوبر 2019). "بروتين عاثية يساعد البكتيريا التكافلية في التهرب المناعي للكائنات حقيقية النواة" . مجلة Cell Host & Microbe . 26 (4): 542–550.e5. doi : 10.1016/j.chom.2019.08.019 . PMID 31561965. S2CID 203580138 .   
  109. لي، ب. أ. (أكتوبر 2019). "التعاون بين الصراع: العاثيات الكامنة تحمي البكتيريا من البلعمة" . مجلة Cell Host & Microbe . 26 (4): 450-452 . doi : 10.1016/j.chom.2019.09.003 . PMID 31600498. S2CID 204243652 .  
  110. علي ي، كوبرغ س، هيسنر س، صن إكس، رابي ب، باك أ، وآخرون (2014). "عاثيات المكورات العقدية المحبة للحرارة المعتدلة التي تُعبّر عن بروتينات استبعاد العدوى الفائقة من نوع Ltp" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 5 : 98. doi : 10.3389/fmicb.2014.00098 . PMC 3952083. PMID 24659988 .   
  111. ماكغراث إس، فيتزجيرالد جي إف، فان سينديرين دي (يناير 2002). "تحديد وتوصيف جينات مقاومة العاثيات في عاثيات بكتيريا اللاكتوكوكس المعتدلة" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 43 (2): 509-520 . doi : 10.1046/j.1365-2958.2002.02763.x . PMID 11985726. S2CID 7084706 .  
  112. دووي إم، ماكغراث جيه، فيتزجيرالد إس، فان سينديرين جي إف. تحديد وتوصيف جينات استبعاد العدوى الفائقة المحمولة بواسطة عاثيات المكورات اللبنية▿ † . الجمعية الأمريكية لعلم الأحياء الدقيقة (ASM). OCLC 679550931 . 
  113. بروسو هـ، كانشايا س، هاردت و.د. (سبتمبر 2004). "العاثيات وتطور مسببات الأمراض البكتيرية: من إعادة ترتيب الجينوم إلى التحول الليزوجيني" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة والبيولوجيا الجزيئية . 68 (3): 560-602 ، جدول المحتويات. doi : 10.1128/MMBR.68.3.560-602.2004 . PMC 515249. PMID 15353570 .  
  114. إيدلين ج، لين ل، كودرنا ر (يونيو 1975). "تتكاثر بكتيريا الإشريكية القولونية الحاملة لفيروس لامدا بسرعة أكبر من البكتيريا غير الحاملة له". مجلة نيتشر . 255 (5511): 735-737 . Bibcode : 1975Natur.255..735E . doi : 10.1038/255735a0 . PMID 1094307. S2CID 4156346 .  
  115. سيكولوفيتش أو، فورتييه إل سي (فبراير 2015). شافنر دي دبليو (محرر). "الاستجابة النسخية الشاملة لبكتيريا كلوستريديوم ديفيسيل الحاملة لطليعة العاثية CD38" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 81 (4): 1364-1374 . Bibcode : 2015ApEnM..81.1364S . doi : 10.1128/AEM.03656-14 . PMC 4309704. PMID 25501487 .  
  116. روسمان إف إس، راسيك تي، ووبسر دي، بوتشالكا جيه، رابينر إي إم، ريجر إم، وآخرون . (فبراير 2015). "يُحفز استشعار النصاب تشتت الأغشية الحيوية وتوزيع جينات ضراوة البكتيريا بواسطة العاثيات" . مجلة PLOS Pathogens . 11 (2) e1004653. doi : 10.1371/journal.ppat.1004653 . PMC 4338201. PMID 25706310 .   
  117. أوبينغ ن، براتاما أ.أ، إلساس ج.د (يونيو 2016). "أهمية العاثيات التكافلية في علم البيئة البكتيرية وتطورها" (ملف PDF) . اتجاهات في علم الأحياء الدقيقة . 24 (6): 440-449 . Bibcode : 2016TrMic..24..440O . doi : 10.1016/j.tim.2015.12.009 . PMID 26826796. S2CID 3565635 .  
  118. لي جي، كورتيز إم إتش، دوشوف جيه، ويتز جيه إس (يوليو 2020). "متى يكون الاعتدال هو الأنسب : حول فوائد التحلل مقابل التحلل الكامن في اللياقة" . تطور الفيروسات . 6 (2) veaa042. bioRxiv 10.1101/709758 . doi : 10.1093/ve/veaa042 . PMC 9532926. PMID 36204422 .   
  119. Breitbart M, Salamon P, Andresen B, Mahaffy JM, Segall AM, Mead D, et al. (October 2002). "Genomic analysis of uncultured marine viral communities". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99 (22): 14250–14255. Bibcode:2002PNAS...9914250B. doi:10.1073/pnas.202488399. PMC 137870. PMID 12384570.
  120. Martin C (1988). "The Application of Bacteriophage Tracer Techniques in South West Water". Water and Environment Journal. 2 (6): 638–642. Bibcode:1988WaEnJ...2..638M. doi:10.1111/j.1747-6593.1988.tb01352.x.
  121. Bergh O, Børsheim KY, Bratbak G, Heldal M (August 1989). "High abundance of viruses found in aquatic environments". Nature. 340 (6233): 467–468. Bibcode:1989Natur.340..467B. doi:10.1038/340467a0. PMID 2755508. S2CID 4271861.
  122. Keen EC, Bliskovsky VV, Malagon F, Baker JD, Prince JS, Klaus JS, et al. (January 2017). "Novel "Superspreader" Bacteriophages Promote Horizontal Gene Transfer by Transformation". mBio. 8 (1) e02115–16. Bibcode:2017mBio....815.16K. doi:10.1128/mBio.02115-16. PMC 5241400. PMID 28096488.
  123. Lekunberri I, Subirats J, Borrego CM, Balcázar JL (January 2017). "Exploring the contribution of bacteriophages to antibiotic resistance". Environmental Pollution. 220 (Pt B): 981–984. Bibcode:2017EPoll.220..981L. doi:10.1016/j.envpol.2016.11.059. hdl:10256/14115. PMID 27890586.
  124. بيافوجي أ، لاكروا أ، ويارت ن، بولان ج، ديلمونت ت.و، باولي ل، وآخرون . (مارس 2024). "الجهاز الدفاعي للمجتمعات البكتيرية المعقدة" . نيتشر كوميونيكيشنز . 15 (1) 2146. Bibcode : 2024NatCo..15.2146B . doi : 10.1038 / s41467-024-46489-0 . PMC 10924106. PMID 38459056 .   
  125. 1 2 مانريك، ب.، بولدوك، ب.، ووك، س. ت.، فان دير أوست، ج.، دي فوس، و. م.، يونغ، م. ج. (سبتمبر 2016). "البلعميات المعوية البشرية السليمة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 113 (37): 10400-10405 . Bibcode : 2016PNAS..11310400M . doi : 10.1073/ pnas.1601060113 . PMC 5027468. PMID 27573828 .  
  126. مينوت إس، سينها آر، تشين جيه، لي إتش، كيلباو إس إيه، وو جي دي، وآخرون . (أكتوبر 2011). " فيروسات الأمعاء البشرية: التباين بين الأفراد والاستجابة الديناميكية للنظام الغذائي" . أبحاث الجينوم . 21 (10): 1616-1625 . doi : 10.1101/gr.122705.111 . PMC 3202279. PMID 21880779 .   
  127. 1 2 3 كيرش جيه إم، برزوزوفسكي آر إس، فيث دي، راوند جيه إل، سيكور بي آر، دويركوب بي إيه (سبتمبر 2021). "تفاعلات العاثيات البكتيرية مع البكتيريا في الأمعاء: من اللافقاريات إلى الثدييات" . المراجعة السنوية لعلم الفيروسات . 8 (1): 95-113 . doi : 10.1146/annurev-virology-091919-101238 . PMC 8484061. PMID 34255542 .  
  128. شتراوس، جيه إتش، وسينشيمر، آر إل (يوليو 1963). "تنقية وخصائص العاثية MS2 وحمضها النووي الريبي". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 7 (1): 43-54 . Bibcode : 1963JMBio...7...43S . doi : 10.1016/S0022-2836(63)80017-0 . PMID 13978804 . 
  129. ميلر إي إس، كوتر إي، موسيج جي، أريساكا إف، كونيساوا تي، روجر دبليو (مارس 2003). " جينوم العاثية T4" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة والبيولوجيا الجزيئية . 67 (1): 86-156 ، جدول المحتويات. doi : 10.1128/MMBR.67.1.86-156.2003 . PMC 150520. PMID 12626685 .  
  130. أكرمان، هـ. و.، وكريش، هـ. م. (6 أبريل 2014). "فهرس لبكتيريا العاثيات من النوع T4". أرشيف علم الفيروسات . 142 (12): 2329-2345 . doi : 10.1007/s007050050246 . PMID 9672598. S2CID 39369249 .  
  131. وانغ آر إتش، يانغ إس، ليو زد، تشانغ واي، وانغ إكس، شو زد، وآخرون . (يناير 2024). "PhageScope: قاعدة بيانات شاملة للبكتيريا العاثية مع تحليلات وتصورات آلية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 52 (D1): D756– D761 . doi : 10.1093/nar/gkad979 . PMC 10767790. PMID 37904614 .   

فهرس