الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر

📅 آخر تحديث: ١٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة

أنواع مختلفة من الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر. [ 1 ]

تُعدّ الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة ( lncRNA ) نوعًا من الحموض النووية الريبية، وتُعرَّف عمومًا بأنها نسخٌ يزيد طولها عن 200 نيوكليوتيد ولا تُترجم إلى بروتين. [ 2 ] هذا الحدّ التعسفي يُفرِّق الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة عن الحموض النووية الريبية الصغيرة غير المشفرة، مثل الحموض النووية الريبية الميكروية (miRNAs)، والحموض النووية الريبية المتداخلة الصغيرة (siRNAs)، والحموض النووية الريبية المتفاعلة مع بروتين Piwi (piRNAs)، والحموض النووية الريبية النووية الصغيرة (snoRNAs)، وغيرها من الحموض النووية الريبية القصيرة. [ 3 ] ونظرًا لأن بعض الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة الحقيقية قد تُشفِّر بروتينات صغيرة، فإن أحدث تعريف لها هو أنها فئة من النسخ التي يزيد طولها عن 200 نيوكليوتيد والتي لا تمتلك قدرةً على التشفير أو تمتلك قدرةً محدودة. [ 4 ]

يختلف تعريف الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNAs) عن تعريف أنواع الحمض النووي الريبوزي الأخرى مثل الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير (siRNAs) والحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNAs) والحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNAs) والحمض النووي الريبوزي النووي الصغير (snoRNAs)، لأنه لا يرتبط بوظيفة الحمض النووي الريبوزي. الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل هو أي نسخة جينية لا تنتمي إلى أنواع الحمض النووي الريبوزي الأخرى المعروفة جيدًا، ويتجاوز طولها 200-500 نيوكليوتيد. ويعتقد بعض العلماء أن معظم أنواع الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل لا تؤدي وظيفة بيولوجية مهمة لأنها نسخ من الحمض النووي غير الوظيفي . [ 5 ] [ 6 ]

وفرة

توجد نسخ طويلة غير مشفرة في العديد من الكائنات الحية. تكشف مشاريع تسلسل الحمض النووي التكميلي (cDNA) واسعة النطاق، مثل مشروع FANTOM، عن تعقيد هذه النسخ في البشر. [ 7 ] حدد مشروع FANTOM3 ما يقارب 35000 نسخة غير مشفرة تحمل العديد من سمات الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA )، بما في ذلك إضافة غطاء 5' ، والتضفير ، وإضافة ذيل عديد الأدينين ، ولكنها تحتوي على إطار قراءة مفتوح (ORF) قليل أو معدوم. [ 7 ] يمثل هذا الرقم تقديرًا أدنى متحفظًا، لأنه أغفل العديد من النسخ المفردة والنسخ غير متعددة الأدينين ( تُظهر بيانات مصفوفة التجانب أن أكثر من 40% من النسخ غير متعددة الأدينين). [ 8 ] يُعد تحديد الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNA) ضمن مكتبات cDNA هذه أمرًا صعبًا، نظرًا لصعوبة التمييز بين النسخ المشفرة للبروتين والنسخ غير المشفرة. وقد أشارت دراسات متعددة إلى أن أنسجة الخصية [ 9 ] والأنسجة العصبية تُنتج أكبر كمية من الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر مقارنةً بأي نوع آخر من الأنسجة . [ 10 ] باستخدام FANTOM5، تم تحديد 27919 من الحمض النووي الريبي غير المشفر الطويل في مصادر بشرية مختلفة. [ 11 ]

كميًا، تُظهر هذه النسخ وفرةً أقل بنحو عشرة أضعاف من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) ، [ 12 ] [ 13 ] ويُعزى جزء كبير من ذلك إلى التباين الأكبر بين الخلايا في مستويات التعبير عن الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNA) في الخلايا الفردية، مقارنةً بالجينات المشفرة للبروتينات والجينات غير المشفرة المعروفة جيدًا. [ 14 ] ويتوافق هذا مع فكرة أن العديد من هذه النسخ هي نسخ زائفة غير وظيفية، وأن المناطق المنسوخة ليست جينات وفقًا لأي تعريف قياسي. [ 5 ] [ 6 ]

بشكل عام، تُصنف غالبية جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNAs) (حوالي 78%) على أنها خاصة بالأنسجة ، مقارنةً بحوالي 19% فقط من جزيئات الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNAs). [ 12 ] بالإضافة إلى التخصص النسيجي العالي، تتميز جزيئات lncRNAs بتخصص مراحل النمو العالية ، [ 15 ] وتخصص أنواع الخلايا الفرعية في أنسجة مثل القشرة المخية الحديثة البشرية [ 16 ] وأجزاء أخرى من الدماغ، حيث تنظم نمو الدماغ ووظيفته بشكل سليم. [ 17 ] في عام 2022، كشف دمج شامل لجزيئات lncRNAs من قواعد البيانات الموجودة عن وجود 95,243 جزيء lncRNA و323,950 نسخة جينية في البشر. [ 18 ]

بالمقارنة مع الثدييات، ركزت دراسات قليلة نسبيًا على انتشار الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNAs) في النباتات . ومع ذلك، حددت دراسة شاملة شملت 37 نوعًا من النباتات الراقية وستة أنواع من الطحالب ما يقرب من 200,000 نسخة غير مشفرة باستخدام منهجية حاسوبية [ 19 ] ، والتي أنشأت أيضًا قاعدة بيانات Green Non-Coding Database ( GreeNC )، وهي مستودع للحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل في النباتات.

التنظيم الجينومي

في عام 2005، وُصِفَ تركيب جينوم الثدييات بأنه يتألف من "بؤر" نسخ متعددة تفصل بينها مسافات طويلة بين الجينات . [ 7 ] وبينما تقع بعض جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويلة (ncRNAs) ضمن هذه المسافات، فإن معظمها عبارة عن نسخ متداخلة في الاتجاهين الموجب والسالب، والتي غالبًا ما تتضمن جينات ترميز البروتين، [ 20 ] مما يُؤدي إلى تسلسل هرمي معقد من الأشكال المتغايرة المتداخلة. [ 21 ] غالبًا ما تتشارك التسلسلات الجينومية داخل هذه البؤر النسخية في عدد من النسخ المشفرة وغير المشفرة في الاتجاهين الموجب والسالب. [ 22 ] على سبيل المثال، تم لاحقًا تصنيف 3012 من أصل 8961 من الحمض النووي المكمل (cDNA) التي سبق تصنيفها على أنها تسلسلات ترميز مبتورة ضمن قاعدة بيانات FANTOM2 على أنها متغيرات حقيقية من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNA) لجزيئات الحمض النووي المكمل (cDNA) المشفرة للبروتين. [ 7 ] في حين أن وفرة هذه الترتيبات وحفظها يُشيران إلى أهميتها البيولوجية، إلا أن تعقيد هذه البؤر يُعيق التقييم السهل.

قام اتحاد GENCODE بتجميع وتحليل مجموعة شاملة من بيانات تعريف الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر (lncRNA) البشري، بالإضافة إلى تنظيمه الجينومي ، وتعديلاته، ومواقعه الخلوية، وملامح التعبير النسيجي. [ 10 ] ويشير تحليلهم إلى أن الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري يُظهر ميلاً نحو النسخ ثنائية الإكسون . [ 10 ]

ترجمة

دار جدل واسع حول ما إذا كانت الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة (lncRNAs) قد وُصفت بشكل خاطئ، وما إذا كانت تُشفّر بروتينات بالفعل. وقد وُجد أن العديد من هذه الحموض تُشفّر ببتيدات ذات وظائف بيولوجية مهمة. [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] أشارت دراسات تحليل الريبوسومات إلى أن ما بين 40% إلى 90% من الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة المُصنّفة تُترجم بالفعل ، [ 26 ] [ 27 ] على الرغم من وجود اختلاف في الآراء حول الطريقة الصحيحة لتحليل بيانات تحليل الريبوسومات. [ 28 ] إضافةً إلى ذلك، يُعتقد أن العديد من الببتيدات التي تُنتجها الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة قد تكون غير مستقرة للغاية، وربما تفتقر إلى الوظيفة البيولوجية. [ 27 ]

حفظ

لا تُحفظ تسلسلات معظم النسخ الطويلة غير المشفرة، مما يدعم فكرة أن معظمها نسخ زائفة بلا وظيفة بيولوجية. أشارت الدراسات الأولية حول حفظ الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر (lncRNA) إلى أن بعضها غني بعناصر التسلسل المحفوظة ، [ 29 ] ومنخفض في معدلات الاستبدال والإدخال/الحذف، [ 30 ] ومنخفض في المتغيرات النادرة، [ 31 ] مما يدل على أن الانتقاء التطهيري يحافظ على وظيفة lncRNA. مع ذلك، كشفت المزيد من الدراسات حول lncRNA في الفقاريات أنه في حين أن بعض lncRNA محفوظ في التسلسل، إلا أنه غير محفوظ في النسخ . [ 32 ] [ 33 ] [ 9 ] بعبارة أخرى، حتى عندما يكون تسلسل lncRNA بشري محفوظًا في نوع آخر من الفقاريات، فغالبًا لا يوجد نسخ لـ lncRNA في المنطقة الجينومية المتماثلة . يرى البعض أن هذه الملاحظات تشير إلى عدم فعالية غالبية جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNAs)، [ 34 ] [ 35 ] [ 5 ] بينما يرى آخرون أنها قد تكون مؤشراً على الانتقاء التكيفي السريع الخاص بالأنواع . [ 36 ]

على الرغم من أن معظم النسخ الطويلة غير المشفرة غير محفوظة، إلا أن المئات من جزيئات الحمض النووي الريبوزي الطويلة غير المشفرة (lncRNAs) محفوظة على مستوى التسلسل. وقد بُذلت عدة محاولات لتحديد فئات مختلفة من بصمات الانتقاء التي تُلاحظ بين جزيئات lncRNAs، بما في ذلك: جزيئات lncRNAs ذات حفظ تسلسلي قوي عبر كامل طول الجين ، وجزيئات lncRNAs التي يُحفظ فيها جزء فقط من النسخة (مثل النهاية 5′ ، ومواقع الربط )، وجزيئات lncRNAs التي تُنسخ من مناطق متجانسة من الجينوم ولكن ليس لديها تشابه تسلسلي ملحوظ. [ 37 ] [ 38 ] [ 39 ] بالإضافة إلى ذلك، كانت هناك محاولات لتحديد البنى الثانوية المحفوظة في جزيئات lncRNAs، على الرغم من أن هذه الدراسات أدت حاليًا إلى نتائج متضاربة. [ 40 ] [ 41 ] وقد أشارت العديد من جزيئات lncRNAs الأكثر دراسة إلى حفظ البنية داخل المجالات الوظيفية لجزيئات lncRNAs، مع غياب التشابه التسلسلي بين الأنواع. [ 42 ]

الوظائف

زعمت بعض المجموعات البحثية أن غالبية الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر في الثدييات من المرجح أن يكون وظيفيًا، [ 43 ] [ 44 ] بينما زعمت مجموعات أخرى عكس ذلك. [ 5 ] [ 6 ] وهذا مجال بحثي نشط.

تم توثيق وظائف بعض الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة (lncRNAs) في قاعدة بيانات LncRNAdb (قاعدة بيانات للحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة الموصوفة في الأدبيات العلمية)، [ 45 ] [ 46 ] مع وصف غالبيتها في البشر . وقد تم توثيق أكثر من 2600 من الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة البشرية، المدعومة بأدلة تجريبية، من خلال مجتمع الباحثين في LncRNAWiki ( منصة ويكي مفتوحة المحتوى وقابلة للتعديل العام، مخصصة لتوثيق الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة البشرية). [ 47 ] وبناءً على توثيق الآليات الوظيفية للحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة استنادًا إلى الأدبيات العلمية، فقد أشارت تقارير عديدة إلى أن هذه الحموض تشارك في تنظيم الحموض النووية الريبية التنافسية (ceRNA) ، والتنظيم النسخي ، والتنظيم فوق الجيني. [ 47 ] كما قدمت دراسة تسلسل واسعة النطاق أدلة على أن العديد من النسخ التي يُعتقد أنها حموض نووية ريبية طويلة غير مشفرة قد تُترجم في الواقع إلى بروتينات . [ 48 ]

في تنظيم نسخ الجينات

في النسخ الجيني المحدد

في حقيقيات النوى ، تُعد عملية نسخ الحمض النووي الريبوزي (RNA) عملية مُنظمة بدقة. وتؤثر جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة على جوانب مختلفة من هذه العملية، حيث تستهدف مُعدِّلات النسخ، وإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبوزي (RNAP) II ، وحتى الحمض النووي المزدوج (DNA) لتنظيم التعبير الجيني. [ 49 ] [ 50 ]

تُعدّل جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة (ncRNAs) عملية النسخ عبر آليات متعددة، بما في ذلك عملها كمنظمات مساعدة، أو تعديل نشاط عوامل النسخ ، أو تنظيم ارتباط ونشاط المنظمات المساعدة. على سبيل المثال، يعمل الحمض النووي الريبوزي غير المشفر Evf-2 كمنشط مساعد لعامل النسخ Dlx2 ، الذي يلعب أدوارًا مهمة في نمو الدماغ الأمامي وتكوين الخلايا العصبية . [ 51 ] [ 52 ] يحفز بروتين Sonic hedgehog نسخ Evf-2 من عنصر فائق الحفظ يقع بين جيني Dlx5 و Dlx6 أثناء نمو الدماغ الأمامي. [ 51 ] ثم يقوم Evf-2 بتجنيد عامل النسخ Dlx2 إلى نفس العنصر فائق الحفظ، حيث يحفز Dlx2 بدوره التعبير عن Dlx5. يشير وجود عناصر أخرى مماثلة فائقة الحفظ أو شديدة الحفظ ضمن جينوم الثدييات، والتي تُنسخ وتؤدي وظائف مُحسِّنة، إلى أن Evf-2 قد يكون مثالًا على آلية عامة تنظم جينات النمو ذات أنماط التعبير المعقدة أثناء نمو الفقاريات. [ 53 ] [ 54 ] في الواقع، تبين أن نسخ وتعبير عناصر مماثلة غير مشفرة فائقة الحفظ غير طبيعي في سرطان الدم البشري ، ويساهم في موت الخلايا المبرمج في خلايا سرطان القولون ، مما يشير إلى تورطها في تكوين الأورام بطريقة مشابهة للحمض النووي الريبوزي المشفر للبروتين. [ 55 ] [ 56 ] [ 57 ]

يمكن أيضًا للـ ncRNAs المحلية أن تستقطب برامج النسخ لتنظيم التعبير الجيني للبروتينات المجاورة .

يرتبط بروتين TLS الرابط للحمض النووي الريبوزي (RNA) ببروتين CREB الرابط ونشاط إنزيم أسيتيل ترانسفيراز الهيستون p300 على جين مستهدف مثبط، وهو السيكلين D1 ، ويُثبط هذا النشاط . ويتم توجيه استقطاب TLS إلى مُحفز السيكلين D1 بواسطة جزيئات RNA طويلة غير مشفرة (ncRNAs) تُعبَّر عنها بمستويات منخفضة وترتبط بالمناطق التنظيمية 5' استجابةً لإشارات تلف الحمض النووي. [ 58 ] علاوة على ذلك، تعمل هذه الجزيئات المحلية من ncRNAs بشكل تعاوني كروابط لتنظيم أنشطة TLS. وبشكل عام، تسمح هذه الآلية للخلية بتسخير بروتينات ربط الحمض النووي الريبوزي ، التي تُشكل إحدى أكبر الفئات ضمن بروتيوم الثدييات ، ودمج وظيفتها في برامج النسخ. وقد ثبت أن جزيئات ncRNAs الطويلة حديثة التكوين تزيد من نشاط بروتين CREB الرابط، مما يزيد بدوره من نسخ هذا الـ ncRNA. [ 59 ] وجدت دراسة أن الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر في الاتجاه المعاكس للبروتين الشحمي A1 (APOA1) ينظم نسخ APOA1 من خلال تعديلات فوق جينية . [ 60 ]

وقد أثارت الأدلة الحديثة احتمال أن يكون نسخ الجينات التي تفلت من تعطيل الكروموسوم X قد يتم بوساطة التعبير عن الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر داخل النطاقات الكروموسومية المفلتة . [ 61 ]

تنظيم آليات النسخ الأساسية

تستهدف الحموض النووية الريبية غير المشفرة (ncRNAs) أيضًا عوامل النسخ العامة اللازمة لنسخ جميع الجينات بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي II (RNAP II) . [ 49 ] تشمل هذه العوامل العامة مكونات معقد البدء التي تتجمع على المحفزات أو تشارك في استطالة النسخ. يشكل الحمض النووي الريبي غير المشفر (ncRNA) المنسوخ من محفز ثانوي في اتجاه 5' لجين اختزال ثنائي هيدروفولات (DHFR) ثلاثيًا مستقرًا من الحمض النووي الريبي والحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (RNA-DNA) داخل المحفز الرئيسي لـ DHFR لمنع ارتباط العامل المساعد للنسخ TFIIB . [ 62 ] قد تمثل هذه الآلية الجديدة لتنظيم التعبير الجيني طريقة واسعة الانتشار للتحكم في استخدام المحفزات، حيث توجد آلاف الثلاثيات من الحمض النووي الريبي والحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (RNA-DNA) في كروموسوم حقيقيات النوى . [ 63 ] يمكن للحمض النووي الريبي غير المشفر U1 أن يحفز النسخ عن طريق الارتباط بـ TFIIH وتحفيزه على فسفرة النطاق الطرفي الكربوكسيلي لـ RNAP II. [ 64 ] في المقابل، يستطيع الحمض النووي الريبوزي غير المشفر 7SK كبح استطالة النسخ عن طريق تكوين مركب غير نشط ، بالاشتراك مع HEXIM1 / 2 ، يمنع PTEFb من فسفرة النطاق الطرفي الكربوكسيلي لـ RNAP II، [ 64 ] [ 65 ] [ 66 ] مما يكبح الاستطالة العامة في ظل الظروف الضاغطة. توفر هذه الأمثلة، التي تتجاوز أنماط التنظيم المحددة في المحفزات الفردية، وسيلةً لإحداث تغييرات شاملة وسريعة في التعبير الجيني .

تتجلى القدرة على التوسط السريع في التغيرات العالمية أيضًا في التعبير السريع عن التسلسلات المتكررة غير المشفرة. وقد نجحت عناصر Alu النووية المتناثرة القصيرة ( SINE ) في البشر، وعناصر B1 وB2 المماثلة في الفئران ، في أن تصبح أكثر العناصر المتحركة وفرةً في الجينومات، حيث تشكل حوالي 10% من جينوم الإنسان و6% من جينوم الفأر على التوالي. [ 67 ] [ 68 ] تُنسخ هذه العناصر كـ ncRNAs بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي III استجابةً للضغوط البيئية مثل الصدمة الحرارية ، [ 69 ] حيث ترتبط بعد ذلك ببوليميراز الحمض النووي الريبي II بألفة عالية وتمنع تكوين معقدات ما قبل البدء النشطة. [ 70 ] [ 71 ] [ 72 ] [ 73 ] وهذا يسمح بكبح التعبير الجيني على نطاق واسع وبسرعة استجابةً للضغط. [ 70 ] [ 73 ]

أظهر تحليل التسلسلات الوظيفية داخل نسخ الحمض النووي الريبوزي Alu بنيةً نمطيةً تُشابه تنظيم النطاقات في عوامل النسخ البروتينية. [ 74 ] يحتوي الحمض النووي الريبوزي Alu على "ذراعين"، يمكن لكل منهما الارتباط بجزيء واحد من بوليميراز الحمض النووي الريبوزي II، بالإضافة إلى نطاقين تنظيميين مسؤولين عن كبح نسخ RNAP II في المختبر. [ 73 ] قد يرتبط هذان النطاقان ذوا البنية غير المتماسكة بحمض نووي ريبوزي غير مشفر آخر، مثل عناصر B1، ليؤديا دورهما الكبحي. [ 73 ] قد يُعزى وفرة عناصر Alu والعناصر المتكررة المشابهة لها وتوزيعها في جميع أنحاء جينوم الثدييات جزئيًا إلى دمج هذه النطاقات الوظيفية في حمض نووي ريبوزي غير مشفر طويل آخر خلال التطور، حيث يُعد وجود نطاقات تسلسل متكرر وظيفية سمةً مشتركةً للعديد من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل المعروف، بما في ذلك Kcnq1ot1 وXlsirt و Xist . [ 75 ] [ 76 ] [ 77 ] [ 78 ]

بالإضافة إلى الصدمة الحرارية ، يزداد التعبير عن عناصر SINE (بما في ذلك Alu وB1 وB2 RNA) أثناء الإجهاد الخلوي، مثل العدوى الفيروسية [ 79 ] في بعض الخلايا السرطانية [ 80 ] ، حيث قد تنظم هذه العناصر التغيرات العامة في التعبير الجيني. توفر قدرة Alu وB2 RNA على الارتباط مباشرةً بـ RNAP II آلية واسعة لكبح النسخ [ 71 ] [ 73 ] . ومع ذلك، توجد استثناءات محددة لهذه الاستجابة العامة، حيث لا يُعثر على Alu أو B2 RNA في المحفزات النشطة للجينات التي تخضع للتحفيز، مثل جينات الصدمة الحرارية [ 73 ] . يتضمن هذا التسلسل الهرمي الإضافي للتنظيم، الذي يُعفي الجينات الفردية من الكبح العام، أيضًا RNA غير مشفر طويل، وهو RNA-1 للصدمة الحرارية (HSR-1). وقد طُرحت فرضية مفادها أن HSR-1 موجود في خلايا الثدييات في حالة غير نشطة، ولكنه يُنشط عند التعرض للإجهاد لتحفيز التعبير عن جينات الصدمة الحرارية . [ 81 ] يتضمن هذا التنشيط تغييرًا في بنية HSR-1 استجابةً لارتفاع درجات الحرارة، مما يسمح بتفاعله مع مُنشِّط النسخ HSF-1، الذي يتحد على شكل ثلاثي ويحفز التعبير عن جينات الصدمة الحرارية. [ 81 ] وبشكل عام، توضح هذه الأمثلة دائرة تنظيمية متداخلة ضمن الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNAs)، حيث تقوم جزيئات Alu أو B2 RNAs بكبح التعبير الجيني العام ، بينما تقوم جزيئات ncRNAs الأخرى بتنشيط التعبير عن جينات محددة .

يتم نسخها بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي III

تُنسخ العديد من الحموض النووية الريبية غير المشفرة (ncRNAs) التي تتفاعل مع عوامل النسخ العامة أو مع بوليميراز الحمض النووي الريبي II نفسه (بما في ذلك 7SK وAlu وB1 وB2 RNAs) بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي III ، [ 82 ] مما يفصل تعبيرها عن بوليميراز الحمض النووي الريبي II الذي تنظمه. كما ينسخ بوليميراز الحمض النووي الريبي III حموضًا نووية ريبية غير مشفرة أخرى، مثل BC2 و BC200 وبعض الحموض النووية الريبية الميكروية (microRNAs) والحموض النووية الريبية النووية الصغيرة (snoRNAs)، بالإضافة إلى جينات الحموض النووية الريبية غير المشفرة الأساسية مثل الحموض النووية الريبية الناقلة ( tRNAs) والحموض النووية الريبية الريبوسومية 5S (5S rRNAs ) والحموض النووية الريبية النووية الصغيرة ( snRNAs) . [ 82 ] يدعم وجود مجموعة من الحموض النووية الريبية غير المشفرة التي ينسخها بوليميراز الحمض النووي الريبي III والتي تنظم نظيرتها المعتمدة على بوليميراز الحمض النووي الريبي II، اكتشاف مجموعة من الحموض النووية الريبية غير المشفرة التي ينسخها بوليميراز الحمض النووي الريبي III والتي تتشابه تسلسليًا مع الجينات المشفرة للبروتينات. وقد دفع هذا المؤلفين إلى افتراض شبكة تنظيمية وظيفية "جين/جين مشترك"، [ 83 ] مما يدل على أن أحد هذه الحمض النووي الريبي غير المشفر، 21A، ينظم التعبير عن جين الشريك المضاد له، CENP-F في trans.

في التنظيم ما بعد النسخي

إضافةً إلى تنظيم النسخ، تتحكم الحموض النووية الريبية غير المشفرة (ncRNAs) أيضًا في جوانب مختلفة من معالجة الحمض النووي الريبي الرسول (mRNA) بعد النسخ . ومثل الحموض النووية الريبية التنظيمية الصغيرة، مثل الحموض النووية الريبية الميكروية (microRNAs) والحموض النووية الريبية النووية الصغيرة (snoRNAs) ، غالبًا ما تتضمن هذه الوظائف اقترانًا قاعديًا متكاملًا مع الحمض النووي الريبي الرسول المستهدف. وقد يؤدي تكوين ثنائيات الحمض النووي الريبي بين الحموض النووية الريبية غير المشفرة المتكاملة والحمض النووي الريبي الرسول إلى حجب عناصر أساسية داخل الحمض النووي الريبي الرسول اللازمة لارتباط عوامل النسخ، مما قد يؤثر على أي خطوة في التعبير الجيني بعد النسخ، بما في ذلك معالجة الحمض النووي الريبي الرسول الأولي (pre-mRNA) وتضفيره ، ونقله، وترجمته، وتحلله. [ 84 ]

في عملية التوصيل

يمكن لعملية التضفير في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) أن تحفز ترجمته وتُنوّع وظيفيًا مجموعة البروتينات التي يُشفّرها. يتطلب الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الخاص بجين Zeb2 الاحتفاظ بإنترون 5'UTR الذي يحتوي على موقع دخول داخلي للريبوسوم من أجل ترجمة فعّالة. [ 85 ] يعتمد الاحتفاظ بالإنترون على التعبير عن نسخة مضادة تُكمّل موقع التضفير 5' للإنترون . [ 85 ] لذلك، فإن التعبير غير الطبيعي عن النسخة المضادة يُثبّط عملية التضفير ويحفز ترجمة الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الخاص بجين Zeb2 أثناء التطور اللحمي المتوسط . وبالمثل، يتحكم التعبير عن نسخة مضادة متداخلة من Rev-ErbAa2 في التضفير البديل للحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الخاص بمستقبل هرمون الغدة الدرقية ErbAa2 لتكوين شكلين متضادين. [ 86 ] ومن بين الحموض النووية الريبوزية الطويلة غير المشفرة (lncRNA) الأخرى المعروفة جيدًا والمتورطة في عملية التضفير، MALAT1 ( نسخة 1 من الحمض النووي الريبوزي الرسول المرتبط بسرطان غدي رئوي نقيلي). يتمركز بروتين MALAT1 بشكل أساسي في البقع النووية ، وقد أشارت التقارير إلى أنه ينظم توزيع ونشاط عوامل التضفير، مما يؤثر بالتالي على التضفير البديل لمجموعة فرعية من جزيئات ما قبل mRNA. [ 87 ] [ 88 ] [ 89 ]

في الترجمة

قد تُمارس جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة (ncRNA) ضغوطًا تنظيمية إضافية أثناء عملية الترجمة ، وهي خاصية تُستغل بشكل خاص في الخلايا العصبية ، حيث تُساهم ترجمة الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) في التغصنات أو المحاور استجابةً للنشاط المشبكي في تغييرات اللدونة المشبكية وإعادة تشكيل الشبكات العصبية. يتم التعبير عن جزيئات BC1 وBC200 من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNA)، المنسوخة بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبوزي III، والمشتقة سابقًا من الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) ، في الجهاز العصبي المركزي للفأر والإنسان على التوالي. [ 90 ] [ 91 ] يتم تحفيز التعبير عن BC1 استجابةً للنشاط المشبكي وتكوين المشابك ، ويستهدف تحديدًا التغصنات في الخلايا العصبية. [ 92 ] كما يُشير تكامل التسلسل بين BC1 ومناطق من مختلف جزيئات mRNA الخاصة بالخلايا العصبية إلى دور BC1 في كبت الترجمة المُستهدف. [ 93 ] في الواقع، لقد ثبت مؤخرًا أن BC1 مرتبط بكبح الترجمة في التغصنات للتحكم في كفاءة النقل بوساطة مستقبلات الدوبامين D2 في الجسم المخطط [ 94 ] ، كما أن الفئران التي تم حذف الحمض النووي الريبوزي BC1 لديها تُظهر تغيرات سلوكية مع انخفاض الاستكشاف وزيادة القلق . [ 95 ]

في تنظيم الجينات الموجه بواسطة الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير (siRNA)

إضافةً إلى حجب العناصر الرئيسية داخل الحمض النووي الريبوزي أحادي السلسلة ، يُمكن أن يُوفّر تكوين جزيئات الحمض النووي الريبوزي المزدوجة ركيزةً لتوليد جزيئات الحمض النووي الريبوزي المتداخلة الداخلية (endo-siRNAs) في بويضات ذبابة الفاكهة والفئران . [ 96 ] يُؤدي تزاوج التسلسلات المُكمّلة، مثل المناطق المُضادة أو المُتكررة بين النسخ ، إلى تكوين جزيء حمض نووي ريبوزي مزدوج يُمكن معالجته بواسطة إنزيم Dicer-2 إلى جزيئات endo-siRNAs. كما يُمكن معالجة جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة الطويلة التي تُشكّل حلقات شعرية داخلية مُمتدة إلى جزيئات siRNAs، كما يتضح جليًا من خلال نسخ esi-1 وesi-2. [ 97 ] يبدو أن جزيئات endo-siRNAs المُتولّدة من هذه النسخ مُفيدة بشكل خاص في كبح انتشار عناصر النقل المتحركة داخل الجينوم في الخلايا الجنسية. مع ذلك، قد يؤدي توليد جزيئات الحمض النووي الريبوزي المتداخلة الداخلية (endo-siRNAs) من النسخ المضادة أو الجينات الكاذبة إلى إسكات التعبير عن نظائرها الوظيفية عبر مركبات RISC المؤثرة ، والتي تعمل كعقدة مهمة تدمج أنماطًا مختلفة من تنظيم الحمض النووي الريبوزي الطويل والقصير، كما يتضح من Xist و Tsix (انظر أعلاه). [ 98 ]

في التنظيم اللاجيني

تؤثر التعديلات فوق الجينية، بما في ذلك مثيلة الهيستون والحمض النووي ، وأستلة الهيستون ، وسومويليشن ، على جوانب عديدة من بيولوجيا الكروموسومات، ولا سيما تنظيم أعداد كبيرة من الجينات عن طريق إعادة تشكيل نطاقات واسعة من الكروماتين . [ 99 ] [ 100 ] وبينما كان معروفًا منذ فترة أن الحمض النووي الريبوزي (RNA) مكون أساسي للكروماتين، [ 101 ] [ 102 ] إلا أننا بدأنا مؤخرًا فقط في إدراك الوسائل التي يشارك بها الحمض النووي الريبوزي في مسارات تعديل الكروماتين. [ 103 ] [ 104 ] [ 105 ] على سبيل المثال، يحفز Oplr16 فوق جينيًا تنشيط عوامل الخلايا الجذعية الأساسية عن طريق تنسيق الالتفاف داخل الكروموسوم واستقطاب إنزيم TET2 المزيل لمثيلة الحمض النووي . [ 106 ]

في ذبابة الفاكهة ، تحفز جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة الطويلة (ncRNAs) التعبير عن جين Ubx المنظم للتطور ، وذلك عن طريق استقطاب وتوجيه وظائف تعديل الكروماتين لبروتين Ash1 من عائلة trithorax إلى العناصر التنظيمية لجينات Hox . [ 105 ] وقد اقتُرحت نماذج مماثلة في الثدييات، حيث يُعتقد أن آليات فوق جينية قوية تكمن وراء أنماط التعبير الجيني الجنيني لجينات Hox التي تستمر طوال مراحل النمو البشري. [ 107 ] [ 104 ] في الواقع، ترتبط جينات Hox البشرية بمئات من جزيئات ncRNAs التي تُعبَّر عنها بشكل متسلسل على طول المحورين المكاني والزماني للنمو البشري، وتُحدد نطاقات الكروماتين ذات مثيلة الهيستون التفاضلية وإمكانية وصول بوليميراز الحمض النووي الريبوزي إليها. [ 104 ] أحد جزيئات ncRNAs، يُسمى HOTAIR ، والذي ينشأ من موقع HOXC، يثبط النسخ عبر 40 كيلوبايت من موقع HOXD عن طريق تغيير حالة مثيلة الكروماتين الثلاثية. يُعتقد أن HOTAIR يحقق ذلك من خلال توجيه عمل مُركبات إعادة تشكيل الكروماتين Polycomb عبر آليات خارجية للتحكم في الحالة فوق الجينية للخلايا والتعبير الجيني اللاحق . تحتوي مكونات مُركب Polycomb، بما في ذلك Suz12 و EZH2 وEED، على نطاقات ربط الحمض النووي الريبي (RNA) التي قد ترتبط بـ HOTAIR، وربما بـ ncRNAs أخرى مماثلة. [ 108 ] [ 109 ] [ 110 ] يُوضح هذا المثال بوضوح موضوعًا أوسع نطاقًا، حيث تستقطب ncRNAs وظيفة مجموعة عامة من البروتينات المُعدِّلة للكروماتين إلى مواقع جينومية مُحددة ، مما يُبرز تعقيد الخرائط الجينومية المنشورة حديثًا. [ 100 ] ومن المثير للاهتمام أن ncRNAs الطويلة تتفاعل مع البروتينات المُعدِّلة للكروماتين، مثل مُركب PRC2، لتوجيه إسكات الجينات في العديد من الأورام الخبيثة. في الورم النخاعي المتعدد، يتفاعل الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل PVT1 مع EZH2، الوحدة الفرعية المحفزة لمركب PRC2، لتوجيه إسكات الجينات ذات الخصائص المحفزة للموت الخلوي المبرمج والمثبطة للأورام، مما يسهل نمو الورم وتطوره. [ 111 ] في الواقع، قد يساهم انتشار الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل المرتبط بالجينات المشفرة للبروتينات في أنماط موضعية لتعديلات الكروماتين التي تنظم التعبير الجيني أثناء النمو. على سبيل المثال، تمتلك غالبية الجينات المشفرة للبروتينات شركاء مضادين، بما في ذلك العديد من الجينات المثبطة للأورام التي يتم إسكاتها بشكل متكرر بواسطة آليات فوق جينية في السرطان. [ 112 ]لاحظت دراسة حديثة وجود نمط تعبير عكسي لجين p15 و ncRNA مضاد له في سرطان الدم. [ 112 ] وأظهر تحليل مفصل أن ncRNA المضاد لـ p15 ( CDKN2BAS ) قادر على إحداث تغييرات في الكروماتين المغاير وحالة مثيلة الحمض النووي لـ p15 عبر آلية غير معروفة، وبالتالي تنظيم تعبير p15. [ 112 ] لذلك، قد يؤدي التعبير غير الطبيعي لـ ncRNAs المضادة المرتبطة به إلى إسكات جين كابت الورم، مما يساهم في الإصابة بالسرطان .

البصمة

ظهرت العديد من السمات الناشئة لتعديل الكروماتين الموجه بواسطة الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNA) لأول مرة ضمن ظاهرة البصمة الجينية ، حيث يُعبَّر عن أليل واحد فقط من الجين إما من الكروموسوم الأمومي أو الأبوي . وبشكل عام، تتجمع الجينات المطبوعة معًا على الكروموسومات، مما يشير إلى أن آلية البصمة الجينية تعمل على نطاقات كروموسومية محلية بدلاً من الجينات الفردية. وغالبًا ما ترتبط هذه التجمعات أيضًا بجزيئات ncRNA طويلة، يرتبط تعبيرها بكبت الجين المشفر للبروتين المرتبط بها على نفس الأليل. [ 113 ] في الواقع، كشف تحليل مفصل عن دور حاسم لجزيئات ncRNA Kcnqot1 و Igf2r /Air في توجيه البصمة الجينية. [ 114 ]

تُورَث جميع الجينات تقريبًا في مواقع Kcnq1 من الأم، باستثناء الحمض النووي الريبوزي غير المشفر المضاد للاتجاه Kcnqot1 الذي يُعبَّر عنه من الأب. [ 115 ] تفشل الفئران المعدلة وراثيًا التي تحمل نسخةً مُختزلة من Kcnq1ot في إسكات الجينات المجاورة، مما يشير إلى أن Kcnqot1 ضروري لبصمة الجينات على الكروموسوم الأبوي. [ 116 ] يبدو أن Kcnqot1 قادر على توجيه عملية إضافة ثلاث مجموعات ميثيل إلى الليسين 9 ( H3K9me3 ) والليسين 27 من الهيستون 3 ( H3K27me3 ) إلى مركز بصمة يتداخل مع مُحفِّز Kcnqot1 ويقع فعليًا داخل إكسون Kcnq1 ذي الاتجاه الموجب. [ 117 ] على غرار HOTAIR (انظر أعلاه)، يتم استقطاب معقدات Eed-Ezh2 Polycomb إلى موقع Kcnq1 على الكروموسوم الأبوي، ربما بواسطة Kcnqot1، حيث قد تتوسط في إسكات الجينات من خلال مثيلة الهيستون الكابتة . [ 117 ] يتداخل مركز بصمة مثيلة تفاضلي أيضًا مع محفز الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل المضاد للاتجاه Air، المسؤول عن إسكات الجينات المجاورة في موقع Igf2r على الكروموسوم الأبوي. [ 118 ] [ 119 ] يشير وجود مثيلة هيستون خاصة بالأليل في موقع Igf2r إلى أن Air يتوسط أيضًا في الإسكات عبر تعديل الكروماتين. [ 120 ]

Xist وتعطيل الكروموسوم X

يتم توجيه تعطيل الكروموسوم X في إناث الثدييات المشيمية بواسطة أحد أقدم وأفضل جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويلة (ncRNAs)، وهو Xist . [ 121 ] يحدث التعبير عن Xist من الكروموسوم X الذي سيصبح غير نشط، وتغطيته اللاحقة له، خلال المراحل المبكرة من تمايز الخلايا الجذعية الجنينية . يتبع التعبير عن Xist طبقات غير قابلة للعكس من تعديلات الكروماتين، تشمل فقدان أستلة الهيستون (H3K9) ومثيلة H3K4 المرتبطة بالكروماتين النشط، وتحفيز تعديلات الكروماتين الكابتة ، بما في ذلك نقص أستلة H4، ومثيلة H3K27 الثلاثية ، [ 121 ] وفرط مثيلة H3K9، ومثيلة H4K20 الأحادية ، بالإضافة إلى إضافة اليوبيكويتين الأحادي إلى H2AK119. تتزامن هذه التعديلات مع إسكات التعبير الجيني للجينات المرتبطة بالكروموسوم X. [ 122 ] يُحدد الحمض النووي الريبوزي Xist أيضًا موقع متغير الهيستون macroH2A على الكروموسوم X غير النشط. [ 123 ] توجد أيضًا جزيئات RNA غير مشفرة إضافية في مواقع Xist، بما في ذلك نسخة مضادة Tsix ، والتي تُعبَّر عنها من الكروموسوم النشط مستقبلًا، وهي قادرة على كبح تعبير Xist عن طريق توليد siRNA داخلي المنشأ. [ 98 ] تضمن هذه الجزيئات مجتمعةً أن يكون كروموسوم X واحدًا فقط نشطًا في إناث الثدييات.

الحمض النووي الريبي غير المشفر في التيلومير

تُشكّل التيلوميرات المنطقة الطرفية للكروموسومات في الثدييات، وهي ضرورية لاستقرارها وشيخوختها، وتلعب أدوارًا محورية في أمراض مثل السرطان . [ 124 ] لطالما اعتُبرت التيلوميرات مُركّبات بروتينية-حمض نووي خاملة نسخياً، إلى أن تبيّن في أواخر العقد الأول من الألفية الثانية أن التكرارات التيلوميرية قد تُنسخ على شكل حمض نووي ريبوزي تيلوميري (TelRNAs) [ 125 ] أو حمض نووي ريبوزي يحتوي على تكرارات تيلوميرية . [ 126 ] تتفاوت هذه الحموض النووية الريبوزية غير المشفرة في الطول، وتُنسخ من عدة مواقع فرعية تيلوميرية، وتتمركز فعلياً في التيلوميرات. ويتم تثبيط ارتباطها بالكروماتين، الذي يُشير إلى دورها في تنظيم تعديلات الكروماتين غير المتجانسة الخاصة بالتيلوميرات، بواسطة بروتينات SMG التي تحمي نهايات الكروموسومات من فقدان التيلوميرات. [ 126 ] بالإضافة إلى ذلك، تعمل جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة الخاصة بالتيلوميرات (TelRNAs) على تثبيط نشاط التيلوميراز في المختبر، وبالتالي قد تنظم نشاطه. [ 125 ] على الرغم من أن هذه الدراسات لا تزال في مراحلها المبكرة، إلا أنها تشير إلى دور محتمل لجزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفرة الخاصة بالتيلوميرات في جوانب مختلفة من بيولوجيا التيلوميرات.

في تنظيم توقيت تضاعف الحمض النووي واستقرار الكروموسوم

تُعدّ الحموض النووية الريبية الجسدية المتضاعفة بشكل غير متزامن (ASARs) حموضًا نووية ريبية طويلة جدًا (حوالي 200 كيلوبايت) غير مشفرة، لا تخضع لعملية التضفير، ولا تُضاف إليها ذيل عديد الأدينين، وهي ضرورية لتوقيت تضاعف الحمض النووي الطبيعي واستقرار الكروموسوم. [ 127 ] [ 128 ] [ 129 ] يؤدي حذف أي من المواقع الجينية التي تحتوي على ASAR6 أو ASAR15 أو ASAR6-141 إلى نفس النمط الظاهري المتمثل في تأخر توقيت التضاعف وتأخر التكثيف الانقسامي (DRT/DMC) للكروموسوم بأكمله. ينتج عن DRT/DMC أخطاء في انفصال الكروموسومات تؤدي إلى زيادة تواتر عمليات إعادة الترتيب الثانوية وعدم استقرار الكروموسوم. على غرار Xist ، تُظهر ASARs تعبيرًا أحادي الأليل عشوائيًا وتوجد في نطاقات تضاعف الحمض النووي غير المتزامن. على الرغم من أن آلية عمل ASAR لا تزال قيد التحقيق، إلا أنه من المفترض أنها تعمل عبر آليات مماثلة لـ Xist lncRNA، ولكن على نطاقات صبغية جسدية أصغر مما يؤدي إلى تغييرات خاصة بالأليل في التعبير الجيني.

يُعدّ الإصلاح غير الصحيح لكسور الحمض النووي المزدوجة (DSB)، والذي يؤدي إلى إعادة ترتيب الكروموسومات، أحد الأسباب الرئيسية لتكوّن الأورام. وتلعب العديد من الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة (lncRNAs) دورًا حاسمًا في المراحل المختلفة للمسارات الرئيسية لإصلاح كسور الحمض النووي المزدوجة في الخلايا حقيقية النواة : الربط غير المتجانس للنهايات ( NHEJ ) والإصلاح الموجه بالتماثل ( HDR ). ويمكن أن تؤدي الطفرات الجينية أو التباين في مستويات التعبير عن هذه الحموض النووية الريبية إلى عيوب موضعية في إصلاح الحمض النووي، مما يزيد من تواتر انحرافات الكروموسومات. علاوة على ذلك، فقد ثبت أن بعض الحموض النووية الريبية قادرة على تحفيز إعادة ترتيب الكروموسومات على نطاق واسع. [ 130 ]

بناء

استغرق الأمر أكثر من عقدين من الزمن بعد اكتشاف أولى النسخ الجينية الطويلة غير المشفرة (lncRNA) لدى الإنسان حتى تم إدراك الأهمية الوظيفية لبنية هذه النسخ بشكل كامل. وقد أدت الدراسات البنيوية المبكرة إلى اقتراح عدة فرضيات لتصنيف بنيتها. تشير إحدى هذه الفرضيات إلى أن هذه النسخ قد تتميز ببنية ثلاثية مضغوطة، على غرار الريبوزيمات مثل الريبوسوم أو الإنترونات ذاتية التضفير. ثمة احتمال آخر يتمثل في أن هذه النسخ قد تحتوي على مواقع ارتباط بروتينية منظمة مرتبة في هيكل لا مركزي، يفتقر إلى لب مضغوط. أما الفرضية الثالثة فتفترض أن هذه النسخ قد تُظهر بنية غير منظمة إلى حد كبير، مع نطاقات ارتباط بروتينية غير منظمة تتخللها مناطق طويلة من الحمض النووي الريبوزي أحادي السلسلة غير المنتظم. [ 131 ]

لا تزال دراسة البنية الثلاثية لجزيئات الحمض النووي الريبوزي الطويلة غير المشفرة (lncRNAs) باستخدام الطرق التقليدية، مثل علم البلورات بالأشعة السينية، والمجهر الإلكتروني فائق البرودة، والرنين المغناطيسي النووي (NMR)، تعاني من قيودٍ بسبب حجمها وديناميكيتها البنيوية، بالإضافة إلى قلة معرفتنا بآلية إعادة بناء معقدات lncRNA-البروتين النووي الريبوزي المستقرة والفعالة وظيفيًا. مع ذلك، أظهرت بعض الدراسات الرائدة إمكانية دراسة lncRNAs باستخدام طرق منخفضة الدقة أحادية الجسيم وفي المحلول، مثل مجهر القوة الذرية (AFM) وتشتت الأشعة السينية بزاوية صغيرة (SAXS)، حتى في بعض الحالات في معقدات مع جزيئات صغيرة معدلة. [ 132 ]

على سبيل المثال، تبين أن الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر MEG3 ينظم عامل النسخ p53 بفضل بنيته الأساسية المدمجة. [ 133 ] علاوة على ذلك، تبين أن الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر Braveheart (Bvht) يمتلك بنية ثلاثية الأبعاد محددة جيدًا، وإن كانت مرنة، يتم إعادة تشكيلها عند ارتباطه ببروتين CNBP (بروتين ربط الأحماض النووية الخلوية) الذي يتعرف على نطاقات بعيدة في الحمض النووي الريبوزي. [ 134 ] أخيرًا، تبين أن Xist، وهو منظم رئيسي لتعطيل الكروموسوم X، يرتبط بشكل خاص بمركب جزيئي صغير، مما يغير شكل وحدة RepA الخاصة بـ Xist ويزيح عاملين بروتينيين متفاعلين معروفين (PRC2 وSPEN) من الحمض النووي الريبوزي. وبهذه الآلية، يلغي المركب بدء تعطيل الكروموسوم X. [ 135 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ فيرنانديز، جيه سي، وأكونيا، إس إم، وأوكي، جيه آي، وفلوتر-وينتر، إل إم، وموكسيل، إس إم (فبراير 2019). "الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل في تنظيم التعبير الجيني: علم وظائف الأعضاء والأمراض" . الحمض النووي الريبوزي غير المشفر . 5 (1): 17. doi : 10.3390/ ncrna5010017 . PMC 6468922. PMID 30781588 .  
  2. ↑ بيركل جيه إم (يونيو 2013). "زيارة "نونكودارنيا"" . BioTechniques (ورقة بحثية). 54 (6): 301، 303– 301، 304. doi : 10.2144/000114037 . PMID 23750541 . "نحن نطلق على الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر فئة، في حين أن التعريف الوحيد هو أنه أطول من 200 زوج قاعدي"، كما تقول آنا ماركيز، وهي زميلة باحثة في جامعة أكسفورد تستخدم مناهج تطورية لفهم وظيفة الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر.
  3. ↑ ما إل، باجيك في بي، تشانغ زد (يونيو 2013). " حول تصنيف الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . بيولوجيا الحمض النووي الريبي . 10 (6): 925-933 . doi : 10.4161/rna.24604 . PMC 4111732. PMID 23696037 .  
  4. ↑ ما ل، تشانغ ز (سبتمبر 2023). "مساهمة قواعد البيانات في فهم عالم الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر". مراجعات الطبيعة. بيولوجيا الخلية الجزيئية . 24 (9): 601-602 . doi : 10.1038/s41580-023-00612-z . ISSN 1471-0080 . PMID 37147495. S2CID 258528357 .   
  5. 1 2 3 4 بالازو إيه إف، لي إي إس (26 يناير 2015). "الحمض النووي الريبوزي غير المشفر: ما هو وظيفي وما هو غير وظيفي؟" . مجلة فرونتيرز إن جينيتكس . 6 : 2. doi : 10.3389/fgene.2015.00002 . PMC 4306305. PMID 25674102 .  
  6. ١ ٢ ٣ بونتينغ سي بي، وهارتي دبليو (أغسطس ٢٠٢٢). "تحليل شامل للجينوم للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري: مراجعة مثيرة للجدل" . المراجعة السنوية لعلم الجينوم وعلم الوراثة البشرية . ٢٣ : ١٥٣-١٧٢ . doi : 10.1146/annurev-genom-112921-123710 . hdl : 20.500.11820/ede40d70-b99c-42b0-a378-3b9b7b256a1b . PMID 35395170 . 
  7. 1 2 3 4 كارنينسي بي، كاسوكاوا تي، كاتاياما إس، غوف جيه، فريث إم سي، مايدا إن، وآخرون . (سبتمبر 2005). “المشهد النسخي لجينوم الثدييات”. علوم . 309 (5740): 1559–1563 . بيب كود : 2005Sci...309.1559F . دوى : 10.1126/science.1112014 . بميد 16141072 . S2CID 8712839 .   
  8. ↑ تشنغ جيه، كابرانوف بي، درينكو جيه، دايك إس، بروباكر إس، باتيل إس، وآخرون . (مايو 2005). "خرائط النسخ لعشرة كروموسومات بشرية بدقة 5 نيوكليوتيدات". مجلة ساينس . 308 (5725): 1149-1154 . Bibcode : 2005Sci...308.1149C . doi : 10.1126/science.1108625 . PMID 15790807. S2CID 13047538 .   
  9. 1 2 نيكسوليا أ، سوميلون م، وارنيفورس م، ليشتي أ، دايش ت، زيلر يو، وآخرون . (يناير 2014). "تطور مجموعات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل وأنماط التعبير في رباعيات الأطراف" . نيتشر . 505 ( 7485): 635-640 . Bibcode : 2014Natur.505..635N . doi : 10.1038/nature12943 . PMID 24463510. S2CID 1179101 .   
  10. 1 2 3 ديرين تي، جونسون آر، بوسوتي جي، تانزر إيه، دجيبالي إس، تيلجنر إتش، وآخرون . (سبتمبر 2012). "كتالوج GENCODE v7 للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري: تحليل بنية جيناته وتطوره وتعبيره" . أبحاث الجينوم . 22 (9): 1775-1789 . doi : 10.1101/gr.132159.111 . PMC 3431493. PMID 22955988 .   
  11. ↑ هون سي سي، راميلوفسكي جيه إيه، هارشبارجر جيه، بيرتين إن، راكهام أو جيه، جوف جيه، وآخرون . (مارس 2017). "أطلس الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري ذو النهايات 5′ الدقيقة" . نيتشر . 543 (7644): 199-204 . Bibcode : 2017Natur.543..199H . doi : 10.1038/ nature21374 . PMC 6857182. PMID 28241135 .   
  12. 1 2 كابيلي إم إن، ترابنيل سي، جوف إل، كوزيول إم، تازون-فيغا بي، ريغيف إيه، وآخرون . (سبتمبر 2011). "التحليل التكاملي للحمض النووي الريبوزي غير المشفر الكبير بين الجينات البشرية يكشف عن خصائص عامة وفئات فرعية محددة" . الجينات والتطور . 25 (18): 1915-1927 . doi : 10.1101/gad.17446611 . PMC 3185964. PMID 21890647 .   
  13. ↑ رافاسي تي، سوزوكي إتش، بانغ كيه سي، كاتاياما إس، فورونو إم، أوكونيشي آر، وآخرون . (يناير 2006). " التحقق التجريبي من التعبير المنظم لأعداد كبيرة من الحمض النووي الريبي غير المشفر من جينوم الفأر" . أبحاث الجينوم . 16 (1): 11-19 . doi : 10.1101/gr.4200206 . PMC 1356124. PMID 16344565 .   
  14. ↑ يونوسوف د، أندرسون ل، داسيلفا ل ف، ويسوكا ج، إيزاشي ت، روبرتس ر م، وآخرون . (سبتمبر 2016). "يُعبر عن HIPSTR وآلاف من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNAs) بشكل غير متجانس في الأجنة البشرية والخلايا الجرثومية الأولية وخطوط الخلايا المستقرة" . التقارير العلمية . 6 32753. Bibcode : 2016NatSR...632753Y . doi : 10.1038/srep32753 . PMC 5015059. PMID 27605307 .   
  15. ↑ يان ل، يانغ م، غو هـ، يانغ ل، وو ج، لي ر، وآخرون . (سبتمبر 2013). "تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية لأجنة بشرية قبل الانغراس والخلايا الجذعية الجنينية". مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 20 (9): 1131-1139 . doi : 10.1038/nsmb.2660 . PMID 23934149. S2CID 29209966 .   
  16. ↑ ليو إس جيه، نوفاكوفسكي تي جيه، بولين إيه إيه، لوي جيه إتش، هورلبيك إم إيه، أتينيلو إف جيه، وآخرون . (أبريل 2016). "تحليل الخلية المفردة للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر في القشرة المخية الحديثة النامية لدى الإنسان" . علم الأحياء الجينومي . 17 67. doi : 10.1186/s13059-016-0932-1 . PMC 4831157. PMID 27081004 .   
  17. ↑ أليبيرتي ف، سكونيتشنا ج، سيراس أ (يونيو 2021). "أدوار الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر (lncRNA) في بيولوجيا الخلية، والتطور العصبي، والاضطرابات العصبية" . الحمض النووي الريبوزي غير المشفر . 7 (2): 36. doi : 10.3390/ncrna7020036 . PMC 8293397. PMID 34204536 .  
  18. ↑ لي ز، ليو ل، فنغ س، تشين ي، شياو ج، تشانغ ز، وآخرون . (2023-01-06). "LncBook 2.0: دمج الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري مع شروح متعددة الأوميات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 51 (D1): D186– D191 . doi : 10.1093/nar/gkac999 . ISSN 1362-4962 . PMC 9825513. PMID 36330950 .    
  19. ^ بايتوفي غالارت أ، هيرموسو بوليدو أ، أنزار مارتينيز دي لاغران الأول، سانسيفيرينو دبليو، أيسي سيجليانو آر (يناير 2016). "GREENC: قاعدة بيانات مستندة إلى Wiki لـ lncRNAs النباتية" . أبحاث الأحماض النووية . 44 (د1): د1161 – د1166. دوى : 10.1093/نار/gkv1215 . بمك 4702861 . بميد 26578586 .  
  20. ↑ كابرانوف ب، تشينغ ج، دايك س، نيكس د.أ، دوتاغوبتا ر، ويلينغهام أ.ت، وآخرون (يونيو 2007). "خرائط الحمض النووي الريبوزي تكشف عن فئات جديدة من الحمض النووي الريبوزي ووظيفة محتملة للنسخ المنتشر" . مجلة ساينس . 316 (5830): 1484-1488 . Bibcode : 2007Sci...316.1484K . doi : 10.1126/science.1138341 . PMID 17510325. S2CID 25609839 .   
  21. ↑ كابرانوف ب، ويلينغهام أ ت، جينجيراس ت ر (يونيو 2007). "النسخ على مستوى الجينوم وآثاره على التنظيم الجينومي". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 8 (6): 413-423 . doi : 10.1038/nrg2083 . PMID 17486121. S2CID 6465064 .  
  22. ↑ بيرني إي، ستاماتويانوبولوس جيه إيه، دوتا إيه، غيغو آر، جينجيراس تي آر، مارغوليس إي إتش، وآخرون . (يونيو 2007). " تحديد وتحليل العناصر الوظيفية في 1% من الجينوم البشري بواسطة مشروع ENCODE التجريبي" . مجلة نيتشر . 447 (7146): 799-816 . Bibcode : 2007Natur.447..799B . doi : 10.1038/nature05874 . PMC 2212820. PMID 17571346 .   
  23. ↑ أندرسون دي إم، أندرسون كيه إم، تشانغ سي إل، ماكارويتش سي إيه، نيلسون بي آر، ماكنالي جيه آر، وآخرون . (فبراير 2015). "ببتيد صغير مُشفَّر بواسطة حمض نووي ريبوزي طويل غير مُشفِّر مُفترض يُنظِّم أداء العضلات" . مجلة Cell . 160 (4): 595-606 . doi : 10.1016/ j.cell.2015.01.009 . PMC 4356254. PMID 25640239 .   
  24. ↑ ماتسوموتو أ، باسوت أ، ماتسوموتو م، ياماشيتا ر، فونغ ج، مونتيليوني إ، وآخرون . (يناير 2017). "يتم تنظيم mTORC1 وتجديد العضلات بواسطة عديد الببتيد SPAR المشفر بواسطة LINC00961". Nature . 541 ( 7636): 228–232 . Bibcode : 2017Natur.541..228M . doi : 10.1038/nature21034 . PMID 28024296. S2CID 205253245 .   
  25. ↑ باولي أ، نوريس إم إل، فالين إي، تشيو جي إل، غانيون جيه إيه، زيمرمان إس، وآخرون . (فبراير 2014). "الطفل الصغير: إشارة جنينية تعزز حركة الخلايا عبر مستقبلات الأبيلين" . مجلة ساينس . 343 (6172) 1248636. doi : 10.1126/science.1248636 . PMC 4107353. PMID 24407481 .   
  26. ↑ إنجوليا ، ن. ت.، لارو، ل. ف.، وايس مان، ج. س. (نوفمبر 2011). " تحليل الريبوسومات في الخلايا الجذعية الجنينية للفئران يكشف عن تعقيد وديناميكية البروتينات في الثدييات" . مجلة Cell . 147 (4): 789-802 . Bibcode : 2011Cell..147..789I . doi : 10.1016/j.cell.2011.10.002 . PMC 3225288. PMID 22056041 .  
  27. 1 2 جي زد، سونغ آر، ريغيف إيه، سترول كيه (ديسمبر 2015). "تُترجم العديد من الحموض النووية الريبية الطويلة غير المشفرة، ومناطق 5' غير المترجمة، والجينات الكاذبة، ومن المرجح أن يُعبّر بعضها عن بروتينات وظيفية" . إي لايف . 4 e08890. doi : 10.7554/eLife.08890 . PMC 4739776. PMID 26687005 .  
  28. ↑ غوتمان م، راسل ب، إنغوليا ن ت، وايس مان ج س، لاندر إي إس (يوليو 2013). "يقدم تحليل الريبوسومات دليلاً على أن الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الكبير لا يشفر البروتينات" . مجلة Cell . 154 (1): 240-251 . Bibcode : 2013Cell..154..240G . doi : 10.1016/ j.cell.2013.06.009 . PMC 3756563. PMID 23810193 .  
  29. ↑ غوتمان م، أميت إ، غاربر م، فرينش س، لين م ف، فيلدسر د، وآخرون (مارس 2009). "بصمة الكروماتين تكشف عن أكثر من ألف جزيء RNA كبير غير مشفر محفوظ للغاية في الثدييات" . نيتشر . 458 (7235): 223-227 . Bibcode : 2009Natur.458..223G . doi : 10.1038/nature07672 . PMC 2754849. PMID 19182780 .   
  30. ↑ بونيافيتش ج، بونتينغ سي بي، لونتر ج (مايو 2007). "الوظيفة أم الضوضاء النسخية؟ دليل على الانتقاء داخل الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . أبحاث الجينوم . 17 (5): 556-565 . doi : 10.1101/gr.6036807 . PMC 1855172. PMID 17387145 .  
  31. ↑ هيرتي دبليو، بونتينغ سي بي (مايو 2013). "يتم استبعاد الطفرات داخل الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل (lncRNAs) بشكل فعال في ذبابة الفاكهة، ولكن ليس في الإنسان" . علم الأحياء الجينومي . 14 (5) R49. doi : 10.1186/gb-2013-14-5-r49 . PMC 4053968. PMID 23710818 .  
  32. ↑ واشيتل إس، كيليس إم، غاربر إم (أبريل 2014). "الديناميكيات التطورية والخصوصية النسيجية للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر لدى ستة أنواع من الثدييات" . أبحاث الجينوم . 24 (4): 616-628 . doi : 10.1101/gr.165035.113 . PMC 3975061. PMID 24429298 .  
  33. ↑ كوتر سي، وات إس، ستيفلوفا ك، ويلسون إم دي، غونسالفيس إيه، بونتينغ سي بي، وآخرون (2012). "التغير السريع للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر وتطور التعبير الجيني" . مجلة PLOS Genetics . 8 (7) e1002841. doi : 10.1371/journal.pgen.1002841 . PMC 3406015. PMID 22844254 .   
  34. ↑ بروسيوس ج (مايو 2005). "لا تبذر، لا تعوز - فائض النسخ في حقيقيات النوى متعددة الخلايا". اتجاهات في علم الوراثة . 21 (5): 287-288 . doi : 10.1016/j.tig.2005.02.014 . PMID 15851065 . 
  35. ↑ سترول ك (فبراير 2007). "الضوضاء النسخية ودقة بدء النسخ بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي II". مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 14 (2): 103-105 . doi : 10.1038/nsmb0207-103 . PMID 17277804. S2CID 29398526 .  
  36. ↑ كابوستا أ، فيشوت سي (أكتوبر 2014). "التطور المتقلب لمجموعات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل: الآليات والآثار البيولوجية" . اتجاهات في علم الوراثة . 30 (10): 439-452 . doi : 10.1016/j.tig.2014.08.004 . PMC 4464757. PMID 25218058 .  
  37. ↑ تشين جيه، شيشكين إيه إيه، تشو إكس، قدري إس، مازا آي، غوتمان إم، وآخرون . (فبراير 2016). " تحليل تطوري عبر الثدييات يكشف عن فئات متميزة من الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . علم الأحياء الجينومي . 17 19. doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . PMC 4739325. PMID 26838501 .   
  38. ↑ أوليتسكي، آي (أكتوبر 2016). "التطور في خدمة البحث: استخدام علم الجينوم المقارن لفهم الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر". مجلة Nature Reviews Genetics . 17 (10): 601-614 . doi : 10.1038/nrg.2016.85 . PMID 27573374. S2CID 13833164 .  
  39. ↑ هيزروني هـ، كوبشتاين د، شوارتز م ج، أفروتين أ، بارتل د ب، أوليتسكي إ (مايو 2015). "مبادئ تطور الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر المستمدة من المقارنة المباشرة للمستنسخات في 17 نوعًا" . تقارير الخلية . 11 (7): 1110-1122 . Bibcode : 2015CellR..11.1110H . doi : 10.1016/j.celrep.2015.04.023 . PMC 4576741. PMID 25959816 .  
  40. ^ جونسون بي، ليبوفيتش إل، غراندي د، موريس كيه في (مارس 2014). “الحفظ التطوري للـ RNA الطويلة غير المشفرة؛ التسلسل، البنية، الوظيفة” . الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية اكتا (BBA) - مواضيع عامة . 1840 (3): 1063–1071 . دوى : 10.1016/j.bbagen.2013.10.035 . بمك 3909678 . بميد 24184936 .  
  41. ↑ ريفاس إي، كليمنتس جيه، إيدي إس آر (يناير 2017). "اختبار إحصائي لبنية الحمض النووي الريبوزي المحفوظة يُظهر عدم وجود دليل على وجود بنية في الحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل" . نيتشر ميثودز . 14 (1): 45-48 . doi : 10.1038/nmeth.4066 . PMC 5554622. PMID 27819659 .  
  42. ↑ أوينز إم سي، كلارك إس سي، يانكي إيه، سوماروثو إس (26-09-2019). "تحديد النطاقات البنيوية والمناطق المحفوظة في الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر lncTCF7" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 20 (19): 4770. doi : 10.3390/ijms20194770 . ISSN 1422-0067 . PMC 6801803. PMID 31561429 .   
  43. ↑ ميرسر تي آر، دينجر إم إي، ماتيك جيه إس (مارس 2009). " الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر: رؤى حول وظائفه". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 10 (3): 155-159 . doi : 10.1038/nrg2521 . PMID 19188922. S2CID 18441501 .  
  44. ↑ دينجر، إم إي، وأمارال، بي بي، وميرسر، تي آر، وماتيك، جيه إس (نوفمبر 2009). "النسخ الشامل للجينوم حقيقي النواة: المؤشرات الوظيفية والآثار المفاهيمية" . موجزات في علم الجينوم الوظيفي وعلم البروتينات . 8 (6): 407-423 . doi : 10.1093/bfgp/elp038 . PMID 19770204 . 
  45. ↑ أمارال، ب.ب.، كلارك، م.ب.، جاسكوين، د.ك.، دينجر، م.إ.، ماتيك، ج.س. (يناير 2011). "lncRNAdb: قاعدة بيانات مرجعية للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D146– D151 . doi : 10.1093/nar/gkq1138 . PMC 3013714. PMID 21112873 .  
  46. ↑ كويك إكس سي، تومسون دي دبليو، ماج جيه ​​إل، بارتونيسيك إن، سيجنال بي، كلارك إم بي، وآخرون . (يناير 2015). "lncRNAdb v2.0: توسيع قاعدة البيانات المرجعية للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر الوظيفي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (عدد قواعد البيانات): D168– D173 . doi : 10.1093/nar/gku988 . PMC 4384040. PMID 25332394 .   
  47. 1 2 ليو ل، لي ز، ليو س، زو د، لي كيو، فينغ س، وآخرون . (2022-01-07). "LncRNAWiki 2.0: قاعدة بيانات للرنا الطويل غير المشفر البشري مع نموذج تنسيق مُحسَّن ونظام قاعدة بيانات" . أبحاث الأحماض النووية . 50 (D1): D190– D195 . doi : 10.1093/nar/gkab998 . ISSN 1362-4962 . PMC 8728265. PMID 34751395 .    
  48. ↑ سميث جيه إي، ألفاريز-دومينغيز جيه آر، كلاين إن، هوينه إن جيه، جيسلر إس، هو دبليو، وآخرون . (يونيو 2014). "ترجمة إطارات القراءة المفتوحة الصغيرة ضمن نسخ الحمض النووي الريبوزي غير المُعَلَّمة في الخميرة Saccharomyces cerevisiae" . تقارير الخلية . 7 (6): 1858-1866 . doi : 10.1016/j.celrep.2014.05.023 . PMC 4105149. PMID 24931603 .   
  49. 1 2 جودريتش، جيه إيه، وكوجل، جيه إف (أغسطس 2006). "منظمات الحمض النووي الريبي غير المشفر لنسخ بوليميراز الحمض النووي الريبي II". مراجعات الطبيعة في بيولوجيا الخلية الجزيئية . 7 (8): 612-616 . Bibcode : 2006NRMCB...7..612G . doi : 10.1038/nrm1946 . PMID 16723972. S2CID 22274894 .  
  50. ↑ برنارد إل، دوبوا أ، هورتييه ف، فيشر ف، غونزاليس إ، تشيرفوفا أ، وآخرون . (يوليو 2022). "ينشط OCT4 جزيء lncRNA مضادًا لـ Suv39h1 لربط مثيلة الليسين 9 في الهيستون H3 بالقدرة على التمايز إلى أنواع متعددة من الخلايا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 50 (13): 7367-7379 . doi : 10.1093/nar/gkac550 . hdl : 20.500.11820/19e92fef-5d5c-4b43-b73a- 964bae704806 . PMC 9303268. PMID 35762231 .   
  51. 1 2 فينغ جيه، بي سي، كلارك بي إس، مادي آر، شاه بي، كوهتز جيه دي (يونيو 2006). "يتم نسخ الحمض النووي الريبوزي غير المشفر Evf-2 من المنطقة المحفوظة للغاية Dlx-5/6 ويعمل كمنشط نسخ مشترك لـ Dlx-2" . الجينات والتطور . 20 (11): 1470-1484 . doi : 10.1101/gad.1416106 . PMC 1475760. PMID 16705037 .  
  52. ↑ بانغانيان جي، روبنشتاين جي إل (أكتوبر 2002). "الوظائف التطورية لجينات هوميو بوكس ​​Distal-less/Dlx" . التطور . 129 (19): 4371-4386 . doi : 10.1242/dev.129.19.4371 . PMID 12223397 . 
  53. ↑ بيناشيو إل إيه، أهيتوف إن، موسى إيه إم، برابهاكار إس، نوبراغا إم إيه، شكري إم، وآخرون . (نوفمبر 2006). " تحليل مُحسِّن في الجسم الحي لتسلسلات غير مشفرة محفوظة لدى الإنسان" . نيتشر . 444 ( 7118): 499-502 . Bibcode : 2006Natur.444..499P . doi : 10.1038/nature05295 . OSTI 919760. PMID 17086198. S2CID 4307332 .    
  54. ↑ فيسيل أ، برابهاكار س، أكياما جيه إيه، شوكري م، لويس كيه دي، هولت أ، وآخرون (فبراير 2008). "الحفظ الفائق يحدد مجموعة فرعية صغيرة من المعززات التطورية المقيدة للغاية" . علم الوراثة الطبيعية . 40 (2): 158-160 . doi : 10.1038/ng.2007.55 . PMC 2647775. PMID 18176564 .   
  55. ↑ بيبوين إل، فيلاودي جيه، فيربوس دي، موليريس إم، بروسبيري إم تي، ريمفيكوس واي، وآخرون . (فبراير 2002). "استنساخ الحمض النووي الريبوزي الرسول المُفرط التعبير في سرطان القولون-1: تسلسل مُفرط التعبير في مجموعة فرعية من سرطانات القولون". علم الوراثة الخلوية للسرطان . 133 (1): 55-60 . doi : 10.1016/S0165-4608(01)00634-3 . PMID 11890990 .  
  56. ↑ كالين جي إيه، ليو سي جي، فيراسين إم، هيسلوب تي، سبيزو آر، سيفينياني سي، وآخرون . (سبتمبر 2007). "تتغير المناطق فائقة الحفظ التي تشفر الحمض النووي الريبوزي غير المشفر في سرطانات الدم وسرطانات الخلايا السرطانية لدى الإنسان" . خلية السرطان . 12 (3): 215-229 . doi : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . PMID 17785203 .  
  57. ↑ تشانغ تي، يو إتش، باي واي، غو واي (2023). "تحليلات كثافة الطفرات على الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر تكشف أنماطًا مماثلة للحمض النووي الريبي المشفر للبروتين وقيمة تنبؤية" . مجلة الحوسبة والتكنولوجيا الحيوية الهيكلية . 21 : 4887-4894 . doi : 10.1016/j.csbj.2023.09.027 . ISSN 2001-0370 . PMC 10582829. PMID 37860228 .   
  58. ↑ وانغ إكس، أراي إس، سونغ إكس، رايخارت دي، دو كيه، باسكوال جي، وآخرون (يوليو 2008). "تُعدِّل الحموض النووية الريبية غير المشفرة المُستحثة بروتينات ربط الحمض النووي الريبي في الوضع المقابل لتثبيط النسخ" . مجلة نيتشر . 454 (7200): 126-130 . Bibcode : 2008Natur.454..126W . doi : 10.1038/nature06992 . PMC 2823488. PMID 18509338 .   
  59. ↑ أدلمان ك، إيغان إي (مارس 2017). "الحمض النووي الريبوزي غير المشفر: استخدامات إضافية للحمض النووي غير المشفر" . مجلة نيتشر . 543 (7644): 183-185 . Bibcode : 2017Natur.543..183A . doi : 10.1038/543183a . PMID 28277509 . 
  60. ↑ هالي بي، كاداكوزا بي إم، فاغيهي إم إيه، ماجيستري إم، زيير زي، خوركوفا أو، وآخرون . (يناير 2014). "تنظيم مجموعة جينات البروتين الدهني بواسطة RNA طويل غير مشفر" . تقارير الخلية . 6 (1): 222-230 . دوى : 10.1016/j.celrep.2013.12.015 . بمك 3924898 . بميد 24388749 .   
  61. ↑ رينيوس ب، شي س، هينغشو ل، ساندو ك س، رادومسكا ك ج، روزن ج د، وآخرون . (نوفمبر 2010). " التعبير المتحيز للإناث عن الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر في نطاقات تفلت من تعطيل الكروموسوم X في الفئران" . بي إم سي جينوميكس . 11 : 614. doi : 10.1186/1471-2164-11-614 . PMC 3091755. PMID 21047393 .   
  62. ↑ مارتيانوف، إي.، راماداس، أ.، سيرا باروس، أ.، تشاو، ن.، أكوليتشيف، أ. (فبراير 2007). "تثبيط جين ديهيدروفولات ريدوكتاز البشري بواسطة نسخة متداخلة غير مشفرة". مجلة نيتشر . 445 (7128): 666-670 . Bibcode : 2007Natur.445..666M . doi : 10.1038/nature05519 . PMID: 17237763. S2CID : 3012142 .  
  63. ↑ لي جيه إس، بوركهولدر جي دي، لاتيمر إل جيه، هاوغ بي إل، براون آر بي (فبراير 1987). "يرتبط جسم مضاد أحادي النسيلة للحمض النووي ثلاثي السلاسل بالكروموسومات حقيقية النواة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 15 (3): 1047-1061 . doi : 10.1093/nar/15.3.1047 . PMC 340507. PMID 2434928 .  
  64. 1 2 كويك كي واي، مورفي إس، فيرجر إيه، توماس بي، أوغورمان دبليو، كيمورا إتش، وآخرون . (نوفمبر 2002). "يرتبط الحمض النووي الريبوزي الصغير U1 بعامل النسخ TFIIH وينظم بدء النسخ". مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية . 9 (11): 800-805 . doi : 10.1038/nsb862 . PMID 12389039. S2CID 22982547 .   
  65. ↑ يانغ إس، توتون إس، بيرس إي، يون كيه (نوفمبر 2001). "تداخل الحمض النووي الريبوزي المزدوج المحدد في الخلايا الجذعية الجنينية غير المتمايزة للفئران" . علم الأحياء الجزيئي والخلوي . 21 (22): 7807-7816 . doi : 10.1128/MCB.21.22.7807-7816.2001 . PMC 99950. PMID 11604515 .  
  66. ↑ ييك جيه إتش، تشين آر، نيشيمورا آر، جينينغز جيه إل، لينك إيه جيه، تشو كيو (أكتوبر 2003). "تثبيط كيناز P-TEFb (CDK9/Cyclin T) ونسخ بوليميراز الحمض النووي الريبي II بواسطة التأثيرات المنسقة لـ HEXIM1 و7SK snRNA" . الخلية الجزيئية . 12 (4): 971-982 . doi : 10.1016/S1097-2765(03)00388-5 . PMID 14580347 . 
  67. ↑ لاندر إي إس، لينتون إل إم، بيرين بي، نوسباوم سي، زودي إم سي، بالدوين جيه، وآخرون . (فبراير 2001). "التسلسل الأولي وتحليل الجينوم البشري" . نيتشر . 409 (6822): 860-921 . Bibcode : 2001Natur.409..860L . doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID 11237011 .  
  68. ↑ ووترستون، آر إتش، ليندبلاد-توه، كيه، بيرني، إي، روجرز، جيه، أبريل، جيه إف، أغاروال، بي، وآخرون . (ديسمبر 2002). "التسلسل الأولي والتحليل المقارن لجينوم الفأر" . مجلة نيتشر . 420 (6915): 520-562 . Bibcode : 2002Natur.420..520W . doi : 10.1038/nature01262 . PMID 12466850 .  
  69. ↑ ليو دبليو إم، تشو دبليو إم، تشودري بي في، شميد سي دبليو (مايو 1995). "يؤدي الإجهاد الخلوي ومثبطات الترجمة إلى زيادة مؤقتة في وفرة نسخ SINE في الثدييات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 23 (10): 1758-1765 . doi : 10.1093/nar/23.10.1758 . PMC 306933. PMID 7784180 .  
  70. 1 2 ألين إي، شي زد، غوستافسون إيه إم، سونغ جي إتش، سباتافورا جي دبليو، كارينغتون جي سي (ديسمبر 2004). "تطور جينات الحمض النووي الريبوزي الميكروي عن طريق التضاعف المعكوس لتسلسلات الجينات المستهدفة في نبات رشاد أذن الفأر". علم الوراثة الطبيعية . 36 (12): 1282-1290 . doi : 10.1038/ng1478 . PMID 15565108. S2CID 11997028 .  
  71. 1 2 إسبينوزا، سي. أ.، ألين، تي. أ.، هيب، أ. ر.، كوجل، ج. ف.، وجودريتش، ج. أ. (سبتمبر 2004). "يرتبط الحمض النووي الريبي B2 مباشرةً بإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي II لكبح تخليق النسخ". مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 11 (9): 822-829 . doi : 10.1038/nsmb812 . PMID 15300239. S2CID 22199826 .  
  72. ↑ إسبينوزا، سي. أ.، وجودريتش، ج. أ.، وكوجل، ج. ف. (أبريل 2007). " توصيف بنية ووظيفة وآلية عمل الحمض النووي الريبوزي B2، وهو مثبط غير مشفر لنسخ بوليميراز الحمض النووي الريبوزي II" . الحمض النووي الريبوزي . 13 (4): 583-596 . doi : 10.1261/rna.310307 . PMC 1831867. PMID 17307818 .  
  73. 1 2 3 4 5 6 مارينر، ب. د.، والترز، ر. د.، إسبينوزا، س. أ.، درولينجر، ل. ف.، فاغنر، س. د.، كوجل، ج . ف.، وآخرون. (فبراير 2008). "حمض Alu النووي الريبوزي البشري هو مثبط نسخ mRNA معياري أثناء الصدمة الحرارية" . الخلية الجزيئية . 29 (4): 499-509 . doi : 10.1016/j.molcel.2007.12.013 . PMID 18313387 .  
  74. ↑ شاموفسكي، إي.، ونودلر، إي. (فبراير 2008). "الحمض النووي الريبوزي المعياري يكتسب أهمية متزايدة" . الخلية الجزيئية . 29 (4): 415-417 . doi : 10.1016/j.molcel.2008.02.001 . PMID 18313380 . 
  75. ↑ ماتيك، جيه إس (أكتوبر 2003). "تحدي المسلّمات: الطبقة الخفية من الحمض النووي الريبي غير المشفر للبروتين في الكائنات الحية المعقدة". BioEssays . 25 (10): 930-939 . CiteSeerX 10.1.1.476.7561 . doi : 10.1002/bies.10332 . PMID 14505360 .  
  76. ↑ محمد ف، باندي ر ر، ناغانو ت، تشاكالوفا ل، موندال ت، فريزر ب، وآخرون (يونيو 2008). " يُساهم الحمض النووي الريبوزي غير المشفر Kcnq1ot1/Lit1 في إسكات النسخ عن طريق استهداف المنطقة المحيطة بالنواة" . علم الأحياء الجزيئي والخلوي . 28 (11): 3713-3728 . doi : 10.1128/MCB.02263-07 . PMC 2423283. PMID 18299392 .   
  77. ↑ ووتز أ، راسموسن تي بي، جانيش ر (فبراير 2002). "يتم التوسط في إسكات الكروموسومات وتحديد موقعها بواسطة نطاقات مختلفة من الحمض النووي الريبوزي Xist". علم الوراثة الطبيعية . 30 (2): 167-174 . doi : 10.1038 / ng820 . PMID 11780141. S2CID 28643222 .  
  78. ↑ زيرفوس، ن. ر.، تشان، أ. ب.، كلوك، م.، ألين، ل. هـ.، إتكين، ل. د. (أبريل 2003). "تحديد أعضاء جدد من عائلة Xlsirt في بويضة الضفدع الأفريقي ذي المخالب" . آليات التطور . 120 (4): 503-509 . doi : 10.1016/S0925-4773(02)00459-8 . PMID 12676327. S2CID 16781978 .  
  79. ↑ سينغ ك، كاري م، ساراغوستي س، بوتشان م (1985). "تعبير مستويات مُعززة من نسخ بوليميراز الحمض النووي الريبي الصغير III المشفرة بواسطة تكرارات B2 في خلايا الفئران المُحولة بفيروس SV40". نيتشر . 314 ( 6011): 553-556 . Bibcode : 1985Natur.314..553S . doi : 10.1038/314553a0 . PMID 2581137. S2CID 4359937 .  
  80. ↑ تانغ آر بي، وانغ إتش واي، لو إتش واي، شيونغ جيه، لي إتش إتش، تشيو إكس إتش، وآخرون . (فبراير 2005). "زيادة مستوى الحمض النووي الريبوزي Alu المنسوخ بواسطة بوليميراز III في أنسجة سرطان الخلايا الكبدية". التسرطن الجزيئي . 42 (2): 93-96 . doi : 10.1002/mc.20057 . PMID 15593371. S2CID 10513502 .   
  81. 1 2 شاموفسكي، إي.، ونودلر ، إي. (أكتوبر 2006). "التحكم الجيني بواسطة الحمض النووي الريبي غير المشفر الكبير". مجلة ساينس STKE . 2006 (355) pe40. doi : 10.1126/stke.3552006pe40 . PMID 17018852. S2CID 41151259 .  
  82. 1 2 ديسي جي، فيورينو جي، كاستلنوفو إم، تيشمان إم، باجانو إيه (ديسمبر 2007). “نسخة بوليميريز RNA المتوسعة III”. الاتجاهات في علم الوراثة . 23 (12): 614-622 . دوى : 10.1016/j.tig.2007.09.001 . اتش دي ال : 11381/1706964 . بميد 17977614 . 
  83. ↑ باجانو جيه إم، فارلي بي إم، مكويج إل إم، رايدر إس بي (مارس 2007). "الأساس الجزيئي لتعرف الحمض النووي الريبي بواسطة محدد قطبية الجنين MEX-5" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 282 (12): 8883-8894 . doi : 10.1074/jbc.M700079200 . PMID 17264081 . 
  84. ↑ يون جيه إتش، عبد المحسن ك، غوروسبي إم (أكتوبر 2013). "تنظيم الجينات بعد النسخ بواسطة الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 425 (19): 3723-3730 . Bibcode : 2013JMBio.425.3723Y . doi : 10.1016/j.jmb.2012.11.024 . PMC 3594629. PMID 23178169 .  
  85. 1 2 بلتران م، بويغ إ، بينيا س، غارسيا ج م، ألفاريز أ ب، بينيا ر، وآخرون . (مارس 2008). " نسخة مضادة طبيعية تنظم التعبير الجيني لـ Zeb2/Sip1 أثناء التحول الظهاري-اللحمي المحفز بواسطة Snail1" . الجينات والتطور . 22 (6): 756-769 . doi : 10.1101/gad.455708 . PMC 2275429. PMID 18347095 .   
  86. ↑ مونرو إس إتش، لازار إم إيه (نوفمبر 1991). "تثبيط عملية ربط mRNA لجين c-erbA بواسطة RNA مضاد طبيعي" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 266 (33): 22083-22086 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)54535-X . PMID 1657988 . 
  87. ↑ ناكاغاوا إس، إيب جيه واي، شيوي جي، تريباثي في، زونغ إكس، هيروسي تي، وآخرون . (2012-08-01). " مالات1 ليس مكونًا أساسيًا للبقع النووية في الفئران" . RNA . 18 (8): 1487-1499 . doi : 10.1261/rna.033217.112 . ISSN 1355-8382 . PMC 3404370. PMID 22718948 .    
  88. ↑ أرون ج، أغاروال د، سبيكتور د.ل. (2020-06-03). "MALAT1 الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر: الآثار الوظيفية" . الحمض النووي الريبوزي غير المشفر . 6 (2): 22. doi : 10.3390/ncrna6020022 . ISSN 2311-553X . PMC 7344863. PMID 32503170 .   
  89. ↑ بيتاراف أ، الزعفراني أ، جهانديده ب، هاك زركر ب، هاغي أ، أسغريتارغي جي، وآخرون . (2025-10-06). "MALAT1 كمحرك جزيئي لتطور الورم، والتهرب المناعي، ومقاومة العلاج" . السرطان الجزيئي . 24 (1): 245. دوى : 10.1186/s12943-025-02415-6 . ردمك 1476-4598 . بمك 12502584 . بميد 41053822 .    
  90. ↑ تيدج، هـ. ، تشين، و.، بروسيوس، ج. (يونيو 1993). "البنية الأولية، والتعبير العصبي النوعي، والموقع الشجيري لـ RNA BC200 البشري" . مجلة علم الأعصاب . 13 (6): 2382-2390 . doi : 10.1523/JNEUROSCI.13-06-02382.1993 . PMC 6576500. PMID 7684772 .  
  91. ↑ تيدج إتش، فريميو آر تي، وينستوك بي إتش، أرانشيو أو، بروسيوس جيه (مارس 1991). "الموقع التشعبي لـ RNA العصبي BC1" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 88 (6): 2093-2097 . Bibcode : 1991PNAS...88.2093T . doi : 10.1073/pnas.88.6.2093 . PMC 51175. PMID 1706516 .  
  92. ↑ مسلموف، إي. أ.، بانكر، ج.، بروسيوس، ج.، تيدج، هـ. (يونيو 1998). " التنظيم المعتمد على النشاط لـ RNA BC1 في الخلايا العصبية الحصينية المزروعة" . مجلة بيولوجيا الخلية . 141 (7): 1601-1611 . doi : 10.1083/jcb.141.7.1601 . PMC 1828539. PMID 9647652 .  
  93. ↑ وانغ هـ، إياكوانجيلي أ، لين د، ويليامز ك، دينمان ر.ب، هيلين س.و، وآخرون . (ديسمبر 2005). " حمض نووي ريبوزي BC1 متفرع في آليات التحكم الترجمي" . مجلة بيولوجيا الخلية . 171 (5): 811-821 . doi : 10.1083/jcb.200506006 . PMC 1828541. PMID 16330711 .   
  94. ↑ سينتونزي د، روسي س، نابولي إ، ميركالدو ف، لاكو س، فيراري ف، وآخرون . (أغسطس 2007). " ينظم الحمض النووي الريبوزي السيتوبلازمي الدماغي BC1 انتقال الإشارات العصبية بوساطة مستقبلات الدوبامين D2 في الجسم المخطط" . مجلة علم الأعصاب . 27 (33): 8885-8892 . doi : 10.1523/JNEUROSCI.0548-07.2007 . PMC 6672174. PMID 17699670 .   
  95. ↑ ليويوهان إل، سكريابين بي في، ساكسر إن، برين سي، هايدوشكا بي، ثانوس إس، وآخرون . (سبتمبر 2004). "دور الحمض النووي الريبوزي الصغير غير الرسول العصبي: التغيرات السلوكية في الفئران المحذوفة منها جين BC1 RNA". أبحاث الدماغ السلوكية . 154 (1): 273-289 . CiteSeerX 10.1.1.572.8071 . doi : 10.1016/j.bbr.2004.02.015 . PMID 15302134. S2CID 18840384 .    
  96. ↑ جولدن دي إي، جيرباسي في آر، سونثيمر إي جيه (أغسطس 2008). "عمل داخلي لجزيئات الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير" . الخلية الجزيئية . 31 (3): 309-312 . doi : 10.1016/j.molcel.2008.07.008 . PMC 2675693. PMID 18691963 .  
  97. ↑ تشيك ب، مالون سي دي، تشو ر، ستارك أ، شلينغهايد سي، دوس م، وآخرون . (يونيو 2008). "مسار الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير الداخلي في ذبابة الفاكهة" . نيتشر . 453 (7196): 798-802 . Bibcode : 2008Natur.453..798C . doi : 10.1038/ nature07007 . PMC 2895258. PMID 18463631 .   
  98. 1 2 أوغاوا واي، صن بي كي، لي جيه تي (يونيو 2008). "تقاطع مسارات تداخل الحمض النووي الريبوزي وتعطيل الكروموسوم X" . مجلة ساينس . 320 (5881): 1336-1341 . Bibcode : 2008Sci...320.1336O . doi : 10.1126/science.1157676 . PMC 2584363. PMID 18535243 .  
  99. ↑ كيفر، ج. س . (أبريل 2007). "علم التخلق في النمو". ديناميات النمو . 236 (4): 1144-1156 . doi : 10.1002/dvdy.21094 . PMID 17304537. S2CID 23292265 .  
  100. 1 2 ميكلسن تي إس، كو إم، جافي دي بي، إسحاق بي، ليبرمان إي، جيانوكوس جي، وآخرون . (أغسطس 2007). "خرائط على مستوى الجينوم لحالة الكروماتين في الخلايا متعددة القدرات والخلايا الملتزمة بسلالة خلوية محددة" . نيتشر . 448 ( 7153): 553-560 . Bibcode : 2007Natur.448..553M . doi : 10.1038/nature06008 . PMC 2921165. PMID 17603471 .   
  101. ↑ نيكرسون، جيه. إيه.، كروخمالنيك، جي.، وان، كيه. إم.، بينمان، إس. (يناير 1989). "بنية الكروماتين والحمض النووي الريبي النووي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 86 (1): 177-181 . Bibcode : 1989PNAS...86..177N . doi : 10.1073 / pnas.86.1.177 . PMC 286427. PMID 2911567 .  
  102. ↑ رودريغيز-كامبوس أ، أزورين ف (نوفمبر 2007). "الحمض النووي الريبوزي (RNA) عنصر أساسي في الكروماتين، ويساهم في تنظيمه البنيوي" . PLOS ONE . 2 (11) e1182. Bibcode : 2007PLoSO...2.1182R . doi : 10.1371/journal.pone.0001182 . PMC 2063516. PMID 18000552 .  
  103. ↑ تشين إكس، شو إتش، يوان بي، فانغ إف، هوس إم، فيغا في بي، وآخرون . (يونيو 2008). " دمج مسارات الإشارات الخارجية مع شبكة النسخ الأساسية في الخلايا الجذعية الجنينية" . مجلة Cell . 133 (6): 1106-1117 . doi : 10.1016/j.cell.2008.04.043 . PMID 18555785. S2CID 1768190 .   
  104. 1 2 3 رين جيه إل، كيرتز إم، وانغ جيه كيه، سكوازو إس إل، شو إكس، بروغمان إس إيه، وآخرون . (يونيو 2007). "التمييز الوظيفي بين نطاقات الكروماتين النشطة والصامتة في مواقع HOX البشرية بواسطة الحمض النووي الريبي غير المشفر" . مجلة Cell . 129 (7): 1311-1323 . doi : 10.1016/ j.cell.2007.05.022 . PMC 2084369. PMID 17604720 .   
  105. 1 2 سانشيز-إلسنر تي، غو دي، كريمر إي، ساور إف (فبراير 2006). "الحمض النووي الريبوزي غير المشفر لعناصر استجابة تريثوراكس يستقطب بروتين Ash1 في ذبابة الفاكهة إلى بروتين ألترا بيثوراكس". مجلة ساينس . 311 (5764): 1118-1123 . Bibcode : 2006Sci...311.1118S . doi : 10.1126/science.1117705 . PMID 16497925. S2CID 16423723 .  (تم سحبها،  انظر doi : 10.1126/science.344.6187.981-a ، PMID 24876484 ، Retraction Watch )  
  106. ↑ جيا ل، وانغ ي، وانغ س، دو ز، تشانغ س، وين إكس، وآخرون (أبريل 2020). "يعمل Oplr16 كعامل كروماتين جديد للتحكم في مصير الخلايا الجذعية من خلال تعديل الالتفاف الكروموسومي الخاص بالقدرة على التمايز وإزالة مثيلة الحمض النووي بوساطة TET2" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 48 (7): 3935-3948 . doi : 10.1093/nar/gkaa097 . PMC 7144914. PMID 32055844 .    تتضمن هذه المقالة نصًا من هذا المصدر، وهو متاح بموجب ترخيص CC BY 4.0 .
  107. ↑ مازو أ، هودجسون جيه دبليو، بيتروك إس، سيدكوف واي، بروك إتش دبليو (أغسطس 2007). "التداخل النسخي: طبقة غير متوقعة من التعقيد في تنظيم الجينات". مجلة علوم الخلية . 120 (الجزء 16): 2755-2761 . doi : 10.1242/jcs.007633 . PMID 17690303. S2CID 16059065 .  
  108. ↑ سيراس أ، تارتاليا جي جي (سبتمبر 2020). "اللقاء الوثيق بين الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر وبروتين بوليكومب" . علم الأحياء المفتوح . 10 (9) 200126. doi : 10.1098/rsob.200126 . PMC 7536065. PMID 32898472 .  
  109. ↑ دينيسينكو أو، شنيريفا م، سوزوكي هـ، بومشتيك ك (أكتوبر 1998). "الطفرات النقطية في نطاق WD40 لبروتين Eed تمنع تفاعله مع Ezh2" . علم الأحياء الجزيئي والخلوي . 18 (10): 5634-5642 . doi : 10.1128/MCB.18.10.5634 . PMC 109149. PMID 9742080 .  
  110. ^ كاتاياما إس، تومارو واي، كاسوكاوا تي، واكي ك، ناكانيشي إم، ناكامورا إم، وآخرون . (سبتمبر 2005). “النسخ المضاد في نسخة الثدييات”. علوم . 309 (5740): 1564–1566 . بيب كود : 2005Sci...309.1564R . دوى : 10.1126/science.1112009 . بميد 16141073 . S2CID 34559885 .   
  111. ↑ نيلوند ب، جاريدو-زابالا ب، باراغا أ.أ، فاسكيز ل، بايل ب.ت، هارينك ج.م، وآخرون . (27 يوليو 2023). "يتفاعل PVT1 مع المركب الكابت للجينات بولي كومب 2 لكبح المناطق الجينومية ذات الوظائف المحفزة للموت الخلوي المبرمج والمثبطة للأورام في الورم النخاعي المتعدد" . مجلة هيماتولوجيكا . 109 (2): 567-577 . doi : 10.3324/haematol.2023.282965 . PMC 10828784. PMID 37496441 .   
  112. يو وآخرون (يناير 2008). "التثبيط اللاجيني لجين كابت الورم p15 بواسطة الحمض النووي الريبوزي المضاد له" . مجلة نيتشر . 451 ( 7175): 202-206 . Bibcode : 2008Natur.451..202Y . doi : 10.1038/ nature06468 . PMC 2743558. PMID 18185590 .   
  113. ↑ بولر إف إم، كورنر إم في، بارلو دي بي (يونيو 2007). "التثبيط بواسطة الحمض النووي الريبوزي غير المشفر المطبوع: هل النسخ هو الحل؟" . اتجاهات في علم الوراثة . 23 (6): 284-292 . doi : 10.1016/j.tig.2007.03.018 . PMC 2847181. PMID 17445943 .  
  114. ↑ برايدوتي جي، باوبيك تي، بولر إف، سيدل سي، سمرزكا أو، ستريكر إس، وآخرون (2004). "الحمض النووي الريبوزي غير المشفر لجين Air: نسخة مطبوعة لكتم التعبير الجيني" . ندوة كولد سبرينغ هاربور حول البيولوجيا الكمية . 69 : 55-66 . doi : 10.1101/sqb.2004.69.55 . PMC 2847179. PMID 16117633 .   
  115. ↑ ميتسويا ك، ميغورو م، لي إم بي، كاتوه م، شولز تي سي، كوغوه هـ، وآخرون (يوليو 1999). "LIT1، وهو حمض نووي ريبوزي مضاد مطبوع في موضع KvLQT1 البشري، تم تحديده من خلال فحص النسخ المتغيرة التعبير باستخدام الهجائن أحادية الكروموسوم". علم الوراثة الجزيئية البشرية . 8 (7): 1209-1217 . doi : 10.1093/hmg/8.7.1209 . PMID 10369866 .  
  116. ↑ مانشيني-ديناردو د، ستيل إس جيه، ليفورس جيه إم، إنغرام آر إس، تيلغمان إس إم (مايو 2006). " استطالة نسخة Kcnq1ot1 ضرورية للبصمة الجينية للجينات المجاورة" . الجينات والتطور . 20 (10): 1268-1282 . doi : 10.1101/gad.1416906 . PMC 1472902. PMID 16702402 .  
  117. 1 2 أوملاف د، غوتو ي، كاو ر، سيركيرا ف، واغشال أ، تشانغ ي، وآخرون . (ديسمبر 2004). "البصمة الجينية على طول نطاق Kcnq1 على الكروموسوم 7 للفأر تتضمن مثيلة الهيستون الكابتة واستقطاب معقدات مجموعة بوليكومب". علم الوراثة الطبيعية . 36 (12): 1296-1300 . doi : 10.1038/ng1467 . PMID 15516932. S2CID 19084498 .   
  118. ↑ سلوتيلز إف، زوارت آر، بارلو دي بي (فبراير 2002). "يُعدّ الحمض النووي الريبوزي غير المشفر Air ضروريًا لكبت الجينات المطبوعة على الكروموسومات الجسمية". نيتشر . 415 ( 6873): 810-813 . Bibcode : 2002Natur.415..810S . doi : 10.1038/415810a . PMID 11845212. S2CID 4420245 .  
  119. ↑ زوارت ر، سلوتيلز ف، ووتز أ، شينكل أه، بارلو د ب (سبتمبر 2001). "التأثير ثنائي الاتجاه لعنصر التحكم في بصمة Igf2r على الجينات المطبوعة في اتجاهي المنبع والمصب" . الجينات والتطور . 15 (18): 2361-2366 . doi : 10.1101/gad.206201 . PMC 312779. PMID 11562346 .  
  120. ↑ فورنييه سي، غوتو واي، باليستار إي، ديلافال كيه، هيفر إيه إم، إستيلر إم، وآخرون . (ديسمبر 2002). "يُشير مثيلة الليسين في الهيستون الخاص بالأليل إلى المناطق التنظيمية في جينات الفئران المطبوعة" . مجلة EMBO . 21 (23): 6560-6570 . doi : 10.1093/emboj/ cdf655 . PMC 136958. PMID 12456662 .   
  121. ووتز أ ، غريبناو ج (أكتوبر 2007). "تفسير تعطيل الكروموسوم X". الرأي الحالي في علم الوراثة والتطور . 17 (5): 387-393 . doi : 10.1016/j.gde.2007.08.001 . PMID 17869504 . 
  122. ↑ موري سي، نافارو بي، ديبراند إي، أفنر بي، روجول سي، كليرك بي (فبراير 2004). "المنطقة 3′ لجين Xist تتوسط في عد الكروموسوم X وثنائي ميثيل الهيستون H3 Lys-4 داخل جين Xist" . مجلة EMBO . 23 (3): 594-604 . doi : 10.1038/sj.emboj.7600071 . PMC 1271805. PMID 14749728 .  
  123. ↑ كوستانزي سي، بيرسون جيه آر (يونيو 1998). "يُركز الهيستون macroH2A1 في الكروموسوم X غير النشط لدى إناث الثدييات". مجلة نيتشر . 393 (6685): 599-601 . Bibcode : 1998Natur.393..599C . doi : 10.1038/31275 . PMID 9634239. S2CID 205001095 .  
  124. ↑ بلاسكو، م. أ. (أكتوبر 2007). "طول التيلومير، والخلايا الجذعية، والشيخوخة". مجلة نيتشر للكيمياء الحيوية . 3 (10): 640-649 . Bibcode : 2007NatCB...3..640B . doi : 10.1038/nchembio.2007.38 . PMID 17876321 . 
  125. 1 2 شوفتنر إس، بلاسكو إم إيه (فبراير 2008). "التنظيم النمائي لنسخ التيلوميرات في الثدييات بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي المعتمد على الحمض النووي II". بيولوجيا الخلية الطبيعية . 10 (2): 228-236 . doi : 10.1038/ncb1685 . PMID 18157120. S2CID 5890629 .  
  126. 1 2 أزالين سي إم، رايشنباخ بي، خورياولي إل، جيولوتو إي، لينجنر جيه (نوفمبر 2007). "تكرارات التيلومير التي تحتوي على الحمض النووي الريبي وعوامل مراقبة الحمض النووي الريبي في نهايات كروموسومات الثدييات" . مجلة ساينس . 318 (5851): 798-801 . Bibcode : 2007Sci...318..798A . doi : 10.1126/science.1147182 . PMID 17916692. S2CID 20693275 .  
  127. ↑ دونلي ن، ستوفريجن إي بي، سميث ل، مونتانا سي، ثاير إم جيه (أبريل 2013). بارتولومي إم إس (محرر). " التضاعف غير المتزامن، والتعبير أحادي الأليل، والتأثيرات الموضعية بعيدة المدى لجين ASAR6" . مجلة PLOS Genetics . 9 (4) e1003423. doi : 10.1371/journal.pgen.1003423 . PMC 3617217. PMID 23593023 .  
  128. ↑ دونلي ن، سميث ل، ثاير إم جيه (يناير 2015). بارتولومي إم إس (محرر). "ASAR15، موقع جيني يعمل في نفس الجزيء ويتحكم في توقيت تضاعف الكروموسوم واستقراره على مستوى الكروموسوم البشري 15" . مجلة PLOS Genetics . 11 (1) e1004923. doi : 10.1371/journal.pgen.1004923 . PMC 4287527. PMID 25569254 .  
  129. ↑ هيسكيت إم بي، سميث إل جي، سبلمان بي، ثاير إم جيه (يونيو 2020). "التعبير الأحادي المتبادل لجينات ASAR lncRNA يتحكم في توقيت تضاعف الكروموسوم البشري 6" . RNA . 26 ( 6): 724-738 . doi : 10.1261/rna.073114.119 . PMC 7266157. PMID 32144193 .  
  130. ↑ موراشكو إم إم، ستاسيفيتش إي إم، شوارتز إيه إم، كوبراش دي في، أوفاروفا إيه إن، ديمين دي إي (أبريل 2021). بلانكو إف جيه (محرر). "دور الحمض النووي الريبي في انقطاعات الحمض النووي وإصلاحها وإعادة ترتيب الكروموسومات" . الجزيئات الحيوية . 11 (4): 550. doi : 10.3390/biom11040550 . PMC 8069526. PMID 33918762 .  
  131. ↑ نوفيكوفا، آي. في.، هينلي، إس. بي.، سانبوماتسو، ك. واي. (نوفمبر 2012). " تقييم الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر: هل يمتلك الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر بنية ثانوية وثلاثية؟" . BioArchitecture . 2 ( 6): 189-199 . doi : 10.4161/bioa.22592 . ISSN 1949-0992 . OSTI 1629346. PMC 3527312. PMID 23267412 .    
  132. ↑ شيلون، إي.، ومارسيا، م. (2020-10-12). "البنية الجزيئية للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر: أنماط ناشئة وآثار وظيفية". مراجعات نقدية في الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية . 55 (6): 662-690 . doi : 10.1080/10409238.2020.1828259 . ISSN 1040-9238 . PMID 33043695 .  
  133. ↑ أورودا تي، أناستاساكو إي، روسي إيه، تيولون جيه إم، بيليكير ​​جيه إل، أنيبال بي، وآخرون . (سبتمبر 2019). " العُقد الكاذبة المحفوظة في الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر MEG3 ضرورية لتحفيز مسار p53" . الخلية الجزيئية . 75 (5): 982-995.e9. doi : 10.1016/j.molcel.2019.07.025 . ISSN 1097-2765 . PMC 6739425. PMID 31444106 .    
  134. ↑ كيم دي إن، ثيل بي سي، مروزوفيتش تي، هينلي إس بي، هوفاكر آي إل، باتيل تي آر، وآخرون . (9 يناير 2020). "بروتين الزنك-فينجر CNBP يُغير البنية ثلاثية الأبعاد لـ lncRNA Braveheart في المحلول" . Nature Communications . 11 (1) 148. Bibcode : 2020NatCo..11..148K . doi : 10.1038/ s41467-019-13942-4 . ISSN 2041-1723 . PMC 6952434. PMID 31919376 .    
  135. ↑ أغيلار ر، سبنسر ك ب، كيسنر ب، رزفي ن ف، بادماليا م د، مروزوفيتش ت، وآخرون . (30 مارس 2022). "استهداف Xist بمركبات تُعطّل بنية الحمض النووي الريبي وتعطيل الكروموسوم X" . مجلة نيتشر . 604 (7904): 160-166 . Bibcode : 2022Natur.604..160A . doi : 10.1038/s41586-022-04537-z . ISSN 0028-0836 . PMC 11549687. PMID 35355011 .