تسلسل الحمض النووي الريبوزي

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 11 صور
الموسوعة الحرة

ملخص تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq): داخل الكائن الحي، تُنسخ الجينات وتُضفر (في الكائنات حقيقية النواة ) لإنتاج نسخ mRNA ناضجة (باللون الأحمر). يُستخلص mRNA من الكائن الحي، ويُجزأ، ثم يُنسخ إلى حمض نووي تكميلي مزدوج السلسلة مستقر (باللون الأزرق). يُسلسل الحمض النووي التكميلي مزدوج السلسلة باستخدام طرق التسلسل عالية الإنتاجية ذات القراءات القصيرة. يمكن بعد ذلك محاذاة هذه التسلسلات مع تسلسل جينومي مرجعي لإعادة بناء مناطق الجينوم التي تم نسخها. يمكن استخدام هذه البيانات لتحديد مواقع الجينات المُعبر عنها، ومستويات تعبيرها النسبية، وأي متغيرات تضفير بديلة. [ 1 ]

تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي ( RNA-Seq ) هي تقنية تسلسل من الجيل التالي (NGS) تُستخدم لتحديد كمية جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA ) وتحديدها في عينة بيولوجية، مما يوفر صورة شاملة للترانسكريبتوم في وقت محدد. [ 2 ] تُمكّن هذه التقنية من تحليل الترانسكريبتوم بالكامل عن طريق تسلسل الحمض النووي التكميلي (cDNA) المُستخلص من الحمض النووي الريبوزي (RNA). [ 3 ] غالبًا ما تتضمن سير العمل الحديثة أدوات محاذاة زائفة (مثل Kallisto وSalmon) وخطوط معالجة سحابية، مما يُحسّن السرعة وقابلية التوسع وإمكانية التكرار .

يُسهّل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) دراسة النسخ الجينية البديلة ، والتعديلات اللاحقة للنسخ ، واندماج الجينات ، والطفرات/تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) ، والتغيرات في التعبير الجيني بمرور الوقت، أو الاختلافات في التعبير الجيني بين المجموعات أو المعالجات المختلفة. [ 4 ] بالإضافة إلى نسخ mRNA، يُمكن لـ RNA-Seq دراسة أنواع مختلفة من الحمض النووي الريبوزي، بما في ذلك الحمض النووي الريبوزي الكلي، والحمض النووي الريبوزي الصغير، مثل miRNA ، وtRNA ، وتحديد خصائص الريبوسومات . [ 5 ] كما يُمكن استخدام RNA-Seq لتحديد حدود الإكسونات / الإنترونات ، والتحقق من حدود الجينات 5' و 3' المُحددة مسبقًا أو تعديلها. تشمل التطورات الحديثة في تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) تسلسل الخلايا المفردة ، وتسلسل الحمض النووي الريبوزي الشامل ، وتسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) من الطرف 3' ، والتسلسل الموضعي للأنسجة المثبتة ، وتسلسل جزيئات الحمض النووي الريبوزي الأصلية، بالإضافة إلى التسلسل الفوري لجزيء واحد. ومن الأمثلة الأخرى على تطبيقات تسلسل الحمض النووي الريبوزي الناشئة بفضل تطور خوارزميات المعلوماتية الحيوية : تغير عدد النسخ، والتلوث الميكروبي، والعناصر القابلة للنقل، ونوع الخلية (فك التشفير ) ، ووجود المستضدات الجديدة.

تاريخ

تُبرز نتائج البحث في PubMed تزايد شعبية تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq). وتشمل النتائج مصطلحات البحث التالية: RNA-Seq (باللون الأزرق، باستخدام الكلمات المفتاحية: "RNA Seq" أو "RNA-Seq" أو "RNA sequencing" أو "RNASeq") [ 10 ]، وRNA-Seq في الطب (باللون الذهبي، باستخدام الكلمات المفتاحية: ("RNA Seq" أو "RNA-Seq" أو "RNA sequencing" أو "RNASeq") و"Medicine"). [ 11 ] ولا يزال عدد الأبحاث المنشورة على PubMed التي تتناول تقنية RNA-Seq في ازدياد.

قبل تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq)، كانت دراسات التعبير الجيني تُجرى باستخدام المصفوفات الدقيقة القائمة على التهجين . وتشمل مشاكل هذه المصفوفات تشوهات التهجين المتبادل، وضعف قياس الجينات ذات التعبير المنخفض والعالي، والحاجة إلى معرفة التسلسل مسبقًا . [ 12 ] ونظرًا لهذه المشاكل التقنية، تحوّل علم النسخ إلى طرق تعتمد على التسلسل. وقد تطورت هذه الطرق من تسلسل سانجر لمكتبات علامات التسلسل المعبر عنها ، إلى الطرق القائمة على العلامات الكيميائية (مثل التحليل التسلسلي للتعبير الجيني )، وصولًا إلى التقنية الحالية، وهي تسلسل الجيل التالي للحمض النووي التكميلي (cDNA)، ولا سيما تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) في منتصف العقد الأول من الألفية الثانية. [ 13 ]

تشمل أولى المخطوطات التي استخدمت تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq)، حتى دون استخدام المصطلح نفسه، تلك المتعلقة بخطوط خلايا سرطان البروستاتا [ 14 ] (المؤرخة عام 2006)، ونبات البرسيم الحلزوني [ 15 ] (2006)، والذرة [ 16 ] (2007)، بينما ذُكر مصطلح "RNA-Seq" لأول مرة عام 2008. [ 7 ] [ 17 ] [ 18 ] يتزايد عدد المخطوطات التي تشير إلى تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي في العنوان أو الملخص (الشكل، الخط الأزرق) باستمرار، حيث نُشر 6754 مخطوطة عام 2018. ويشهد التقاطع بين تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي والطب (الشكل، الخط الذهبي) نموًا سريعًا مماثلًا. [ 19 ]

طُرق

إعداد المكتبة

سير العمل التجريبي النموذجي لتقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq). يتم عزل الحمض النووي الريبوزي من عينات متعددة، وتحويله إلى مكتبات الحمض النووي التكميلي (cDNA)، وتسلسله إلى صيغة قابلة للقراءة بواسطة الحاسوب، ومحاذاته مع مرجع، وقياسه كميًا لإجراء تحليلات لاحقة مثل التعبير التفاضلي والتضفير البديل. نظرة عامة على سير العمل التجريبي النموذجي لتقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq). [ 20 ]

تُشرح أدناه الخطوات العامة لإعداد مكتبة الحمض النووي التكميلي (cDNA) للتسلسل، ولكنها غالبًا ما تختلف بين المنصات. [ 20 ] [ 3 ] [ 21 ]

  1. عزل الحمض النووي الريبوزي (RNA): يُعزل الحمض النووي الريبوزي من الأنسجة ويُخلط مع إنزيم ديوكسي ريبونوكلياز (DNase). يُقلل إنزيم ديوكسي ريبونوكلياز من كمية الحمض النووي الجينومي. تُفحص كمية تحلل الحمض النووي الريبوزي باستخدام الرحلان الكهربائي الهلامي والشعيري ، وتُستخدم هذه الكمية لتحديد رقم سلامة الحمض النووي الريبوزي للعينة. تُؤخذ جودة الحمض النووي الريبوزي هذه، بالإضافة إلى الكمية الإجمالية للحمض النووي الريبوزي الأولي، في الاعتبار خلال خطوات تحضير المكتبة والتسلسل والتحليل اللاحقة.
  2. اختيار/استنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA): لتحليل الإشارات ذات الأهمية، يمكن الاحتفاظ بالحمض النووي الريبوزي المعزول كما هو، أو إثرائه بالحمض النووي الريبوزي ذي الذيول متعددة الأدينين (poly(A)) في الطرف 3' ليشمل فقط الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) حقيقي النواة ، أو استنزافه من الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (rRNA) ، و/أو ترشيحه للحمض النووي الريبوزي الذي يرتبط بتسلسلات محددة (انظر جدول طرق اختيار واستنزاف الحمض النووي الريبوزي أدناه). تتكون جزيئات الحمض النووي الريبوزي التي تحتوي على ذيول متعددة الأدينين في الطرف 3' في حقيقيات النوى بشكل أساسي من تسلسلات ناضجة ومعالجة ومشفرة. يتم اختيار ذيل متعدد الأدينين عن طريق مزج الحمض النووي الريبوزي مع قليل النوكليوتيدات متعددة الثايمين المرتبطة تساهميًا بركيزة، عادةً ما تكون خرزات مغناطيسية. [ 22 ] [ 17 ] يُعاني اختيار ذيل متعدد الأدينين من قيود مهمة في الكشف عن النمط الحيوي للحمض النووي الريبوزي. العديد من أنواع الحمض النووي الريبوزي (RNA) غير مُذيَّلة بذيل متعدد الأدينين، بما في ذلك العديد من أنواع الحمض النووي الريبوزي غير المشفر ونسخ بروتينات الهيستون الأساسية ، أو يتم تنظيمها عبر طول ذيلها متعدد الأدينين (مثل السيتوكينات)، وبالتالي قد لا يتم الكشف عنها بعد اختيار ذيل متعدد الأدينين. [ 23 ] علاوة على ذلك، قد يُظهر اختيار ذيل متعدد الأدينين تحيزًا متزايدًا نحو الطرف 3'، خاصةً مع الحمض النووي الريبوزي ذي الجودة المنخفضة. [ 24 ] [ 25 ] يمكن تجنب هذه القيود عن طريق استنفاد الريبوسومات، مما يؤدي إلى إزالة الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (rRNA) الذي يمثل عادةً أكثر من 90% من الحمض النووي الريبوزي في الخلية. كلتا خطوتي إثراء ذيل متعدد الأدينين واستنفاد الريبوسومات تتطلبان جهدًا كبيرًا وقد تُدخلان تحيزات، لذلك تم تطوير طرق أبسط لتجاوز هاتين الخطوتين. [ 26 ] يمكن عزل أهداف الحمض النووي الريبوزي الصغيرة، مثل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA )، بشكل أكبر من خلال اختيار الحجم باستخدام هلامات الاستبعاد أو الخرز المغناطيسي أو مجموعات تجارية.
  3. تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA): يُنسخ الحمض النووي الريبوزي (RNA) عكسيًا إلى الحمض النووي التكميلي (cDNA) نظرًا لأن الحمض النووي (DNA) أكثر استقرارًا، وللسماح بالتضخيم (باستخدام بوليميرازات الحمض النووي ) والاستفادة من تقنية تسلسل الحمض النووي الأكثر تطورًا. يؤدي التضخيم اللاحق للنسخ العكسي إلى فقدان اتجاه السلسلة ، وهو ما يمكن تجنبه باستخدام الوسم الكيميائي أو تسلسل الجزيء المفرد. تُجرى عملية التجزئة واختيار الحجم لتنقية التسلسلات ذات الطول المناسب لجهاز التسلسل. يُجزأ الحمض النووي الريبوزي (RNA) أو الحمض النووي التكميلي (cDNA) أو كلاهما باستخدام الإنزيمات أو الموجات فوق الصوتية أو الأيونات ثنائية التكافؤ أو البخاخات. تُقلل تجزئة الحمض النووي الريبوزي (RNA) من انحياز الطرف 5' للنسخ العكسي العشوائي وتأثير مواقع ارتباط البادئات ، [ 17 ] مع عيب يتمثل في تحويل الطرفين 5' و3' إلى الحمض النووي (DNA) بكفاءة أقل. يلي التجزئة اختيار الحجم، حيث تُزال التسلسلات الصغيرة أو يُختار نطاق ضيق من أطوال التسلسلات. نظرًا لفقدان جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة مثل الحمض النووي الريبوزي الميكروي ، يتم تحليلها بشكل مستقل. ويمكن فهرسة الحمض النووي التكميلي لكل تجربة باستخدام رمز شريطي سداسي أو ثماني، بحيث يمكن تجميع هذه التجارب في مسار واحد لإجراء التسلسل المتعدد.
طرق اختيار واستنزاف الحمض النووي الريبي: [ 20 ]
استراتيجيةالنوع السائد من الحمض النووي الريبيمحتوى الحمض النووي الريبوزيمحتوى الحمض النووي الريبي غير المعالجطريقة العزل
الحمض النووي الريبي الكليالجميععاليعاليلا أحد
اختيار بوليالبرمجةقليلقليلالتهجين مع قليل الوحدات من متعدد (dT)
استنزاف الحمض النووي الريبوزيالبرمجة، عدم البرمجةقليلعاليإزالة قليل الوحدات المكملة للرنا الريبوسومي
التقاط الحمض النووي الريبيمستهدفقليلمعتدلالتهجين باستخدام مجسات مكملة للنسخ المطلوبة

تسلسل الحمض النووي التكميلي (cDNA-Seq)

تُسلسل مكتبة الحمض النووي التكميلي (cDNA) المُستخلصة من الأنماط الحيوية للحمض النووي الريبوزي (RNA) إلى صيغة قابلة للقراءة بواسطة الحاسوب. توجد العديد من تقنيات التسلسل عالية الإنتاجية لتسلسل الحمض النووي التكميلي، بما في ذلك منصات طورتها شركات Illumina و Thermo Fisher و BGI/MGI و PacBio و Oxford Nanopore Technologies . [ 27 ] في تقنية تسلسل القراءة القصيرة من Illumina، وهي تقنية شائعة لتسلسل الحمض النووي التكميلي، تُربط المحولات بالحمض النووي التكميلي، ثم يُربط الحمض النووي بخلية التدفق، وتُولد التجمعات من خلال دورات من تضخيم الجسر وفصل السلاسل، ويُجرى التسلسل بالتخليق في دورات من تخليق السلسلة التكميلية وإثارة القواعد بالليزر باستخدام مُنهيات قابلة للعكس. ويُحدد اختيار منصة التسلسل ومعاييرها بناءً على تصميم التجربة والتكلفة. تشمل الاعتبارات الشائعة في تصميم التجارب تحديد طول التسلسل، وعمق التسلسل، واستخدام التسلسل أحادي الطرف مقابل التسلسل المزدوج، وعدد التكرارات، والتعدد، والعشوائية، والإضافات . [ 28 ]

First, cellular mRNA is extracted and fragmented into smaller mRNA sequences, which undergo reverse transcription. The resulting cDNAs are sequenced on a Next Generation Sequencing (NGS) platform. The results of such sequencing allow the generation of transcriptomic sequencing genomic maps.
تقنية تسلسل النسخ التجريبي (RNA-seq).

تسلسل الحمض النووي الريبي الصغير/الحمض النووي الريبي غير المشفر

عند تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) غير الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA)، يتم تعديل طريقة تحضير المكتبة. يُختار الحمض النووي الريبوزي الخلوي بناءً على نطاق الحجم المطلوب. بالنسبة لأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغيرة، مثل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA )، يُعزل الحمض النووي الريبوزي عن طريق اختيار الحجم. يمكن إجراء ذلك باستخدام هلام الاستبعاد الحجمي، أو باستخدام خرزات مغناطيسية لاختيار الحجم، أو باستخدام مجموعة أدوات تجارية جاهزة. بعد العزل، تُضاف روابط إلى الطرفين 3' و5' ثم يُنقى. الخطوة الأخيرة هي توليد الحمض النووي التكميلي (cDNA) من خلال النسخ العكسي.

التسلسل المباشر للحمض النووي الريبوزي

نظراً لأن تحويل الحمض النووي الريبوزي (RNA) إلى الحمض النووي التكميلي (cDNA) ، والربط، والتضخيم، وغيرها من عمليات معالجة العينات، قد أظهرت أنها تُدخل تحيزات وتشوهات قد تعيق كلاً من التوصيف والقياس الكمي الصحيحين للنسخ، [ 29 ] فقد استكشفت شركاتٌ مثل Helicos (التي أفلست) و Oxford Nanopore Technologies ، [ 30 ] وغيرها، تقنية التسلسل المباشر لجزيء واحد من الحمض النووي الريبوزي. وتقوم هذه التقنية بتسلسل جزيئات الحمض النووي الريبوزي مباشرةً بطريقة متوازية واسعة النطاق.

تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الجزيء في الوقت الحقيقي

تم استكشاف تقنية التسلسل المباشر للحمض النووي الريبوزي أحادي الجزيء المتوازي على نطاق واسع كبديل لتقنية التسلسل التقليدية، حيث قد تُؤدي عمليات تحويل الحمض النووي الريبوزي إلى الحمض النووي المكمل ، والربط، والتضخيم، وغيرها من خطوات معالجة العينة إلى تحيزات وتشوهات. [ 31 ] تشمل منصات التكنولوجيا التي تُجري تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الجزيء في الوقت الحقيقي تقنية تسلسل النانوبور من شركة أوكسفورد نانوبور تكنولوجيز (ONT) . [ 30 ] يحافظ تسلسل الحمض النووي الريبوزي في شكله الأصلي على التعديلات مثل المثيلة، مما يسمح بدراستها بشكل مباشر ومتزامن. [ 30 ] من المزايا الأخرى لتقنية التسلسل المباشر للحمض النووي الريبوزي أحادي الجزيء إمكانية تغطية النسخ بطولها الكامل، مما يسمح باكتشاف وتحديد كمية الأشكال المتغايرة بدقة أعلى مقارنةً بتسلسل القراءة القصيرة. تقليديًا، تتميز طرق التسلسل المباشر للحمض النووي الريبوزي أحادي الجزيء بمعدلات خطأ أعلى مقارنةً بتسلسل القراءة القصيرة، ولكن الطرق الأحدث مثل تقنية التسلسل المباشر للحمض النووي الريبوزي من شركة أوكسفورد نانوبور تكنولوجيز (ONT) تتميز بمعدل خطأ أقل. أظهرت الاستخدامات الحديثة لتقنية ONT direct RNA-Seq للتعبير التفاضلي في مجموعات الخلايا البشرية أن هذه التقنية يمكنها التغلب على العديد من القيود التي تفرضها تقنيات تسلسل الحمض النووي التكميلي (cDNA) القصيرة والطويلة. [ 32 ]

تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNA-Seq)

تُحلل الطرق القياسية، مثل المصفوفات الدقيقة وتحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) القياسي، التعبير عن الحمض النووي الريبوزي من مجموعات كبيرة من الخلايا. في مجموعات الخلايا المختلطة، قد تُخفي هذه القياسات اختلافات جوهرية بين الخلايا الفردية داخل هذه المجموعات. [ 33 ] [ 34 ]

يُتيح تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNA-Seq) الحصول على بيانات التعبير الجيني للخلايا الفردية. ورغم أنه لا يُمكن الحصول على معلومات كاملة عن كل حمض نووي ريبوزي تُعبّر عنه كل خلية، نظرًا لقلة كمية المادة المتاحة، إلا أنه يُمكن تحديد أنماط التعبير الجيني من خلال تحليلات تجميع الجينات . وهذا بدوره يُمكن أن يكشف عن وجود أنواع خلايا نادرة ضمن مجموعة الخلايا، ربما لم يسبق رصدها من قبل. على سبيل المثال، تم تحديد خلايا متخصصة نادرة في الرئة تُسمى الخلايا الأيونية الرئوية، والتي تُعبّر عن مُنظِّم التوصيل عبر الغشاء في التليف الكيسي، في عام 2018 من قِبل مجموعتين بحثيتين أجرتا تحليل scRNA-Seq على ظهارة مجرى الهواء الرئوي. [ 35 ] [ 36 ]

اعتبارات تجريبية

تُؤخذ مجموعة متنوعة من المعايير في الاعتبار عند تصميم وإجراء تجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq):

  • التخصص النسيجي: يختلف التعبير الجيني داخل الأنسجة وبينها، ويقيس تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) هذا التنوع في أنواع الخلايا. قد يُصعّب هذا الأمر عزل الآلية البيولوجية محل الاهتمام. يمكن استخدام تسلسل الخلية المفردة لدراسة كل خلية على حدة، مما يُخفف من هذه المشكلة.
  • التغير الزمني: يتغير التعبير الجيني بمرور الوقت، ولا يوفر تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) سوى لقطة سريعة. يمكن استخدام طرق تسلسل الحمض النووي الريبوزي المعتمدة على الزمن لمراقبة التغيرات في النسخ الجيني.
  • التغطية (وتُعرف أيضًا بالعمق): يحتوي الحمض النووي الريبوزي (RNA) على نفس الطفرات الموجودة في الحمض النووي (DNA)، ويتطلب الكشف عنها تغطية أعمق. مع تغطية عالية كافية، يمكن استخدام تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) لتقدير التعبير الجيني لكل أليل . قد يُسهم ذلك في فهم ظواهر مثل البصمة الجينية أو التأثيرات التنظيمية المجاورة . يمكن استقراء عمق التسلسل المطلوب لتطبيقات محددة من تجربة أولية. [ 37 ]
  • تشوهات توليد البيانات (المعروفة أيضًا بالتباين التقني): قد تؤدي الكواشف (مثل مجموعة تحضير المكتبة)، والعاملون، ونوع جهاز التسلسل (مثل Illumina أو Pacific Biosciences ) إلى تشوهات تقنية قد تُفسَّر خطأً على أنها نتائج ذات دلالة. وكما هو الحال في أي تجربة علمية، يُنصح بإجراء تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) في بيئة مضبوطة جيدًا. إذا لم يكن ذلك ممكنًا، أو كانت الدراسة تحليلًا تجميعيًا ، فإن الحل الآخر هو الكشف عن التشوهات التقنية من خلال استنتاج المتغيرات الكامنة (عادةً تحليل المكونات الرئيسية أو تحليل العوامل ) ثم تصحيح هذه المتغيرات. [ 38 ]
  • إدارة البيانات: عادةً ما يتراوح حجم تجربة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) الواحدة في البشر بين 1 و5 جيجابايت (مضغوطة)، أو أكثر عند تضمين الملفات الوسيطة. [ 39 ] قد يُسبب هذا الحجم الكبير من البيانات مشاكل في التخزين. يتمثل أحد الحلول في ضغط البيانات باستخدام مخططات حسابية متعددة الأغراض (مثل gzip ) أو مخططات خاصة بعلم الجينوم. يمكن أن تستند الأخيرة إلى تسلسلات مرجعية أو إلى تسلسلات جديدة. حل آخر هو إجراء تجارب المصفوفات الدقيقة، والتي قد تكون كافية للأبحاث القائمة على الفرضيات أو دراسات التكرار (بدلاً من الأبحاث الاستكشافية).

تحليل

تجميع النسخ الجيني

سير عمل قياسي لتحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq). تتم محاذاة القراءات المتسلسلة مع جينوم مرجعي و/أو ترانسكريبتوم، ثم تتم معالجتها لاحقًا لمجموعة متنوعة من عمليات مراقبة الجودة والاكتشاف والتحليلات القائمة على الفرضيات.

تُستخدم طريقتان لربط قراءات التسلسل الخام بالخصائص الجينومية (أي تجميع النسخ الجيني):

  • التجميع من الصفر: لا يتطلب هذا النهج جينومًا مرجعيًا لإعادة بناء النسخ الجيني، ويُستخدم عادةً إذا كان الجينوم غير معروف أو غير مكتمل أو مُعدّلًا بشكل كبير مقارنةً بالمرجع. [ 40 ] تشمل التحديات عند استخدام قراءات قصيرة للتجميع من الصفر ما يلي: 1) تحديد القراءات التي يجب ضمها معًا في تسلسلات متجاورة ( contigs )، 2) مقاومة أخطاء التسلسل وغيرها من الشوائب، و3) الكفاءة الحسابية. انتقلت الخوارزمية الأساسية المستخدمة في التجميع من الصفر من رسوم بيانية للتداخل، التي تحدد جميع التداخلات الثنائية بين القراءات، إلى رسوم بيانية دي بروين ، التي تقسم القراءات إلى تسلسلات بطول k وتُدمج جميع k-mers في جدول تجزئة . [ 41 ] استُخدمت رسوم بيانية للتداخل مع تسلسل سانجر، لكنها لا تتناسب جيدًا مع ملايين القراءات المُولّدة باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq). من أمثلة برامج تجميع الجينوم التي تستخدم مخططات دي بروين: ترينيتي [ 40 ] ، وأواسيس [ 42 ] (المشتق من برنامج تجميع الجينوم فيلفيت [ 43 ] )، وبريدجر [ 44 ] ، وRNASPAdes [ 45 ] . يمكن لتسلسل القراءة المزدوجة والطويلة لنفس العينة أن يخفف من أوجه القصور في تسلسل القراءة القصيرة من خلال العمل كقالب أو هيكل. تشمل مقاييس تقييم جودة التجميع من الصفر: متوسط ​​طول القطع المتجاورة، وعدد القطع المتجاورة، و N50 [ 46 ] .
محاذاة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) مع قراءات قصيرة مقسمة إلى إنترونات. محاذاة القراءات القصيرة مع تسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) والجينوم المرجعي. يجب أن يأخذ برنامج المحاذاة في الاعتبار القراءات القصيرة التي تتداخل مع وصلات الإكسونات (باللون الأحمر)، وبالتالي تتجاوز أقسام الإنترونات في الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي (pre-mRNA) والجينوم المرجعي.
  • التوجيه الجينومي: يعتمد هذا النهج على نفس أساليب محاذاة الحمض النووي، مع إضافة تعقيد محاذاة القراءات التي تغطي أجزاءً غير متصلة من الجينوم المرجعي. [ 47 ] تنتج هذه القراءات غير المتصلة عن تسلسل النسخ الموصولة (انظر الشكل). عادةً، تتكون خوارزميات المحاذاة من خطوتين: 1) محاذاة أجزاء قصيرة من القراءة (أي، تهيئة الجينوم)، و2) استخدام البرمجة الديناميكية لإيجاد المحاذاة المثلى، أحيانًا بالاشتراك مع الشروح المعروفة. تشمل أدوات البرمجيات التي تستخدم المحاذاة الموجهة بالجينوم: Bowtie ، [ 48 ] وTopHat (الذي يعتمد على نتائج Bowtie لمحاذاة وصلات الربط)، [ 49 ] [ 50 ] و Subread، [ 51 ] وSTAR، [ 47 ] وHISAT2، [ 52 ] وGMAP. [ 53 ] يمكن استخدام مخرجات أدوات محاذاة (تخطيط) الجينوم الموجهة بواسطة أدوات مثل Cufflinks [ 50 ] أو StringTie [ 54 ] لإعادة بناء تسلسلات النسخ المتجاورة ( أي ملف FASTA). يمكن قياس جودة التجميع الموجه بالجينوم باستخدام كل من: 1) مقاييس التجميع من الصفر (مثل N50) و2) المقارنات مع تسلسلات النسخ المعروفة، ومواقع الربط، والجينوم، والبروتين باستخدام الدقة، أو الاستدعاء ، أو كليهما (مثل درجة F1). [ 46 ] بالإضافة إلى ذلك، يمكن إجراء تقييم حاسوبي باستخدام قراءات محاكاة. [ 55 ] [ 56 ]

ملاحظة حول جودة التجميع: يتفق الرأي السائد حاليًا على أن: 1) جودة التجميع قد تختلف باختلاف المقياس المستخدم، 2) أدوات التجميع التي حققت نتائج جيدة في نوع معين لا تؤدي بالضرورة أداءً جيدًا في الأنواع الأخرى، 3) قد يكون الجمع بين مناهج مختلفة هو الأكثر موثوقية. [ 57 ] [ 58 ] [ 59 ]

قياس التعبير الجيني

يُقاس التعبير الجيني لدراسة التغيرات الخلوية استجابةً للمؤثرات الخارجية، والاختلافات بين الحالات الصحية والمرضية ، وغيرها من المسائل البحثية. غالبًا ما تُستخدم مستويات النسخ كمؤشر على وفرة البروتين، ولكن هذه المؤشرات لا تكون متكافئة في كثير من الأحيان بسبب أحداث ما بعد النسخ مثل تداخل الحمض النووي الريبوزي (RNAi) وتحلل الحمض النووي الريبوزي الوسيط بالهراء . [ 60 ]

يُقاس التعبير الجيني بحساب عدد القراءات التي رُسمت على كل موقع في خطوة تجميع النسخ الجينية . ويمكن قياس التعبير الجيني للإكسونات أو الجينات باستخدام القطع المتجاورة أو بيانات النسخ المرجعية. [ 20 ] وقد تم التحقق من صحة عدد قراءات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) المُلاحظة هذه بشكل دقيق باستخدام تقنيات أقدم، بما في ذلك مصفوفات التعبير الجيني وتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) . [ 37 ] [ 61 ] ومن الأدوات التي تُستخدم لقياس عدد القراءات: HTSeq، [ 62 ] وFeatureCounts ، [ 63 ] وRcount ، [ 64 ] وmaxcounts، [ 65 ] و FIXSEQ، [ 66 ] وCuffquant. تُحدد هذه الأدوات عدد القراءات من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) المُحاذية، ولكن يمكن أيضًا الحصول على عدد القراءات بدون محاذاة باستخدام Sailfish [ 67 ] وKallisto. [ 68 ] ثم تُحوّل أعداد القراءات إلى مقاييس مناسبة لاختبار الفرضيات، والانحدارات، وغيرها من التحليلات. المعايير الخاصة بهذا التحويل هي:

  • عمق/تغطية التسلسل : على الرغم من تحديد العمق مسبقًا عند إجراء تجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) المتعددة، إلا أنه سيظل يختلف اختلافًا كبيرًا بين التجارب. [ 69 ] لذلك، عادةً ما يتم توحيد إجمالي عدد القراءات المُولَّدة في تجربة واحدة عن طريق تحويل عدد القراءات إلى أجزاء، أو قراءات، أو عدد القراءات لكل مليون قراءة مُرتبطة (FPM، أو RPM، أو CPM). وقد نشأ الفرق بين RPM وFPM تاريخيًا خلال تطور التسلسل من التسلسل أحادي الطرف للأجزاء إلى التسلسل ثنائي الطرف. في التسلسل أحادي الطرف، توجد قراءة واحدة فقط لكل جزء ( أي RPM = FPM). أما في التسلسل ثنائي الطرف، فتوجد قراءتان لكل جزء ( أي RPM = 2 × FPM). يُشار أحيانًا إلى عمق التسلسل بحجم المكتبة ، وهو عدد جزيئات الحمض النووي التكميلي (cDNA) الوسيطة في التجربة.
  • طول الجين: تحتوي الجينات الأطول على عدد أكبر من الأجزاء/القراءات/العدد مقارنةً بالجينات الأقصر إذا كان التعبير الجيني متساوياً. ويتم تعديل ذلك بقسمة عدد الأجزاء لكل كيلوبايت من الميزة لكل مليون قراءة مُرتبطة (FPKM) على طول الميزة (والتي قد تكون جينًا أو نسخة جينية أو إكسونًا)، مما ينتج عنه مقياس الأجزاء لكل كيلوبايت من الميزة لكل مليون قراءة مُرتبطة (FPKM). [ 70 ] عند النظر إلى مجموعات الميزات عبر العينات، يتم تحويل FPKM إلى نسخ جينية لكل مليون (TPM) بقسمة كل FPKM على مجموع قيم FPKM داخل العينة. [ 71 ] [ 72 ] [ 73 ]
  • إجمالي ناتج الحمض النووي الريبوزي (RNA) من العينة: نظرًا لاستخلاص نفس كمية الحمض النووي الريبوزي من كل عينة، فإن العينات ذات إجمالي الحمض النووي الريبوزي الأكبر تحتوي على كمية أقل من الحمض النووي الريبوزي لكل جين. ويبدو أن هذه الجينات تُظهر انخفاضًا في التعبير الجيني، مما يؤدي إلى نتائج إيجابية خاطئة في التحليلات اللاحقة. [ 69 ] تحاول استراتيجيات التطبيع، بما في ذلك التطبيع الكمي، وDESeq2، وTMM، ونسبة الوسيط، مراعاة هذا الاختلاف من خلال مقارنة مجموعة من الجينات غير المتغيرة التعبير بين العينات، وتعديل المقياس وفقًا لذلك. [ 74 ]
  • يُنمذج تباين التعبير الجيني لكل جين لمراعاة خطأ المعاينة (وهو أمر مهم للجينات ذات عدد القراءات المنخفض)، وزيادة القدرة الإحصائية، وتقليل النتائج الإيجابية الكاذبة. يمكن تقدير التباين كتوزيع طبيعي ، أو توزيع بواسون ، أوتوزيع ذي الحدين السالب [ 75 ] [ 76 ] [ 77 ] ، وغالبًا ما يُقسّم إلى تباين تقني وتباين بيولوجي.

إضافات لتحديد الكم المطلق والكشف عن التأثيرات على مستوى الجينوم

تُعد عينات RNA spike-ins عينات من RNA بتركيزات معروفة يمكن استخدامها كمعايير ذهبية في التصميم التجريبي وأثناء التحليلات اللاحقة للقياس الكمي المطلق والكشف عن التأثيرات على مستوى الجينوم.

  • القياس الكمي المطلق: لا يُمكن إجراء القياس الكمي المطلق للتعبير الجيني في معظم تجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq)، حيث يتم قياس التعبير نسبةً إلى جميع النسخ. يُمكن تحقيق ذلك بإجراء تسلسل الحمض النووي الريبوزي مع عينات مرجعية (spike-ins) ، وهي عينات من الحمض النووي الريبوزي بتراكيز معروفة. بعد التسلسل، تُستخدم قراءات التسلسلات المرجعية لتحديد العلاقة بين قراءات كل جين والكميات المطلقة للأجزاء البيولوجية. [ 17 ] [ 78 ] في أحد الأمثلة، استُخدمت هذه التقنية في أجنة الضفدع الاستوائي (Xenopus tropicalis) لتحديد حركية النسخ. [ 79 ]
  • الكشف عن التأثيرات على مستوى الجينوم: لا تتوافق التغيرات في المنظمات العامة، بما في ذلك مُعدِّلات الكروماتين ، وعوامل النسخ (مثل MYC )، ومجمعات أسيتيل ترانسفيراز ، وتحديد مواقع النيوكليوسومات، مع افتراضات التطبيع، ويمكن أن توفر عناصر التحكم الداخلية تفسيرًا دقيقًا. [ 80 ] [ 81 ]

التطبيقات

التعبير التفاضلي

يُعدّ اكتشاف الاختلافات في التعبير الجيني بين حالتين أو أكثر ( مثلًا ، مُعالَجة مقابل غير مُعالَجة) أبسط استخدامات تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq)، ولكنه غالبًا ما يكون الأكثر فعالية ؛ وتُسمى هذه العملية بالتعبير التفاضلي. تُعرف النتائج عادةً بالجينات المُعبَّر عنها تفاضليًا (DEGs)، ويمكن أن تكون هذه الجينات مُنظَّمة تصاعديًا أو تنازليًا ( أي أعلى أو أقل في الحالة المدروسة). تتوفر العديد من الأدوات لإجراء تحليل التعبير التفاضلي ، ومعظمها يعمل باستخدام لغة R أو Python أو سطر أوامر Unix . تشمل الأدوات الشائعة الاستخدام DESeq [ 76 ] وedgeR [ 77 ] وvoom+limma [ 75 ] [ 82 ] ، وجميعها متاحة عبر R/ Bioconductor [ 83 ] [ 84 ] . فيما يلي الاعتبارات الشائعة عند إجراء تحليل التعبير التفاضلي:

  • المدخلات: تشمل مدخلات التعبير التفاضلي ما يلي: (1) مصفوفة تعبير RNA-Seq (عدد الجينات M × عدد العينات N)، و(2) مصفوفة تصميم تحتوي على الشروط التجريبية لعدد N من العينات. تحتوي أبسط مصفوفة تصميم على عمود واحد، يُمثل تصنيفات الحالة قيد الاختبار. يمكن أن تشمل المتغيرات المصاحبة الأخرى (المعروفة أيضًا بالعوامل أو السمات أو التصنيفات أو المعلمات) تأثيرات الدُفعات ، والتشوهات المعروفة، وأي بيانات وصفية قد تُؤثر على التعبير الجيني أو تُؤثر فيه. بالإضافة إلى المتغيرات المصاحبة المعروفة، يمكن أيضًا تقدير المتغيرات المصاحبة غير المعروفة من خلال مناهج التعلم الآلي غير الخاضعة للإشراف، بما في ذلك تحليل المكونات الرئيسية ، والمتغيرات البديلة [ 85 ] ، وتحليل PEER [ 38 ] . غالبًا ما تُستخدم تحليلات المتغيرات الخفية لبيانات RNA-Seq للأنسجة البشرية، والتي عادةً ما تحتوي على تشوهات إضافية غير مُدرجة في البيانات الوصفية ( مثل : مدة نقص التروية، والمصادر من مؤسسات متعددة، والسمات السريرية الكامنة، وجمع البيانات على مدى سنوات عديدة بواسطة العديد من الموظفين).
  • الأساليب: تستخدم معظم الأدوات الانحدار أو الإحصاءات غير البارامترية لتحديد الجينات ذات التعبير التفاضلي، وتعتمد إما على عدد القراءات المُرتبطة بجينوم مرجعي (DESeq2، limma، edgeR) أو على عدد القراءات المُستمدة من التحديد الكمي غير المرتبط بالمحاذاة (sleuth، [ 86 ] Cuffdiff، [ 87 ] Ballgown [ 88 ] ). [ 89 ] بعد الانحدار، تستخدم معظم الأدوات إما تعديلات قيمة p لمعدل الخطأ العائلي (FWER) أو معدل الاكتشاف الخاطئ (FDR) لمراعاة الفرضيات المتعددة (في الدراسات البشرية، حوالي 20000 جين مُشفِّر للبروتين أو حوالي 50000 نمط حيوي).
  • المخرجات: تتكون المخرجات النموذجية من صفوف تُمثل عدد الجينات، وثلاثة أعمدة على الأقل، تمثل التغير اللوغاريتمي لكل جين ( التحويل اللوغاريتمي لنسبة التعبير بين الحالات، وهو مقياس لحجم التأثير )، وقيمة p ، وقيمة p المعدلة للمقارنات المتعددة . تُعتبر الجينات ذات دلالة بيولوجية إذا استوفت معايير محددة لحجم التأثير (التغير اللوغاريتمي) والدلالة الإحصائية . من الأفضل تحديد هذه المعايير مسبقًا ، ولكن نظرًا لأن تجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) غالبًا ما تكون استكشافية، فمن الصعب التنبؤ بأحجام التأثير والمعايير المناسبة مسبقًا.
  • المخاطر: يكمن الهدف من هذه الطرق المعقدة في تجنب المخاطر العديدة التي قد تؤدي إلى أخطاء إحصائية وتفسيرات مضللة. تشمل هذه المخاطر ارتفاع معدلات النتائج الإيجابية الكاذبة (نتيجةً للمقارنات المتعددة)، وشوائب تحضير العينات، وعدم تجانس العينات (مثل الخلفيات الجينية المختلطة)، والعينات شديدة الارتباط، وعدم مراعاة التصاميم التجريبية متعددة المستويات ، وضعف التصميم التجريبي . ومن أبرز هذه المخاطر عرض النتائج في برنامج مايكروسوفت إكسل دون استخدام خاصية الاستيراد لضمان بقاء أسماء الجينات نصية. [ 90 ] فعلى الرغم من سهولة هذه الطريقة، يقوم برنامج إكسل تلقائيًا بتحويل بعض أسماء الجينات ( مثل SEPT1 و DEC1 و MARCH2 ) إلى تواريخ أو أرقام عشرية.
  • اختيار الأدوات والمقارنة المعيارية: توجد جهود عديدة لمقارنة نتائج هذه الأدوات، حيث يميل برنامج DESeq2 إلى التفوق بشكل معتدل على الطرق الأخرى. [ 91 ] [ 92 ] [ 93 ] [ 94 ] [ 28 ] [ 89 ] [ 95 ] [ 96 ] وكما هو الحال مع الطرق الأخرى، تتضمن المقارنة المعيارية مقارنة مخرجات الأدوات ببعضها البعض ومع المعايير الذهبية المعروفة .

تتنوع التحليلات اللاحقة لقائمة الجينات المتغيرة التعبير بين نوعين: التحقق من صحة الملاحظات واستخلاص استنتاجات بيولوجية. ونظرًا لمخاطر التعبير التفاضلي وتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq)، تُعاد الملاحظات المهمة باستخدام (1) طريقة مستقلة على نفس العينات (مثل تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي ) أو (2) تجربة أخرى، مسجلة مسبقًا في بعض الأحيان ، على مجموعة جديدة. يساعد الخيار الأخير على ضمان إمكانية تعميم النتائج، ويمكن عادةً متابعته بتحليل تجميعي لجميع المجموعات المجمعة. الطريقة الأكثر شيوعًا للحصول على فهم بيولوجي أعمق للنتائج هي تحليل إثراء مجموعة الجينات ، على الرغم من أنه يتم أحيانًا استخدام مناهج الجينات المرشحة. يُحدد إثراء مجموعات الجينات ما إذا كان التداخل بين مجموعتين من الجينات ذا دلالة إحصائية، وفي هذه الحالة ، التداخل بين الجينات المُعبَّر عنها تفاضليًا ومجموعات الجينات من المسارات/قواعد البيانات المعروفة ( مثل علم الجينات ، و KEGG ، وعلم النمط الظاهري البشري ) أو من تحليلات تكميلية في نفس البيانات (مثل شبكات التعبير المشترك). تشمل الأدوات الشائعة لإثراء مجموعات الجينات واجهات الويب ( مثل ENRICHR، وg:profiler، وWEBGESTALT) [ 97 ] وحزم البرامج. عند تقييم نتائج الإثراء، تتمثل إحدى الطرق الاستدلالية في البحث أولًا عن إثراء البيولوجيا المعروفة كتحقق من صحة النتائج، ثم توسيع نطاق البحث ليشمل بيولوجيا جديدة.

أمثلة على أنماط التضفير البديل للحمض النووي الريبي. يتم تمثيل الإكسونات بمربعات زرقاء وصفراء، والإنترونات المضفّرة بخطوط سوداء أفقية تربط بين إكسونين، ووصلات الإكسون-إكسون بخطوط رمادية رفيعة تربط بين إكسونين.

التضفير البديل

يُعدّ تضفير الحمض النووي الريبوزي (RNA) جزءًا لا يتجزأ من حقيقيات النوى، ويساهم بشكل كبير في تنظيم البروتينات وتنوعها، إذ يحدث في أكثر من 90% من الجينات البشرية. [ 98 ] توجد أنماط تضفير بديلة متعددة ، منها: حذف الإكسون (النمط الأكثر شيوعًا في البشر وحقيقيات النوى العليا)، والإكسونات المتنافية، ومواقع مانحة أو مستقبلة بديلة، والاحتفاظ بالإنترون (النمط الأكثر شيوعًا في النباتات والفطريات والأوليات)، وموقع بدء النسخ البديل (المحفز)، والتذييل المتعدد الأدينين البديل. [ 98 ] يتمثل أحد أهداف تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) في تحديد أحداث التضفير البديل واختبار ما إذا كانت تختلف بين الظروف. يلتقط التسلسل طويل القراءة النسخة الكاملة، وبالتالي يقلل من العديد من المشكلات في تقدير وفرة الأشكال المتغايرة، مثل غموض تحديد مواقع القراءة. أما بالنسبة لتسلسل الحمض النووي الريبوزي قصير القراءة، فتوجد طرق متعددة للكشف عن التضفير البديل، ويمكن تصنيفها إلى ثلاث مجموعات رئيسية: [ 99 ] [ 71 ] [ 100 ]

  • التضفير التفاضلي القائم على العد (وأيضًا القائم على الأحداث): تقدير الاحتفاظ بالإكسونات. ومن الأمثلة على ذلك DEXSeq، [ 101 ] و MATS، [ 102 ] وSeqGSEA. [ 103 ]
  • تعتمد هذه الطريقة على الأشكال المتغايرة (بما في ذلك وحدات القراءة المتعددة، والتعبير التفاضلي للأشكال المتغايرة) : حيث يتم تقدير وفرة الأشكال المتغايرة أولاً، ثم الوفرة النسبية بين الحالات. ومن الأمثلة على ذلك Cufflinks 2 [ 104 ] وDiffSplice [ 105 ] .
  • يعتمد على استئصال الإنترون: حساب التضفير البديل باستخدام قراءات مجزأة. ومن الأمثلة على ذلك MAJIQ [ 106 ] و Leafcutter [ 100 ] .

يمكن أيضًا استخدام أدوات التعبير الجيني التفاضلي للتعبير التفاضلي عن الأشكال المتغايرة إذا تم تحديد كمية الأشكال المتغايرة مسبقًا باستخدام أدوات أخرى مثل RSEM. [ 107 ]

شبكات التعبير المشترك

شبكات التعبير المشترك هي تمثيلات مستمدة من البيانات للجينات التي تتصرف بطريقة مماثلة عبر الأنسجة والظروف التجريبية. [ 108 ] يكمن هدفها الرئيسي في توليد الفرضيات واعتماد منهجيات الربط لاستنتاج وظائف الجينات غير المعروفة سابقًا. [ 108 ] استُخدمت بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) لاستنتاج الجينات المشاركة في مسارات محددة بناءً على معامل ارتباط بيرسون ، في كل من النباتات [ 109 ] والثدييات . [ 110 ] تتمثل الميزة الرئيسية لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) في هذا النوع من التحليل، مقارنةً بمنصات المصفوفات الدقيقة، في قدرتها على تغطية كامل النسخ الجيني، مما يسمح بإمكانية الكشف عن تمثيلات أكثر شمولًا لشبكات تنظيم الجينات. يمكن الكشف عن التنظيم التفاضلي لنظائر التضفير لنفس الجين واستخدامه للتنبؤ بوظائفها البيولوجية. [ 111 ] [ 112 ] استُخدم تحليل شبكة التعبير المشترك للجينات الموزونة بنجاح لتحديد وحدات التعبير المشترك والجينات المحورية داخل الوحدات بناءً على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq). قد تتوافق وحدات التعبير المشترك مع أنواع الخلايا أو المسارات. ويمكن تفسير المحاور الداخلية عالية الترابط على أنها تمثل وحداتها الخاصة. الجين الذاتي هو مجموع مرجح لتعبير جميع الجينات في الوحدة. تُعد الجينات الذاتية مؤشرات حيوية مفيدة (سمات) للتشخيص والتنبؤ. [ 113 ] وقد اقتُرحت مناهج تحويل تثبيت التباين لتقدير معاملات الارتباط بناءً على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي. [ 109 ]

اكتشاف المتغيرات

يلتقط تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) التباين في الحمض النووي، بما في ذلك المتغيرات أحادية النوكليوتيد ، والإضافات/الحذوفات الصغيرة ، والتغيرات البنيوية . ويشبه تحديد المتغيرات في RNA-Seq تحديد متغيرات الحمض النووي، وغالبًا ما يستخدم الأدوات نفسها (بما في ذلك SAMtools mpileup [ 114 ] وGATK HaplotypeCaller [ 115 ] ) مع تعديلات لمراعاة التضفير. ومن السمات الفريدة لمتغيرات الحمض النووي الريبوزي التعبيرَ الخاص بالأليل (ASE) : حيث قد تُعبَّر المتغيرات من نمط فرداني واحد فقط بشكل تفضيلي بسبب تأثيرات تنظيمية تشمل البصمة الجينية ومواضع السمات الكمية للتعبير ، والمتغيرات النادرة غير المشفرة . [ 116 ] [ 117 ] تشمل قيود تحديد متغيرات الحمض النووي الريبي أنها تعكس فقط المناطق المعبر عنها (في البشر، <5٪ من الجينوم)، ويمكن أن تخضع للتحيزات التي تم إدخالها عن طريق معالجة البيانات (على سبيل المثال، تقلل تجميعات النسخ الجديدة من تقدير التغاير الزيجوتي [ 118 ] )، ولها جودة أقل عند مقارنتها بتسلسل الحمض النووي المباشر.

تعديل الحمض النووي الريبوزي (التعديلات اللاحقة للنسخ)

يُساعد تطابق التسلسلات الجينومية والترانسكريبتومية للفرد في الكشف عن التعديلات اللاحقة للنسخ ( تعديل الحمض النووي الريبوزي ). [ 3 ] يتم تحديد حدث تعديل لاحق للنسخ إذا كان لنسخة الجين أليل/متغير غير موجود في البيانات الجينومية.

حدث اندماج جيني وسلوك قراءات التسلسل المزدوجة التي تقع على جانبي اتحاد الجينات. يمكن أن يحدث اندماج الجينات في وضعية "ترانس" (Trans )، بين جينات على كروموسومات منفصلة، ​​أو في وضعية "سيس" (Cis )، بين جينين على نفس الكروموسوم.

الكشف عن جينات الاندماج

اكتسبت الجينات المندمجة، الناتجة عن تعديلات بنيوية مختلفة في الجينوم، اهتمامًا متزايدًا نظرًا لارتباطها بالسرطان. [ 119 ] إن قدرة تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) على تحليل كامل النسخ الجيني للعينة بطريقة غير متحيزة تجعلها أداة جذابة لاكتشاف هذه الأنواع من الأحداث الشائعة في السرطان. [ 4 ]

تستند الفكرة إلى عملية محاذاة قراءات النسخ الجيني القصيرة مع جينوم مرجعي. تقع معظم القراءات القصيرة ضمن إكسون كامل واحد، ومن المتوقع أن ترتبط مجموعة أصغر، ولكنها لا تزال كبيرة، بوصلات إكسون-إكسون معروفة. تُحلل القراءات القصيرة المتبقية غير المرتبطة لتحديد ما إذا كانت تتطابق مع وصلة إكسون-إكسون حيث تأتي الإكسونات من جينات مختلفة. يُعد هذا دليلاً على احتمال حدوث اندماج، إلا أنه نظرًا لطول القراءات، قد تكون هذه الطريقة غير دقيقة. يتمثل نهج بديل في استخدام قراءات مزدوجة الأطراف، حيث يرتبط كل طرف من القراءات المزدوجة، التي قد يكون عددها كبيرًا، بإكسون مختلف، مما يوفر تغطية أفضل لهذه الأحداث (انظر الشكل). ومع ذلك، تتكون النتيجة النهائية من تركيبات جينية متعددة، وربما جديدة، توفر نقطة انطلاق مثالية لمزيد من التحقق.

تحليل عدد النسخ

تُستخدم تحليلات عدد النسخ (CNA) بشكل شائع في دراسات السرطان. إذ يُعد اكتساب الجينات أو فقدانها مؤشرًا حيويًا رئيسيًا للخلل الجزيئي في علم الأورام، وله دلالات على مسارات الإشارات الخلوية. ولا يُعد استخلاص معلومات CNA من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) أمرًا بسيطًا نظرًا لاختلافات التعبير الجيني، مما يؤدي إلى تباين في عمق القراءة بين الجينات. ونظرًا لهذه الصعوبات، تُجرى معظم هذه التحليلات عادةً باستخدام تسلسل الجينوم الكامل/تسلسل الإكسوم الكامل (WGS/WES). إلا أن أدوات المعلوماتية الحيوية المتقدمة قادرة على استخلاص معلومات CNA من بيانات RNA-Seq. [ 9 ]

اكتشاف المؤشرات الحيوية

تتمتع تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) بإمكانية تحديد جوانب بيولوجية جديدة للأمراض، وتحديد المؤشرات الحيوية للدلالات السريرية، واستنتاج المسارات الدوائية، وإجراء التشخيصات الجينية. [ 120 ] [ 121 ] ويمكن تخصيص هذه النتائج بشكل أكبر لمجموعات فرعية أو حتى لمرضى محددين، مما قد يُسهم في تطوير أساليب أكثر فعالية للوقاية والتشخيص والعلاج. وتعتمد جدوى هذا النهج جزئيًا على التكاليف المالية والزمنية؛ ومن القيود الأخرى ذات الصلة الحاجة إلى فريق من المتخصصين (علماء المعلوماتية الحيوية، والأطباء/المعالجين، والباحثين الأساسيين، والفنيين) لتفسير الكم الهائل من البيانات الناتجة عن هذا التحليل تفسيرًا كاملًا. [ 122 ]

علم الجينوم المتعدد

حظيت بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) باهتمام كبير بعد أن استخدم مشروعا موسوعة عناصر الحمض النووي (ENCODE) وأطلس جينوم السرطان (TCGA) هذا النهج لتوصيف عشرات من سلالات الخلايا [ 123 ] وآلاف من عينات الأورام الأولية [ 124 ] على التوالي. هدف مشروع ENCODE إلى تحديد المناطق التنظيمية على مستوى الجينوم في مجموعات مختلفة من سلالات الخلايا، وتُعد بيانات النسخ الجيني بالغة الأهمية لفهم التأثير اللاحق لتلك الطبقات التنظيمية فوق الجينية والوراثية. أما مشروع TCGA، فقد هدف إلى جمع وتحليل آلاف عينات المرضى من 30 نوعًا مختلفًا من الأورام لفهم الآليات الكامنة وراء التحول الخبيث وتطوره. في هذا السياق، توفر بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) لمحة فريدة عن حالة النسخ الجيني للمرض، وتُلقي نظرة على مجموعة غير متحيزة من النسخ، مما يسمح بتحديد النسخ الجديدة، والنسخ المدمجة، والحمض النووي الريبوزي غير المشفر التي قد لا تُكتشف باستخدام تقنيات أخرى.

تحليلات وتطبيقات أخرى ناشئة

تتزايد تطبيقات تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) يومًا بعد يوم. وتشمل التطبيقات الجديدة الأخرى لهذه التقنية الكشف عن الملوثات الميكروبية، [ 125 ] وتحديد وفرة أنواع الخلايا (فك تشفير أنواع الخلايا)، [ 9 ] وقياس التعبير عن العناصر الجينية المتنقلة والتنبؤ بالمستضدات الجديدة، وغيرها. [ 9 ]

انظر أيضاً

مراجع

قُدِّمَت هذه المقالة إلى ويكي جورنال أوف ساينس للمراجعة الأكاديمية الخارجية من قِبَل النظراء في عام ٢٠١٩ ( تقارير المراجعين ). أُعيد دمج المحتوى المُحدَّث في صفحة ويكيبيديا بموجب ترخيص CC-BY-SA-3.0 ( ٢٠٢١ ). النسخة المُعتمدة بعد المراجعة هي: فيليكس ريختر وآخرون (١٧ مايو ٢٠٢١). "مقدمة شاملة لتقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي" (ملف PDF) . ويكي جورنال أوف ساينس . ٤ (٢): ٤. doi : 10.15347/WJS/2021.004 . ISSN 2470-6345 . Wikidata Q100146647 .   

  1. ↑ لوي آر، شيرلي إن، بليكلي إم، دولان إس، شافي تي (مايو 2017). "تقنيات علم النسخ" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 13 (5) e1005457. رمز Bibcode : 2017PLSCB..13E5457L . doi : 10.1371/journal.pcbi.1005457 . PMC 5436640. PMID 28545146 .  
  2. ↑ تشو واي، كوري دي آر (أغسطس 2012). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي: اختيار المنصة، والتصميم التجريبي، وتفسير البيانات" . العلاجات بالأحماض النووية . 22 (4): 271-274 . doi : 10.1089/nat.2012.0367 . PMC 3426205. PMID 22830413 .  
  3. وانغ ز، غيرستين م، سنايدر م (يناير 2009). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي : أداة ثورية لعلم النسخ" . مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 10 ( 1): 57-63 . doi : 10.1038/nrg2484 . PMC 2949280. PMID 19015660 .  
  4. 1 2 ماهر، سي. أ.، كومار-سينها، سي.، كاو، إكس.، كاليانا-سوندارام، إس.، هان، بي.، جينغ، إكس.، وآخرون . (مارس 2009). "تسلسل النسخ الجيني للكشف عن اندماجات الجينات في السرطان" . مجلة نيتشر . 458 (7234): 97-101 . Bibcode : 2009Natur.458...97M . doi : 10.1038/nature07638 . PMC 2725402. PMID 19136943 .   
  5. ↑ إنجوليا، ن. ت.، برار، ج. أ.، روسكين، س.، ماكجيتشي، أ. م.، وايس مان، ج. س. (يوليو 2012). " استراتيجية تحديد خصائص الريبوسوم لرصد الترجمة في الجسم الحي عن طريق التسلسل العميق لشظايا mRNA المحمية بالريبوسوم" . بروتوكولات الطبيعة . 7 (8): 1534-1550 . doi : 10.1038/nprot.2012.086 . PMC 3535016. PMID 22836135 .  
  6. ↑ ألبيرن د، غاردو ف، روسيل ج، مانجيه ب، ميريلس-فيلو أ.س، بريس ر، وآخرون . (أبريل 2019). "BRB-seq: تقنية تحليل النسخ الجيني عالية الإنتاجية ومنخفضة التكلفة للغاية بفضل ترميز وتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) بكميات كبيرة" . علم الأحياء الجينومي . 20 (1) 71. doi : 10.1186/s13059-019-1671-x . PMC 6474054. PMID 30999927 .   
  7. 1 2 ليستر ر، أومالي ر.س، تونتي-فيليبيني ج، غريغوري ب.د، بيري س.س، ميلار أ.ه، إيكر ج.ر. (مايو 2008). "خرائط متكاملة للغاية بدقة قاعدة واحدة للإبيجينوم في نبات الأرابيدوبسيس" . الخلية . 133 (3): 523-536 . doi : 10.1016/j.cell.2008.03.029 . PMC 2723732. PMID 1913805 .  {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  8. ↑ لي جيه إتش، دوغارثي إي آر، شيمان جيه، كالهور آر، يانغ جيه إل، فيرانتي تي سي، وآخرون . (مارس 2014). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA ) عالي التعددية داخل الخلايا في الموقع" . مجلة ساينس . 343 (6177): 1360-1363 . Bibcode : 2014Sci...343.1360L . doi : 10.1126/science.1250212 . PMC 4140943. PMID 24578530 .   
  9. 1 2 3 4 ثيند إيه إس، مونغا آي، ثاكور بي كيه، كوماري بي، ديندهوريا كيه، كرزاك إم، وآخرون . (نوفمبر 2021). "تبسيط تطبيقات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) الناشئة: تطبيق وفائدة منهجية المعلوماتية الحيوية". Briefings in Bioinformatics . 22 (6) bbab259. doi : 10.1093/bib/bbab259 . PMID 34329375 .  
  10. ↑ "بحث PubMed: "RNA Seq" أو "RNA-Seq" أو "RNA sequencing" أو "RNASeq"" . PubMed . تم الاطلاع عليه بتاريخ 20 يونيو 2021 .
  11. ↑ "بحث PubMed: ("RNA Seq" أو "RNA-Seq" أو "RNA sequencing" أو "RNASeq") و "الطب"" . PubMed . تم الاطلاع عليه بتاريخ 20 يونيو 2021 .
  12. ↑ كوكوربا كيه آر، مونتغمري إس بي (أبريل 2015). "تسلسل وتحليل الحمض النووي الريبوزي" . بروتوكولات كولد سبرينغ هاربور . 2015 (11): 951-969 . doi : 10.1101/pdb.top084970 . PMC 4863231. PMID 25870306 .  
  13. ↑ ويبر ، أ.ب. (نوفمبر 2015). "اكتشاف بيولوجيا جديدة من خلال تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . علم وظائف النبات . 169 (3): 1524-1531 . doi : 10.1104/pp.15.01081 . PMC 4634082. PMID 26353759 .  
  14. ↑ بينبريدج إم إن، ووارين آر إل، وهيرست إم، ورومانويك تي، وزينغ تي، وجو إيه، وآخرون . (سبتمبر 2006). " تحليل النسخ الجيني لخط خلايا سرطان البروستاتا LNCaP باستخدام تقنية التسلسل بالتخليق" . بي إم سي جينوميكس . 7 246. doi : 10.1186/1471-2164-7-246 . PMC 1592491. PMID 17010196 .   
  15. ↑ تشيونغ ف، هاس ب ج، غولدبيرغ س م، ماي ج د، شياو ي، تاون س د (أكتوبر 2006). "تسلسل علامات التسلسل المعبر عنها في نبات Medicago truncatula باستخدام تقنية 454 Life Sciences" . BMC Genomics . 7 (1) 272. Bibcode : 2006BMCG....7..272C . doi : 10.1186/1471-2164-7-272 . PMC 1635983. PMID 17062153 .  
  16. ↑ إمريش إس جيه، باربازوك دبليو بي، لي إل، شنابل بي إس (يناير 2007). "اكتشاف الجينات وتحديد وظائفها باستخدام تسلسل النسخ LCM-454" . أبحاث الجينوم . 17 (1): 69-73 . doi : 10.1101/gr.5145806 . PMC 1716268. PMID 17095711 .  
  17. 1 2 3 4 مرتضوي أ، ويليامز ب أ، مكيو ك، شيفر ل، وولد ب (يوليو 2008). "رسم خرائط وتحديد كمية النسخ الجينية للثدييات باستخدام تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي". مجلة نيتشر ميثودز . 5 (7): 621-628 . doi : 10.1038/nmeth.1226 . PMID 18516045. S2CID 205418589 .  
  18. ↑ ناغالاكشمي يو، وانغ زد، ويرن كيه، شو سي، راها دي، غيرستين إم، وآخرون (يونيو 2008). " الخريطة النسخية لجينوم الخميرة كما تم تحديدها بواسطة تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة ساينس . 320 (5881): 1344-1349 . Bibcode : 2008Sci...320.1344N . doi : 10.1126/science.1158441 . PMC 2951732. PMID 18451266 .   
  19. ^ ريختر ف (2021). "مقدمة واسعة لـ RNA-Seq" . ويكي مجلة العلوم . 4 (1): 4. دوى : 10.15347/WJS/2021.004 .
  20. 1 2 3 4 غريفيث م، ووكر جيه آر، سبيس إن سي، أينسكوف بي جيه، غريفيث أو إل (أغسطس 2015). "معلوماتية تسلسل الحمض النووي الريبوزي: مورد ويب للتحليل على السحابة" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 11 (8) e1004393. Bibcode : 2015PLSCB..11E4393G . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004393 . PMC 4527835. PMID 26248053 .  
  21. ↑ "موسوعة تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . rnaseq.uoregon.edu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 8 فبراير 2017 .
  22. ↑ مورين ر، بينبريدج م، فيجيس أ، هيرست م، كرزيونسكي م، بو ت، وآخرون . (يوليو 2008). "تحليل النسخ الجيني لخلايا هيلا S3 باستخدام الحمض النووي المكمل المُحضر عشوائيًا وتقنية التسلسل المتوازي عالي الإنتاجية للقراءات القصيرة" . مجلة التقنيات الحيوية . 45 (1): 81-94 . doi : 10.2144/000112900 . PMID 18611170 .  
  23. ↑ صن كيو، هاو كيو، براسانث كيه في (فبراير 2018). " الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر في النواة: منظمات رئيسية للتعبير الجيني" . اتجاهات في علم الوراثة . 34 (2): 142-157 . doi : 10.1016/j.tig.2017.11.005 . PMC 6002860. PMID 29249332 .  
  24. ↑ سيغورغيرسون ب، إيمانويلسون أ، لونديبيرغ ج (2014). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي المتدهور باستخدام عدّ علامات 3'" . PLOS ONE . 9 (3) e91851. Bibcode : 2014PLoSO...991851S . doi : 10.1371/ journal.pone.0091851 . PMC 3954844. PMID 24632678 .  
  25. ↑ تشين إي إيه، سوايايا تي، هيرستين جيه إس، إيفغرافوف أو في، سبيتسينا في إن، ريبوليني دي إف، وآخرون . (أكتوبر 2014). "تأثير سلامة الحمض النووي الريبوزي على القراءات المُرتبطة بشكل فريد في تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . ملاحظات بحثية من بي إم سي . 7 753. doi : 10.1186/1756-0500-7-753 . PMC 4213542. PMID 25339126 .   
  26. ↑ مول، ب.، أنتي، م.، سيتز، أ.، رضا، ت. (ديسمبر 2014). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول 3′ بتقنية QuantSeq لتحديد كمية الحمض النووي الريبوزي". مجلة Nature Methods . 11 (12): i– iii. Bibcode : 2014NatCB..11D...1M . doi : 10.1038/nmeth.f.376 . ISSN 1548-7105 . S2CID 83424788 .  
  27. ↑ أويكونوموبولوس إس، باييغا أ، فهيمينيا إس، دجامبازيان إتش، بيروب بي، راغوسيس جيه (2020). "منهجيات تحليل التعبير الجيني باستخدام تقنيات القراءة الطويلة" . فرونتيرز إن جينيتكس . 11 606. doi : 10.3389/fgene.2020.00606 . PMC 7358353. PMID 32733532 .  
  28. 1 2 كونيسا أ، مادريغال ب، تارازونا س، غوميز-كابريرو د، سيرفيرا أ، ماكفرسون أ، وآخرون . (يناير 2016). "دراسة استقصائية لأفضل الممارسات لتحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . علم الأحياء الجينومي . 17 (1) 13. doi : 10.1186/s13059-016-0881-8 . PMC 4728800. PMID 26813401 .   
  29. ↑ ليو د، غرابير جيه إتش (فبراير 2006). " المقارنة الكمية لمكتبات EST تتطلب تعويضًا عن التحيزات المنهجية في توليد cDNA" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7 77. doi : 10.1186/1471-2105-7-77 . PMC 1431573. PMID 16503995 .  
  30. 1 2 3 جارالدي دي آر، سنيل إي إيه، ياتشيموفيتش دي، سيبوس بي، لويد جيه إتش، بروس إم، وآخرون . (مارس 2018). “تسلسل الحمض النووي الريبي المباشر المتوازي للغاية على مجموعة من المسام النانوية”. طرق الطبيعة . 15 (3): 201– 206. بيب كود : 2018NatCB..15..201G . دوى : 10.1038/نميث.4577 . بميد 29334379 . S2CID 3589823 .   
  31. ↑ ليو د، غرابير جيه إتش (فبراير 2006). " المقارنة الكمية لمكتبات EST تتطلب تعويضًا عن التحيزات المنهجية في توليد cDNA" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7 77. doi : 10.1186/1471-2105-7-77 . PMC 1431573. PMID 16503995 .  
  32. ↑ جليسون ج، لين تي إيه، هاريسون بي جيه، هيرتي دبليو، كلارك إم بي (2022). "القياس الكمي الدقيق للتعبير الجيني من خلال التسلسل المباشر للحمض النووي الريبوزي باستخدام تقنية NanoCount" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 50 (4): e19. bioRxiv 10.1101/2020.08.02.232785 . doi : 10.1093/nar/ gkab1129 . PMC 8886870. PMID 34850115 .   
  33. ↑ " شابيرو إي، بيزونر تي، لينارسون إس (سبتمبر 2013). "التقنيات القائمة على تسلسل الخلايا المفردة ستُحدث ثورة في علم الكائنات الحية الكاملة". مجلة نيتشر ريفيوز. علم الوراثة . 14 (9): 618-30 . doi : 10.1038/nrg3542 . PMID 23897237. S2CID 500845 .  "
  34. ↑ كولودزيجيك، أ.أ.، كيم، ج.ك.، سفينسون، ف.، ماريوني، ج.س.، تايخمان، س.أ. (مايو 2015). "تقنية وبيولوجيا تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية" . الخلية الجزيئية . 58 (4): 610-620 . doi : 10.1016/j.molcel.2015.04.005 . PMID 26000846 . 
  35. ↑ مونتورو دي تي، هابر آل، بيتون إم، فينارسكي الخامس، لين بي، بيركيت إس إي، وآخرون . (أغسطس 2018). "يتضمن التسلسل الهرمي الظهاري المنقح للمجرى الهوائي الخلايا الأيونية المعبرة عن CFTR" . طبيعة . 560 (7718): 319– 324. بيب كود : 2018Natur.560..319M . دوى : 10.1038/s41586-018-0393-7 . بمك 6295155 . بميد 30069044 .   
  36. ↑ بلاسشارت إل دبليو، زيليونيس آر، تشو-وينغ آر، سافوفا في، كنهر جيه، روما جي، وآخرون . (أغسطس 2018). "أطلس الخلية الواحدة لظهارة المسالك الهوائية يكشف عن الخلايا الأيونية الرئوية الغنية ببروتين CFTR" . مجلة نيتشر . 560 (7718): 377-381 . Bibcode : 2018Natur.560..377P . doi : 10.1038/s41586-018-0394-6 . PMC 6108322. PMID 30069046 .   
  37. 1 2 لي هـ، لوفسي إم تي، كوون واي إس، روزنفيلد إم جي، فو إكس دي، يو جي دبليو (ديسمبر 2008). "تحديد كثافة العلامات المطلوبة لتحليل النسخ الرقمي: تطبيق على نموذج سرطان البروستاتا الحساس للأندروجين" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 105 (51): 20179-84 . Bibcode : 2008PNAS..10520179L . doi : 10.1073 / pnas.0807121105 . PMC 2603435. PMID 19088194 .  
  38. 1 2 Stegle O, Parts L, Piipari M, Winn J, Durbin R (فبراير 2012). "استخدام التقدير الاحتمالي لبقايا التعبير (PEER) لزيادة قوة وقابلية تفسير تحليلات التعبير الجيني" . Nature Protocols . 7 (3): 500–7 . doi : 10.1038/nprot.2011.457 . PMC 3398141. PMID 22343431 .  
  39. ↑ كينغسفورد سي، باترو آر (يونيو 2015). " ضغط تسلسلات القراءة القصيرة باستخدام ترميز المسار بناءً على المرجع" . المعلوماتية الحيوية . 31 (12): 1920-1928 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv071 . PMC 4481695. PMID 25649622 .  
  40. 1 2 غرابهر إم جي، هاس بي جيه، ياسور إم، ليفين جيه زد، طومسون دي إيه، أميت آي، وآخرون . (مايو 2011). "تجميع كامل النسخ الجيني من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي دون جينوم مرجعي" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 29 (7): 644-52 . doi : 10.1038/nbt.1883 . PMC 3571712. PMID 21572440 .   
  41. ↑ "التجميع من الصفر باستخدام قراءات Illumina" (ملف PDF) . مؤرشف من الأصل (ملف PDF) بتاريخ 24 سبتمبر 2020. تم الاطلاع عليه بتاريخ 22 أكتوبر 2016 .
  42. ↑ أواسيس: مُجمِّع نسخ الجينوم للقراءات القصيرة جدًا
  43. ↑ زيربينو ، د. ر.، وبيرني، إ. (مايو 2008). "فيلفيت: خوارزميات لتجميع قراءات قصيرة جديدة باستخدام رسوم بيانية دي بروين" . أبحاث الجينوم . 18 (5): 821-829 . doi : 10.1101/gr.074492.107 . PMC 2336801. PMID 18349386 .  
  44. ↑ تشانغ ز، لي ج، ليو ج، تشانغ ي، آشبي س، ليو د، وآخرون (فبراير 2015). "بريدجر: إطار عمل جديد لتجميع النسخ الجينية من الصفر باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . علم الأحياء الجينومي . 16 (1) 30. Bibcode : 2015GenBi..16...30C . doi : 10.1186/ s13059-015-0596-2 . PMC 4342890. PMID 25723335 .   
  45. ↑ بوشمانوفا إي، أنتيبوف دي، لابيدوس إيه، بريبيلسكي إيه دي (سبتمبر 2019). "rnaSPAdes: مُجمِّع نسخ جيني جديد وتطبيقه على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . GigaScience . 8 ( 9) giz100. doi : 10.1093/gigascience/giz100 . PMC 6736328. PMID 31494669 .  
  46. 1 2 لي بي، فيلمور إن، باي واي، كولينز إم، طومسون جا، ستيوارت آر، وآخرون . (ديسمبر 2014). "تقييم مجموعات نسخ دي نوفو من بيانات RNA-Seq" . بيولوجيا الجينوم . 15 (12) 553. بيب كود : 2014GenBi..15..553L . دوى : 10.1186/s13059-014-0553-5 . بمك 4298084 . بميد 25608678 .   
  47. 1 2 دوبين أ، ديفيس سي أ، شليزنجر ف، درينكو ج، زاليسكي سي، جها س، وآخرون . (يناير 2013). "STAR: أداة محاذاة فائقة السرعة وشاملة لتسلسل الحمض النووي الريبوزي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (1): 15-21 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts635 . PMC 3530905. PMID 23104886 .   
  48. ↑ لانغميد ب ، ترابنيل س، بوب م، سالزبيرغ إس إل (2009). "محاذاة فائقة السرعة وفعالة من حيث الذاكرة لتسلسلات الحمض النووي القصيرة مع الجينوم البشري" . علم الأحياء الجينومي . 10 (3) R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996. PMID 19261174 .  
  49. ↑ ترابنيل سي، باتشر إل ، سالزبيرغ إس إل (مايو 2009). "توب هات: اكتشاف مواقع الربط باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (9): 1105-1111 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp120 . PMC 2672628. PMID 19289445 .  
  50. 1 2 ترابنيل سي، روبرتس أ، جوف ل، بيرتيا ج، كيم د، كيلي دي آر، وآخرون . (مارس 2012). "تحليل التعبير الجيني والنسخي التفاضلي لتجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي باستخدام TopHat وCufflinks" . Nature Protocols . 7 (3): 562–78 . doi : 10.1038/nprot.2012.016 . PMC 3334321. PMID 22383036 .   
  51. ↑ لياو واي، سميث جي كي، شي دبليو (مايو 2013). "مُحاذي القراءة الفرعية: رسم خرائط قراءة سريع ودقيق وقابل للتوسع باستخدام تقنية البذرة والتصويت" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (10): e108. doi : 10.1093/nar/gkt214 . PMC 3664803. PMID 23558742 .  
  52. ↑ كيم د، لانغميد ب، سالزبيرغ إس إل (أبريل 2015). "HISAT: أداة محاذاة سريعة للوصلات ذات متطلبات ذاكرة منخفضة" . Nature Methods . 12 (4): 357-360 . doi : 10.1038/nmeth.3317 . PMC 4655817. PMID 25751142 .  
  53. ↑ وو تي دي، واتانابي سي كيه (مايو 2005). "GMAP: برنامج لرسم خرائط الجينوم ومحاذاة تسلسلات mRNA وEST" . المعلوماتية الحيوية . 21 (9): 1859-1875 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti310 . PMID 15728110 . 
  54. ↑ بيرتيا م، بيرتيا ج م، أنتونسكو س م، تشانغ ت س، ميندل ج ت، سالزبيرغ س ل (مارس 2015). "يُمكّن StringTie من تحسين إعادة بناء النسخ الجيني من قراءات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة Nature Biotechnology . 33 (3): 290-295 . doi : 10.1038/nbt.3122 . PMC 4643835. PMID 25690850 .  
  55. ↑ باروزو جي، هاير كي إي، كيم إي جيه، دي كاميلو بي، فيتزجيرالد جي إيه، جرانت جي آر (فبراير 2017). " تقييم شامل قائم على المحاكاة لبرامج محاذاة تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . نيتشر ميثودز . 14 (2): 135-139 . doi : 10.1038/nmeth.4106 . PMC 5792058. PMID 27941783 .  
  56. ↑ إنجستروم بي جي، ستايجر تي، سيبوس بي، جرانت جي آر، كاهلز إيه، راتش جي، وآخرون . (ديسمبر 2013). " تقييم منهجي لبرامج محاذاة التسلسلات الموصولة لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . نيتشر ميثودز . 10 (12): 1185-1191 . doi : 10.1038/nmeth.2722 . PMC 4018468. PMID 24185836 .   
  57. ↑ لو ب، زينغ ز، شي ت (فبراير 2013). "دراسة مقارنة لاستراتيجيات التجميع من الصفر والتجميع الموجه بالجينوم لإعادة بناء النسخ الجيني بناءً على تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة ساينس تشاينا لعلوم الحياة . 56 (2): 143-155 . doi : 10.1007/s11427-013-4442-z . PMID 23393030 . 
  58. ↑ برادنام كيه آر، فاس جيه إن، ألكسندروف إيه، باراناي بي، بيشنر إم، بيرول آي، وآخرون (يوليو 2013). "Assemblathon 2: تقييم طرق التجميع الجيني من الصفر في ثلاثة أنواع من الفقاريات" . GigaScience . 2 (1) 2047-217X-2-10: 10. arXiv : 1301.5406 . Bibcode : 2013arXiv1301.5406B . doi : 10.1186 / 2047-217X-2-10 . PMC 3844414. PMID 23870653 .   
  59. ↑ هولزر م، مارز م (مايو 2019). "تجميع النسخ الجيني من الصفر: مقارنة شاملة بين الأنواع المختلفة لمجمعات تسلسل الحمض النووي الريبوزي قصير القراءة" . جيجا ساينس . 8 (5) giz039. doi : 10.1093/gigascience/giz039 . PMC 6511074. PMID 31077315 .  
  60. ↑ غرينباوم د، كولانجيلو س، ويليامز ك، غيرستين م (2003). "مقارنة وفرة البروتين ومستويات التعبير عن الحمض النووي الريبوزي الرسول على نطاق جينومي" . علم الأحياء الجينومي . 4 (9): 117. doi : 10.1186 / gb-2003-4-9-117 . PMC 193646. PMID 12952525 .  
  61. ↑ تشانغ، ز.هـ.، جافيري، د.ج.، مارشال، ف.م.، باور، د.س.، إدسون، ج.، نارايانان، ر.ك.، وآخرون . (أغسطس 2014). " دراسة مقارنة لتقنيات تحليل التعبير التفاضلي على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . PLOS ONE . 9 (8) e103207. Bibcode : 2014PLoSO...9j3207Z . doi : 10.1371/journal.pone.0103207 . PMC 4132098. PMID 25119138 .   
  62. ↑ أندرس إس، بايل بي تي، هوبر دبليو (يناير 2015). "HTSeq - إطار عمل بايثون للتعامل مع بيانات التسلسل عالي الإنتاجية" . المعلوماتية الحيوية . 31 (2): 166-169 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu638 . PMC 4287950. PMID 25260700 .  
  63. ↑ لياو واي، سميث جي كي، شي دبليو (أبريل 2014). "featureCounts: برنامج فعال للأغراض العامة لربط قراءات التسلسل بالخصائص الجينومية". المعلوماتية الحيوية . 30 (7): 923-930 . arXiv : 1305.3347 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt656 . PMID 24227677 . 
  64. ↑ شميد إم دبليو، غروسنيكلاوس يو (فبراير 2015). "Rcount: عدّ قراءات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) بسيط ومرن" . المعلوماتية الحيوية . 31 (3): 436-437 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu680 . PMID 25322836 . 
  65. ↑ فينوتيلو إف، لافيتسو إي، بيانكو إل، بارزون إل، مازون بي، فونتانا بي، وآخرون . (2014). "الحد من التحيز في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي: نهج جديد لحساب الأعداد" . بي إم سي للمعلوماتية الحيوية . 15 (ملحق 1) س7. دوى : 10.1186/1471-2105-15-s1-s7 . بمك 4016203 . بميد 24564404 .   
  66. ↑ هاشيموتو تي بي، إدواردز إم دي، جيفورد دي كيه (مارس 2014). "تصحيح العد الشامل للتسلسل عالي الإنتاجية" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 10 (3) e1003494. رمز Bibcode : 2014PLSCB..10E3494H . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003494 . PMC 3945112. PMID 24603409 .  
  67. ↑ باترو ر، ماونت إس إم، كينغسفورد سي (مايو 2014). "يُمكّن برنامج Sailfish من تحديد كمية الأشكال المتغايرة دون الحاجة إلى محاذاة من قراءات تسلسل الحمض النووي الريبوزي باستخدام خوارزميات خفيفة الوزن" . مجلة Nature Biotechnology . 32 (5): 462-464 . arXiv : 1308.3700 . Bibcode : 2014NatBi..32..462P . doi : 10.1038/nbt.2862 . PMC 4077321. PMID 24752080 .  
  68. ↑ براي، ن. ل.، بيمينتل، هـ.، ميلستيد، ب.، باتشر، ل. (مايو 2016). "القياس الكمي الاحتمالي شبه الأمثل لتسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 34 (5): 525-527 . doi : 10.1038/nbt.3519 . PMID 27043002. S2CID 205282743 .  
  69. 1 2 روبنسون، إم دي، وأوشلاك، إيه (2010). "طريقة توحيد القياس لتحليل التعبير التفاضلي لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . علم الأحياء الجينومي . 11 (3): R25. doi : 10.1186 / gb-2010-11-3-r25 . PMC 2864565. PMID 20196867 .  
  70. ↑ ترابنيل سي، ويليامز بي إيه، بيرتيا جي، مرتضوي إيه، كوان جي، فان بارين إم جي، وآخرون (مايو 2010). "تجميع النسخ وتحديد كميتها بواسطة تسلسل الحمض النووي الريبوزي يكشف عن نسخ غير موثقة وتبديل الأشكال المتغايرة أثناء تمايز الخلايا" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 28 (5): 511-515 . doi : 10.1038/nbt.1621 . PMC 3146043. PMID 20436464 .   
  71. 1 2 باتشر إل (19 أبريل 2011). "نماذج لتحديد كمية النسخ من تسلسل الحمض النووي الريبوزي". arXiv : 1104.3889 [ q-bio.GN ].
  72. ↑ "ما هو FPKM؟ مراجعة لوحدات التعبير في تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . ذا فاراغو . 8 مايو 2014. تم الاطلاع عليه بتاريخ 28 مارس 2018 .
  73. ↑ فاغنر جي بي، كين كيه، لينش في جيه (ديسمبر 2012). "قياس وفرة الحمض النووي الريبوزي الرسول باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي: مقياس RPKM غير متسق بين العينات". نظرية في العلوم البيولوجية . 131 (4): 281-285 . doi : 10.1007/s12064-012-0162-3 . PMID 22872506. S2CID 16752581 .  
  74. ↑ إيفانز سي، هاردين جيه، ستوبل دي إم (سبتمبر 2018). "اختيار طرق تطبيع بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي بين العينات من منظور افتراضاتها" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 19 (5): 776-792 . doi : 10.1093/bib/bbx008 . PMC 6171491. PMID 28334202 .  
  75. 1 2 Law CW, Chen Y, Shi W, Smyth GK (فبراير 2014). "voom: Precision weights unlock linear model analysis tools for RNA-seq read counts" . Genome Biology . 15 (2) R29. doi : 10.1186/gb-2014-15-2-r29 . PMC 4053721. PMID 24485249 .  
  76. 1 2 أندرس إس، هوبر دبليو (2010). "تحليل التعبير التفاضلي لبيانات تعداد التسلسل" . علم الأحياء الجينومي . 11 (10) R106. doi : 10.1186 / gb-2010-11-10-r106 . PMC 3218662. PMID 20979621 .  
  77. 1 2 روبنسون، إم دي، مكارثي، دي جيه، سميث، جي كي (يناير 2010). "edgeR: حزمة Bioconductor لتحليل التعبير التفاضلي لبيانات التعبير الجيني الرقمي" . المعلوماتية الحيوية . 26 (1): 139-140 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp616 . PMC 2796818. PMID 19910308 .  
  78. ↑ مارغيرات إس، شميدت أ، كودلين إس، تشين دبليو، إيبرسولد آر، باهلر جيه (أكتوبر 2012). "التحليل الكمي لنسخ وبروتينات الخميرة الانشطارية في الخلايا المتكاثرة والساكنة" . مجلة الخلية . 151 (3): 671-83 . doi : 10.1016/j.cell.2012.09.019 . PMC 3482660. PMID 23101633 .  
  79. ↑ أوينز، ن.د.، بليتز، إ.ل.، لين، م.أ.، باتروشيف، إ.، أوفرتون، ج.د.، جيلكريست، م.ج.، وآخرون . (يناير 2016). "قياس أعداد نسخ الحمض النووي الريبوزي المطلقة بدقة زمنية عالية يكشف عن حركية النسخ في النمو" . تقارير الخلية . 14 (3): 632-647 . doi : 10.1016/j.celrep.2015.12.050 . PMC 4731879. PMID 26774488 .   
  80. ↑ تشين ك، هو ز، شيا ز، تشاو د، لي و، تايلر جيه كيه (ديسمبر 2015). " الحقيقة المُغفلة: الحاجة الأساسية للتحكم في التداخلات في جميع تحليلات الجينوم تقريبًا" . علم الأحياء الجزيئي والخلوي . 36 (5): 662-667 . doi : 10.1128/MCB.00970-14 . PMC 4760223. PMID 26711261 .  
  81. ↑ لوفين جيه، أورلاندو دي إيه، سيغوفا إيه إيه، لين سي واي، رال بي بي، بيرج سي بي، وآخرون . (أكتوبر 2012). "إعادة النظر في تحليل التعبير الجيني الشامل" . مجلة Cell . 151 (3): 476-482 . Bibcode : 2012Cell..151..476L . doi : 10.1016/ j.cell.2012.10.012 . PMC 3505597. PMID 23101621 .   
  82. ↑ ريتشي إم إي، فيبسون بي، وو دي، هو واي، لو سي دبليو، شي دبليو، وآخرون (أبريل 2015). " برنامج limma يدعم تحليلات التعبير التفاضلي لدراسات تسلسل الحمض النووي الريبوزي ودراسات المصفوفات الدقيقة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (7): e47. doi : 10.1093/nar/gkv007 . PMC 4402510. PMID 25605792 .   
  83. ↑ "Bioconductor - برنامج مفتوح المصدر للمعلوماتية الحيوية" .
  84. ↑ هوبر دبليو، كاري في جيه، جنتلمان آر، أندرس إس، كارلسون إم، كارفاليو بي إس، وآخرون . (فبراير 2015). " تنسيق التحليل الجينومي عالي الإنتاجية باستخدام Bioconductor" . Nature Methods . 12 (2): 115-121 . doi : 10.1038/nmeth.3252 . PMC 4509590. PMID 25633503 .   
  85. ↑ ليك جيه تي، ستوري جيه دي (سبتمبر 2007). "رصد التباين في دراسات التعبير الجيني من خلال تحليل المتغيرات البديلة" . مجلة PLOS Genetics . 3 (9): 1724-1735 . doi : 10.1371/journal.pgen.0030161 . PMC 1994707. PMID 17907809 .  
  86. ↑ بيمينتل هـ، براي ن.ل، بوينتي س، ميلستيد ب، باتشر ل (يوليو 2017). "التحليل التفاضلي لتسلسل الحمض النووي الريبوزي مع مراعاة عدم اليقين في القياس الكمي" . مجلة نيتشر ميثودز . 14 (7): 687-690 . doi : 10.1038/nmeth.4324 . PMID 28581496. S2CID 15063247 .  
  87. ↑ ترابنيل سي، هندريكسون دي جي، سوفاجو إم، جوف إل، رين جيه إل، باتشر إل (يناير 2013). "التحليل التفاضلي لتنظيم الجينات بدقة النسخ باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 31 (1): 46-53 . doi : 10.1038/nbt.2450 . PMC 3869392. PMID 23222703 .  
  88. ↑ فرازي إيه سي، بيرتيا جي، جافي إيه إي، لانغميد بي، سالزبيرغ إس إل، ليك جيه تي (مارس 2015). " يسد برنامج Ballgown الفجوة بين تجميع النسخ الجيني وتحليل التعبير الجيني" . مجلة Nature Biotechnology . 33 (3): 243-246 . Bibcode : 2015NatBi..33..243F . doi : 10.1038/nbt.3172 . PMC 4792117. PMID 25748911 .  
  89. 1 2 صحرائيان إس إم، محيي الدين إم، سيبرا آر، تيلجنر إتش، أفشار بي تي، أو كي إف، وآخرون . (يوليو 2017). "اكتساب فهم بيولوجي شامل للمستنسخات من خلال إجراء تحليل واسع النطاق لتسلسل الحمض النووي الريبوزي" . نيتشر كوميونيكيشنز . 8 (1) 59. Bibcode : 2017NatCo...8...59S . doi : 10.1038/ s41467-017-00050-4 . PMC 5498581. PMID 28680106 .   
  90. ↑ زيمان م، إيرين ي، الأسطا أ (أغسطس 2016). " أخطاء تسمية الجينات منتشرة على نطاق واسع في الأدبيات العلمية" . علم الأحياء الجينومي . 17 (1) 177. doi : 10.1186/s13059-016-1044-7 . PMC 4994289. PMID 27552985 .  
  91. ↑ سونيسون سي، ديلورينزي إم (مارس 2013). " مقارنة بين طرق تحليل التعبير التفاضلي لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 14 (1) 91. Bibcode : 2013BMCBi..14...91S . doi : 10.1186/1471-2105-14-91 . PMC 3608160. PMID 23497356 .  
  92. ↑ فونسيكا، ن. أ.، ماريوني، ج.، برازما، أ. (30 سبتمبر 2014). "تحليل التعبير الجيني باستخدام تقنية RNA-Seq - مقارنة تجريبية منهجية" . PLOS ONE . 9 (9) e107026. Bibcode : 2014PLoSO...9j7026F . doi : 10.1371/journal.pone.0107026 . PMC 4182317. PMID 25268973 .  
  93. ↑ سيد نصر الله ف، لايهو أ، إيلو ل ل (يناير 2015). "مقارنة حزم البرامج للكشف عن التعبير التفاضلي في دراسات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 16 (1): 59-70 . doi : 10.1093/bib/bbt086 . PMC 4293378. PMID 24300110 .  
  94. ↑ رابابورت إف، خانين آر، ليانج واي، بيرون إم، كريك أ، زومبو بي، وآخرون . (2013). "تقييم شامل لطرق تحليل التعبير الجيني التفاضلي لبيانات RNA-seq" . بيولوجيا الجينوم . 14 (9) 3158: ر95. بيب كود : 2013GenBi..14.3158R . دوى : 10.1186/gb-2013-14-9-r95 . بمك 4054597 . بميد 24020486 .   
  95. ↑ كوستا سيلفا ج، دومينغيز د، لوبيز إف إم (21 ديسمبر 2017). "تحليل التعبير التفاضلي لتسلسل الحمض النووي الريبوزي: مراجعة موسعة وأداة برمجية" . PLOS ONE . 12 (12) e0190152. Bibcode : 2017PLoSO..1290152C . doi : 10.1371/journal.pone.0190152 . PMC 5739479. PMID 29267363 .  
  96. ^ Corchete LA، Rojas EA، Alonso-López D، De Las Rivas J، Gutiérrez NC، Burguillo FJ (12 نوفمبر 2020). "المقارنة المنهجية وتقييم إجراءات RNA-seq للتحليل الكمي للتعبير الجيني" . التقارير العلمية . 12 (10) 19737. بيب كود : 2020NatSR..1019737C . دوى : 10.1038/s41598-020-76881-x . بمك 7665074 . بميد 33184454 .  
  97. ↑ لياو ي، وانغ ج، جاينيغ إي ج، شي ز، تشانغ ب (يوليو 2019). "WebGestalt 2019: مجموعة أدوات تحليل مجموعات الجينات مع واجهات مستخدم وواجهات برمجة تطبيقات مُحسّنة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 47 (W1): W199– W205. doi : 10.1093/nar/gkz401 . PMC 6602449. PMID 31114916 .  
  98. 1 2 كيرين هـ، ليف-ماور ج، آست ج (مايو 2010). "التضفير البديل والتطور: التنوع، تعريف الإكسون ووظيفته". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 11 (5): 345-355 . doi : 10.1038/nrg2776 . PMID 20376054. S2CID 5184582 .  
  99. ↑ ليو ر، لورين أ.إ، ديكرسون ج.أ (ديسمبر 2014). "مقارنات بين الطرق الحسابية للكشف عن التضفير البديل التفاضلي باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي في الأنظمة النباتية" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 15 (1) 364. doi : 10.1186/s12859-014-0364-4 . PMC 4271460. PMID 25511303 .  
  100. 1 2 لي واي آي، نولز دي إيه، همفري جيه، باربيرا إيه إن، ديكنسون إس بي، إم إتش كيه، وآخرون . (يناير 2018). "القياس الكمي لعملية ربط الحمض النووي الريبوزي باستخدام LeafCutter دون الحاجة إلى شرح" . مجلة Nature Genetics . 50 (1): 151-158 . doi : 10.1038/s41588-017-0004-9 . PMC 5742080. PMID 29229983 .   
  101. ↑ أندرس إس، رييس أ، هوبر دبليو (أكتوبر 2012). " الكشف عن الاستخدام التفاضلي للإكسونات من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . أبحاث الجينوم . 22 (10): 2008-217 . doi : 10.1101/gr.133744.111 . PMC 3460195. PMID 22722343 .  
  102. ↑ شين إس، بارك جيه دبليو، هوانغ جيه، ديتمار كيه إيه، لو زد إكس، تشو كيو، وآخرون (أبريل 2012). "MATS: إطار بايزي للكشف المرن عن التضفير البديل التفاضلي من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (8): e61. doi : 10.1093/nar/ gkr1291 . PMC 3333886. PMID 22266656 .   
  103. ↑ وانغ إكس، كيرنز إم جيه (يونيو 2014). "SeqGSEA: حزمة برمجية من Bioconductor لتحليل إثراء مجموعات الجينات لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) مع دمج التعبير التفاضلي والتضفير" . المعلوماتية الحيوية . 30 (12): 1777-1779 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu090 . PMID 24535097 . 
  104. ↑ ترابنيل سي، هندريكسون دي جي، سوفاجو إم، جوف إل، رين جيه إل، باتشر إل (يناير 2013). "التحليل التفاضلي لتنظيم الجينات بدقة النسخ باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 31 (1): 46-53 . doi : 10.1038/nbt.2450 . PMC 3869392. PMID 23222703 .  
  105. ↑ هو واي، هوانغ واي، دو واي، أوريانا سي إف، سينغ دي، جونسون إيه آر، وآخرون . (يناير 2013). "DiffSplice: الكشف على مستوى الجينوم عن أحداث التضفير التفاضلي باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (2): e39. doi : 10.1093/nar/gks1026 . PMC 3553996. PMID 23155066 .   
  106. ↑ فاكيرو-غارسيا ج، باريرا أ، غازارا إم آر، غونزاليس-فاليناس ج، لاهينز إن إف، هوغينش جيه بي، وآخرون . (فبراير 2016). "نظرة جديدة على تعقيد النسخ الجيني وتنظيمه من خلال عدسة اختلافات التضفير الموضعي" . eLife . 5 e11752. doi : 10.7554/eLife.11752 . PMC 4801060. PMID 26829591 .   
  107. ↑ ميرينو، جي. أ.، كونيسا، أ.، فرنانديز، إي. أ. (مارس 2019). "تقييم معياري لسير العمل للكشف عن التضفير التفاضلي والتعبير التفاضلي على مستوى النظائر في دراسات تسلسل الحمض النووي الريبوزي البشري". موجزات في المعلوماتية الحيوية . 20 (2): 471-481 . doi : 10.1093/bib/bbx122 . hdl : 11336/41247 . PMID 29040385. S2CID 22706028 .  
  108. 1 2 ماركوت إي إم، بيليغريني إم، طومسون إم جيه، ييتس تي أو، أيزنبرغ دي (نوفمبر 1999). "خوارزمية مُدمجة للتنبؤ بوظيفة البروتين على مستوى الجينوم". نيتشر . 402 ( 6757): 83-86 . Bibcode : 1999Natur.402...83M . doi : 10.1038/47048 . PMID 10573421. S2CID 144447 .  
  109. 1 2 جيورجي إف إم، ديل فابرو سي، ليكوسي إف (مارس 2013). "دراسة مقارنة لشبكات التعبير المشترك المستمدة من تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) والمصفوفات الدقيقة في نبات رشاد أذن الفأر (Arabidopsis thaliana)" . المعلوماتية الحيوية . 29 (6): 717-24 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt053 . hdl : 11390/990155 . PMID 23376351 . 
  110. ↑ يانكو، أو. دي.، وكاواني، إس.، وبوتوملي، دي.، وسيرلز، آر.، وهيتزمان، آر.، وماكويني، إس. (يونيو 2012). "استخدام بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) لاستنتاج شبكة التعبير المشترك من الصفر" . المعلوماتية الحيوية . 28 (12): 1592-1597 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts245 . PMC 3493127. PMID 22556371 .  
  111. ↑ إكسي ر، لي إتش دي، مينون ر، وين واي، أومين جي إس، كريتزلر إم، وآخرون . (نوفمبر 2013). "التمييز المنهجي لوظائف الأشكال المتغايرة الناتجة عن التضفير البديل من خلال دمج بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 9 (11) e1003314. رمز Bibcode : 2013PLSCB...9E3314E . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003314 . PMC 3820534. PMID 24244129 .   
  112. ↑ لي إتش دي، مينون آر، أومين جي إس، غوان واي (أغسطس 2014). "العصر الناشئ لتكامل البيانات الجينومية لتحليل وظيفة نظائر التضفير" . اتجاهات في علم الوراثة . 30 (8): 340-347 . doi : 10.1016/j.tig.2014.05.005 . PMC 4112133. PMID 24951248 .  
  113. ↑ فوروشاني أ، أغراهاري ر، دوكينغ ر، تشانغ ل، دانس ج، هودوبا م، وآخرون (مارس 2017). "تحليل شبكة جينية واسعة النطاق يكشف أهمية مسار المصفوفة خارج الخلوية وجينات الهوموبوكس في ابيضاض الدم النخاعي الحاد: مقدمة لحزمة Pigengene وتطبيقاتها" . BMC Medical Genomics . 10 (1) 16. doi : 10.1186/s12920-017-0253-6 . PMC 5353782. PMID 28298217 .   
  114. ↑ لي هـ، هاندساكر ب، ويسوكر أ، فينيل ت، روان ج، هومر ن، وآخرون . (أغسطس 2009). "تنسيق محاذاة/خريطة التسلسل وأدوات SAM" . المعلوماتية الحيوية . 25 (16): 2078-2079 . doi : 10.1093/bioinformatics/ btp352 . PMC 2723002. PMID 19505943 .   
  115. ↑ ديبريستو ما، بانكس إي، بوبلين آر، جاريميلا كيه في، ماغواير جي آر، هارتل سي، وآخرون . (مايو 2011). "إطار عمل لاكتشاف التباين والتنميط الجيني باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي من الجيل التالي" . علم الوراثة الطبيعة . 43 (5): 491– 8. دوى : 10.1038 / ng.806 . بمك 3083463 . بميد 21478889 .   
  116. ↑ باتل أ، براون سي دي، إنجلهارت بي إي، مونتغمري إس بي (أكتوبر 2017). "التأثيرات الجينية على التعبير الجيني في أنسجة الإنسان" . نيتشر . 550 ( 7675): 204-213 . Bibcode : 2017Natur.550..204A . doi : 10.1038/nature24277 . hdl : 10230/34202 . PMC 5776756. PMID 29022597 .  
  117. ↑ ريختر إف، هوفمان جي إي، مانهايمر كيه بي، باتيل إن، شارب إيه جيه، ماكين دي، وآخرون . (أكتوبر 2019). " يحدد ORE تأثيرات التعبير المتطرفة الغنية بالمتغيرات النادرة" . المعلوماتية الحيوية . 35 (20): 3906-3912 . doi : 10.1093/bioinformatics/btz202 . PMC 6792115. PMID 30903145 .   
  118. ↑ فريدمان إيه إتش، كلامب إم، ساكتون تي بي (يناير 2021). "الخطأ والتشويش والتحيز في تجميعات النسخ الجيني الجديدة". موارد علم البيئة الجزيئية . 21 (1): 18-29 . Bibcode : 2021MolER..21...18F . doi : 10.1111/1755-0998.13156 . PMID 32180366. S2CID 212739959 .  
  119. ↑ تيكسيرا ، إم آر (ديسمبر 2006). "الجينات الورمية الاندماجية المتكررة في السرطانات". مراجعات نقدية في علم الأورام . 12 ( 3-4 ): 257-271 . doi : 10.1615/critrevoncog.v12.i3-4.40 . PMID 17425505. S2CID 40770452 .  
  120. ↑ كامينغز بي بي، مارشال جيه إل، توكيانين تي، ليك إم، دونكرفورت إس، فولي إيه آر، وآخرون . (19 أبريل 2017). "تحسين التشخيص الجيني للأمراض المندلية باستخدام تسلسل النسخ الجيني" . مجلة ساينس ترانسليشنال ميديسين . 9 (386) eaal5209. doi : 10.1126/scitranslmed.aal5209 . hdl : 10230/35912 . PMC 5548421. PMID 28424332 .   
  121. ↑ كريمر إل إس، وبادر دي إم، وميرتس سي، وكوبايتيتش آر، وبيشلر جي، وإيوسو إيه، وآخرون . (12 يونيو 2017). "التشخيص الجيني للاضطرابات المندلية عبر تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . نيتشر كوميونيكيشنز . 8 (1) 15824. Bibcode : 2017NatCo...815824K . doi : 10.1038/ ncomms15824 . PMC 5499207. PMID 28604674 .   
  122. ↑ ساندبرغ ر (يناير 2014). "دخول عصر علم النسخ أحادي الخلية في علم الأحياء والطب" . نيتشر ميثودز . 11 (1): 22-24 . doi : 10.1038/nmeth.2764 . PMID 24524133. S2CID 27632439 .  
  123. ↑ "ترميز مصفوفة البيانات" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 28 يوليو 2013 .
  124. ↑ "أطلس جينوم السرطان - بوابة البيانات" . مؤرشف من الأصل في 15 أكتوبر 2011. تم الاطلاع عليه في 28 يوليو 2013 .
  125. ↑ سانجيوفاني م، غراناتا إ، ثيند أ.س، غواراسينو م.ر (أبريل 2019). "من النفايات إلى الكنوز: الكشف عن التلوث غير المتوقع في بيانات التسلسل الجيني من الجيل التالي غير المصنفة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 20 (ملحق 4) 168. doi : 10.1186/s12859-019-2684-x . PMC 6472186. PMID 30999839 .  

للمزيد من القراءة

  • Cresko B, Voelker R, Small C (2001). Bassham S, Catchen J (eds.). "RNA-seqlopedia". University of Oregon.: a high-level guide to designing and implementing an RNA-Seq experiment.