تسلسل الجينوم الكامل

الموسوعة الحرة
تُستخدم مخططات كهربية الجينوم عادةً لتسلسل أجزاء من الجينومات. [1]
مخطط كروموسومي تخطيطي لإنسان، يوضح نظرة عامة على الجينوم البشري ، مع 22 كروموسومًا متماثلًا ، كل من النسخ الأنثوية (XX) والذكرية (XY) من الكروموسوم الجنسي (أسفل اليمين)، بالإضافة إلى جينوم الميتوكوندريا (للقياس في أسفل اليسار)

تسلسل الجينوم الكامل ( WGS ) هو عملية تحديد كامل تسلسل الحمض النووي لجينوم الكائن الحي أو ما يقرب من كامل تسلسل الحمض النووي في وقت واحد. [2] وهذا يستلزم تسلسل الحمض النووي الكروموسومي الكامل للكائن الحي بالإضافة إلى الحمض النووي الموجود في الميتوكوندريا ، وبالنسبة للنباتات، في البلاستيدات الخضراء .

تم استخدام تسلسل الجينوم الكامل على نطاق واسع كأداة بحثية، ولكن تم تقديمه إلى العيادات في عام 2014. [3] [4] [5] في مستقبل الطب الشخصي ، قد تكون بيانات تسلسل الجينوم الكامل أداة مهمة لتوجيه التدخل العلاجي. [6] تُستخدم أداة تسلسل الجينات على مستوى SNP أيضًا لتحديد المتغيرات الوظيفية من دراسات الارتباط وتحسين المعرفة المتاحة للباحثين المهتمين بعلم الأحياء التطوري ، وبالتالي قد تضع الأساس للتنبؤ بحساسية المرض والاستجابة للأدوية.

لا ينبغي الخلط بين تسلسل الجينوم الكامل وتصنيف الحمض النووي ، والذي يحدد فقط احتمالية أن تكون المادة الوراثية قد جاءت من فرد أو مجموعة معينة، ولا يحتوي على معلومات إضافية حول العلاقات الجينية أو الأصل أو القابلية للإصابة بأمراض معينة. [7] بالإضافة إلى ذلك، لا ينبغي الخلط بين تسلسل الجينوم الكامل والطرق التي تسلسل مجموعات فرعية محددة من الجينوم - مثل هذه الطرق تشمل تسلسل الإكسوم الكامل (1-2٪ من الجينوم) أو تحديد النمط الجيني SNP (<0.1٪ من الجينوم).

تاريخ

كان أول جينوم بكتيري كامل يتم تسلسله هو جينوم بكتيريا المستدمية النزلية .
كانت دودة Caenorhabditis elegans أول حيوان يتم تسلسل جينومه بالكامل.
تم تسلسل الجينوم الكامل لـ Drosophila melanogaster في عام 2000.
كان نبات أرابيدوبسيس ثاليانا أول نبات تم تسلسل جينومه.
تم نشر جينوم الفأر المختبري Mus musculus في عام 2002.
استغرق الأمر 10 سنوات و50 عالمًا من جميع أنحاء العالم لتسلسل جينوم Elaeis guineensis ( نخيل الزيت ). كان من الصعب بشكل خاص تسلسل هذا الجينوم لأنه يحتوي على العديد من التسلسلات المتكررة التي يصعب تنظيمها. [8]

كانت طرق تسلسل الحمض النووي المستخدمة في السبعينيات والثمانينيات يدوية؛ على سبيل المثال، تسلسل ماكسام-جيلبرت وتسلسل سانجر . تم تسلسل العديد من الجينومات الكاملة للبكتيريا والفيروسات الحيوانية باستخدام هذه التقنيات، لكن التحول إلى طرق تسلسل أسرع وأكثر آلية في التسعينيات سهّل تسلسل الجينومات البكتيرية والحقيقية الأكبر حجمًا. [9]

كان أول فيروس يتم تسلسل جينومه بالكامل هو Bacteriophage MS2 بحلول عام 1976. [10] في عام 1992، كان كروموسوم الخميرة III هو أول كروموسوم لأي كائن حي يتم تسلسله بالكامل. [11] كان أول كائن حي يتم تسلسل جينومه بالكامل هو Haemophilus influenzae في عام 1995. [12] بعد ذلك، تم تسلسل جينومات البكتيريا الأخرى وبعض العتائق لأول مرة، ويرجع ذلك إلى حد كبير إلى حجم جينومها الصغير. يحتوي H. influenzae على جينوم يتكون من 1,830,140 زوجًا أساسيًا من الحمض النووي. [12] على النقيض من ذلك، فإن حقيقيات النوى ، وحيدة الخلية ومتعددة الخلايا مثل Amoeba dubia والبشر ( Homo sapiens ) على التوالي، لديها جينومات أكبر بكثير (انظر مفارقة القيمة C ). [13] تحتوي الأميبا دوبيا على جينوم يتكون من 700 مليار زوج من النوكليوتيدات موزعة على آلاف الكروموسومات . [14] يحتوي البشر على أزواج من النوكليوتيدات أقل (حوالي 3.2 مليار في كل خلية جرثومية - لاحظ أن الحجم الدقيق للجينوم البشري لا يزال قيد المراجعة) من الأميبا دوبيا، ومع ذلك، فإن حجم جينومها يفوق بكثير حجم جينوم البكتيريا الفردية. [15]

تم تسلسل أول جينومات بكتيرية وعتيقة، بما في ذلك بكتيريا H. influenzae ، بواسطة تسلسل Shotgun . [12] في عام 1996، تم تسلسل أول جينوم حقيقي النواة ( Saccharomyces cerevisiae ). S. cerevisiae ، وهو كائن نموذجي في علم الأحياء، يحتوي على جينوم يتكون من حوالي 12 مليون زوج من النيوكليوتيدات فقط، [16] وكان أول كائن حقيقي النواة وحيد الخلية يتم تسلسل جينومه بالكامل. كان أول كائن حقيقي متعدد الخلايا ، وحيواني ، يتم تسلسل جينومه بالكامل هو الدودة الخيطية : Caenorhabditis elegans في عام 1998. [17] يتم تسلسل الجينومات حقيقية النواة من خلال عدة طرق بما في ذلك تسلسل Shotgun لشظايا الحمض النووي القصيرة وتسلسل استنساخ الحمض النووي الأكبر من مكتبات الحمض النووي مثل الكروموسومات الاصطناعية البكتيرية (BACs) والكروموسومات الاصطناعية الخميرة (YACs). [18]

في عام 1999، تم نشر تسلسل الحمض النووي الكامل للكروموسوم البشري 22 ، ثاني أقصر صبغي جسمي بشري . [19] وبحلول عام 2000، تم تسلسل ثاني جينوم حيوان وثاني لافقاري (وأول حشرة ) - جينوم ذبابة الفاكهة Drosophila melanogaster - وهو اختيار شائع للكائن النموذجي في البحث التجريبي. [20] كما تم تسلسل أول جينوم نباتي - جينوم الكائن النموذجي Arabidopsis thaliana - بالكامل بحلول عام 2000. [21] وبحلول عام 2001، تم نشر مسودة لتسلسل الجينوم البشري بالكامل. [22] تم الانتهاء من جينوم فأر المختبر Mus musculus في عام 2002. [23]

في عام 2004، نشر مشروع الجينوم البشري نسخة غير كاملة من الجينوم البشري. [24] في عام 2008، أبلغت مجموعة من لايدن، هولندا، عن تسلسل أول جينوم بشري أنثوي ( مارجولين كريك ).

تم حاليًا تسلسل آلاف الجينومات كليًا أو جزئيًا .

تفاصيل تجريبية

الخلايا المستخدمة في التسلسل

يمكن لأي عينة بيولوجية تحتوي على نسخة كاملة من الحمض النووي تقريبًا - حتى لو كانت كمية صغيرة جدًا من الحمض النووي أو الحمض النووي القديم - أن توفر المادة الوراثية اللازمة لتسلسل الجينوم الكامل. قد تشمل هذه العينات اللعاب والخلايا الظهارية ونخاع العظام والشعر (طالما أن الشعر يحتوي على بصيلات الشعر ) والبذور وأوراق النباتات أو أي شيء آخر يحتوي على خلايا تحتوي على الحمض النووي .

يمكن تحديد تسلسل الجينوم لخلية واحدة مختارة من مجموعة مختلطة من الخلايا باستخدام تقنيات تسلسل جينوم الخلية الواحدة . وهذا له مزايا مهمة في علم الأحياء الدقيقة البيئي في الحالات التي يمكن فيها عزل خلية واحدة من نوع معين من الكائنات الحية الدقيقة من مجموعة مختلطة بواسطة المجهر على أساس خصائصها المورفولوجية أو غيرها من الخصائص المميزة. في مثل هذه الحالات، يمكن حذف الخطوات الضرورية عادة لعزل ونمو الكائن الحي في المزرعة، مما يسمح بتسلسل طيف أكبر بكثير من جينومات الكائنات الحية. [25]

يتم اختبار تسلسل جينوم الخلية الواحدة كطريقة للتشخيص الجيني قبل الزرع ، حيث يتم أخذ خلية من الجنين الناتج عن التلقيح الصناعي وتحليلها قبل نقل الجنين إلى الرحم. [26] بعد الزرع، يمكن أخذ الحمض النووي للجنين الخالي من الخلايا عن طريق وخز الوريد البسيط من الأم واستخدامه لتسلسل الجينوم الكامل للجنين. [27]

التقنيات المبكرة

جهاز تحليل الجينات ABI PRISM 3100. تعمل مثل هذه الأجهزة على أتمتة الجهود المبكرة لتسلسل الجينومات.

تم إنجاز تسلسل جينوم بشري كامل تقريبًا لأول مرة في عام 2000 جزئيًا من خلال استخدام تقنية تسلسل البندقية . في حين كان تسلسل البندقية الكامل للجينومات الصغيرة (4000-7000 زوج قاعدي ) قيد الاستخدام بالفعل في عام 1979، [28] استفاد التطبيق الأوسع من التسلسل النهائي الزوجي، والمعروف بالعامية باسم تسلسل البندقية ذات الماسورتين . عندما بدأت مشاريع التسلسل في تناول جينومات أطول وأكثر تعقيدًا، بدأت مجموعات متعددة تدرك أنه يمكن الحصول على معلومات مفيدة عن طريق تسلسل كلا طرفي جزء من الحمض النووي. على الرغم من أن تسلسل كلا طرفي نفس الجزء وتتبع البيانات المزدوجة كان أكثر صعوبة من تسلسل طرف واحد لجزأين متميزين، إلا أن معرفة أن التسلسلين كانا موجهين في اتجاهين متعاكسين وكانا بطول جزء بعيدًا عن بعضهما البعض كانت قيمة في إعادة بناء تسلسل الجزء المستهدف الأصلي.

كان أول وصف منشور لاستخدام النهايات المزدوجة في عام 1990 كجزء من تسلسل موضع HPRT البشري ، [29] على الرغم من أن استخدام النهايات المزدوجة كان مقتصرًا على سد الفجوات بعد تطبيق نهج تسلسل البندقية التقليدي. كان أول وصف نظري لاستراتيجية تسلسل نهايات زوجية نقية، بافتراض وجود شظايا بطول ثابت، في عام 1991. [30] في عام 1995، تم تقديم ابتكار استخدام شظايا بأحجام مختلفة، [31] وأثبت أن استراتيجية تسلسل نهايات زوجية نقية ستكون ممكنة على أهداف كبيرة. تم تبني الاستراتيجية لاحقًا من قبل معهد أبحاث الجينوم (TIGR) لتسلسل الجينوم الكامل لبكتيريا المستدمية النزلية في عام 1995، [32] ثم من قبل شركة Celera Genomics لتسلسل جينوم ذبابة الفاكهة بالكامل في عام 2000، [33] وبعد ذلك الجينوم البشري بالكامل. قامت شركة Applied Biosystems ، والتي تسمى الآن Life Technologies ، بتصنيع أجهزة تسلسل الشعيرات الدموية الآلية المستخدمة من قبل كل من شركة Celera Genomics ومشروع الجينوم البشري.

التقنيات الحالية

في حين كان التسلسل الشعري هو النهج الأول لتسلسل جينوم بشري كامل تقريبًا بنجاح، إلا أنه لا يزال مكلفًا للغاية ويستغرق وقتًا طويلاً للأغراض التجارية. منذ عام 2005، تم استبدال التسلسل الشعري تدريجيًا بتقنيات التسلسل عالية الإنتاجية (المعروفة سابقًا باسم "الجيل التالي") مثل تسلسل صبغ Illumina وتسلسل البايرو وتسلسل SMRT . [ 34] تستمر كل هذه التقنيات في استخدام استراتيجية البندقية الأساسية، وهي التوازي وتوليد القالب عبر تجزئة الجينوم.

ظهرت تقنيات أخرى، بما في ذلك تقنية Nanopore . وعلى الرغم من أن دقة التسلسل لتقنية Nanopore أقل من تلك المذكورة أعلاه، فإن طول قراءتها في المتوسط ​​أطول بكثير. [35] هذا الجيل من القراءات الطويلة ذو قيمة خاصة في تطبيقات تسلسل الجينوم الكامل الجديدة . [36]

تحليل

من حيث المبدأ، يمكن لتسلسل الجينوم الكامل أن يوفر تسلسل النوكليوتيدات الخام للحمض النووي الخاص بكائن حي فردي في نقطة زمنية واحدة. ومع ذلك، يجب إجراء المزيد من التحليلات لتوفير المعنى البيولوجي أو الطبي لهذا التسلسل، مثل كيفية استخدام هذه المعرفة للمساعدة في منع المرض. يتم تطوير وتحسين أساليب تحليل بيانات التسلسل.

وبما أن التسلسل يولد قدراً كبيراً من البيانات (على سبيل المثال، هناك ما يقرب من ستة مليارات زوج قاعدي في كل جينوم ثنائي الصبغيات البشري)، فإن مخرجاته يتم تخزينها إلكترونياً وتتطلب قدراً كبيراً من قوة الحوسبة وقدرة التخزين.

على الرغم من أن تحليل بيانات WGS قد يكون بطيئًا، فمن الممكن تسريع هذه الخطوة باستخدام أجهزة مخصصة. [37]

التسويق

التكلفة الإجمالية لتسلسل الجينوم البشري بالكامل كما تم حسابها بواسطة المعهد الوطني لبحوث الجينوم البشري

يتنافس عدد من الشركات العامة والخاصة على تطوير منصة تسلسل الجينوم الكامل القوية تجاريًا لكل من البحث والاستخدام السريري، [38] بما في ذلك Illumina، [39] Knome ، [40] Sequenom ، [41] 454 Life Sciences ، [42] Pacific Biosciences، [43] Complete Genomics ، [44] Helicos Biosciences ، [45] GE Global Research ( General Electric )، Affymetrix ، IBM ، Intelligent Bio-Systems، [46] Life Technologies، Oxford Nanopore Technologies، [47] ومعهد بكين للجينوم . [48] [49] [50] يتم تمويل هذه الشركات بشكل كبير ودعمها من قبل المستثمرين الاستثماريين وصناديق التحوط والبنوك الاستثمارية . [51] [52]

كان الهدف التجاري المشار إليه بشكل شائع لتكلفة التسلسل حتى أواخر العقد الأول من القرن الحادي والعشرين هو 1000 دولار  أمريكي، ومع ذلك، تعمل الشركات الخاصة على الوصول إلى هدف جديد يبلغ 100 دولار فقط. [53]

حافز

في أكتوبر 2006، أنشأت مؤسسة جائزة إكس ، بالتعاون مع مؤسسة ج. كريج فينتر للعلوم، جائزة أرشون إكس لعلم الجينوم، [54] بهدف منح 10 ملايين دولار "لأول فريق يمكنه بناء جهاز واستخدامه لتسلسل 100 جينوم بشري في غضون 10 أيام أو أقل، بدقة لا تزيد عن خطأ واحد في كل 1000000 قاعدة متسلسلة، مع تغطية التسلسلات بدقة لما لا يقل عن 98٪ من الجينوم، وبتكلفة متكررة لا تزيد عن 1000 دولار لكل جينوم". [55] تم إلغاء جائزة أرشون إكس لعلم الجينوم في عام 2013، قبل تاريخ بدايتها الرسمي. [56] [57]

تاريخ

في عام 2007، بدأت شركة Applied Biosystems في بيع نوع جديد من أجهزة التسلسل يسمى SOLiD System. [58] سمحت هذه التقنية للمستخدمين بتسلسل 60 جيجا بايت لكل تشغيل. [59]

في يونيو 2009، أعلنت شركة Illumina أنها ستطلق خدمة التسلسل الكامل للجينوم الشخصي الخاصة بها بعمق 30 × مقابل 48000 دولار لكل جينوم. [60] [61] في أغسطس، صرح مؤسس شركة Helicos Biosciences، ستيفن كويك ، أنه باستخدام جهاز التسلسل الجزيئي الفردي الخاص بالشركة، قام بتسلسل جينومه الكامل بأقل من 50000 دولار. [62] في نوفمبر، نشرت شركة Complete Genomics ورقة بحثية تمت مراجعتها من قبل الأقران في مجلة Science توضح قدرتها على تسلسل جينوم بشري كامل مقابل 1700 دولار. [63] [64]

في مايو 2011، خفضت شركة Illumina خدمة التسلسل الكامل للجينوم إلى 5000 دولار أمريكي لكل جينوم بشري، أو 4000 دولار أمريكي في حالة طلب 50 جينومًا أو أكثر. [65] يبدو أن شركات Helicos Biosciences وPacific Biosciences وComplete Genomics وIllumina وSequenom وION Torrent Systems وHalcyon Molecular وNABsys وIBM وGE Global تتنافس جميعًا في السباق لتسويق التسلسل الكامل للجينوم. [34] [66]

مع انخفاض تكاليف التسلسل، بدأت عدد من الشركات تدعي أن معداتها ستحقق قريبًا جينومًا بقيمة 1000 دولار: شملت هذه الشركات Life Technologies في يناير 2012، [67] وOxford Nanopore Technologies في فبراير 2012، [68] و Illumina في فبراير 2014. [69] [70] في عام 2015، قدر المعهد الوطني لبحوث الجينوم تكلفة الحصول على تسلسل الجينوم الكامل بحوالي 1500 دولار. [71] في عام 2016، بدأت شركة Veritas Genetics في بيع تسلسل الجينوم الكامل، بما في ذلك تقرير عن بعض المعلومات في التسلسل مقابل 999 دولارًا. [72] في صيف عام 2019، خفضت شركة Veritas Genetics تكلفة تسلسل الجينوم الكامل إلى 599 دولارًا. [73] في عام 2017، بدأت BGI في تقديم تسلسل الجينوم الكامل مقابل 600 دولار. [74]

ومع ذلك، في عام 2015، لاحظ البعض أن الاستخدام الفعال لتسلسل الجينات بالكامل قد يكلف أكثر من 1000 دولار أمريكي. [75] كما ورد أنه لا تزال هناك أجزاء من الجينوم البشري لم يتم تسلسلها بالكامل بحلول عام 2017. [76] [77]

مقارنة مع التقنيات الأخرى

مصفوفات الحمض النووي

يوفر تسلسل الجينوم الكامل معلومات عن الجينوم أكبر بكثير من تلك التي توفرها مجموعات الحمض النووي ، وهي الرائدة السابقة في تكنولوجيا تحديد النمط الجيني.

بالنسبة للبشر، توفر مجموعات الحمض النووي حاليًا معلومات عن النمط الجيني لما يصل إلى مليون متغير جيني، [78] [79] [80] بينما سيوفر تسلسل الجينوم الكامل معلومات عن جميع القواعد الستة مليارات في الجينوم البشري، أو 3000 مرة أكثر من البيانات. وبسبب هذا، يُعتبر تسلسل الجينوم الكامل ابتكارًا مدمرًا لأسواق مجموعات الحمض النووي حيث تتراوح دقة كل منهما من 99.98٪ إلى 99.999٪ (في مناطق الحمض النووي غير المتكررة) وتكلفة المواد الاستهلاكية البالغة 5000 دولار لكل 6 مليارات زوج قاعدي تنافسية (لبعض التطبيقات) مع مجموعات الحمض النووي (500 دولار لكل مليون زوج قاعدي). [42]

التطبيقات

ترددات الطفرة

لقد حدد تسلسل الجينوم الكامل معدل حدوث الطفرات في الجينوم البشري الكامل. يبلغ معدل حدوث الطفرات في الجينوم الكامل بين الأجيال بالنسبة للبشر (من الوالد إلى الطفل) حوالي 70 طفرة جديدة لكل جيل. [81] [82] تم العثور على مستوى أقل من التباين عند مقارنة تسلسل الجينوم الكامل في خلايا الدم لزوج من المعمرين أحاديي الزيجوت (توائم متطابقة) يبلغان من العمر 100 عام. [83] تم العثور على 8 اختلافات جسدية فقط، على الرغم من أن التباين الجسدي الذي يحدث في أقل من 20٪ من خلايا الدم لن يتم اكتشافه.

في مناطق ترميز البروتين على وجه التحديد في الجينوم البشري، يُقدر أن هناك حوالي 0.35 طفرة من شأنها أن تغير تسلسل البروتين بين أجيال الوالدين/الأبناء (أقل من بروتين متحور واحد لكل جيل). [84]

في السرطان، تكون معدلات الطفرات أعلى بكثير، بسبب عدم استقرار الجينوم . يمكن أن يعتمد هذا التردد أيضًا على عمر المريض والتعرض لعوامل إتلاف الحمض النووي (مثل الأشعة فوق البنفسجية أو مكونات دخان التبغ) ونشاط / عدم نشاط آليات إصلاح الحمض النووي. [85] علاوة على ذلك، يمكن أن يختلف معدل الطفرات بين أنواع السرطان: في الخلايا الجرثومية، تحدث معدلات الطفرات عند حوالي 0.023 طفرة لكل ميجاباس، ولكن هذا الرقم أعلى بكثير في سرطان الثدي (1.18-1.66 طفرة جسدية لكل ميجاباس)، في سرطان الرئة (17.7) أو في الأورام الميلانينية (≈33). [86] نظرًا لأن الجينوم البشري أحادي الصيغة الصبغية يتكون من حوالي 3200 ميجا قاعدة، [87] فإن هذا يترجم إلى حوالي 74 طفرة (معظمها في المناطق غير المشفرة ) في الحمض النووي للخلايا الجرثومية لكل جيل، ولكن 3776-5312 طفرة جسدية لكل جينوم أحادي الصيغة الصبغية في سرطان الثدي، و56640 في سرطان الرئة و105600 في الأورام الميلانينية.

إن توزيع الطفرات الجسدية عبر الجينوم البشري غير متساوٍ للغاية، [88] بحيث تتلقى المناطق الغنية بالجينات والمتكاثرة مبكرًا طفرات أقل من المناطق الفقيرة بالجينات والمتكاثرة متأخرًا، ويرجع ذلك على الأرجح إلى نشاط إصلاح الحمض النووي التفاضلي. [89] وعلى وجه الخصوص، يرتبط تعديل الهيستون H3K9me3 بترددات طفرة عالية، [90] و H3K36me3 بترددات طفرة منخفضة. [91]

دراسات الارتباط على مستوى الجينوم

في البحث، يمكن استخدام تسلسل الجينوم الكامل في دراسة ارتباط الجينوم على نطاق واسع (GWAS) - وهو مشروع يهدف إلى تحديد المتغير الجيني أو المتغيرات المرتبطة بمرض أو بعض النمط الظاهري الآخر. [92]

الاستخدام التشخيصي

في عام 2009، أصدرت شركة Illumina أول أجهزة تسلسل الجينوم الكامل التي تمت الموافقة عليها للاستخدام السريري بدلاً من الاستخدام البحثي فقط، وبدأ الأطباء في المراكز الطبية الأكاديمية في استخدامها بهدوء لمحاولة تشخيص ما هو الخطأ في الأشخاص الذين فشلت الأساليب القياسية في مساعدتهم. [93] في عام 2009، أجرى فريق من جامعة ستانفورد بقيادة إيوان آشلي تفسيرًا سريريًا لجينوم بشري كامل، وهو جينوم المهندس البيولوجي ستيفن كواك. [94] في عام 2010، أبلغ فريق آشلي عن تشريح جزيئي للجينوم الكامل [95] وفي عام 2011، وسَّع إطار التفسير ليشمل عائلة متسلسلة بالكامل، عائلة ويست، التي كانت أول عائلة يتم تسلسلها على منصة Illumina. [96] كان سعر تسلسل الجينوم في ذلك الوقت 19500 دولار  أمريكي، والذي تم فرضه على المريض ولكن تم دفعه عادةً من منحة بحثية؛ تقدم شخص واحد في ذلك الوقت بطلب للحصول على تعويض من شركة التأمين الخاصة به. [93] على سبيل المثال، احتاج أحد الأطفال إلى حوالي 100 عملية جراحية بحلول الوقت الذي بلغ فيه الثالثة من عمره، ولجأ طبيبه إلى تسلسل الجينوم الكامل لتحديد المشكلة؛ استغرق الأمر فريقًا من حوالي 30 شخصًا شمل 12 خبيرًا في المعلومات الحيوية ، وثلاثة فنيين في التسلسل، وخمسة أطباء، ومستشارين وراثيين، واثنين من خبراء الأخلاق لتحديد طفرة نادرة في XIAP كانت تسبب مشاكل واسعة النطاق. [93] [97] [98]

بسبب التخفيضات الأخيرة في التكاليف (انظر أعلاه) أصبح تسلسل الجينوم الكامل تطبيقًا واقعيًا في تشخيص الحمض النووي. في عام 2013، حصل اتحاد 3Gb-TEST على تمويل من الاتحاد الأوروبي لإعداد نظام الرعاية الصحية لهذه الابتكارات في تشخيص الحمض النووي. [99] [100] يجب وضع مخططات تقييم الجودة وتقييم التكنولوجيا الصحية والمبادئ التوجيهية . حدد اتحاد 3Gb-TEST تحليل وتفسير بيانات التسلسل باعتباره الخطوة الأكثر تعقيدًا في عملية التشخيص. [101] في اجتماع الاتحاد في أثينا في سبتمبر 2014، صاغ الاتحاد كلمة الترجمة الجينية لهذه الخطوة الحاسمة. تؤدي هذه الخطوة إلى ما يسمى بالتقرير الجيني . هناك حاجة إلى إرشادات لتحديد المحتوى المطلوب لهذه التقارير. [ بحاجة لمصدر ]

تم إنشاء مبادرة Genomes2People (G2P)، وهي مبادرة من مستشفى بريغهام والنساء وكلية الطب بجامعة هارفارد، في عام 2011 لدراسة دمج التسلسل الجينومي في الرعاية السريرية للبالغين والأطفال. [102] كان مدير G2P، روبرت سي جرين ، قد قاد سابقًا دراسة REVEAL - تقييم المخاطر والتوعية بمرض الزهايمر - وهي سلسلة من التجارب السريرية التي تستكشف ردود أفعال المرضى تجاه معرفة مخاطرهم الجينية للإصابة بمرض الزهايمر. [103] [104]

في عام 2018، حدد الباحثون في معهد طب الجينوم بمستشفى رادي للأطفال في سان دييغو أن التسلسل السريع للجينوم الكامل (rWGS) يمكن أن يشخص الاضطرابات الوراثية في الوقت المناسب لتغيير الإدارة الطبية أو الجراحية الحادة (الفائدة السريرية) وتحسين النتائج لدى الرضع المصابين بأمراض حادة. في دراسة مجموعة استعادية للرضع المصابين بأمراض حادة في مستشفى أطفال إقليمي من يوليو 2016 إلى مارس 2017، تلقت اثنتان وأربعون عائلة تسلسل الجينوم الكامل السريع للتشخيص السببي للاضطرابات الوراثية. كانت حساسية التشخيص لتسلسل الجينوم الكامل السريع 43٪ (ثمانية عشر من 42 رضيعًا) و 10٪ (أربعة من 42 رضيعًا) للاختبارات الجينية القياسية (P = .0005). كان معدل الفائدة السريرية لتسلسل الجينوم الكامل السريع (31٪، ثلاثة عشر من 42 رضيعًا) أكبر بكثير من الاختبارات الجينية القياسية (2٪، واحد من 42؛ P = .0015). تمكن أحد عشر (26%) رضيعًا مصابين بمتلازمة rWGS التشخيصية من تجنب الإصابة بالأمراض، وانخفضت احتمالات الوفاة لدى أحدهم بنسبة 43%، وبدأ آخر في تلقي الرعاية التلطيفية. وفي ستة من الأطفال الأحد عشر، أدت التغييرات في الإدارة إلى خفض تكاليف العلاج في المستشفى بمقدار 800 ألف دولار إلى 2 مليون دولار. وقد كررت النتائج دراسة سابقة حول الفائدة السريرية لمتلازمة rWGS لدى الأطفال المرضى في المستشفيات، وأظهرت نتائج محسنة، ومدخرات رعاية صحية صافية، واعتبارها اختبارًا من الدرجة الأولى في هذا الإطار. [105]

وجدت مراجعة أجريت عام 2018 لـ 36 منشورًا أن تكلفة تسلسل الجينوم الكامل تتراوح من 1906 دولارًا  أمريكيًا إلى 24810 دولارًا  أمريكيًا ولديها تباين كبير في العائد التشخيصي من 17٪ إلى 73٪ اعتمادًا على مجموعات المرضى. [106]

دراسة ارتباط المتغيرات النادرة

تمكن دراسات تسلسل الجينوم الكامل من تقييم الارتباطات بين السمات المعقدة والمتغيرات النادرة المشفرة وغير المشفرة ( تردد الأليل الثانوي (MAF) <1٪) عبر الجينوم. عادةً ما تكون تحليلات المتغير الفردي منخفضة القوة لتحديد الارتباطات بالمتغيرات النادرة، وقد تم اقتراح اختبارات مجموعة المتغيرات لاختبار تأثيرات مجموعات معينة من المتغيرات النادرة المتعددة بشكل مشترك. [107] تساعد تعليقات SNP في إعطاء الأولوية للمتغيرات الوظيفية النادرة، ويمكن أن يؤدي دمج هذه التعليقات إلى تعزيز قوة تحليل الارتباط الجيني للمتغيرات النادرة لدراسات تسلسل الجينوم الكامل بشكل فعال. [108] تم تطوير بعض الأدوات خصيصًا لتوفير تحليل ارتباط المتغير النادر الشامل لبيانات تسلسل الجينوم الكامل، بما في ذلك دمج بيانات النمط الجيني وشروحها الوظيفية، وتحليل الارتباط، وملخص النتائج والتصور. [109] [110]

يوفر التحليل التلوي لدراسات تسلسل الجينوم الكامل حلاً جذابًا لمشكلة جمع أحجام عينات كبيرة لاكتشاف المتغيرات النادرة المرتبطة بالأنماط الظاهرية المعقدة. تم تطوير بعض الأساليب لتمكين تحليل ارتباط المتغيرات النادرة المستند إلى الوظائف في مجموعات على مستوى البنوك الحيوية باستخدام طرق فعالة لتخزين الإحصائيات الموجزة. [111]

علم الأورام

في هذا المجال، يمثل تسلسل الجينوم الكامل مجموعة كبيرة من التحسينات والتحديات التي يواجهها المجتمع العلمي، لأنه يجعل من الممكن تحليل وقياس وتوصيف الحمض النووي للورم الدائر (ctDNA) في مجرى الدم. وهذا بمثابة أساس للتشخيص المبكر للسرطان واختيار العلاج ومراقبة الانتكاس ، وكذلك لتحديد آليات المقاومة والنقائل والأنماط التطورية في تطور السرطان. ويمكن أن يساعد أيضًا في اختيار العلاجات الفردية للمرضى الذين يعانون من هذا المرض ومراقبة كيفية عمل الأدوية الموجودة أثناء تقدم العلاج. يتضمن تسلسل الجينوم الكامل العميق إعادة بناء فرعية بناءً على ctDNA في البلازما مما يسمح بالملف الجيني والجينومي الكامل ، مما يُظهر التعبير عن الحمض النووي للورم الدائر في كل حالة. [112]

فحص حديثي الولادة

في عام 2013، أطلق جرين وفريق من الباحثين مشروع BabySeq لدراسة العواقب الأخلاقية والطبية لتسلسل الحمض النووي للمواليد الجدد. [113] [114] اعتبارًا من عام 2015، تمت مناقشة تسلسل الجينوم الكامل والإكسوم كأداة لفحص المواليد الجدد [115] وفي عام 2021، تمت مناقشته بشكل أكبر. [116]

في عام 2021، مول المعهد الوطني للصحة مشروع BabySeq2، وهي دراسة تنفيذية توسع نطاق مشروع BabySeq، حيث تم تسجيل 500 طفل رضيع من عائلات متنوعة وتتبع آثار التسلسل الجيني الخاص بهم على الرعاية الطبية للأطفال. [117]

في عام 2023، أبدت مجلة لانسيت رأيها في أن "التركيز على تحسين الفحص من خلال ترقية مجموعات الجينات المستهدفة في المملكة المتحدة قد يكون أكثر منطقية في الأمد القريب. إن تسلسل الجينوم الكامل في الأمد البعيد يستحق فحصًا شاملاً وحذرًا عالميًا". [118]

المخاوف الأخلاقية

قد يكون لإدخال تسلسل الجينوم الكامل آثار أخلاقية. [119] من ناحية، يمكن للاختبارات الجينية تشخيص الأمراض التي يمكن الوقاية منها، سواء في الفرد الذي يخضع للاختبارات الجينية أو في أقاربه. [119] من ناحية أخرى، فإن الاختبار الجيني له جوانب سلبية محتملة مثل التمييز الجيني وفقدان عدم الكشف عن الهوية والتأثيرات النفسية مثل اكتشاف عدم الأبوة . [120]

يصر بعض خبراء الأخلاق على ضرورة حماية خصوصية الأفراد الذين يخضعون للاختبارات الجينية، [119] وهي تثير قلقًا خاصًا عندما يخضع القُصَّر للاختبارات الجينية. [121] ادعى الرئيس التنفيذي لشركة Illumina، جاي فلاتلي، خطأً في فبراير 2009 أنه "بحلول عام 2019 سيصبح رسم خريطة لجينات الأطفال عند ولادتهم أمرًا روتينيًا". [122] هذا الاستخدام المحتمل لتسلسل الجينوم مثير للجدل للغاية، لأنه يتعارض مع المعايير الأخلاقية الراسخة للاختبارات الجينية التنبؤية للقُصَّر الذين لا تظهر عليهم أعراض والتي تم ترسيخها جيدًا في مجالات علم الوراثة الطبية والاستشارة الوراثية . [123] [124] [125] [126] تم تطوير المبادئ التوجيهية التقليدية للاختبارات الجينية على مدار عدة عقود منذ أن أصبح من الممكن لأول مرة اختبار العلامات الجينية المرتبطة بالمرض، قبل ظهور الفحص الجيني الشامل الفعال من حيث التكلفة. [ بحاجة لمصدر ]

عندما يخضع الفرد لتسلسل الجينوم الكامل، فإنه يكشف عن معلومات ليس فقط حول تسلسل الحمض النووي الخاص به، ولكن أيضًا عن تسلسل الحمض النووي المحتمل لأقاربه الجينيين المقربين. [119] يمكن أن تكشف هذه المعلومات أيضًا عن معلومات تنبؤية مفيدة حول المخاطر الصحية الحالية والمستقبلية للأقارب. [127] وبالتالي، هناك أسئلة مهمة حول الالتزامات، إن وجدت، المستحقة لأفراد أسرة الأفراد الذين يخضعون للاختبار الجيني. في المجتمع الغربي / الأوروبي، يتم تشجيع الأفراد الذين يتم اختبارهم عادةً على مشاركة المعلومات المهمة حول أي تشخيصات وراثية مع أقاربهم المقربين، لأن أهمية التشخيص الجيني للذرية والأقارب المقربين الآخرين هي عادةً أحد أسباب البحث عن اختبار وراثي في ​​المقام الأول. [119] ومع ذلك، يمكن أن تتطور معضلة أخلاقية كبرى عندما يرفض المرضى مشاركة المعلومات حول التشخيص الذي تم إجراؤه لاضطراب وراثي خطير يمكن الوقاية منه بدرجة كبيرة وحيث توجد مخاطر عالية على الأقارب الذين يحملون نفس طفرة المرض. في ظل هذه الظروف، قد يشك الطبيب في أن الأقارب يفضلون معرفة التشخيص وبالتالي قد يواجه الطبيب تضاربًا في المصالح فيما يتعلق بسرية العلاقة بين المريض والطبيب. [119]

يمكن أن تنشأ مخاوف الخصوصية أيضًا عند استخدام تسلسل الجينوم الكامل في الدراسات البحثية العلمية. غالبًا ما يحتاج الباحثون إلى وضع معلومات حول النمط الجيني والنمط الظاهري للمريض في قواعد البيانات العلمية العامة، مثل قواعد البيانات الخاصة بالمكان. [119] على الرغم من إرسال بيانات المريض مجهولة الهوية فقط إلى قواعد البيانات الخاصة بالمكان، إلا أنه لا يزال من الممكن التعرف على المرضى من قبل أقاربهم في حالة العثور على مرض نادر أو طفرة نادرة. [119] كانت المناقشة العامة حول إدخال تقنيات الطب الشرعي المتقدمة (مثل البحث العائلي المتقدم باستخدام مواقع الويب العامة لأصل الحمض النووي وأساليب تحديد النمط الظاهري للحمض النووي) محدودة ومتقطعة وغير مركزة. مع تقارب علم الوراثة الشرعي وعلم الوراثة الطبية نحو تسلسل الجينوم، أصبحت القضايا المحيطة بالبيانات الجينية مترابطة بشكل متزايد، وقد تكون هناك حاجة إلى إنشاء حماية قانونية إضافية. [128]

تسلسلات الجينوم البشري العامة

أول الأشخاص الذين لديهم تسلسلات جينوم عامة

كان أول جينوم بشري كامل تقريبًا تم تسلسله هو لأمريكيين من أصل أوروبي شمالي غربي في عام 2007 ( ج. كريج فينتر بتغطية 7.5 ضعف ، [129] [130] [131] وجيمس واتسون بتغطية 7.4 ضعف). [132] [133] [134] تبع ذلك في عام 2008 تسلسل رجل صيني هان مجهول (بتغطية 36 ضعفًا)، [135] ورجل يوروبي من نيجيريا (بتغطية 30 ضعفًا)، [136] وعالمة وراثة سريرية أنثى ( مارجولين كريك ) من هولندا (بتغطية 7 إلى 8 أضعاف)، ومريضة سرطان دم أنثى في منتصف الخمسينيات من عمرها (بتغطية 33 و14 ضعفًا للأنسجة الورمية والطبيعية). [137] كان ستيف جوبز من بين أول 20 شخصًا تم تسلسل جينومهم بالكامل، بتكلفة 100000 دولار. [138] اعتبارًا من يونيو 2012 ، كان هناك 69 جينومًا بشريًا مكتملًا تقريبًا متاحًا للجمهور. [139] في نوفمبر 2013، جعلت عائلة إسبانية بيانات الجينوم الشخصية الخاصة بها متاحة للجمهور بموجب ترخيص المجال العام Creative Commons . قاد العمل مانويل كورباس وتم الحصول على البيانات من خلال الاختبارات الجينية المباشرة للمستهلك مع 23andMe ومعهد بكين للجينوم . يُعتقد أن هذه هي أول مجموعة بيانات جينوم عامة لعائلة بأكملها. [140]

قواعد البيانات

وفقًا لمجلة ساينس ، فإن قواعد البيانات الرئيسية للجينومات الكاملة هي: [141]

البنك الحيوي الجينومات الكاملة المكتملة معلومات الإصدار/الوصول
البنك الحيوي في المملكة المتحدة 500000 تم توفيرها من خلال منصة ويب في نوفمبر 2021، وهي أكبر مجموعة بيانات عامة للجينومات الكاملة. ترتبط الجينومات بمعلومات طبية مجهولة المصدر ويتم إتاحتها بشكل أكبر للبحث الطبي الحيوي مقارنة بمجموعات البيانات السابقة الأقل شمولاً. تم إصدار 300000 جينوم إضافي في أوائل عام 2023. [141] [142] [143]
ترانس أوميكس للطب الدقيق 161,000 تتطلب المعاهد الوطنية للصحة (NIH) موافقة خاصة بالمشروع
برنامج المليون محارب قديم 125000 سيحصل الباحثون غير العاملين في شؤون المحاربين القدامى على حق الوصول في عام 2022
100000 جينوم من مؤسسة Genomics England 120,000 يجب على الباحثين الانضمام إلى التعاون
كلنا 90,000 وتتوقع المعاهد الوطنية للصحة إصدار الدراسة في أوائل عام 2022

التغطية الجينومية

من حيث التغطية الجينومية والدقة، يمكن تصنيف تسلسل الجينوم الكامل على نطاق واسع إلى أي من التالي: [144]

  • مسودة تسلسل تغطي ما يقرب من 90% من الجينوم بدقة تصل إلى 99.9%
  • تسلسل مكتمل ، يغطي أكثر من 95% من الجينوم بدقة تصل إلى 99.99% تقريبًا

إن إنتاج تسلسل نهائي عالي الجودة حقًا وفقًا لهذا التعريف أمر مكلف للغاية. وبالتالي، فإن معظم نتائج "تسلسل الجينوم الكامل" البشري عبارة عن تسلسلات أولية (أحيانًا أعلى وأحيانًا أقل من الدقة المحددة أعلاه). [144]

انظر أيضا

الجينومات المتسلسلة

مراجع

  1. ^ ألبرتس، بروس؛ جونسون، ألكسندر؛ لويس، جوليان؛ راف، مارتن؛ روبرتس، كيث؛ والتر، بيتر (2008). "الفصل 8". علم الأحياء الجزيئي للخلية (الطبعة الخامسة). نيويورك: جارلاند ساينس. ص. 550. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  2. ^ "تعريف تسلسل الجينوم الكامل – قاموس مصطلحات السرطان التابع للمعهد الوطني للسرطان". المعهد الوطني للسرطان . 2012-07-20 . تم الاسترجاع في 2018-10-13 .
  3. ^ جيليسن (يوليو 2014). "تسلسل الجينوم يحدد الأسباب الرئيسية للإعاقة الفكرية الشديدة". مجلة نيتشر . 511 (7509): 344–7. رمز Bibcode :2014Natur.511..344G. doi :10.1038/nature13394. hdl : 2066/138095 . PMID  24896178. S2CID  205238886.
  4. ^ Nones, K; Waddell, N; Wayte, N; Patch, AM; Bailey, P; Newell, F; Holmes, O; Fink, JL; Quinn, MC; Tang, YH; Lampe, G; Quek, K; Loffler, KA; Manning, S; Idrisoglu, S; Miller, D; Xu, Q; Waddell, N; Wilson, PJ; Bruxner, TJ; Christ, AN; Harliwong, I; Nourse, C; Nourbakhsh, E; Anderson, M; Kazakoff, S; Leonard, C; Wood, S; Simpson, PT; Reid, LE; Krause, L; Hussey, DJ; Watson, DI; Lord, RV; Nancarrow, D; Phillips, WA; Gotley, D; Smithers, BM; Whiteman, DC; Hayward, NK; Campbell, PJ; Pearson, JV; جريموند، إس إم؛ باربور، إيه بي (29 أكتوبر 2014). "الكوارث الجينومية تنشأ بشكل متكرر في سرطان الغدة المريئية وتؤدي إلى تكوّن الأورام". نيتشر كوميونيكيشنز . 5 : 5224. رمز Bibcode : 2014NatCo...5.5224N. doi : 10.1038/ncomms6224. PMC 4596003. PMID 25351503  . 
  5. ^ van El, CG; Cornel, MC; Borry, P; Hastings, RJ; Fellmann, F; Hodgson, SV; Howard, HC; Cambon-Thomsen, A; Knoppers, BM; Meijers-Heijboer, H; Scheffer, H; Tranebjaerg, L; Dondorp, W; de Wert, GM (يونيو 2013). "تسلسل الجينوم الكامل في الرعاية الصحية. توصيات الجمعية الأوروبية لعلم الوراثة البشرية". المجلة الأوروبية لعلم الوراثة البشرية . 21 (الملحق 1): S1-5. doi :10.1038/ejhg.2013.46. PMC 3660957. PMID  23819146 . 
  6. ^ Mooney, Sean (سبتمبر 2014). "التقدم نحو دمج علم الصيدلة الجينية في الممارسة العملية". علم الوراثة البشرية . 134 (5): 459-65. doi :10.1007/s00439-014-1484-7. PMC 4362928. PMID  25238897 . 
  7. ^ مجلة كيكك، 01 يناير 2009
  8. ^ ماركس، فيفيان (11 سبتمبر 2013). "تسلسل الجيل التالي: أحجية الجينوم". نيتشر . 501 (7466): 263-268. رمز Bibcode :2013Natur.501..263M. doi : 10.1038/501261a . PMID  24025842.
  9. ^ وآخرون، بروس ألبرتس ... [وآخرون (2008). علم الأحياء الجزيئي للخلية (الطبعة الخامسة). نيويورك: جارلاند ساينس. ص 551. رقم ISBN 978-0-8153-4106-2.
  10. ^ Fiers, W.; Contreras, R.; Duerinck, F.; Haegeman, G.; Iserentant, D.; Merregaert, J.; Min Jou, W.; Molemans, F.; Raeymaekers, A.; Van den Berghe, A.; Volckaert, G.; Ysebaert, M. (8 أبريل 1976). "تسلسل نوكليوتيدي كامل لحمض الريبونووي النووي لعاثية البكتيريا MS2: البنية الأولية والثانوية لجين النسخ المتماثل". Nature . 260 (5551): 500–507. Bibcode :1976Natur.260..500F. doi :10.1038/260500a0. PMID  1264203. S2CID  4289674.
  11. ^ أوليفر، إس جي؛ فان دير آرت، كيو جي إم؛ أغوستوني-كاربوني، إم إل؛ وآخرون (مايو 1992). "التسلسل الكامل للحمض النووي لكروموسوم الخميرة الثالث". نيتشر . 357 (6373): 38-46. رمز Bibcode :1992Natur.357...38O. doi :10.1038/357038a0. PMID  1574125. S2CID  4271784.
  12. ^ abc Fleischmann, R.; Adams, M.; White, O.; Clayton, R.; Kirkness, E.; Kerlavage, A.; Bult, C.; Tomb, J.; Dougherty, B.; Merrick, J.; al., e. (28 July 1995). "التسلسل العشوائي للجينوم الكامل وتجميع Haemophilus influenzae Rd". Science . 269 (5223): 496–512. Bibcode :1995Sci...269..496F. doi :10.1126/science.7542800. PMID  7542800.
  13. ^ Eddy, Sean R. (نوفمبر 2012). "مفارقة القيمة C، الحمض النووي غير المرغوب فيه والترميز". علم الأحياء الحالي . 22 (21): R898–R899. Bibcode :2012CBio...22.R898E. doi : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . PMID  23137679.
  14. ^ Pellicer, Jaume; FAY, Michael F.; Leitch, Ilia J. (15 سبتمبر 2010). "أكبر جينوم حقيقي النواة على الإطلاق؟". المجلة النباتية لجمعية لينيان . 164 (1): 10-15. doi :10.1111/j.1095-8339.2010.01072.x.
  15. ^ Human Genome Sequencing Consortium, International (21 October 2004). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature . 431 (7011): 931–945. Bibcode :2004Natur.431..931H. doi : 10.1038/nature03001 . PMID  15496913.
  16. ^ Goffeau, A.; Barrell, BG; Bussey, H.; Davis, RW; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisel, JD; Jacq, C.; Johnston, M.; Louis, EJ; Mewes, HW; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, SG (25 أكتوبر 1996). "الحياة مع 6000 جين". العلوم . 274 (5287): 546–567. رمز Bibcode :1996Sci...274..546G. doi :10.1126/science.274.5287.546. PMID  8849441. S2CID  16763139. مؤرشف من الأصل (PDF) في 7 مارس 2016.
  17. ^ The C. elegans Sequencing Consortium (11 ديسمبر 1998). "تسلسل جينوم الديدان الخيطية C. elegans: منصة للتحقيق في علم الأحياء". مجلة العلوم . 282 (5396): 2012–2018. Bibcode :1998Sci...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  18. ^ ألبرتس، بروس (2008). علم الأحياء الجزيئي للخلية (الطبعة الخامسة). نيويورك: جارلاند ساينس. ص 552. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  19. ^ Dunham, I. (ديسمبر 1999). "تسلسل الحمض النووي للكروموسوم البشري 22". Nature . 402 (6761): 489–495. Bibcode :1999Natur.402..489D. doi : 10.1038/990031 . PMID  10591208.
  20. ^ Adams MD; Celniker SE; Holt RA; et al. (2000-03-24). "تسلسل جينوم ذبابة الفاكهة". مجلة العلوم . 287 (5461): 2185–2195. رمز Bibcode :2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . doi :10.1126/science.287.5461.2185. PMID  10731132. 
  21. ^ مبادرة جينوم نبات أرابيدوبسيس (2000-12-14). "تحليل تسلسل جينوم نبات أرابيدوبسيس ثاليانا المزهر". مجلة نيتشر . 408 (6814): 796–815. رمز Bibcode :2000Natur.408..796T. doi : 10.1038/35048692 . PMID:  11130711.
  22. ^ Venter JC; Adams MD; Myers EW; et al. (2001-02-16). "تسلسل الجينوم البشري". مجلة العلوم . 291 (5507): 1304–1351. رمز Bibcode :2001Sci...291.1304V. doi :10.1126/science.1058040. PMID  11181995.
  23. ^ Waterston RH؛ Lindblad-Toh K؛ Birney E؛ et al. (2002-10-31). "التسلسل الأولي والتحليل المقارن لجينوم الفأر". Nature . 420 (6915): 520–562. Bibcode :2002Natur.420..520W. doi : 10.1038/nature01262 . PMID  12466850.
  24. ^ International Human Genome Sequencing Consortium (2004-09-07). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature . 431 (7011): 931–945. Bibcode :2004Natur.431..931H. doi : 10.1038/nature03001 . PMID  15496913.
  25. ^ براسلافسكي، إيدو؛ وآخرون (2003). "يمكن الحصول على معلومات التسلسل من جزيئات الحمض النووي الفردية". Proc Natl Acad Sci USA . 100 (7): 3960–3984. Bibcode :2003PNAS..100.3960B. doi : 10.1073/pnas.0230489100 . PMC 153030. PMID  12651960 . 
  26. ^ هيجر، مونيكا (2 أكتوبر 2013). "تسلسل الخلية الواحدة يحقق تقدمًا كبيرًا في العيادة مع التطبيقات الأولى للسرطان والتشخيص الوراثي قبل الزرع" . أخبار التسلسل السريري .
  27. ^ Yurkiewicz, IR; Korf, BR; Lehmann, LS (2014). "تسلسل الجينوم الكامل قبل الولادة - هل السعي لمعرفة مستقبل الجنين أخلاقي؟". مجلة نيو إنجلاند الطبية . 370 (3): 195-7. doi :10.1056/NEJMp1215536. PMID  24428465.
  28. ^ Staden R (يونيو 1979). "استراتيجية تسلسل الحمض النووي باستخدام برامج الكمبيوتر". Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601–10. doi :10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874. PMID  461197 . 
  29. ^ إدواردز، أ؛ كاسكي، ت (1991). "استراتيجيات الإغلاق لتسلسل الحمض النووي العشوائي". الطرق: رفيق الطرق في علم الإنزيمات . 3 (1): 41-47. doi :10.1016/S1046-2023(05)80162-8.
  30. ^ Edwards A; Voss H; Rice P; Civitello A; Stegemann J; Schwager C; Zimmermann J; Erfle H; Caskey CT; Ansorge W (أبريل 1990). "تسلسل الحمض النووي الآلي لمكان HPRT البشري". الجينوميات . 6 (4): 593-608. doi :10.1016/0888-7543(90)90493-E. PMID  2341149.
  31. ^ Roach JC؛ Boysen C؛ Wang K؛ Hood L (مارس 1995). "تسلسل النهاية الزوجي: نهج موحد لرسم الخرائط الجينية والتسلسل". Genomics . 26 (2): 345–53. doi :10.1016/0888-7543(95)80219-C. PMID  7601461.
  32. ^ Fleischmann RD؛ Adams MD؛ White O؛ Clayton RA؛ Kirkness EF؛ Kerlavage AR؛ Bult CJ؛ Tomb JF؛ Dougherty BA؛ Merrick JM؛ McKenney؛ Sutton؛ Fitzhugh؛ Fields؛ Gocyne؛ Scott؛ Shirley؛ Liu؛ Glodek؛ Kelley؛ Weidman؛ Phillips؛ Spriggs؛ Hedblom؛ Cotton؛ Utterback؛ Hanna؛ Nguyen؛ Saudek؛ et al. (يوليو 1995). "التسلسل العشوائي للجينوم الكامل وتجميع Haemophilus influenzae Rd". Science . 269 (5223): 496–512. Bibcode :1995Sci...269..496F. doi :10.1126/science.7542800. PMID  7542800.
  33. ^ Adams, MD; et al. (2000). "تسلسل جينوم ذبابة الفاكهة". مجلة العلوم . 287 (5461): 2185–95. رمز Bibcode :2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . doi :10.1126/science.287.5461.2185. PMID  10731132. 
  34. ^ ab Mukhopadhyay R (فبراير 2009). "متسلسلات الحمض النووي: الجيل القادم". Anal. Chem . 81 (5): 1736–40. doi :10.1021/ac802712u. PMID  19193124.
  35. ^ سيفيم، فولكان؛ لي، جونا؛ إيغان، روبرت؛ كلوم، أليسيا؛ هوندلي، هوب؛ لي، جاني؛ إيفررود، ر. كريج؛ ديتويلر، أنجيلا م.؛ بيبوت، براد م.؛ بيت ريدج، جينيفر؛ جوكر، ماركوس؛ موراي، أليسون إي.؛ ليندمان، ستيفن ر.؛ كلينك، هانز بيتر؛ أومالي، رونان (2019-11-26). "بيانات ميتاجينوم البندقية لمجتمع وهمي محدد باستخدام تقنيات أكسفورد نانوبور وباك بيو وإلومينا". البيانات العلمية . 6 (1): 285. رمز Bibcode :2019NatSD...6..285S. doi :10.1038/s41597-019-0287-z. ISSN  2052-4463. PMC 6879543 . PMID  31772173. 
  36. ^ وانج، يونهاو؛ تشاو، يوي؛ بولاس، أودري؛ وانج، يورو؛ أو، كين فاي (نوفمبر 2021). "تكنولوجيا تسلسل النانو، المعلوماتية الحيوية والتطبيقات". التكنولوجيا الحيوية الطبيعية . 39 (11): 1348-1365. doi :10.1038/s41587-021-01108-x. ISSN 1546-1696  . PMC 8988251. PMID  34750572. 
  37. ^ ستريك لاند، إليزا (2015-10-14). "تقنيات وراثية جديدة تشخص الرضع المصابين بأمراض خطيرة خلال 26 ساعة – IEEE Spectrum". IEEE . مؤرشف من الأصل في 2015-11-16 . تم الاسترجاع في 2016-11-11 .
  38. ^ "مقال: السباق لخفض تكاليف تسلسل الجينوم الكامل أخبار الهندسة الوراثية والتكنولوجيا الحيوية - التكنولوجيا الحيوية من المختبر إلى العمل". Genengnews.com. مؤرشف من الأصل في 2006-10-17 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  39. ^ "تكاليف تسلسل الجينوم الكامل تستمر في الانخفاض". Eyeondna.com. مؤرشف من الأصل في 2009-03-25 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  40. ^ هارمون، كاثرين (2010-06-28). "تسلسل الجينوم لبقية منا". مجلة ساينتفك أمريكان. مؤرشف من الأصل في 2011-03-19 . تم الاسترجاع في 2010-08-13 .
  41. ^ سان دييغو/أورانج كاونتي تكنولوجي نيوز. "سيكوينوم لتطوير الجيل الثالث من تكنولوجيا التسلسل الجزيئي الأحادي المستندة إلى النانو". Freshnews.com. مؤرشف من الأصل في 2008-12-05 . تم الاسترجاع في 2009-02-24 .
  42. ^ ab "مقال: تسلسل الجينوم الكامل في 24 ساعة أخبار الهندسة الوراثية والتكنولوجيا الحيوية - التكنولوجيا الحيوية من المختبر إلى العمل". Genengnews.com. مؤرشف من الأصل في 2006-10-17 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  43. ^ "Pacific Bio تكشف النقاب عن جهودها في مجال تسلسل الجينوم عالي السرعة". VentureBeat. 2008-02-10. مؤرشف من الأصل في 2009-02-20 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  44. ^ "Bio-IT World". Bio-IT World. 2008-10-06. مؤرشف من الأصل في 2009-02-17 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  45. ^ "مع جهاز جديد، هيلكوس تقربنا خطوة أخرى من تسلسل الجينوم الشخصي". إكسكونومي. 2008-04-22. مؤرشف من الأصل في 2011-01-02 . تم الاسترجاع في 2011-01-28 .
  46. ^ "تكاليف تسلسل الجينوم الكامل تستمر في الانخفاض: 300 مليون دولار في عام 2003، ومليون دولار في عام 2007، و60 ألف دولار الآن، و5000 دولار بحلول نهاية العام". Nextbigfuture.com. 2008-03-25. مؤرشف من الأصل في 2010-12-20 . تم الاسترجاع في 2011-01-28 .
  47. ^ "شريحة النانو السائلة التي ابتكرها هان كاو قد تخفض تكاليف تسلسل الحمض النووي بشكل كبير". مراجعة التكنولوجيا. مؤرشف من الأصل في 2011-03-29.
  48. ^ جوليا كارو (26 أكتوبر 2015). "BGI تطلق جهاز تسلسل سطح المكتب في الصين؛ تخطط لتسجيل المنصة مع CFDA". GenomeWeb . تم الاسترجاع في 2 ديسمبر 2018 .
  49. ^ "BGI تطلق جهاز تسلسل سطح مكتب جديد في الصين، وتسجل إصدارًا أكبر مع CFDA". 360Dx . GenomeWeb. 11 نوفمبر 2016. تم الاسترجاع في 2 ديسمبر 2018 .
  50. ^ مونيكا هيجر (26 أكتوبر 2018). "BGI تطلق جهاز تسلسل جديد مع قيام العملاء بإبلاغ البيانات من أجهزة سابقة". GenomeWeb . تم الاسترجاع في 2 ديسمبر 2018 .
  51. ^ جون كارول (2008-07-14). "Pacific Biosciences gains $100M for sequencing tech". FierceBiotech. مؤرشف من الأصل في 2009-05-01 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  52. ^ سيبيلي، ليزا (2009-02-08). "الجينوميات الكاملة تجلب خفضًا جذريًا للتكلفة". مجلة الأعمال في وادي السليكون / سان خوسيه . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  53. ^ سارة نيفيل (5 مارس 2018). "التسلسل الأقل تكلفة للحمض النووي يكشف أسرار الأمراض النادرة". فاينانشال تايمز . تم الاسترجاع في 2 ديسمبر 2018 .
  54. ^ كارلسون، روب (2007-01-02). "أفكار قليلة حول التسلسل السريع للجينوم وجائزة أرشون - التوليف". Synthesis.cc. مؤرشف من الأصل في 2009-08-08 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  55. ^ "نظرة عامة على الجائزة: جائزة Archon X لعلم الجينوم".
  56. ^ ديامانديس، بيتر. "تجاوز الابتكار: إلغاء جائزة XPRIZE". هافينغتون بوست . مؤرشف من الأصل في 2013-08-25.
  57. ^ ألدوس، بيتر. "إلغاء جائزة إكس للجينومات قبل أن تبدأ". مؤرشف من الأصل في 2016-09-21.
  58. ^ "نظام SOLiD — منصة تسلسل الحمض النووي من الجيل التالي تم الإعلان عنها". Gizmag.com. 2007-10-27. مؤرشف من الأصل في 2008-07-19 . تم الاسترجاع في 2009-02-24 .
  59. ^ "جينوم بقيمة 1000 دولار: هل سيأتي قريبًا؟". Dddmag.com. 2010-04-01. مؤرشف من الأصل في 2011-04-15 . تم الاسترجاع في 2011-01-28 .
  60. ^ "تسلسل الجينوم الفردي - Illumina, Inc". Everygenome.com. مؤرشف من الأصل في 2011-10-19 . تم الاسترجاع في 2011-01-28 .
  61. ^ "Illumina تطلق خدمة تسلسل الجينوم الشخصي مقابل 48000 دولار: Genetic Future". Scienceblogs.com. مؤرشف من الأصل في 16 يونيو 2009. تم الاسترجاع في 2011-01-28 .
  62. ^ ويد، نيكولاس (2009-08-11). "انخفاض تكلفة فك شفرة الجينوم". نيويورك تايمز . مؤرشف من الأصل في 2013-05-21 . تم الاسترجاع في 2010-05-03 .
  63. ^ "مؤشر التكنولوجيا". ABC News . مؤرشف من الأصل في 15 مايو 2016. تم استرجاعه في 29 أبريل 2018 .{{cite web}}:CS1 maint: bot: حالة عنوان URL الأصلي غير معروفة ( الرابط )
  64. ^ Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ, et al. (2010). "تسلسل الجينوم البشري باستخدام قراءات القاعدة غير المتسلسلة على مصفوفات الحمض النووي ذاتية التجميع". Science . 327 (5961): 78–81. Bibcode :2010Sci...327...78D. doi : 10.1126/science.1181498 . PMID  19892942. S2CID  17309571.
  65. ^ "Illumina تعلن عن تسعير الجينوم بقيمة 5000 دولار – Bio-IT World". مؤرشف من الأصل في 17 مايو 2011.
  66. ^ "NHGRI تمنح أكثر من 50 مليون دولار لتطوير تقنية تسلسل الحمض النووي منخفضة التكلفة". Genome Web . 2009. مؤرشف من الأصل في 2011-07-03.
  67. ^ "تقدم شركة Life Technologies جهاز التسلسل Ion Proton™؛ مصمم لفك شفرة الجينوم البشري في يوم واحد مقابل 1000 دولار أمريكي" (بيان صحفي). مؤرشف من الأصل في 23 ديسمبر 2012. تم الاسترجاع في 30 أغسطس 2012 .
  68. ^ أندرو بولاك (2012-02-17). "Oxford Nanopore Unveils Tiny DNA Sequencing Device – The New York Times". The New York Times . مؤرشف من الأصل في 2013-01-07 . تم الاسترجاع في 2016-11-11 .
  69. ^ "جهاز تسلسل Illumina يتيح إنشاء جينوم بقيمة 1000 دولار". الأخبار: علم الجينوم والبروتينات. أخبار الهندسة الحيوية العامة (ورقة). المجلد 34، العدد 4. 15 فبراير 2014. ص 18.
  70. ^ راجع هايدن، إيريكا (15 يناير 2014). "هل الجينوم الذي يكلف 1000 دولار حقيقي؟". الطبيعة : nature.2014.14530. doi :10.1038/nature.2014.14530. S2CID  211730238.
  71. ^ "تكلفة تسلسل الجينوم البشري". www.genome.gov . مؤرشف من الأصل في 2016-11-25.
  72. ^ "بخدمة تسلسل الجينوم الكامل مقابل 999 دولارًا، تشرع شركة فيريتاس في تحقيق هدفها المتمثل في إضفاء الطابع الديمقراطي على معلومات الحمض النووي". 6 مارس 2016.
  73. ^ أندروز، جو (2019-07-01). "شركة Veritas Genetics المنافسة لـ 23andMe تخفض سعر تسلسل الجينوم الكامل بنسبة 40% إلى 600 دولار". CNBC . تم الاسترجاع في 2019-09-02 .
  74. ^ ميجان مولتيني (18 مايو 2017). "عملاق الجينوم الصيني يضع نصب عينيه جهاز التسلسل النهائي". Wired . تم الاسترجاع في 2 ديسمبر 2018 .
  75. ^ فيليبس، ك. أ؛ بليتشر، م. ج؛ لاداباوم، يو (2015). "هل الجينوم الذي يكلف 1000 دولار يساوي 1000 دولار حقًا؟ فهم الفوائد والتكاليف الكاملة للتسلسل الجينومي". التكنولوجيا والرعاية الصحية . 23 (3): 373-379. doi :10.3233/THC-150900. PMC 4527943. PMID  25669213 . 
  76. ^ "مدونة: الحجم الحقيقي للجينوم البشري | فيريتاس جينيتكس". 28 يوليو 2017.
  77. ^ "همسًا، لم يتم تسلسل الجينوم البشري بشكل كامل أبدًا". statnews.com . 2017-06-20.
  78. ^ "Genomics Core". Gladstone.ucsf.edu. مؤرشف من الأصل في 30 يونيو 2010. تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  79. ^ Nishida N؛ Koike A؛ Tajima A؛ Ogasawara Y؛ Ishibashi Y؛ Uehara Y؛ Inoue I؛ Tokunaga K (2008). "تقييم أداء منصة Affymetrix SNP Array 6.0 مع 400 فرد ياباني". BMC Genomics . 9 (1): 431. doi : 10.1186/1471-2164-9-431 . PMC 2566316. PMID  18803882 . 
  80. ^ Petrone, Justin (16 January 2007). "Illumina, DeCode Build 1M SNP Chip; Q2 Launch to Syncide with Release of Affy's 6.0 SNP Array | BioArray News | Arrays". GenomeWeb. مؤرشف من الأصل في 2011-07-16 . تم الاسترجاع في 2009-02-23 .
  81. ^ Roach JC; Glusman G; Smit AF; et al. (أبريل 2010). "تحليل الوراثة الجينية في رباعية عائلية من خلال تسلسل الجينوم الكامل". Science . 328 (5978): 636–9. Bibcode :2010Sci...328..636R. doi :10.1126/science.1186802. PMC 3037280. PMID  20220176 . 
  82. ^ Campbell CD; Chong JX; Malig M; et al. (نوفمبر 2012). "تقدير معدل الطفرة البشرية باستخدام الزيجوتية الذاتية في مجموعة مؤسسية". Nat. Genet . 44 (11): 1277–81. doi :10.1038/ng.2418. PMC 3483378. PMID  23001126 . 
  83. ^ يي ك. بيكمان م . لامير إي دبليو . تشانغ واي . معيد م . فان دن أكر إب. ديلين ج . هوينج دوسترمات جي جي . كريمر د . أنفار سي؛ لاروس جي اف . جونز د . رين ك . بلاكبيرن ب . بوتلوري س . طويل س؛ جوريف الخامس . فان دير بريجن ر . ويستندورب آر جي . 't هوين السلطة الفلسطينية؛ دن دونن ج . فان أومين جي جي . ويليمسن جي . بيتس إس جيه . كوكس دكتور . نينغ ز . بومسما دي . سلاجبوم بي (ديسمبر 2013). “الشيخوخة كتراكم متسارع للمتغيرات الجسدية: تسلسل الجينوم الكامل لأزواج توأم أحادية الزيجوت في منتصف العمر ومتوسطة العمر”. التوأم الدقة هوم جينيت . 16 (6): 1026-32. doi : 10.1017/thg.2013.73 . PMID  24182360.
  84. ^ Keightley PD (فبراير 2012). "معدلات وعواقب اللياقة البدنية للطفرات الجديدة في البشر". علم الوراثة . 190 (2): 295-304. doi :10.1534/genetics.111.134668. PMC 3276617. PMID  22345605 . 
  85. ^ Mustjoki S, Young NS. الطفرات الجسدية في الأمراض "الحميدة". مجلة نيو إنجلاند الطبية. 27 مايو 2021؛ 384(21): 2039-2052. doi: 10.1056/NEJMra2101920. PMID: 34042390.
  86. ^ Tuna M؛ Amos CI (نوفمبر 2013). "التسلسل الجينومي في السرطان". Cancer Lett . 340 (2): 161–70. doi :10.1016/j.canlet.2012.11.004. PMC 3622788. PMID  23178448 . 
  87. ^ موران، لورانس أ. (24 مارس 2011). "Sandwalk: ما هو حجم الجينوم البشري؟". sandwalk.blogspot.com . مؤرشف من الأصل في 1 ديسمبر 2017 . تم الاسترجاع 29 أبريل 2018 .
  88. ^ هودجكينسون، آلان؛ تشين، ينج؛ آير-ووكر، آدم (يناير 2012). "التوزيع واسع النطاق للطفرات الجسدية في جينومات السرطان". الطفرة البشرية . 33 (1): 136-143. doi :10.1002/humu.21616. PMID  21953857. S2CID  19353116.
  89. ^ Supek, Fran; Lehner, Ben (مايو 2015). "إصلاح عدم تطابق الحمض النووي التفاضلي يشكل الأساس لتباين معدل الطفرة عبر الجينوم البشري". Nature . 521 (7550): 81–84. Bibcode :2015Natur.521...81S. doi :10.1038/nature14173. PMC 4425546. PMID  25707793 . 
  90. ^ شوستر-بوكلر، بنيامين؛ لينر، بن (أغسطس 2012). "تنظيم الكروماتين له تأثير كبير على معدلات الطفرة الإقليمية في خلايا السرطان البشرية". نيتشر . 488 (7412): 504-507. رمز Bibcode :2012Natur.488..504S. doi :10.1038/nature11273. PMID  22820252. S2CID  205229634.
  91. ^ Supek, Fran; Lehner, Ben (يوليو 2017). "Clustered Mutation Signatures Reveal that Error-Prone DNA Repair Targets Mutations to Active Genes". Cell . 170 (3): 534–547.e23. doi : 10.1016/j.cell.2017.07.003 . hdl : 10230/35343 . PMID  28753428.
  92. ^ يانو، ك؛ ياماموتو، إي؛ أيا، ك؛ تاكيوتشي، ه؛ لو، بي سي؛ هو، إل؛ ياماساكي، م؛ يوشيدا، س؛ كيتانو، ه؛ هيرانو، ك؛ ماتسوكا، م (أغسطس 2016). "دراسة ارتباط الجينوم على نطاق واسع باستخدام تسلسل الجينوم الكامل تحدد بسرعة جينات جديدة تؤثر على السمات الزراعية في الأرز". علم الوراثة الطبيعي . 48 (8): 927-34. doi :10.1038/ng.3596. PMID  27322545. S2CID  22427006.
  93. ^ abc Borrell, Brendan (14 سبتمبر 2010). "العيادات الأمريكية تتبنى بهدوء تسلسل الجينوم الكامل". Nature : news.2010.465. doi :10.1038/news.2010.465.
  94. ^ Ashley, EA; Butte, AJ; Wheeler, MT; Chen, R; Klein, TE ; Dewey, FE; Dudley, JT; Ormond, KE; Pavlovic, A; Morgan, AA; Pushkarev, D; Neff, NF; Hudgins, L; Gong, L; Hodges, LM; Berlin, DS; Thorn, CF; Sangkuhl, K; Hebert, JM; Woon, M; Sagreiya, H; Whaley, R; Knowles, JW; Chou, MF; Thakuria, JV; Rosenbaum, AM; Zaranek, AW; Church, GM; Greely, HT; Quake, SR; Altman, RB (1 مايو 2010). "التقييم السريري الذي يتضمن جينومًا شخصيًا". لانسيت . 375 (9725): 1525-1535. doi :10.1016/S0140-6736(10)60452-7. PMC 2937184 . PMID  20435227. 
  95. ^ ديوي، فريدريك إي.؛ ويلر، ماثيو تي.؛ كورديرو، سيرجيو؛ بيريز، ماركو في.؛ بافلوفيتش، أليكس؛ بوشكاريف، ديمتري؛ فريمان، جيمس في.؛ كويك، ستيف آر.؛ آشلي، إيوان إيه. (أبريل 2011). "التشريح الجزيئي للوفاة القلبية المفاجئة باستخدام تسلسل الجينوم الكامل". مجلة الكلية الأمريكية لأمراض القلب . 57 (14): E1159. doi :10.1016/S0735-1097(11)61159-5.
  96. ^ ديوي، فريدريك إي؛ تشين، رونغ؛ كورديرو، سيرجيو بي؛ أورموند، كيلي إي؛ كاليشو، كولين؛ كارتشيفسكي، كونراد جيه؛ ويرل كاريلو، ميشيل؛ ويلر، ماثيو تي؛ دودلي، جويل تي؛ بيرنز، جيك كيه؛ كورنيجو، عمر إي؛ نولز، جوشوا دبليو؛ وون، مارك؛ سانجكول، كاترين؛ جونج، لي؛ ثورن، كارولين إف؛ هيبرت، جوان إم؛ كابريوتي، إيميديو؛ ديفيد، شون بي؛ بافلوفيتش، ألكسندرا؛ ويست، آن؛ ثاكوريا، جوزيف في؛ بول، مادلين بي؛ زارانيك، ألكسندر دبليو؛ ريم، هايدي إل؛ تشرش، جورج إم؛ ويست، جون إس؛ بوستامانتي، كارلوس دي؛ سنايدر، مايكل؛ ألتمان، روس بي؛ كلاين، تيري إي؛ بوتي، أتول جيه؛ آشلي، إيوان إيه (15 سبتمبر 2011). "الخطر الوراثي للجينوم الكامل على مراحل في رباعية عائلية باستخدام تسلسل مرجعي رئيسي للأليل". PLOS Genetics . 7 (9): e1002280. doi : 10.1371/journal.pgen.1002280 . PMC 3174201. PMID  21935354 . 
  97. ^ "واحد من مليار: حياة صبي، لغز طبي". Jsonline.com . مؤرشف من الأصل في 2013-10-05 . تم الاسترجاع 2016-11-11 .
  98. ^ Mayer AN, Dimmock DP, Arca MJ, et al. (مارس 2011). "وصول الطب الجينومي في الوقت المناسب". Genet. Med . 13 (3): 195–6. doi : 10.1097/GIM.0b013e3182095089 . PMID  21169843. S2CID  10802499.
  99. ^ "إدخال تطبيقات تشخيصية لاختبار 3Gb في علم الوراثة البشرية". مؤرشف من الأصل في 2014-11-10.
  100. ^ Boccia S، Mc Kee M، Adany R، Boffetta P، Burton H، Cambon-Thomsen A، Cornel MC، Gray M، Jani A، Knoppers BM، Khoury MJ، Meslin EM، Van Duijn CM، Villari P، Zimmern R، سيزاريو أ، بوجينا أ، كولوتو إم، ريكياردي دبليو (أغسطس 2014). “ما وراء جينومات الصحة العامة: مقترحات من مجموعة عمل دولية”. يورو جي للصحة العامة . 24 (6): 877-879. دوى :10.1093/eurpub/cku142. بمك 4245010 . بميد  25168910. 
  101. ^ "RD-Connect News 18 July 2014". Rd-connect.eu . مؤرشف من الأصل في 10 أكتوبر 2016 . تم استرجاعه في 2016-11-11 .
  102. ^ "Genomes2People: A Roadmap for Genomic Medicine". www.frontlinegenomics.com . مؤرشف من الأصل في 14 فبراير 2017 . تم الاسترجاع 29 أبريل 2018 .
  103. ^ "دراسة تقييم المخاطر والتثقيف بشأن مرض الزهايمر (REVEAL) – مجموعة أبحاث علم الوراثة HBHE". hbhegenetics.sph.umich.edu . مؤرشف من الأصل في 29 سبتمبر 2017 . تم الاسترجاع في 29 أبريل 2018 .
  104. ^ "تقييم المخاطر والتثقيف بشأن مرض الزهايمر (REVEAL) II – عرض النص الكامل – ClinicalTrials.gov". clinicaltrials.gov . 22 يوليو 2009. مؤرشف من الأصل في 14 فبراير 2017 . تم الاسترجاع 29 أبريل 2018 .
  105. ^ فارنيس، لوج؛ هيلدريث، أمبر؛ سويني، ناتالي م؛ كلارك، ميشيل م؛ تشودري، شيمول؛ ناهاس، شريف؛ كاكيسي، جولي أ؛ بينسون، ويندي؛ كابلان، روبرت هـ؛ كرونيك، ريتشارد؛ باينبريدج، ماثيو ن؛ فريدمان، جينيفر؛ جولد، جيفري ج؛ دينج، يان؛ فيراراغافان، نارايانان؛ ديموك، ديفيد؛ كينجسمور، ستيفن ف. (ديسمبر 2018). "التسلسل السريع للجينوم الكامل يقلل من معدل الإصابة بالأمراض لدى الرضع وتكلفة الاستشفاء". npj Genomic Medicine . 3 (1): 10. doi :10.1038/s41525-018-0049-4. PMC 5884823 . PMID  29644095. 
  106. ^ Schwarze, K; Buchanan, J; Taylor, Jc; Wordsworth, S (مايو 2018). "هل نهجي تسلسل الإكسوم الكامل والجينوم الكامل فعالان من حيث التكلفة؟ مراجعة منهجية للأدبيات". القيمة في الصحة . 21 : S100. doi : 10.1016/j.jval.2018.04.677 .
  107. ^ Lee, Seunggeung; Abecasis, Gonçalo R.; Boehnke, Michael; Lin, Xihong (يوليو 2014). "تحليل ارتباط المتغيرات النادرة: تصميمات الدراسة والاختبارات الإحصائية". المجلة الأمريكية لعلم الوراثة البشرية . 95 (1): 5-23. doi :10.1016/j.ajhg.2014.06.009. PMC 4085641. PMID  24995866 . 
  108. ^ لي، شيهاو؛ لي، زيلين؛ تشو، هوفينج؛ وآخرون (سبتمبر 2020). "التضمين الديناميكي للعديد من التعليقات الوظيفية الحاسوبية يتيح تحليل ارتباط المتغيرات النادرة للدراسات الكبيرة لتسلسل الجينوم الكامل على نطاق واسع". علم الوراثة الطبيعي . 52 (9): 969-983. doi :10.1038/s41588-020-0676-4. PMC 7483769. PMID  32839606 . 
  109. ^ لي، زيلين؛ لي، شيهاو؛ تشو، هوفينج؛ وآخرون (ديسمبر 2022). "إطار عمل للكشف عن ارتباطات المتغيرات النادرة غير المشفرة لدراسات تسلسل الجينوم الكامل واسعة النطاق". طرق الطبيعة . 19 (12): 1599-1611. doi :10.1038/s41592-022-01640-x. PMC 10008172. PMID 36303018.  S2CID 243873361  . 
  110. ^ "STAARpipeline: أداة شاملة للجينات النادرة لبيانات تسلسل الجينوم الكامل على مستوى البنوك الحيوية". Nature Methods . 19 (12): 1532–1533. ديسمبر 2022. doi :10.1038/s41592-022-01641-w. PMID  36316564. S2CID  253246835.
  111. ^ لي، شيهاو؛ كويك، كوربين؛ تشو، هوفينج؛ جينور، شيلا م؛ ليو، ياوو؛ تشن، هان؛ سيلفراج، مارغريت سونيثا؛ صن، ريان؛ دي، روناك؛ أرنيت، دونا ك. (يناير 2023). "تحليل تلوي قوي وقابل للتطوير وكفء في استخدام الموارد لارتباطات المتغيرات النادرة في دراسات تسلسل الجينوم الكامل الكبيرة". علم الوراثة الطبيعي . 55 (1): 154-164. doi :10.1038/s41588-022-01225-6. PMC 10084891. PMID 36564505.  S2CID 255084231  . 
  112. ^ هربرتس، كاميرون؛ أنالا، ماتي؛ سيبولا، جوناتان؛ نج، سارة دبليو إس؛ تشن، شيني إي؛ نورمينين، أنسي؛ كورهونين، أولجا في؛ منزور، أسلي دي؛ بيجا، كيفين؛ شونلاو، إيلينا؛ بيرناليس، سيسيلي كيو؛ ريتش، إيلي؛ بيكون، جاك في دبليو؛ لاك، ناثان إيه؛ نيكتر، ماتي (أغسطس 2022). "التسلسل الزمني العميق للجينوم الكامل لسرطان البروستاتا المقاوم للعلاج". نيتشر . 608 (7921): 199-208. رمز Bibcode :2022Natur.608..199H. doi :10.1038/s41586-022-04975-9. ISSN  1476-4687. PMID  35859180. S2CID  250730778.
  113. ^ "باحثون في بوسطن يقومون بتسلسل الحمض النووي للأطفال حديثي الولادة". wbur.org . 2013-09-05.
  114. ^ Holm, Ingrid A.; Agrawal, Pankaj B.; Ceyhan-Birsoy, Ozge; Christensen, Kurt D.; Fayer, Shawn; Frankel, Leslie A.; Genetti, Casie A.; Krier, Joel B.; Lamay, Rebecca C.; Levy, Harvey L.; McGuire, Amy L.; Parad, Richard B.; Park, Peter J.; Pereira, Stacey; Rehm, Heidi L.; Schwartz, Talia S.; Waisbren, Susan E.; Yu, Timothy W.; Green, Robert C.; Beggs, Alan H. (2018-07-09). "مشروع BabySeq: تنفيذ التسلسل الجينومي عند الأطفال حديثي الولادة". طب الأطفال BMC . 18 (1): 225. doi : 10.1186/s12887-018-1200-1 . PMC 6038274. PMID  29986673 . 
  115. ^ هوارد، هايدي كارمن؛ نوبرز، بارثا ماريا؛ كورنيل، مارتينا سي؛ رايت كلايتون، إلين؛ سينيكال، كارين؛ بوري، باسكال (2015-01-28). "تسلسل الجينوم الكامل في فحص حديثي الولادة؟ بيان حول الأهمية المستمرة للنهج المستهدفة في برامج فحص حديثي الولادة". المجلة الأوروبية لعلم الوراثة البشرية . 23 (12): 1593-1600. doi :10.1038/ejhg.2014.289. ISSN  1476-5438. PMC 4795188. PMID 25626707  . 
  116. ^ Woerner, Audrey C.; Gallagher, Renata C.; Vockley, Jerry; Adhikari, Aashish N. (2021-07-19). "استخدام التسلسل الكامل للجينوم والإكسوم لفحص حديثي الولادة: التحديات والفرص المتاحة لصحة السكان". Frontiers in Pediatrics . 9 : 663752. doi : 10.3389 /fped.2021.663752 . ISSN  2296-2360. PMC 8326411. PMID  34350142. 
  117. ^ تاريني، بيث أ. (2021-08-23). ​​"تأثير BabySeq على الأبحاث المتعلقة بطب الأطفال والجينوم - أكثر من مجرد خطوات صغيرة". JAMA Pediatrics . 175 (11): 1107–1108. doi :10.1001/jamapediatrics.2021.2826. PMID  34424259. S2CID  237267536.
  118. ^ The Lancet (2023-07-22). "فحص المواليد الجدد الجينومي: المخاوف والتحديات الحالية". The Lancet . 402 (10398): 265. doi :10.1016/s0140-6736(23)01513-1. ISSN  0140-6736. PMID  37481265.
  119. ^ abcdefgh Sijmons, RH; Van Langen, IM (2011). "منظور سريري للقضايا الأخلاقية في الاختبارات الجينية". المساءلة في البحث: السياسات وضمان الجودة . 18 (3): 148–162. Bibcode :2013ARPQ...20..143D. doi :10.1080/08989621.2011.575033. PMID  21574071. S2CID  24935558.
  120. ^ Ayday E؛ De Cristofaro E؛ Hubaux JP؛ Tsudik G (2015). "الإثارة والتشويق في تسلسل الجينوم الكامل". arXiv : 1306.1264 [cs.CR].
  121. ^ بوري، باسكال؛ إيفرز-كيبومز، جيري؛ كورنيل، مارثا سي؛ كلارك، أنجوس؛ دييريكس، كريس (2009). "الاختبار الجيني للقاصرين الذين لا تظهر عليهم أعراض: الاعتبارات الأساسية فيما يتعلق بتوصيات ESHG". المجلة الأوروبية لعلم الوراثة البشرية . 17 (6): 711–9. doi :10.1038/ejhg.2009.25. PMC 2947094. PMID  19277061 . 
  122. ^ هندرسون، مارك (2009-02-09). "الرسم الجيني للخرائط الجينية للأطفال بحلول عام 2019 سيغير الطب الوقائي". لندن: تايمز أونلاين. مؤرشف من الأصل في 11 مايو 2009. تم الاسترجاع في 23 فبراير 2009 .
  123. ^ McCabe LL؛ McCabe ER (يونيو 2001). "طب ما بعد الجينوم. اختبار ما قبل الأعراض للتنبؤ والوقاية". Clin Perinatol . 28 (2): 425–34. doi :10.1016/S0095-5108(05)70094-4. PMID  11499063.
  124. ^ نيلسون ر.م.؛ بوتكجين ج.ر.؛ كوديش إيد.؛ وآخرون. (يونيو 2001). "القضايا الأخلاقية المتعلقة بالاختبارات الجينية في طب الأطفال". طب الأطفال . 107 (6): 1451-5. doi :10.1542/peds.107.6.1451. PMID  11389275. S2CID  9993840.
  125. ^ Borry P; Fryns JP; Schotsmans P; Dierickx K (فبراير 2006). "اختبار الناقل في القاصرين: مراجعة منهجية للمبادئ التوجيهية وأوراق المواقف". Eur. J. Hum. Genet . 14 (2): 133–8. doi : 10.1038/sj.ejhg.5201509 . PMID  16267502.
  126. ^ Borry P؛ Stultiens L؛ Nys H؛ Cassiman JJ؛ Dierickx K (نوفمبر 2006). "الاختبارات الجينية التنبؤية قبل الأعراض لدى القُصَّر: مراجعة منهجية للمبادئ التوجيهية وأوراق المواقف". Clin. Genet . 70 (5): 374–81. doi :10.1111/j.1399-0004.2006.00692.x. PMID  17026616. S2CID  7066285.
  127. ^ ماكجواير، إيمي، إل؛ كولفيلد، تيموثي (2008). "العلم والمجتمع: أخلاقيات البحث وتحدي تسلسل الجينوم الكامل". مراجعات الطبيعة الجينية . 9 (2): 152-156. doi :10.1038/nrg2302. PMC 2225443. PMID 18087293  . {{cite journal}}:CS1 maint: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( الرابط )
  128. ^ كورتيس، كيتلين؛ هيريوارد، جيمس؛ مانجلسدورف، ماري؛ هوسي، كارين؛ ديفيروكس، جون (18 ديسمبر 2018). "حماية الثقة في علم الوراثة الطبية في العصر الجديد للطب الشرعي". علم الوراثة في الطب . 21 (7): 1483-1485. doi :10.1038/s41436-018-0396-7. PMC 6752261. PMID  30559376 . 
  129. ^ ويد، نيكولاس (4 سبتمبر 2007). "في سباق الجينوم، الجزء الثاني شخصي". نيويورك تايمز . مؤرشف من الأصل في 11 أبريل 2009. تم الاسترجاع في 22 فبراير 2009 .
  130. ^ ليدفورد، هايدي (2007). "الوصول: كل شيء عن كريج: أول تسلسل جينوم "كامل". نيتشر . 449 (7158): 6-7. رمز Bibcode : 2007Natur.449....6L. doi : 10.1038/449006a . PMID  17805257.
  131. ^ Levy S، Sutton G، Ng PC، Feuk L، Halpern AL، Walenz BP، Axelrod N، Huang J، Kirkness EF، Denisov G، Lin Y، MacDonald JR، Pang AW، Shago M، Stockwell TB، Tsiamouri A، Bafna V، بانسال V، كرافيتز سا، بوسام دا، بيسون كيه، ماكينتوش تي سي، ريمنجتون كا، أبريل جي إف، جيل جي، بورمان جي، روجرز واي إتش، فريزر إم إي، شيرير إس دبليو، ستراوسبيرج آر إل، فينتر جي سي (سبتمبر 2007). “تسلسل الجينوم الثنائي للإنسان الفردي”. بلوس بيول . 5 (10): هـ254. دوى : 10.1371/journal.pbio.0050254 . بمك 1964779 . PMID  17803354. 
  132. ^ Wade, Wade (1 يونيو 2007). "رائد الحمض النووي واتسون يحصل على خريطة جينوم خاصة به". International Herald Tribune. مؤرشف من الأصل في 27 سبتمبر 2008. تم الاسترجاع في 22 فبراير 2009 .
  133. ^ ويد، نيكولاس (31 مايو 2007). "فك شفرة جينوم رائد الحمض النووي". نيويورك تايمز . مؤرشف من الأصل في 20 يونيو 2011. تم استرجاعه في 21 فبراير 2009 .
  134. ^ Wheeler DA؛ Srinivasan M؛ Egholm M؛ Shen Y؛ Chen L؛ McGuire A؛ He W؛ Chen YJ؛ Makhijani V؛ Roth GT؛ Gomes X؛ Tartaro K؛ Niazi F؛ Turcotte CL؛ Irzyk GP؛ Lupski JR؛ Chinault C؛ Song XZ؛ Liu Y؛ Yuan Y؛ Nazareth L؛ Qin X؛ Muzny DM؛ Margulies M؛ Weinstock GM؛ Gibbs RA؛ Rothberg JM (2008). "الجينوم الكامل للفرد من خلال تسلسل الحمض النووي المتوازي بشكل كبير". Nature . 452 (7189): 872–6. Bibcode :2008Natur.452..872W. doi : 10.1038/nature06884 . PMID  18421352.
  135. ^ وانغ ج. وانغ، وي. لي، رويكيانغ؛ لي، ينغروي؛ تيان، قنغ. جودمان، لوري؛ مروحة، وي؛ تشانغ، جونكينج؛ لي، يونيو؛ تشانغ، جوانبين، جوانبين؛ قوه، ييران، ييران؛ فنغ، بينشياو، بينشياو؛ لي، هنغ، هنغ؛ لو، ياو، ياو؛ فانغ، شياو دونغ، شياو دونغ؛ ليانغ، هويكينغ، هويكينغ؛ دو، زينجلين، زينجلين؛ لي، دونغ، دونغ؛ تشاو، ييتشينغ، ييتشينغ؛ هو، يوجي، يوجي؛ يانغ، تشن تشن، تشن تشن؛ تشنغ، هانتشنغ، هانتشنغ؛ هيلمان، إيناس، إيناس؛ إينوي، مايكل، مايكل؛ بركة، جون، جون؛ يي، شين، شين؛ تشاو، جينغ، جينغ؛ دوان، جينجي، جينجي؛ تشو، يان، يان؛ وآخرون. (2008). "تسلسل الجينوم ثنائي الصبغيات لفرد آسيوي". مجلة الطبيعة . 456 (7218): 60-65. رمز Bibcode :2008Natur.456...60W. doi : 10.1038/nature07484. PMC 2716080. PMID  18987735. 
  136. ^ Bentley DR; Balasubramanian S; et al. (2008). "Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry". Nature . 456 (7218): 53–9. Bibcode :2008Natur.456...53B. doi :10.1038/nature07517. PMC 2581791. PMID  18987734 . 
  137. ^ Ley TJ؛ Mardis ER؛ Ding L؛ Fulton B؛ McLellan MD؛ Chen K؛ Dooling D؛ Dunford-Shore BH؛ McGrath S؛ Hickenbotham M؛ Cook L؛ Abbott R؛ Larson DE؛ Koboldt DC؛ Pohl C؛ Smith S؛ Hawkins A؛ Abbott S؛ Locke D؛ Hillier LW؛ Miner T؛ Fulton L؛ Magrini V؛ Wylie T؛ Glasscock J؛ Conyers J؛ Sander N؛ Shi X؛ Osborne JR؛ وآخرون (2008). "تسلسل الحمض النووي لجينوم ابيضاض الدم النقوي الحاد الطبيعي وراثيًا". Nature . 456 (7218): 66–72. Bibcode :2008Natur.456...66L. doi :10.1038/nature07485. PMC 2603574 . PMID  18987736. 
  138. ^ لور، ستيف (2011-10-20). "كتاب جديد يشرح بالتفصيل معركة جوبز ضد السرطان". نيويورك تايمز . مؤرشف من الأصل في 2017-09-28.
  139. ^ "مجموعة بيانات تسلسل الجينوم البشري الكاملة في مستودع الجينوم العام الخاص بها". مؤرشف من الأصل في 10 يونيو 2012.
  140. ^ Corpas M، Cariaso M، Coletta A، Weiss D، Harrison AP، Moran F، Yang H (12 نوفمبر 2013). "مجموعة بيانات كاملة لجينوميات الأسرة في المجال العام". bioRxiv 10.1101/000216 . 
  141. ^ ab "200,000 جينوم كامل متاح للدراسات الطبية الحيوية من خلال جهد المملكة المتحدة". www.science.org . تم الاسترجاع في 11 ديسمبر 2021 .
  142. ^ "بيانات تسلسل الجينوم الكامل لـ 200000 مشارك في البنك الحيوي في المملكة المتحدة متاحة الآن". www.ukbiobank.ac.uk . 17 نوفمبر 2021 . تم الاسترجاع في 11 ديسمبر 2021 .
  143. ^ كالاواي، إيوان (2023-11-30). "أكبر مجموعة من تسلسلات الجينوم البشري في العالم متاحة للعلماء". نيتشر . 624 (7990): 16-17. doi :10.1038/d41586-023-03763-3. PMID  38036674.
  144. ^ من تأليف كريس أ. ويتيرستراند، ماجستير في العلوم، "تكلفة تسلسل الجينوم البشري". المعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري .آخر تحديث: 1 نوفمبر 2021
  • تسلسل الجينوم الشخصي لجيمس واتسون
  • AAAS/Science: ملصق تسلسل الجينوم
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Whole_genome_sequencing&oldid=1248010880"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate